z dnia 8 lutego 2000 r. Archiwum Zakładowe zostało wyodrębnione jako samodzielna komórka organizacyjna i podległe było bezpośrednio Dyrektorowi Administracyjnemu Akademii Medycznej. Po włączeniu Akademii Medycznej im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy w struktury Uniwersytetu Mikołaja Kopernika, Zarządzeniem Nr 65 Rektora UMK w Toruniu z dnia 30 września 2005 roku, z dniem 1 stycznia 2006 roku Archiwum Zakładowe Collegium Medicum stało się jednostką ogólnouczelnianą Collegium Medicum, podporządkowaną funkcjonalnie Prorektorowi ds. Collegium Medicum.
Na początku Archiwum znajdowało się w budynku Rektoratu Akademii Medycznej na II piętrze i składało się z dwóch pomieszczeń magazynowych i pomieszczenia biurowego o łącznej powierzchni ok. 70 m2. W dwóch pomieszczeniach magazynowych znajdowało się 18 metalowych regałów stacjonarnych o łącznej powierzchni przechowalniczej akt 210 mb półek. W drugiej połowie roku 2007 rozpoczęła się adaptacja pomieszczeń po pralni na nowe archiwum, ponieważ w starych pomieszczeniach brakowało miejsc na przekazywane akta. W marcu 2008 roku nastąpiła przeprowadzka archiwum do nowych pomieszczeń.
Obecnie Archiwum Zakładowe Collegium Medicum znajduje się w dwóch budynkach:
- przy ul. Jagiellońskiej 13-15 jest biuro, pomieszczenie opracowywania i udostępniania akt oraz magazyn, który wyposażony jest w regały przesuwne o łącznej powierzchni przechowalniczej 852,8 mb. Łączna powierzchnia archiwum wynosi 80 m2.
- przy ul. Karłowicza 22 jest magazyn o powierzchni ok. 20 m2, który wyposażony jest w metalowe regały stacjonarne o powierzchni przechowalniczej ok. 50 mb (znajdują się tam materiały niearchiwalne będące w trakcie likwidacji).
Zasób archiwum obejmuje ogółem 46157 ja., w tym: kat. A- 1430 j.a., kat. BE 50 i B50- 14189 j.a., pozostałe akta kat. B -30538 j.a. (stan na dzień 28.02.2011 roku). Materiały archiwalne: dokumentacja aktowa związana z zarządzaniem, organizacją i funkcjonowaniem Uczelni, dokumentacja aktowa dotycząca kształcenia studentów, organizacji i toku studiów, akta dotyczące kształcenia i rozwoju kadry naukowej, akta kadrowe. Ilość materiałów archiwalnych: Wydział Lekarski - 1171 j.a., Wydział Farmaceutyczny - 8 j.a., Wydział Nauk o Zdrowiu - 24 j.a., Biuro Prorektora CM - 108 j.a., Administracja - 119 j.a. Ewidencja archiwalna: wykaz spisów zdawczo-odbiorczych, spisy zdawczo-odbiorcze, ewidencja wypożyczeń.
Archiwum Zakładowe CM udostępnia materiały archiwalne (kat. A) i dokumentację niearchiwalną (kat. B) do celów służbowych i naukowo-badawczych w zasadzie na miejscu (w pomieszczeniach archiwum), a w uzasadnionych przypadkach może być wypożyczona poza archiwum. Wgląd do akt odbywa się tylko w lokalu archiwum w obecności pracownika archiwum. Poszukiwania akt w magazynie archiwum przeprowadza wyłącznie pracownik archiwum. Archiwum Zakładowe CM udostępnia
456 Forum Bibl. Med. 2011 R. 4 nr 2 (8)