oczywiście policyjno-biurokratyczm liberałowie niewiele przejmowali. Jak to zwykle bywa w takich sytuacjach, im trudniej poruszała się naprzód sprawa reform, tym większego znaczenia nabierały zadania czysto policyjne i tylko w tym zakresie program Łopuchina został urzeczywistniony w pełni. Departament Policji przeobraził się ostatecznie w „ochranę wszechrosyjską”, odnowiono jego personel kierowniczy, z Zubatow został bezpośrednim kierownikiem całej procedury śledczej. Postawiono wszystko na jedną kartę - rozwój tajnej agentury wewnątrz organizacji rewolucyjnych. Nie żałowano na ten cel pieniędzy, wyczerpując w ciągu ponad dwu lat cały zapasowy kapitał Departamentu, dochodzący do 5 milionów rubli.
Główny nadzór nad całą sprawą spoczywał w rękach Łopuchina, który m.in. kierował teraz rozbijaniem liberalnych ziemstw, podpisywał nakazy zesłania na Syberię wielu umiarkowanych liberałów, których główną winę stanowiły podobne marzenia o konstytucji, jakim przedtem dawał wyraz sam Łopuchin, tyle, że oni uzewnętrzniali je „w nieodpowiedniej formie”. „Liberalizm” Łopuchina znalazł teraz sobie teraz inne ujście - uprzedzony o zamierzonym pogromie ludności żydowskiej w Kiszyniowie, nie przedsięwziął skutecznych środków zaradczych, a do organizatorów pogromu odniósł się niezwykle wspaniałomyślnie.
W ramach rozwijania agentury policyjnej w organizacjach rewolucyjnych Łopuchin, za aprobatą ministra Plehwego, jesienią 1902 roku zezwolił Azefowi - długoletniemu agentowi policji w partii socjalistów-rewolucjonistów, na wstąpienie do Organizacji Bojowej tejże partii. Oczywiście, zarówno Łopuchin, jak i Plehwe, sądzili, że potrafią utrzymać w swoich rękach Azefa, a przezeń - całą Organizację Bojową. Tymczasem Azef bardzo szybko został szefem bojówki (o czym wcale nie poinformował swoich policyjnych przełożonych), zaczął przygotowywać i realizować udane zamachy na carskich dygnitarzy, aż wreszcie, w lipcu 1904 roku, zorganizował udany zamach na samego ministra Plehwego.
Śmierć Plehwego była pierwszym, okrutnym ciosem dla biurokratycznej kariery Łopuchina, zaczęły się dla niego ciężkie czasy. Zakulisowe intrygi snuł Raczkowski - wybitny działacz policyjny, mający stosunki na dworze carskim, którego przed dwoma laty wyrzucił z urzędu Plehwe. Teraz, kiedy zabrakło Łopuchinowi oparcia w Plehwem, intrygi Raczkowskiego stawały się bardzo groźne. Ostatecznie zabójstwo wielkiego księcia Sergiusza Aleksandrowicza, dokonane 17 lutego 1905 roku przez Organizację Bojową kierowaną przez Azefa (o czym wówczas Łopuchin nie wiedział), przesądziło o karierze Łopuchina, który musiał podać się do dymisji, a wszystkie jego nadzieje rozpadły się w gruzy.
We wrześniu 1908 roku, w przedziale ekspresu jadącego z Kolonii do Berlina, zdymisjonowany dyrektor Departamentu Policji dowiaduje się, że głównym sprawcą jego nieszczęść był hołubiony przezeń agent o pseudonimie „Raskin”. Burcew wiedział o tym agencie bardzo dużo, ale nawet miejsca jego tajnych spotkań z urzędnikami z tajnej policji. O tym wszystkim opowiadał teraz swojemu towarzyszowi podróży. Słuchając tej opowieści Łopuchin powziął podejrzenie, że „Raskin” był narzędziem w rękach jego przeciwnika Raczkowskiego, który po usunięciu Łopuchina objął śledztwo policyjne - a jak wynikało z opowieści Burcewa, właśnie od tego czasu przestały się udawać zamachy socjalrewolucjonistów. Były dyrektor Departamentu Policji wiedział dobrze, że w walce o władzę carscy biurokraci byli zdolni do wszystkiego, nawet do posługiwania się rękami terrorystów do usuwania swych konkurentów.
Kończąc swą opowieść Burcew zwrócił się do Łopuchina:
- Będąc dyrektorem Departamentu nie mógł pan nie znać tego prowokatora. Jak pan widzi, zdarłem zeń maskę ostatecznie, ośmielam się więc prosić pana, Aleksy Aleksandrowiczu, abyś pozwolił mi rzec, kto ukrywa się pod pseudonimem „Raskina”. A panu pozostanie tylko odpowiedzieć mi: czy mam słuszność, czy się mylę.
Łopuchin zdecydował się i sam oświadczył:
- Żadnego „Raskina” nie znam, ale inżyniera Jewno Azefa widziałem kilka razy.
Oświadczenie Łopuchina odsłoniło ostatecznie twarz Azefa, podwójnego zdrajcy, który w istocie oszukiwał zarówno socjalrewolucjonistów, jak i policję, robiąc na tym znakomity interes. Zanim został zdemaskowany, prowadził swoją podwójną grę przez piętnaście lat.