Aminokwasy połączone wiązaniami peptydowymi tworzą spolaryzowany łańcuch polipeptydowy. Zgodnie z przyjętym zapisem N-terminalna reszta aminokwasu z wolną grupą aminową zapisywana jest po stronie lewej, podczas qdv C-terminalna z qrupa karboksylową po stronie prawej.
wiązanie peptydowe jest wiązaniem zasadniczo płaskim, ponieważ dla pary aminokwasów, sześć atomów znajduje się w tej samej płaszczyźnie: atom węgla grupy karbonylowej, atom azotu oraz cztery atomy bezpośrednio do nich przyłączone
Długość wiązania C - N 0.132 nm) wskazuje, iż w znacznym stopniu wykazuje ono charakter wiązania podwójnego (ok. 50%)