- 1 -

FX ChemStruct

Wersja 1.203.2

Portable

http://efofex.com/fxchemstruct.php

Korzystanie z programu

FX Stat ChemStruct

Przekład

Robert Wi

ś

niewski

http://chomikuj.pl/bobwis

Struktury chemiczne s

ą

niezwykle trudne do narysowania przy u

ż

yciu standardowych narz

ę

dzi

edycyjnych i nawet wyspecjalizowane narz

ę

dzia mog

ą

by

ć

powolne i uci

ąż

liwe. Nauczyciele

potrzebuj

ą

szybkiego sposobu rysowania struktur chemicznych - FX ChemStruct to ułatwia. Po prostu

wpisujesz to zechcesz, wybierasz opcj

ę

wy

ś

wietlania i kilka chwil pó

ź

niej b

ę

dziesz miał diagramy

o jako

ś

ci publikacyjnej

- 2 -

SPIS TRE

Ś

CI

1. Mo

ż

liwo

ś

ci programu

1.1. Podstawowe koncepcje

2. Korzystanie z programu FX ChemStruct
2.1. Dost

ę

p do FX ChemStruct

2.2. Jak wprowadza

ć

struktury

2.2.1. Struktury podstawowe
2.2.2. Struktury rozgał

ę

zione

2.2.3. Pier

ś

cienie benzenowe

2.2.4. Nieformatowane teksty / komentarze
2.2.5. Klikanie na zwi

ą

zkach I

2.2.6. Klikanie na zwi

ą

zkach II

2.2.7. Obracanie i odbijanie
2.2.8. Anulowanie obracania i odbijania
2.2.9. Izomery
2.2.10. Strzałki
2.2.11. Spacje
2.2.12. Rodniki R i R’
2.2.13. Jon nitroniowy
2.2.14. Wprowadzanie informacji fazowej
2.2.15. Ładunki
2.2.1.6. Zwi

ą

zki jonowe

2.2.17. Jony wieloatomowe
2.2.18. Struktury pier

ś

cieniowe

5.2.19. Zapobieganie tworzeniu wi

ą

za

ń

2.2.20. Stopnie
2.3. Opcje wy

ś

wietlania

2.3.1. Ukrywanie wi

ą

za

ń

?-H

2.3.2. Wy

ś

wietlanie ładunków

2.3.3. Zwi

ą

zki bez wi

ą

za

ń

2.3.4. Zezwolenie na pary elektronowe
2.3.5. Wy

ś

wietlanie wszystkich elektronów

2.4. Przykłady
2.4.1. Struktury rezonansowe
2.4.2. W

ę

glowodany

2.4.3. EDTA
2.5. Edycja struktur
2.6. Zmiana Co(NO3)2 na CO(NO3)2
2.7 Zmiana struktur
2.7.1. Narz

ę

dzia / Czcionki

2.7.2. Narz

ę

dzia / Opcje / Równania

2.7.3. Narz

ę

dzia / Opcje / Struktury

2.8. Moje struktury nie s

ą

poprawnie formatowane !

- 3 -

1. Mo

ż

liwo

ś

ci programu

1.1. Podstawowe koncepcje

Program FX ChemStruct pozwala na łatwe rysowanie struktur chemicznych, Narysowanie wzoru
strukturalnego tak prostego jak np. kwas octowy jest czasem pracochłonnym i trudnym zadaniem, ale
FX ChemStruct pozwala na łatwe jego wykonanie.

C

H

H

H

C

O

O

H

•

Załadowa

ć

FX ChemStruct

•

Wpisa

ć

w polu edycji ch3cooh

FX ChemStruct pobiera t

ą

informacj

ę

i formatuje j

ą

do powy

ż

szej struktury. Nie trzeba nic wskazywa

ć

jak to wykona

ć

– wystarczy wpisa

ć

tylko sam

ą

formuł

ę

. U

ż

ytkownicy FX ChemStruct o oceniaj

ą

ten

program jako bardzo przyjazny, tworz

ą

cy na podobnych zasadach ró

ż

ne wyniki.

FX ChemStruct NIE mo

ż

e rysowa

ć

wszystkich struktur chemicznych, ale mo

ż

e rysowa

ć

szybko i łatwo

wi

ę

kszo

ść

najwa

ż

niejszych strukturalnych wzorów chemicznych.

FX ChemStruct mo

ż

e rysowa

ć

struktury chemiczne w ró

ż

nych stylach, nawet struktury bez wi

ą

za

ń

chemicznych,

Poni

ż

ej pokazano mały przykład mo

ż

liwo

ś

ci FX ChemStruct. Równanie to mo

ż

na uzyska

ć

wpisuj

ą

c:

bzcooh + socl2 => bzcocl + so2 + hcl

FX ChemStruct został pierwotnie zaprojektowany do rysowania cz

ą

steczek organicznych, ale

dodano do niego mo

ż

liwo

ść

rysowania wielu cz

ą

steczek nieorganicznych i jonów wieloatomowych.

- 4 -

2. Korzystanie z programu FX ChemStruct

2.1. Dost

ę

p do FX ChemStruct

Istnieje kilka sposobów korzystania z programu FX ChemStruct - jako samodzielnego programu lub
jako obiektu w dokumencie procesora tekstu.


Tryb samodzielny

Gdy akceptujemy standardow

ą

instalacj

ę

programu FX ChemStruct, mo

ż

emy go uruchamia

ć

jako

program samodzielny znajduj

ą

c go w systemowym menu Start. Chocia

ż

jest to mo

ż

liwie, nie jest to

najlepszy sposób korzystania z FX ChemStruct. Wygodnej z niego korzysta

ć

z poziomu procesora

tekstu, np. Word.


Tryb obiektu w dokumencie

1

FX ChemStruct jest zaprojektowany do wstawiania jako obiekt w dokumencie. Mo

ż

na wstawia

ć

dowolny obiekt FX ChemStruct do dokumentu przez klikanie jego przycisku w pasku narz

ę

dzi lub

otworzy

ć

ulubiony procesor tekstu (np. Word) i wybra

ć

w nim polecenie Wstaw | Obiekt. Otworzy si

ę

lista dost

ę

pnych obiektów na której mo

ż

na wybra

ć

opcj

ę

FX ChemStruct aby uruchomi

ć

ten program.

Korzystamy wówczas z niego w taki sam sposób jak w trybie samodzielnym. Jedyna ró

ż

nica polega

na powrocie do Worda.

Zielony przycisk znacznika

powoduje powrót do Worda z obrazem ze wszystkimi wprowadzonymi

zmianami.
Czerwony przycisk krzy

ż

yka

powoduje powrót do Worda bez prowadzania zmian.

Po sko

ń

czeniu rysowania obrazu, klikamy znacznik

i nasz diagram zostaje wstawiony do Worda.

2.2. Jak wprowadza

ć

struktury

Wystarczy wpisa

ć

w polu edycji wymagan

ą

informacj

ę

. Nie trzeba wprowadza

ć

du

ż

ych liter symboli

chemicznych (np. wystarczy wpisa

ć

sn dla symbolu cyny Sn). Program FX ChemStruct rozpozna to

samodzielnie. Istnieje kilka trików do nauki, ale wystarczy na tylko jedna minuta.

By

ć

mo

ż

e najwi

ę

kszym trikiem przy wprowadzaniu struktur jest to,

ż

e trzeba poda

ć

do programu

pewne informacje takie jak przy r

ę

cznym wpisywaniu struktur. Przykładowo, gdy chcemy narysowa

ć

struktur

ę

propanu, nie trzeba wpisywa

ć

c3h8. Program FX ChemStruct skorzysta z tej informacji

i b

ę

dzie próbował budowa

ć

poni

ż

sz

ą

(tutaj poprawn

ą

) struktur

ę

, co jednak czasem mo

ż

e by

ć

niejednoznaczne.

1

Wariant ten jest dostępny tylko w wersji instalacyjne programu FX ChemStruct.

- 5 -

Zamiast tego lepiej wprowadzi

ć

ch3ch2ch3. Mówi to programowi gdzie trzeba wstawia

ć

poszczególne

wodory.

Wi

ę

cej informacji na ten temat b

ę

dzie podane dalej.

2.2.1. Struktury podstawowe

Wi

ę

kszo

ść

prostych struktur wprowadzamy tak jak przy ich r

ę

cznym pisaniu. Podkre

ś

la si

ę

,

ż

e nie

musimy korzysta

ć

z w du

ż

ych liter. FX ChemStruct zwykle rozpoznaje o co nam chodzi.

Alkany

ch3ch2ch2ch3

ch3(ch2)4ch3

Alkeny

ch2ch2

Alkiny

chch

Aldehydy

ch3ch2coh

- 6 -

Kwasy karboksylowe

ch3cooh

Ketony

ch3coch3

Etery

ch3och3

Amidy

ch3conh2

Estry

ch3cooch3

2.2.2. Struktury rozgał

ę

zione

Struktury rozgał

ę

zione s

ą

nieco trudniejsze do wprowadzania, ale niezbyt trudne do zapami

ę

tania

podstawowej zasady.

Wprowadzamy kompletnie ka

ż

d

ą

gał

ąź

przed rozpocz

ę

ciem nast

ę

pnej gał

ę

zi.

- 7 -

Przykładowo, w celu wprowadzenia 4-methyl-2-heptene:

wprowadzamy struktur

ę

do zielonych pierwiastków, nast

ę

pnie wprowadzamy jedn

ą

z gał

ę

zi (tutaj

czerwon

ą

), po czy wprowadzamy gał

ąź

niebiesk

ą

ch3ch2ch2

ch

ch3

chchch3

Mo

ż

na w ten sposób wprowadza

ć

bardzo skomplikowane struktury, np. kwasu cytrynowego.

coohch2cohcoohch2cooh

2.2.3. Pier

ś

cienie benzenowe

Pier

ś

cienie benzenowe mo

ż

na wprowadza

ć

korzystaj

ą

c z kodu bz. Je

ś

li w menu Tools | Options |

Structures mamy wybran

ą

opcj

ę

Use Ph fo Phenol, wówczas mo

ż

emy równie

ż

stosowa

ć

kod ph

do wskazywania pier

ś

cienia benzenowego

Przykłady:

bzcooh

phcooch2ch3

- 8 -

bzbz

bzbzbz

lub

2.2.4. Nieformatowane teksty / komentarze

Program FX ChemStruct zawsze próbuje nada

ć

„sens chemiczny” temu co wprowadzamy. Mo

ż

e to

jednak prowadzi

ć

do problemów. Przykładowo, gdy wpiszemy słowo katalizator Catalyst do struktury,

wówczas program FX ChemStruct b

ę

dzie próbował interpretowa

ć

go jako pierwiastki i sformatuje

wynik w poni

ż

szy sposób:

Wyst

ę

puj

ą

tu wap

ń

(Ca), tantal (Ta) oraz „l” (który nie mo

ż

e by

ć

przekształcony na pierwiastek),

itr (Y). siarka (S) oraz renegat „t”. Zapewne tego nie oczekiwali

ś

my ? Mo

ż

emy zmusi

ć

FX ChemStruct

aby pozostawił ten tekst bez zmiany przez otovczenie go cudzysłowami „Catalyst”. Uzyskamy wtedy
to czego oczekiwali

ś

my.

2.2.5. Klikanie na zwi

ą

zkach I

Formuła chemiczna jest dwuznaczna, a wi

ę

c gdy wprowadzamy struktur

ę

, istnieje cz

ę

sto wi

ę

cej ni

ż

jeden poprawny sposób jej wy

ś

wietlania. Jak przekaza

ć

do programu która wersja nas interesuje ?

W programie FX ChemStruct mo

ż

na zmienia

ć

„struktur

ę

” przez klikanie jej pierwiastków.

Przykładowo, gdy wpiszemy:

ch3chch3ch2chch3ch3

wówczas zobaczymy:

Ale chcemy uzyska

ć

:

Mamy pewien sposób aby program to zmienił. W celu uzyskania nowej wersji, wystarczy klikn

ąć

na

grupie CH aby otrzyma

ć

jej kolorow

ą

wersj

ę

po klikni

ę

ciu pierwiastka. FX ChemStruct b

ę

dzie

kolorował j

ą

na zielono, a wi

ę

c mo

ż

emy

ś

ledzi

ć

który pierwiastek został klikni

ę

ty.

Klikni

ę

cie pierwiastka przesuwa jego wi

ą

zania.

- 9 -

2.2.6. Klikanie na zwi

ą

zkach II

Klikanie pierwiastka przesuwa jego wi

ą

zania, ale gdy liczba wi

ą

za

ń

wzrasta, wówczas istnieje kilka

wariantów ich rozmieszczania.

Najcz

ęś

ciej chcemy skorzysta

ć

tylko z głównego rozmieszczenia atomów i FX ChemStruct zmienia je

cyklicznie te główne rozmieszczenia w miar

ę

klikania pierwiastka.

Czasem chcemy mie

ć

dost

ę

p do mniej popularnych rozmieszcze

ń

. Gdy przytrzymamy klawisz Shift

przy klikni

ę

ciu, wówczas FX ChemStruct b

ę

dzie cyklicznie przechodził przez wszystkie mo

ż

liwe

rozmieszczenia.

Przykłady:

ch3chclchclch3

Gdy klikniemy na drugiej grupie CH, b

ę

dziemy mogli zmienia

ć

dwie wersje tej cz

ą

steczki.

Gdy b

ę

dziemy klikali z klawiszem Shift, wówczas mo

ż

emy uzyska

ć

poni

ż

sze wersje:

2.2.7. Obracanie i odbijanie

Wszystkie struktury mo

ż

na obraca

ć

i odbija

ć

.

Te cztery przyciski s

ą

aktywne tylko dla ostatnio klikni

ę

tego zwi

ą

zku. Gdy nic nie jest klikni

ę

te, działaj

ą

tylko na pierwszy zwi

ą

zek.

Pierwsze dwa przyciski obracaj

ą

struktur

ę

z przyrostem co 15

°

w wybranym kierunku.

Ostatnie dwa przyciski tworz

ą

odbicie lustrzane struktury w pionie lub w poziomie.

- 10 -

2.2.8. Anulowanie obracania i odbijania

Czasem klikniemy, obracamy lub odbijamy diagram i chcemy rozpocz

ąć

od nowa. W tym celu

wystarczy klikn

ąć

przycisk gumki aby cofn

ąć

wszystkie modyfikacje.

2.2.9. Izomery

Klikni

ę

cie atomu w strukturze tworzy ró

ż

ne izomery, np.

ch3chchch3

Uzyskujemy cis-2-buten. Jedno dodatkowe klikni

ę

cie tworzy trans-2 buten

To samo odnosi si

ę

do zwi

ą

zków benzenowych.

bzno2no2

Para, meta i orto dwunitrobenzen

2.2.10. Strzałki

Strzałki reakcji chemicznych pojawiaj

ą

si

ę

w wielu równaniach i trzeba pami

ę

ta

ć

kody niezb

ę

dne do

ich tworzenia.

Program FX ChemStruct korzysta z takich samych kodów i metod jak FX Chem.

=>

Tworzy pojedyncz

ą

strzałk

ę

<>

Tworzy podwójn

ą

strzałk

ę

=”na górze”>

Dodaje komunikat nad strzałk

ą

=,”pod spodem”>

Przecinek dodaje komunikat pod strzałk

ą

- 11 -

Gdy nie doł

ą

czymy cudzysłowów, program FX ChemStruct b

ę

dzie interpretował tekst nad lub pod

strzałkami jako równanie chemiczne, a nie jak struktur

ę

chemiczn

ą

.

2.2.11. Spacje

Spacje mo

ż

na stosowa

ć

mi

ę

dzy zwi

ą

zkami do tworzenia odst

ę

pów je

ś

li jest to konieczne. Spacja

w zwi

ą

zku rozrywa go na dwie osobne cz

ęś

ci. FX ChemStruct nie próbuje doł

ą

cza

ć

drugiej cz

ęś

ci do

pierwszej. Cz

ę

sto oznacza to,

ż

e to co wpisali

ś

my nie ma

ż

adnego sensu.

ch3cooh

ch3c ooh

Spacje s

ą

cz

ę

sto konieczne w zwi

ą

zkach jonowych.

caso4

ca so4

2.2.12. Rodniki R i R’

FX ChemStruct obsługuje korzystanie z rodników R i R’ w strukturach chemicznych, np.

rcor'

- 12 -

2.2.13. Jon nitroniowy

Mo

ż

na wprowadza

ć

jon nitroniowy (NO2+) wpisuj

ą

c:

ono

Uwaga:

Jest to tymczasowe rozwi

ą

zanie problemu.

2.2.14. Wprowadzanie informacji fazowej

Program FX ChemStruct akceptuje informacje fazowe w taki sam sposób jak FX Chem, np.

ch3cooh(aq)

2.2.15. Ładunki

Program FX ChemStruct automatycznie oblicza ładunki pierwiastków i jonów.

Gdy chcemy nadpisa

ć

ładunek swoj

ą

własn

ą

warto

ś

ci

ą

, wystarczy wpisa

ć

ładunek za jonem.

Główne tego zastosowanie ma miejsce w jonach metalicznych maj

ą

ce ró

ż

ne poziomy utlenienia.

Mo

ż

liwo

ść

ta pozwala na tworzenie naładowanych struktur, które mog

ą

by

ć

niepoprawne, np.

so43+

fe

fe3+

- 13 -

2.2.1.6. Zwi

ą

zki jonowe

W celu utworzenia zwi

ą

zków jonowych, trzeba doda

ć

spacj

ę

mi

ę

dzy kationem i anionem. Zapobiega

to przed prób

ą

wi

ą

zania tych dwóch cz

ęś

ci ze sob

ą

i pokazuje jawnie ładunki ka

ż

dego jonu, np.

fe so3

feso3

2.2.17. Jony wieloatomowe

Wi

ę

kszo

ść

jonów wieloatomowych jest rozpoznawana przez FX ChemStruct, ale trzeba otoczy

ć

jon

spacjami aby program nie próbował ł

ą

czy

ć

jonów z inn

ą

struktur

ą

,

2.2.18. Struktury pier

ś

cieniowe

W FX ChemStruct Istnieje ograniczone wspomaganie struktur pier

ś

cieniowych. Program mo

ż

e

obsługiwa

ć

automatycznie struktury pier

ś

cieniowe, ale ma to do

ść

ograniczon

ą

funkcjonalno

ść

, bo

u

ż

ytkownik musi z góry wskaza

ć

pier

ś

cie

ń

.

Mo

ż

na wł

ą

czy

ć

lub wył

ą

czy

ć

automatyczne rozpoznawanie struktur pier

ś

cieniowych za pomoc

ą

okienka dialogowego Tools | Options | Structures zaznaczaj

ą

c opcj

ę

Automatically Detect Rings.

Automatyczne rozpoznawanie

Gdy opcja ta jest wł

ą

czona, program FX ChemStruct szuka wprowadzonych pierwiastków, które mog

ą

tworzy

ć

pier

ś

cie

ń

. Gdy jest to mo

ż

liwe, wówczas program ł

ą

czy je w pier

ś

cie

ń

. Automatyczne

rozpoznawanie jest bardzo ograniczone i najlepiej działa na glownych pier

ś

cieniach benzenowych, np.

ch2ch2ch2

ch2ch2ch2ch2ch2

- 14 -

ch2ch2ch2chchch2

Wskazanie jawne

Gdy automatyczne rozpoznawanie nie jest wł

ą

czone, wówczas trzeba z góry wskaza

ć

struktury

pier

ś

cieniowe. W tym celu nale

ż

y otoczy

ć

pierwiastki struktury pier

ś

cieniowej nawiasami klamrowymi,

a program spróbuje je uformowa

ć

w pier

ś

cie

ń

, np.

{chchch2}

{chchch}coch3

{cchnchnh}ch2chnh2cooh

Jawne wskazanie pier

ś

cieni pozwala na rysowanie wi

ę

kszej liczby struktur, ale trzeba podkre

ś

li

ć

,

ż

e nie wszystkie struktury mo

ż

na wprowadza

ć

w ten sposób.

2.2.19. Zapobieganie tworzeniu wi

ą

za

ń

Program FX ChemStruct korzysta ze zło

ż

onego algorytmu do sprawdzania gdzie nast

ę

pny pierwiastek

ma by

ć

doł

ą

czany do istniej

ą

cej struktury. Czasem to mo

ż

e stwarza

ć

problemy gdy chcemy zapobiec

tworzeniu wi

ą

za

ń

, np.

- 15 -

EDTA

Wyobra

ź

my sobie,

ż

e chcemy wprowadzi

ć

t

ą

struktur

ę

do FX ChemStruct. Mo

ż

emy zacz

ąć

od

jednego z azotów i przesun

ąć

jedno z jego ramion.

*

Jak dot

ą

d wszytko jest w porz

ą

dku. Teraz próbujemy zacz

ąć

od innego ramienia – dopisanie C

ko

ń

czy si

ę

niepowodzeniem.

nch2cooc

Program FX ChemStruct nie ma sposobu rozpoznania czy sko

ń

czyli

ś

my pierwsze rami

ę

i doł

ą

czy

ć

C

do pozostałych wi

ą

za

ń

. Potrzebujemy sposobu przekazania programowi aby si

ę

tu zatrzymał.

Mo

ż

emy to wykona

ć

korzystaj

ą

c z klawisza *.

nch2coo*c

- 16 -

Klawisz * chroni C przed wi

ą

zaniem z O, a wi

ę

c program wi

ąż

e C z nast

ę

pnym N.

W celu wprowadzenia EDTA mo

ż

emy wpisa

ć

:

nch2ch2nch2coo*ch2coo*ch2coo*ch2coo* lub nch2ch2n(ch2coo*)4

Uwaga:

Istnieje jeszcze inne sposoby wprowadzania EDTA, ale ka

ż

dy z nich wymaga stosowania klawisza *.

2.2.20. Stopnie

Mo

ż

na wprowadza

ć

znak stopni (np. 24

°

) korzystaj

ą

c z klawisza `. Jest to mały indeks górny i mo

ż

na

go zwykle znale

źć

w lewym górnym rogu klawiatury obok klawisza 1 i pod znakiem tyldy ~. Znak ten

jest automatycznie zast

ę

powany symbolem stopnia

°°°°

.

Ta sama konwencja jest stosowana w programie FX PhysEquate.

2.3. Opcje wy

ś

wietlania

Program FX ChemStruct ma kilka opcji wy

ś

wietlania, które pozwalaj

ą

na konstruowanie struktur

dokładnie tak jak chcemy je ogl

ą

da

ć

.

Opcje te s

ą

dost

ę

pne w pasku narz

ę

dzi wy

ś

wietlania.

2.3.1. Ukrywanie wi

ą

za

ń

?-H

Pierwsze dwa przyciski w pasku narz

ę

dzi wy

ś

wietlania pozwalaj

ą

na wybór czy wy

ś

wietla

ć

, czy

ukrywa

ć

wi

ą

zania ?-H. Przykładowo, gdy wpiszemy:

ch3chch2ch3ch2ch3

uzyskamy:

2.3.2. Wy

ś

wietlanie ładunków

Program FX ChemStruct oblicza ładunek ka

ż

dej wprowadzonej struktury i wy

ś

wietla go w jednym

z trzech sposobów – bez ładunku, z ładunkiem na ka

ż

dym atomie lub ł

ą

czny ładunek jonu.

- 17 -

Przykładowo:

so4

Podkre

ś

la si

ę

,

ż

e gdy nadpisujemy ładunek i wprowadzamy własny, wówczas FX ChemStruct

wy

ś

wietla ł

ą

czny ładunek bez wzgl

ę

du na inne ustawienia.

2.3.3. Zwi

ą

zki bez wi

ą

za

ń

Czasem zachodzi potrzeba wy

ś

wietlania zwi

ą

zków, jonów lub struktur bez wy

ś

wietlania

ż

adnych

wi

ą

za

ń

lub elektronów. W ten sposób mo

ż

na konstruowa

ć

zadania dla studentów.

Istniej

ą

dwa sposoby wy

ś

wietlania zwi

ą

zków bez wi

ą

za

ń

– zezwolenie na wy

ś

wietlania niezwi

ą

zanych

pary elektronów lub zakaz wy

ś

wietlania niezwi

ą

zanych par elektronów, np.

ch3cooh

`

Zezwolenie

Zakaz

2.3.4. Zezwolenie na pary elektronowe

Program FX ChemStruct zezwala na wy

ś

wietlanie niezwi

ą

zanych par elektronów w pokazywanej

strukturze.

Mo

ż

na wybra

ć

czy lub nie chcemy wy

ś

wietla

ć

niezwi

ą

zany pary, np.

h2o

Zezwolenie

Zezwolenie ale

Zezwolenie

bez wy

ś

wietlania

z wy

ś

wietlaniem

- 18 -

2.3.5. Wy

ś

wietlanie wszystkich elektronów

Program FX ChemStruct mo

ż

4e wy

ś

wietla

ć

wszystkie elektrony w strukturze. Wystarczy w tym celu

klikn

ąć

ostatni przycisk w pasku narz

ę

dzi, bp.

ch3cohnh

2.4. Przykłady

2.4.1. Struktury rezonansowe

Niezb

ę

dne struktury rezonansowe trzeba wprowadza

ć

dwukrotnie (lub raz dla ka

ż

dego mo

ż

liwego

rozmieszczenia), a nast

ę

pnie struktury mo

ż

na odbija

ć

lub klika

ć

w celu uzyskania wymaganych

struktur rezonansowych.

Przykłady:

Ozon

Wpisujemy:

o3 <> o3

Nast

ę

pnie klikamy centralny atom tlenu drugiej cz

ą

steczki ozonu.

Jon azotanowy

Wpisujemy:

no3 <> no3 <> no3

Nast

ę

pnie klikamy centralny atom drugiego jonu i obracamy trzeci jon

- 19 -

2.4.2. W

ę

glowodany

Wi

ę

kszo

ść

w

ę

glowodorów wymaga klikania na atomie centralnym.

Przykłady:

Glukoza

ch2ohchohchohchohchohcoh

Trzeba klikn

ąć

zielony C na poni

ż

szym diagramie.

Fruktoza

ch2ohchohchohchohcoch2oh

2.4.3. EDTA

EDTA wymaga skorzystania z klawisza * w celu zapobiegania wi

ą

zaniu.

nch2ch2nch2coo*ch2coo*ch2coo*ch2coo*

- 20 -

2.5. Edycja struktur

Gdy chcemy pó

ź

niej edytowa

ć

równanie wstawione do procesora tekstu (np. Word), wystarczy je

podwójnie klikn

ąć

, co powoduje powrót do FX ChemStruct. Tu mo

ż

na wprowadzi

ć

niezb

ę

dne zmiany

po czym klikn

ąć

poza równaniem gdy uznamy te zmiany za zadowalaj

ą

ce

1

.

2.6. Zmiana Co(NO3)2 na CO(NO3)2

Jedn

ą

z najbardziej przydatnych mo

ż

liwo

ś

ci programu FX ChemStruct jest jego zdolno

ść

do

kapitalizowania pierwiastków. Zaoszcz

ę

dza to wiele czasu przy wprowadzaniu równa

ń

. Niektóre

pierwiastki stwarzaj

ą

jednak problemy. Przykładowo, gdy wpiszemy co, wówczas program ZAWSZE

interpretuje to jako tlenek w

ę

gla i zmienia na CO. Jest to oczywiste i taka interpretacja jest zawsze

poprawna. Jednak je

ś

li chcemy wprowadzi

ć

kobalt Co, wówczas trzeba to wpisa

ć

poprawnie jako Co,

a program pozostawi to bez zmiany. Inaczej mówi

ą

c, je

ś

li nasz zwi

ą

zek zawiera TYLKO małe litery,

wówczas FX ChemStruct b

ę

dzie je kapitalizował wybieraj

ą

c najlepszy wariant. Jednak gdy program

znajdzie du

ż

e litery w zwi

ą

zku, wówczas pozostawi je jak zostały wpisane. W ten sposób zawsze

uzyskamy wymagany wynik.

2.7 Zmiana struktur

2.7.1. Narz

ę

dzia / Czcionki

Gdy tworzymy struktur

ę

, mo

ż

emy klikn

ąć

przycisk

w pasku narz

ę

dzi lub przej

ść

do menu

Tools | Font aby otworzy

ć

poni

ż

sze okienko dialogowe:

Mo

ż

na w nim zmieni

ć

krój czcionki, styl, rozmiar i kolor czcionki u

ż

ywanej do rysowania struktur.

Rozmiar czcionki determinuje wielko

ść

pierwiastków w strukturze.

Wszystkie inne rozmiary s

ą

do niej proporcjonalne.

1

Możliwość ta jest dostępna tylko wtedy, gdy podczas instalacji FX ChemStruct zezwolimy na integrację

programu z MS Word lub innymi aplikacjami MS Office.

- 21 -

2.7.2. Narz

ę

dzia / Opcje / Równania

Przy tworzeniu równania, mo

ż

emy klikn

ąć

przycisk

w pasku narz

ę

dzi lub przej

ść

do menu

Tools | Options | Equations aby otworzy

ć

poni

ż

sze okienko dialogowe:

Korzystaj

ą

c z niego mo

ż

na zmienia

ć

poziom i wzgl

ę

dny rozmiar ro

ż

nych składników równa

ń

.

Dzi

ę

ki temu mamy pełn

ą

kontrol

ę

nad tym co wykonujemy.

Warto wypróbowa

ć

przesuwanie suwaków i sprawdza

ć

optycznie przykładowe równanie na górze

w polu podgl

ą

du. Pokazuje ono bie

żą

ce zmiany ustawie

ń

Sekcja Equilibrium Arrow Type pozwala na wybieranie mi

ę

dzy czterema ró

ż

nymi sposobami

rysowania strzał równowagi. Mo

ż

na tu wybra

ć

najlepszy sposób dostosowany do lokalnej konwencji.

Przykładowe równanie na górze w polu podgl

ą

du odzwierciedla wygl

ą

d wybranej opcji.

Strzałki reakcji s

ą

automatycznie skalowane w dostosowaniu do tekstu znajduj

ą

cego si

ę

nad i pod

strzałk

ą

.

Gdy nie ma tekstu, strzałki przybieraj

ą

minimalny rozmiar.

Mo

ż

na ustawia

ć

domy

ś

ln

ą

wielko

ść

tego minimum za pomoc

ą

suwaka Default Arrow Width.

Zaznaczenie pola Italicize Phase determinuje czy FX ChemStruct b

ę

dzie zmieniał czcionki na

kursyw

ę

w informacji fazowej.

Przycisk Reset od

ś

wie

ż

a wszystkie opcje przywracaj

ą

c je do oryginalnych ustawie

ń

fabrycznych.

Przycisk Set as Default zapisuje aktualne ustawienia jako domy

ś

lne do korzystania z nich

w nast

ę

pnych strukturach.

2.7.3. Narz

ę

dzia / Opcje / Struktury

Przy tworzeniu struktury, mo

ż

emy klikn

ąć

przycisk

w pasku narz

ę

dzi lub przej

ść

do menu

Tools | Options | Strucrures aby otworzy

ć

poni

ż

sze okienko dialogowe:

- 22 -

Powy

ż

sze okienko dialogowe pozwala sterowanie na w jaki sposób FX ChemStruct b

ę

dzie rysował

struktury.

Line Thickness – Ta rozwijalna lista ustawia grubo

ść

linii stosowanej do rysowania wi

ą

za

ń

. Rozmiar

ten wyra

ż

any jest w punktach (1 punkt = 1/72 cala = 0,35277755 mm).

Sizes – Sekcja ta pozwala na sterowanie rozmiarem ró

ż

nych składników struktury.

•

Structural Bonds / Other Bonds – Wi

ę

kszo

ść

wi

ą

za

ń

za wyj

ą

tkiem wi

ą

za

ń

?-H. Skrócenie

długo

ś

ci wi

ą

za

ń

wodorowych tworzy lepszy wynik cało

ś

ci. W tym przykładzie. Wi

ę

kszo

ść

wi

ą

za

ń

wynosi 7 mm, a wi

ą

zania wodorowe wynosz

ą

2 mm. Warto zwróci

ć

uwag

ę

,

ż

e ró

ż

nica

tych długo

ś

ci nie ma chemicznego znaczenia, jest to tylko ustawienie wy

ś

wietlania.

•

Benzene – Determinuje długo

ść

boku pier

ś

cienia benzenowego

•

Spacing – Steruje dodatkowym odst

ę

pem dodawanym automatycznie mi

ę

dzy strukturami

i innymi składnikami (w tym przykładzie jest to znak +). Mo

ż

na zawsze dodawa

ć

dalsze spacje

korzystaj

ą

c z tego suwaka.

•

Dot Size – Determinuje rozmiar kropki elektronu.

Use ph fo Phenol – Domy

ś

lnie, program FX ChemStruct pozwala na korzystanie ze skrótu ph

(do wprowadzania fenolu lub benzenu), ale mo

ż

e to by

ć

mylone z fosforem (P) i wodorem (H).

Mo

ż

na usun

ą

c zaznaczenia tego pola je

ś

li tego zechcemy.

Automatically Setect Rings – Korzystaj

ą

c z tego pola mo

ż

na wymusi

ć

aby FX ChemStruct

automatycznie wykrywał struktury pier

ś

cieniowe lub nie zaznacza

ć

go i samodzielnie deklarowa

ć

pier

ś

cienie za pomoc

ą

nawiasów klamrowych.

Show Arrow Chrage on Coordinate Bonds – Wybór wy

ś

wietlania lub ukrywania strzałek i/lub

ładunków wi

ą

za

ń

współrz

ę

dnych.

Benzene Style – Wybór wy

ś

wietlania pier

ś

cieni benzenowych z kołem aromatycznym lub liniami

podwójnych wi

ą

za

ń

.

Set as Default – Przycisk ten zapisuje aktualne ustawienia jako domy

ś

lne do korzystania z nich

w nast

ę

pnych strukturach.

- 23 -

2.8. Moje struktury nie s

ą

poprawnie formatowane !

Program FX ChemStruct próbuje jak najlepiej interpretowa

ć

w logiczny sposób to co u

ż

ytkownik

wprowadza w polu edycji. W 99 % jest to poprawne. Pozostały 1 % mo

ż

e mie

ć

inne znaczenie.

Chemia jest nauk

ą

wyj

ą

tków i nasza struktura mo

ż

e zawiera

ć

co

ś

, czego FX ChemStruct jeszcze nie

zna. Gdy poinformujecie nas o strukturze jak

ą

FX ChemStruct nie przetwarza poprawnie, podejmiemy

starania aby program j

ą

rozpoznawał.