Podmioty powstałe w wyniku restrukturyzacji Polskich Kolei Państwowych jako przyczynę istnienia nieprawidłowości wskazują przepisy obowiązujących je postanowień układów zbiorowych pracy, korzystniejszych dla pracowników niż minimalne standardy wynikające z przepisów Kodeksu pracy. Niewątpliwie spora część stwierdzonych w trakcie kontroli nieprawidłowości dotyczyła właśnie naruszeń takich wewnątrzzakładowych regulacji, dotyczących głównie prawa do 12 godzinnego dobowego odpoczynku, niedzieli wolnej od pracy udzielanej raz na 3 tygodnie, czy zakazu zatrudniania maszynisty w dwie kolejno następujące po sobie noce.
Istotną okolicznością mającą wpływ na czas pracy pracowników, a co za tym idzie gwarancję zachowania prawa do odpoczynków czy dni wolnych, jest wykaz czynności zaliczanych do czasu pracy. W większości podmiotów powstałych w wyniku restrukturyzacji PKP, czas dojazdu czy powrotu w charakterze pasażera do miejsca świadczenia pracy traktowany jest jako czas pracy. Najczęściej to właśnie w trakcie przedmiotowych przejazdów dochodziło do naruszenia gwarantowanego odpoczynku dobowego (11 godzinnego lub dłuższego na podstawie innych, niż Kodeks pracy, źródeł prawa pracy).
Podmioty, których powstanie nie było wynikiem zmian w PKP, kształtują prawa pracowników na poziomie gwarancji wynikających z Kodeksu pracy i najczęściej nie zaliczają czasu dojazdu i powrotu do czasu pracy drużyn trakcyjnych. W takich podmiotach wskazane wyżej naruszenia występowały sporadycznie.
Należy jednak zauważyć, że część pracodawców, jako główną przyczynę nieprawidłowości w sferze czasu pracy, podaje deficyt na rynku pracy maszynistów uprawnionych do prowadzenia pojazdów trakcyjnych. Ograniczony stan personalny maszynistów powoduje zatem zarówno konieczność korzystania z usług przewoźników zewnętrznych lub usług samych maszynistów na podstawie kontraktów o cywilnoprawnym charakterze, jak i problemy z zapewnieniem zastępstwa w momencie absencji własnych pracowników, co wpływa na stan przestrzegania przepisów o czasie pracy.
Przyczyny stwierdzonych naruszeń przepisów o czasie pracy wskazane przez inspektorów pracy są w przeważającej części tożsame. Kontrolujący jako podstawowe czynniki sprzyjające powstawaniu nieprawidłowości wskazują:
16