2011 r, pozostałe agencje stały się agencjami wykonawczymi od 1 stycznia 2012 r. W roku 2014 działało 10 agencji wykonawczych10.
Agencje wykonawcze realizują wskazane kluczowe zadania państwa, zgodnie z określonymi w powołujących je ustawach warunkami, zasadami i procedurami. Podstawą gospodarki finansowej agencji wykonawczych jest roczny plan finansowy, który stanowi załącznik do ustawy budżetowej. Ujęte w budżecie państwa plany w układzie kasowym muszą być zgodne z jednolitymi zasadami sporządzania planów finansowo-rzeczowych w układzie memoriałowym. Agencja wykonawcza jest obowiązana corocznie (do 30 czerwca roku następnego) wpłacać do budżetu państwa nadwyżkę środków finansowych pozostającą po uregulowaniu zobowiązań, odstąpienie od tej zasady wymaga odpowiedniej uchwały Rady Ministrów. Na sposób ustalenia nadwyżki wpływ mają ministrowie sprawujących nadzór nad agencjami. Zasady funkcjonowania agencji wykonawczych są wzorowane na przyjętych w Rozporządzeniu Rady Unii Europejskiej ustanawiającym statut agencji wykonawczych", które realizują niektóre zadania w zakresie zarządzania programami wspólnotowymi. Przekształcenie w agencje wykonawcze uwzględniało również rozszerzenie zakresu planowania i jego horyzontu czasowego o sporządzanie planów finansowo - rzeczowych, także w układzie zadaniowym, obejmującym m.in. zestawienie zadań w ramach planowanych kosztów na dany rok budżetowy i dwa kolejne lata, wraz z opisem celów tych zadań i mierników określających stopień realizacji celu.
Na koniec 2011 r. spośród 4 podmiotów posiadających wówczas status agencji wykonawczej Narodowe Centrum Nauki i Narodowe Centrum Badań i Rozwoju miały zrównoważony bilans, Centralny Ośrodek Badania Odmian Roślin Uprawnych 6,3 min zł nadwyżki, zaś Agencja Rezerw Materiałowych 129,7 min zł nadwyżki. W roku 2012 dodatni wynik finansowy uzyskało 8 na 11 funkcjonujących agencji, łączny wynik finansowy brutto wyniósł 1 559,7 min zł. Narodowe Centrum Badań i Rozwoju odnotowało zerowy wynik finansowy brutto. Wynik ujemny brutto uzyskały Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa (-37,0 min zł) oraz Agencja Nieruchomości Rolnych (-6,7mln zł). Na łączne rozmiary wyniku agencji największy wpływ miał wynik brutto Zasobu Własności Rolnej Skarbu Państwa (1 174,5 min zł). Nadwyżkę środków finansowych wypracowaną w roku 2012 wpłaciły do budżetu państwa 2 agencje wykonawcze, tj. Agencja Nieruchomości Rolnych dysponująca 10 Załącznik nr 11 do ustawy budżetowej na rok 2014 z dnia 24 stycznia 2014 r. (Dz. U. z 2014 r., poz. 162).
" Rozporządzenie Rady (WE) Nr 58/2003 z dnia 19 grudnia 2002 r. ustanawiające statut agencji wykonawczych, którym zostaną powierzone niektóre zadania w zakresie zarządzania programami wspólnotowymi (Dz. U. UE LI 1/1 z 16 stycznia 2003 r.).
11