roku uporządkował i wydał również zbiór przepisów uniwersyteckich. Na Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie pełnił kolejno funkcje: prorektora (1933/34-1934/35), dziekana (1935/36-1936/37) i prodziekana Wydziału Humanistycznego (1937/38).
W roku 1929 ożenił się z Antoniną Packiewiczówną, z którą miał córkę Teresę zmarłą w młodym wieku. Drugą córką była adoptowana Eleonora Czeżowska (urodzona w 1948 r.). Przez małżeństwo z Antoniną Packiewiczówną Czeżowski wszedł w krąg spraw majątku żony - Hryhorowicze (województwo wileńskie, powiat dziśnieński), który dzięki jego zdolnościom organizacyjnym był bardzo dobrze zarządzany. Praca naukowa i dydaktyczna oraz związki z Uniwersytetem Stefana Batorego sprawiły, że cała rodzina zamieszkała w Wilnie.
Tadeusz Czeżowski formalnie zakończył pracę na USB w momencie jego zamknięcia przez Litwinów 15 grudnia 1939 roku. Jednak polski uniwersytet kontynuował działalność w podziemiu: obradował senat, zorganizowano pomoc koleżeńską dla pracowników i ich rodzin, prowadzono tajne nauczanie, organizowano egzaminy. USB był pierwszą wyższą uczelnią, która po klęsce wrześniowej rozpoczęła tajne nauczanie. Prof. Czeżowski wraz z innymi profesorami wileńskiej almae matris prowadził potajemne wykłady i egzaminował studentów.
W czasie II wojny światowej narażając życie, wraz z żoną i córką, ukrywał kilku żydowskich przyjaciół z Wilna, między innymi matematyka Abrahama Fessela. Za to w kwietniu 1963 roku otrzymał najwyższe izraelskie odznaczenie cywilne nadawane nie-Żydom - Medal Sprawiedliwy Wśród Narodów Świata przyznawany przez Instytut Yad Vashem w Jerozolimie. 22 sierpnia 2012 roku Tadeusz i Antonina Czeżowscy oraz ich córka Teresa za ratowanie Żydów w okresie II wojny otrzymali pośmiertnie Honorowe Obywatelstwo Izraela.
Po wojnie rodzina Czeżowskich podzieliła los wielu Wilnian i profesorów USB, i została przesiedlona do Torunia. W tym mieście Tadeusz Czeżowski wraz z bliskim przyjacielem Henrykiem Elzenbergiem objęli dwie katedry filozofii na nowopowstałym Uniwersytecie Mikołaja Kopernika. Czeżowski był również jednym z współtwórców toruńskiego uniwersytetu - już 24 listopada 1945 roku w Collegium Minus UMK wygłosił, wraz z prof. Stefanem Srebrnym, pierwszy wykład uniwersytecki. W międzyczasie otrzymał także stanowisko profesora w Instytucie Filozofii i Socjologii PAN w Warszawie. Współorganizował Toruńskie Towarzystwo Filozoficzne, później przemianowane na Oddział Toruński Polskiego Towarzystwa
3