2982019598

Drugim, strukturalnie i biochemicznie istotnym, typem struktury drugorzędowej jest tak zwana struktura p nazywana również harmonijką p. W konformacji tej łańcuch pozostaje prawie całkowicie rozprostowany. Struktura p nosi nazwę antyrównoległej (przeciwrównoleglej), jeśli dwa sąsiednie łańcuchy biegną w przeciwnych kierunkach. Jeśli łańcuchy podążają w tym samym kierunku mamy do czynienia ze strukturą równoległą, nie występującą w naturalnych peptydach. Struktura harmonijkowa może mieć postać kilku łańcuchów równoległych do siebie. Wiązania wodorowe, stabilizujące strukturę p, występują pomiędzy odległymi od siebie, w sensie struktury pierwszorzędowej, fragmentami cząsteczki, leżącymi równolegle do siebie. Mogą również tworzyć się między różnymi łańcuchami polipeptydowymi. Odległość sąsiednich aminokwasów wzdłuż osi cząsteczki wynosi 0,35 nm.

Równoległa

Ostre zmiany kierunku łańcucha peptydowego są możliwe dzięki tak zwanym zakrętom p (strukturom spinki do włosów), ciasnym pętlom, w któiych tlen grupy karbonylowej jednej reszty aminokwasowej tworzy wiązanie wodorowe z protonem amidowym aminokwasu oddalonego o 3 reszty do przodu. W zakrętach p często występuje prolina i glicyna, pierwsza ze względu na strukturalne wymuszenie konformacji sprzyjającej zmianie kierunku, druga, gdyż podstawniki wodorowe ze względów^ sferycznych nie przeszkadzają w tworzeniu takiej konformacji a ponadto może działać jako giętki zawias pomiędzy zakrętem a resztą peptydu.