2982019596

oddziaływania typu n-n - w białkach występują aminokwasy aromatyczne (Phe, Tyr, Tip, His). Oddziaływania elektronów jt dwóch różnych reszt aminokwasowych stanowi słaby, aczkolwiek istotny, element determinujący strukturę białka.

oddziaływania elektrostatyczne - pomiędzy grupami nie obdarzonymi całkowitym ładunkiem elektiycznym, lecz posiadający mi ładunki cząstkowe, będące efektem polary zacji wiązań, dochodzi często do oddziaływań coulombowskich, które, pomimo niewielkiej siły, grają pewną rolę w determinowaniu struktur białek.

Pierwszorzędową strukturę peptydu (białka) określa liczba, budowa chemiczna i kolejność reszt aminokwasowych. Jest ona zatem determinowana przez wiązania peptydów pomiędzy aminokwasami. W ramach struktury pierwszorzędowej uwzględnia się także położenie wiązań disiarczkowych. Jak wiadomo, wiązanie peptydowe, ze względu na częściowy charakter podwójny, jest płaskie. Może jednak mieć miejsce swobodny obrót wokół wiązań pomiędzy węglem alfa a gnipą kaibonylową i amidową. Struktura łańcucha polipeptydowego jest zatem półsztywna, pewne jej fragmenty są koplaname, inne posiadają swobodę obrotu, stabilizacja jednej z możliwych konformacji jest efektem wiązań niekowalencyjnych. Konformację łańcucha opisuje się przez podanie wartości kątów dwuściennych wiązań pomiędzy C^a-CO (kąt ig) oraz C“-NH (kąt (j>). Geometrię łańcucha polipeptydowego prezentują rysunki (kolorem zaznaczono obszary planarne).