Istnieją różne metody eksploracji szczątków ludzkich. Ludzkie kości muszą być traktowane z szacunkiem zależnym od tradycji kulturowej. Po przeprowadzeniu wszystkich badań szczątki powinny zostać ponownie pochowane, choć kwestia ta pozostaje przedmiotem dyskusji osteolo-gów. Najczęściej szczątki są przechowywane w muzeach tak długo, jak długo są tam użyteczne, a następnie są chowane ponownie.
Nauka rozwija się, pojawiają się nowe techniki badawcze, a po ponownym pochowaniu materiał kostny może zostać bezpowrotnie zniszczony i w przyszłości nie będzie można przebadać go nowymi metodami, które zostaną dopiero opracowane. Dlatego wtórnie chowane są kości pochodzące z kontekstów szeroko reprezentowanych archeologicznie, np. ze średniowiecza. Przed ponownym pochówkiem pobierane są próbki kości i zębów. Jeśli szczątki są unikatowe i cenne, są przechowywane w magazynach.
Zasady bezwzględnego szacunku dla zmarłych oraz prowadzenia badań naukowych wykluczają się wzajemnie. Skrajnymi przykładami tradycji kulturowych dotyczących pochówku zmarłych są tradycja judaistyczna i islamska. Żydzi zakładają, że ciała zmarłych muszą pozostać w miejscu pochówku na zawsze. W Izraelu ortodoksyjni rabini wyrażają sprzeciw wobec wykopalisk. Tradycja islamska zakłada, że ciała zmarłych to odpadki, których należy się pozbyć. Groby są często bezimienne, ważna jest tylko dusza.
W Polsce nie występują problemy prawne związane z prowadzeniem wykopalisk na terenie cmentarzysk. W krajach zdominowanych przez ludność napływową np. w USA, Kanadzie i Australii eksploracja stanowisk sepulkralnych budzi wątpliwości moralne i problemy prawne. Przyjęte przepisy wynikają z poczucia winy ludności napływowej.
W latach 90. XX wieku w USA plemionom indiańskim przyznano wyłączne prawo do szczątków ludzkich pochodzących sprzed podboju europejskiego. Archeolodzy nie mogą prowadzić badań bez zgody Indian, a po zbadaniu szczątków kości należy zwrócić Indianom.
Przykładem kontrowersyjnego znaleziska jest Człowiek z Kennewick. Jego czaszka została znaleziona w 1996 roku przez turystów i została uznana za czaszkę pradziejową. James Chatters odkrył w trakcie badań wykopaliskowych cały szkielet mężczyzny w wieku 40-55 lat, datowany na 9200 BP. Był to najstarszy znany szkielet ludzki w regionie. Stwierdzono, że należał do odmiany białej - europeidalnej, a nie żółtej - mongoloidalnej. Indianie, na mocy przyjętego w 1990 roku Native American Graves Protection Act (NAGPRA) zażądali zwrotu szkieletu, choć sami nie mieli nic wspólnego z Człowiekiem z Kennewick. Na drodze sądowej otrzymali prawo do decydowania o rodzaju przeprowadzanych badań oraz odprawiania obrzędów. W 1996 roku Korpus Inżynieryjny USA przejął stanowisko archeologiczne oraz znalezione szczątki. W Australii archeolodzy przekonują Aborygenów do wydania zgody na przeprowadzenie badań, a nawet uczestniczenia w samych badaniach.
Zakłada się, że 300 lat odpowiada okresowi życia 10 pokoleń. Oznacza to, że każdy żyjący obecnie człowiek miał 210 przodków żyjących 300 lat temu i 230 przodków, czyli ponad 1 mld, żyjących 900 lat temu. Jednocześnie należy pamiętać, że wtedy na świecie nie było tylu osób. Można wyciągnąć więc wniosek, że każda osoba żyjąca 900 lat temu jest spokrewniona z nami na wiele sposobów i pełni wiele różnych funkcji wśród członków naszej rodziny.
Przedstawiciele różnych kultur w różny sposób traktowali ciała zmarłych. Podstawowe działania najczęściej podejmowane w stosunku do ciała to:
1. pochowanie
Występują pierwotne i wtórne pochówki szkieletowe.
2. spalenie i pochowanie lub rozsypanie prochów
Dominowało na obszarze Europy od neolitu do średniowiecza.
4