Efektem działania współczesnych spektrometrów mas. niezależnie od zastosowanego analizatora czy detektora są dane w pestao cyfrowej-Wytworzenie gotowych do analizy wdm stosunku masy do ładunku, na podstawę zarejestrowanych sygnałów elektrycznych wymaga zastosowania róz-crodnych algorytmów przetwarzania danych Sposób przetwarzania danych jest zależny od zastosowanego analizatora masy i detektora Przykładowo dane zarejestrowane przez analizator czasu pr/eofu (TOF) zawierają informacje o ilości jonów, które trafiły do detektora w określonym czasie Dane te mogą zostać przeliczone na widmo stosunku masy do 'acunku p-zy wykorzystaniu stworzonej wcześni, krzywej ka pracyjnej urządzenia. Znacznie kosztowniejsze obliczeniowo jest przetwarzane danych rejestrowanych P'zez analizatory wykorzystujące ‘o-rerowską fanstormaqę wyników takie jak FT-ICR czy OrMrap. Analizatory te rejestrują chwiowe natężenie pola elektrycznego fali e ektromagnelycznej, przebieg len jest przetwarzany na widmo częsloSwośo przy pomocy transformaty Fouriera. Powstać w ten sposób widmo często! iwości p-zdczanc jest na widmo stosunku masy do ładunku. Ze względu na dużą ilość rejestrowanych danych i kosztowne obliczeń owo przetwarzane intormac.i budowa spektrometrów mas z funerowską transformacją wyników stała aę możliwa dz ęio ro2wocwi intcrmatykJ361
Większość obecn e produkowanych spektrometrów mas wyposażona jest we wbudowane komputery służące do sterowania pracą anal zatorów oraz wstępnego przctwa'zama danych wytwarzanych przez spektrometr mas Komputery wewnętrzne spektrometru mas są połączono z komputerem na zewnątrz scektrometnj przy pomocy sieci Ethernet, połączenia US8 lub specyficznej magistrali komunikacyjnej opracowane; przez producenta spektrometru. Komputer zainstalowany na zewnątrz spektrometru pozwala użytkownikowi na sterowane spektrometrem zapisuje wstępnie przetworzone dane nadające się do analizy takie jak wierna stosunku masy do ładunku, chromalogramy (jeśli spektrometr pracuje w połączeniu z chromatografem) oraz informacje diagnostyczne dotyczące pracy samego spektrometru (temperatury podzespołów c-poktrometru. napięć a elektryczno i częstctiwośo prądu poszczególnych elementów źródła ,ooów, optyki jonowej, analizatorów i cetedcrów, rtp.)137).
O Osobny artykuł: Tantiemo/ry spektrometr rr,as
Wiele związków chemicznych może charakteryzować się identyczną lub zblttoną masą Dlatego fez pomiar masy cząsteczek często me pozwala ra zdentyfikowane badanej substancji Pomiar masy także me dostarcza zbył walu informacji na temat struktury związku chemicznego. Fragmentacja badanych cząsteczek i poma- mas fragmentów dostarcza dużo większej Icśó informacji o strukturze związku chemicznego, co w wielu przypadkach pozwala na jego wiaygoone zidentyfikowanie Fragmentacja cząsteczek w ż-óclc ;Onów spektrometru mas pozwala na efektywne oaflamc czystych związków chemcznych lub prostych ich mieszanin. W trakce analizy meszanny cząsteczek fragmentowanych w źródle jonów spektrometru nas można wykryć wiele pików odpowiadających masom Iragmenlów pochodzących od różnych związków chemicznych Określenie od którego z badanych związków chemcznych pochodzą fragmenty, których masy zostały zmierzono przez spektremetr mas. jest trudne a często wręcz niemożliwe Proóem ten rozwiązuje zastosowanie tandemowych spektrometrów mas Spektrometry te pozwalaią na pomiar mas cząsteczek me poddanych fragmentacji (pomiar MS), wyselekcjonowanie jonów o określonym stosunku masy do ładunku, poddanie wyselekc,Olewanych jonów Iragmenlaci wewnątrz spektrometru mas i pomiar mas powstałych fragmentów (pomiar MSMS) Spektrometry takie są ra;częśocj wyposażone w źródła jonów mc powodujące fragmentach cząsteczek takie, jak elektrorozpytacz czy MALDI Spektrometr tandemowy mo2e stę skłócać z więcej nz lednego ana' zatora masy wtedy pienwszy z ana izatcrów może selekcjonować jeny o określonym stosunku masy do ładunku jony te kie-owane są do komory kolizyjnej po czym są poddawane pomiarowi w drugim analizater/e masy. Przykładem takiej konstrukcji ,<rst [xżącznnie kwtdrupola z analizatorem czasu przelotu (O-TOF) Niektóre tandemowe Spektrometry mas wyposażone w anaizatcry taloe. jak pu>apka jonowa. mogą selekcjonować jony. podawać fragmentacji i mierzyć masy tytko z uzycem pojedynczego analizatoral1*2*3®1!.