8504862551

Rozdział 2

Mikromacierze DNA

Mikromacierz jest to płytka szklana lub plastikowa, do której dołączone są w ściśle określonym porządku sondy molekularne. Służą do analizy transktyptomicznej lub badania DNA organizmów. Wykorzystywane są głównie przy określaniu zmian w poziomie ekspresji genów, ale także do identyfikacji miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych, metylacji DNA i innych elementów związanych z regulacją transkrypcji. Dzięki ich zminiaturyzowanej budowie, możliwe jest jednoczesne badanie ekspresji nawet kilkudziesięciu tysięcy sekwencji jednocześnie. Mikromacierze w dzisiejszych czasach są powszechnie stosowane. Korzystanie z nich staje się co raz tańsze, dlatego też znalazły swoje zastosowanie w wielu dziedzinach związanych z biologią, takich jak medycyna, diagnostyka, farmacja czy badania laboratoryjne.

Rysunek 2.1: Przykładowa mikromacierz. Źródło: http://neurophilosophy.wordpress.com/2006/08/21/ reseachers-will-use-dna-microarrays-to-probe-for-autism-genes/

Każda mikromacierz składa się z kilkudziesięciu tysięcy sond, umieszczonych w równych odstępach. Sonda jest to krótki łańcuch nukleotydów o sekwencji charakterystycznej dla określonego genu. Długość łańcucha nukleotydowego w sondzie oraz odstępy między nimi są zależne od rodzaju mikromacierzy. Na ogół sondy są pogrupowane w zespoły kilkunastu par komplementarnych do różnych regionów tego samego transkryptu, co zapewnia większą czułość. Każda taka para składa się z sondy perfect match (PM), czyli sondy w pełni

9