20 Rozdział drugi
przez Regulamin studiów (miesiąc od rozpoczęcia semestru) dokonał zakodowania wybranych przez siebie przedmiotów studiów, a po zakończeniu sesji egzaminacyjnej złożył w określonym terminie indeks i kartę egzaminacyjną pod sankcją skreślenia z listy doktorantów (najpóźniej do 10 lutego w semestrze zimowym i najpóźniej do 26 czerwca w semestrze letnim). Brak terminowego zakodowania zajęć według instrukcji Dziekanatu skutkuje odmową wydania karty egzaminacyjnej, a tym samym niemożnością przystąpienia do zaliczeń i egzaminów.
Jeśli chodzi o organizację i dyscyplinę studiów doktoranckich, to oprócz Regulaminu studiów doktoranckich, stosuje się do nich odpowiednio przepisy Regulaminu studiów (magisterskich) Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawia II. Zgodnie z zawartymi tam zapisami, rok akademicki na studiach doktoranckich trwa od 1 października do 30 września. Bezpośrednim zaś przełożonym każdego z doktorantów' jest dziekan albo upoważniony przez niego prodziekan, jako kierownik studiów doktoranckich w rozumieniu ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym. Zatem do niego należy się zwracać we wszystkich sprawach związanych z tokiem studiów i przewodu doktorskiego.
Należy przy tym pamiętać, że swoich pism (podań) w sprawach formalnych nie adresuje się imiennie do konkretnej osoby dziekana lub prodziekana, lecz do dziekana jako urzędu, a zatem bez imiennego adresu. Wystarczy w nagłówku podania napisać: „Do Dziekana Wydziału Teologii Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawia II”. W każdej sprawie dziekan może zasięgnąć opinii promotora lub/i dyrektora instytutu, jak również zażądać osobistego stawienia się w celu złożenia niezbędnych wyjaśnień, o ile nie zostały one dostatecznie przedłożone w urzędowym piśmie doktoranta. Warto dodać, że istnieje podział kompetencji dziekana i prodziekanów, dlatego niecelowe jest załatwianie spraw za każdym razem u innego z urzędujących dziekanów. Zgodnie z przepisami kodeksu prawa administracyjnego instancją odwoławczą od decyzji prodziekana, któremu dziekan delegował część swoich kompetencji jest wyłącznie Rektor, ewentualnie Prorektor do spraw Dydaktyki i Wychowania.
W razie poważnych wykroczeń doktorant może być upomniany pisemnie lub ustnie przez dziekana. W szczególnych zaś przypadkach może być wszczęte przeciwko niemu postępowanie dyscyplinarne.