Z procesem likwidacji gospodarstw pomocniczych państwowych jednostek budżetowych oraz wydzielonych rachunków dochodów własnych związane było wprowadzenie specyficznego rozwiązania, które funkcjonowało w latach 2010-2013 i miało charakter przejściowy. W latach 2011-2012 tworzona była w budżecie państwa rezerwa celowa1przeznaczona na wydatki państwowych jednostek budżetowych wykonujących zadania realizowane dotychczas przez gospodarstwo pomocnicze państwowej jednostki budżetowej lub finansowane ze środków gromadzonych na rachunku dochodów własnych. W grudniu 2012 r. ustawa o zmianie niektórych ustaw w związku z realizacją ustawy budżetowej umożliwiła utworzenie rezerwy celowej w budżecie państwa, również w roku 2013. Mechanizm planowania i uruchamiania rezerwy przewidywał, że jej wysokość powinna odpowiadać planowanemu przyrostowi dochodów macierzystej jednostki budżetowej wykonującej zadania realizowane dotychczas przez gospodarstwo pomocnicze państwowej jednostki budżetowej lub finansowane ze środków gromadzonych na rachunku dochodów własnych. W budżecie państwa w latach 2011-2013 tworzona była rezerwa celowa pod pozycją 57 - Skutki zmian systemowych wynikających z art. 94 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o finansach publicznych, w tym sfinansowanie wynagrodzeń wraz z pochodnymi. Monitorowanie w latach 2011-2013 stanu dochodów, które wcześniej stanowiły dochody własne jednostek budżetowych oraz dochody zlikwidowanych gospodarstw pomocniczych umożliwiło wprowadzenie odpowiednich rozdziałów we właściwych działach klasyfikacji budżetowej.
8
Art. 94 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o finansach publicznych . (Dz.U. Nr 157, poz. 1241).