Strukturę organizacyjną UMK w dniu 31.12.2009 r. tworzyły następujące jednostki:
1. Wydział Biologii i Nauk o Ziemi
2. Wydział Chemii
3. Wydział Farmaceutyczny
4. Wydział Filologiczny
5. Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
6. Wydział Humanistyczny
7. Wydział Lekarski
8. Wydział Matematyki i Informatyki
9. Wydział Nauk Ekonomicznych i Zarządzania
10. Wydział Nauk Historycznych
11. Wydział Nauk Pedagogicznych
12. Wydział Nauk o Zdrowiu
13. Wydział Politologii i Studiów Międzynarodowych (od dnia 1.09.2009 r.)
14. Wydział Prawa i Administracji
15. Wydział Sztuk Pięknych
16. Wydział T eologiczny
1. Archiwum UMK - Toruń
2. Archiwum UMK - Bydgoszcz
3. Biblioteka Uniwersytecka
4. Uczelniane Centrum Informatyczne UMK
5. Uniwersyteckie Centrum Nowoczesnych Technologii Nauczania
6. Zamiejscowy Ośrodek Dydaktyczny w Grudziądzu
7. Akademicki Inkubator Przedsiębiorczości
1. Studium Praktycznej Nauki Języków Obcych w Toruniu
2. Studium Wychowania Fizycznego i Sportu w Toruniu
3. Studium Wychowania Fizycznego i Sportu w Bydgoszczy
4. Studium Medycyny Społecznej w Bydgoszczy
5. Międzywydziałowe Indywidualne Studia Humanistyczne
6. Ośrodek Alliance Francaise przy UMK
7. Zakład Dydaktyki w Bydgoszczy
8. Samodzielne Stanowisko ds. Doświadczeń na Zwierzętach
9. Samodzielne Stanowisko ds. Przysposobienia Obronnego Studentów
3