2. budowa i funkcja DNA i RNA

DNA- biopolimer zbudowany z nukleotydów.Nukleotydy zbudowane są z:

deoksyrybozy(estryfikowana grupa hydroksylowa 5’ resztą fosforanową), pierwszy atom C połączony wiązaniem N-glikozydowym z jedną z czterech zasad azotowych(A,T,G,C)

-antyrównoległe ułożenie nici, reszty cukrowe i fosorowe połączone wiązaniem fosfodiestrowym znajdującym się na zewnątrz helisy, zasady połączone wiązaniami wodorowymi

RNA – zbudowane z rybonukleotydów połączonych wiązaniem fosfodiestrowym

3. Zastosowanie diagnostyczne PCR

4. Czy z surowicy/lub krwi pobranej na skrzep można pobrać materiał do badania polimorfizmu?

nie można ponieważ nie znajdują się w niej żadne krwinki

5. Czy można pobrać krew na heparynę do PCR?

nie, ponieważ hamuję amplifikację DNA

6. co to jest starter z czego jest zbudowany?

odcinek RNA dołączony do DNA przez prymaze w trakcie replikacji, dł 11+/-1 nukleotyd(w pcr ok 20)

7. dNTP

trifosforan deoksynukleotydu

8. ekspresja genu –transkrypcja

9. jak zbadać ekspresję genu

za pomocą RT-PCR

10. dlaczego starter zbudowany jest z 20 nukleotydów anie np. z 5

bo jest wtedy bardziej specyficzny do fragmentu z którym ma się docelowo połączyć

11. ostatnia nagroda Nobla z chemii

2009 – badania nad strukturą i funkcją rybosomu

2006 – badania nad transkrypcją u Eucariota

2011 – kwazikryształy

12. Podział wirusów oznaczanych w PCR

DNA, RNA, Retro wirusy( HCV B,C ; HIV)

13. Do badania DNA włos musi zawierać cebulkę

14. skład mieszaniny do PCR

-matryca DNA lub RNA

-dNTP

-bufor

-termostabilna polimeraza np.Taq (izolowana z bakterii Thermus Aquaticus)

-primery

15. RNA w RT-PCR jako matryca oraz w każdej innej jako primery

16. po co starter?

bo polimeraza DNA potrafi dołączać nukleotydy wyłącznie do wolnego końca 3’

17. Taq (izolowana z bakterii Thermus Aquaticus)

Pwo (izolowana z archeona Pyrococcus woesii)

Pfu (izolowana z Pyrococcus furiosus)

Vent (izolowana z Thermococcus literalis)

18. Metody wykrywania mutacji punktowych –LCR, PCR RFLP, PCR SSCP, PCR HD

19. PCR SSCP(polimorfizm konformacji pojedynczej nici)

-w czasie PCR dbamy aby jednoniciowe DNA nie renaturowały

-nanosimy je na żel polakrylamidowy

-elektroforeza, wybarwienie

- w przypadku mutacji inny obraz prążków

20. Polimorfizm>1% częstości występowania w populacji>mutacja

21. Pobieranie krwi na badanie polimorfizmu

- może być na skrzep

22. Metody przesiewowe – czy jest mutacja a nie jaka

23. materiały do badań pobieramy z:

krew obwodowa, komórki płynu owodniowego i kosmówki, hodowle fibroblastów, komórki nabłonka, cebulki włosowe; rzadziej: plamy krwi, nasienia, fragmenty tkanek pobrane metodą biopsji cienkoigłowej, szpik kostny