Faza acetogenna (octanogeneza) - przetwarzanie etanolu oraz lotnych kwasów tłuszczowych w kwas octowy i octany. Aktywność bakterii acetogennych uczestniczących w tym procesie silnie zależy od pH środowiska.
Faza metanogenna - proces wytwarzania metanu przez bakterie metanowe. 2/3 wytworzonego metanu powstaje w wyniku przemian octanów lub alkoholi. Pozostała 1/3 ilość wytworzonego metanu powstaje w wyniku reakcji C02 z H2.
Ilość i skład chemiczny wytworzonego biogazu zależy od składu fermentowanej biomasy. Oprócz głównych składników w biogazie mogą się pojawić, inne związki chemiczne, mające wpływ na właściwości gazu.
W wyniku fermentacji metanowej oprócz biogazu uzyskiwany jest kompost. Jest on cennym nawozem zawierającym pierwiastki biogenne w postaci łatwej do przyswojenia dla roślin.