3. Mikroorganizmy chorobotwórcze a bezpieczeństwo i zdrowie ludzi Forma zajęć: wykłady - 30 h
Omawiana jest prawidłowa mikroflora człowieka jak również mikroorganizmy chorobotwórcze: wirusy, grzyby, bakterie. Przedstawiane są najczęstsze źródła infekcji. Omawiane są wirusowe infekcje pokarmowe. Tematem zajęć są także grzyby chorobotwórcze i alergizujące znajdowane w pokarmach i mieszkaniach, grzybice i sposoby walki z nimi. Ponadto omawiane są toksyny grzybów owocnikowych i pleśni oraz ich szkodliwość. Część wykładów poświęcona jest bakteriom chorobotwórczym, czynnikom etiologicznym zatruć pokarmowych (m.in. Salmonella enterica, Listeńa monocytogenes, Campylobacter jejuni, Yersinia enlerocolitica). Omawiane są zasady tworzenia programu kontroli zakażeń oraz profilaktyka bakteryjnych zakażeń przewodu pokarmowego. Metody zapobiegania infekcjom Campylobacter .vpp. i Salmonella spp. - szczepionki. Tematem zajęć jest także wpływ czynników środowiskowych (biotycznych i abiotycznych) na zdrowie człowieka - odpowiedź immunologiczna i jej skutki.
4. Klasyczne i molekularne metody identyfikacji mikroorganizmów
Forma zajęć: wykłady- 6 h ćwiczenia - 28 h
Na wykładach omawiane są konwencjonalne metody różnicowania mikroorganizmów (typowanie morfologiczne, biochemiczne, serologiczne) oraz zasady i zastosowanie genotypowych metod różnicowania. Prezentowane są także zagadnienia związane z badaniami genomicznymi i proteomicznymi wykorzystywanymi do identyfikowania różnych genów i białek referencyjnych wykorzystywanych w diagnostyce szczepów patogennych oraz różnych mikroorganizmów środowiskowych.
Celem ćwiczeń jest praktyczne zaznajomienie studentów z elementarnymi technikami i metodami identyfikacji drobnoustrojów oraz zastosowaniem komercyjnych testów biochemicznych do różnicowania bakterii. Zajęcia organizowane są tak, by w trakcie zajęć każdy student dokonał identyfikacji przynajmniej jednego mikroorganizmu i zetknął się z kilkoma metodami wykorzystywanymi do identyfikacji.
Podczas ćwiczeń uczestnicy przeprowadzą także testy diagnostyczne z wykorzystaniem najnowszych metod molekularnych. Przeprowadzą m.in. identyfikację mikroorganizmów wyizolowanych z różnych środowisk (próbki środowiskowe, zakażenia szpitalne, zakażenia żywności) za pomocą techniki PCR z genami reporterowymi (np. 16S rRNA), poznają zasady analizy RFLP. Zostaną zaznajomieni z obsługą różnego rodzaju sprzętu laboratoryjnego, jak np. termocyklery i aparaty do elektroforezy DNA. Część zajęć organizowana jest z zastosowaniem odpowiednich programów komputerowych. Studenci poznają: (i) programy komputerowe umożliwiające analizę sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych (np. programy typu BLAST) oraz (ii) różne bazy danych sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych, które umożliwiają interpretację uzyskanych danych (np. bazy danych NCBI).