Przeciwciała, biotechnologia Sem 5 Olsztyn, III rok, III rok BARDZO DOBRE !!!!


Przeciwciała.

Cząsteczka przeciwciała składa się z dwóch lekkich i dwóch ciężkich łańcuchów polipeptydowych. Geny kodujące łańcuchy lekkie i ciężkie znajdują się na różnych chromosomach i posiadają własne mechanizmy generowania zmienności. Na N-końcach wszystkich łańcuchów znajdują się tzw. regiony zmienne,(oznaczane VL i VH odpowiednio dla łańcucha lekkiego i ciężkiego) odpowiedzialne za utworzenie miejsca rozpoznającego antygen. W obrębie regionu zmiennego większość zmienności, zarówno w wypadku łańcucha ciężkiego jak i lekkiego, koncentruje się w trzech regionach zwanych CDR1-3(complementarity determinning regions - regiony określające komplementarność). Pozostałe fragmenty sekwencji(tzw. zrąb, framework) mogą posłużyć do pogrupowania regionów zmiennych na podstawie ich podobieństwa lub nawet identyczności. C-końcowe części łańcuchów to regiony stałe, oznaczane CL i CH odpowiednio dla łańcucha lekkiego i ciężkiego

Istotnym w kontekście niniejszego artykułu jest zagadnienie źródła zmienności przeciwciał. Pierwszym czynnikiem determinującym tą zmienność jest ilość genów kodujących przeciwciała. Łańcuch lekki jest kodowany do 95 aminokwasu przez segment genów V, zawierający 35 potencjalnie funkcjonalnych genów(geny te są używane alternatywnie), dalsza część regionu zmiennego kodowana jest przez segment 5 genów J. Dla porównania, część stała łańcucha kodowana jest tylko przez jeden gen. W wypadku łańcucha również występuje zestaw genów V, ale każdemu z siedmiu genów C, kodujących część stałą łańcucha towarzyszy jeden gen J.

Wśród genów kodujących część zmienną łańcuchów ciężkich pomiędzy segmentami V i J występuje dodatkowy segment genów D, bardzo zróżnicowany pod względem liczby kodonów i sekwencji par zasad. Większa liczba genów D może się łączyć wydłużając kodowany fragment, dodatkowo geny te mogą być sczytywane w trzech ramkach odczytu bez generowania kodonu stop. U człowieka odkryto 30 genów D i kilkadziesiąt genów V. Rekombinacja segmentów VDJ decyduje o zmienności regionu CDR-3.

Rekombinacja genów pochodzących z kolejnych segmentów zachodzi w sposób przypadkowy, co samo w sobie jest źródłem zmienności, a dodatkowo nie jest ściśle zachowana długość łączonych genów, tzn. w łańcuchu lekkim aminokwas 96 jest kodowany przez kodon powstały z przypadkowego połączenia nukleotydów regionów V i J , natomiast w łańcuchy ciężkim zjawisko to może dotyczyć aż 10 nukleotydów na pograniczu pomiędzy genami D i J. Co więcej, enzym zwany końcową deoksynukleotydylotransferazą może dodawać w trakcie rekombinacji do końców -N regionów dodatkowe, przypadkowe nukleotydy bez obecności matrycy.

Ogromnie istotne jest nieustanne pojawianie się mutacji somatycznych w omawianych genach już po zakończeniu rekombinacji, co dodatkowo różnicuje przeciwciała. Zasadniczo źródłem zmienności CDR-1 są mutacje somatyczne, zmienność CDR-2 jest kodowana genomowo, a zmienność CDR-3 powstaje w wyniku rekombinancji. Być może u człowieka, podobnie jak u pewnych ssaków, występuje dodatkowo zjawisko konwersji genowej, polegające na wbudowywaniu się pseudogenów w regiony V i J. Potencjał repertuaru przeciwciał jest ogromny i przekracza o kilka rzędów wielkości liczbę limfocytów B powstających w życiu osobniczym.

Ponieważ za specyficzność przeciwciała odpowiadają głównie regiony zmienne, a z drugiej strony takie ważne zjawiska jak wydajna ekspresja, poprawne fałdowanie i ekspozycja cząsteczki są silnie ograniczane przez wielkość cząsteczki, to we wszelkich eksperymentach selekcyjnych in vitro pracuje się tylko na fragmentach cząsteczki przeciwciała. Dobór i skonstruowanie takich fragmentów nie jest zadaniem łatwym ani nie pozostaje bez wpływu na wyniki selekcji. Dwa najczęściej stosowane rodzaje fragmentów przeciwciał to fragment Fab, gdzie wykorzystywane są tylko domeny zmienne i pierwsze domeny stałe łańcuchów ciężkiego i lekkiego, i fragment scFv, gdzie wykorzystywane są tylko domeny zmienne łańcucha lekkiego i ciężkiego połączone polilinkerem. Polilinker jest niezbędny dla zapewnienia trwałości połączenia obu domen, podczas asocjacji których nie powstaje żadne wiązanie kowalencyjne, w takim przypadku mamy do czynienia z nietrwałym fragmentem Fv. Nie brak prób wprowadzenia bardziej rozbudowanych fragmentów przeciwciał do arsenału metod selekcji, takich jak diabodies czy triabodies.

Inne niż przeciwciała cząsteczki stosowane do selekcji elementów polipeptydowych o dużym powinowactwie nazywane są protein scaffolds (engineered scaffolds). Dobierane są one pod względem rozmiaru, stabilności i łatwości produkcji. Najczęściej stosowane są domeny fibronektyny typu trzeciego i syntetyczna ankiryna, ale wciąż trwają poszukiwania innych domen białkowych mogących służyć za rusztowanie dla selekcjonowanych polipeptydów.

Rodzina receptorów Toll

Każdy żywy organizm, aby utrzymać integralność i równowagę wewnętrzną, musi posiadać zdolność do rozpoznawania i unieszkodliwiania substancji stanowiących zagrożenie. Aby skutecznie móc pełnić tę funkcję, ewolucja zaopatrzyła nas w grupę białek odpowiedzialnych za rozpoznanie niebezpieczeństwa. Czytelnik z pewnością pomyśli w pierwszej kolejności o przeciwciałach. Przeciwciała to bardzo precyzyjna broń, ale w pierwszych etapach infekcji po prostu niedostępna. Powód jest prosty: zbyt dużo czasu (co najmniej kilka dni) zajmuje proliferacja limfocytów i synteza odpowiednich przeciwciał. Pod względem szybkości reakcji znacznie bardziej skuteczne są komórki dendrytyczne, tuczne i makrofagi. To one zostały zaopatrzone w broń "pierwszego kontaktu" pozwalającą na natychmiastowe rozpoczęcie działań obronnych i w wielu przypadkach na opanowanie infekcji bez angażowania limfocytów. Tą bronią są receptory należące do rodziny białek Toll. Rozpoznają one wzorce molekularne charakterystyczne dla określonego rodzaju patogenu (ang. Pathogen-Associated Molecular Patterns, PAMP) [1]. Przykładami PAMPs są lipopolisacharyd (LPS) występujący w błonie zewnętrznej bakterii gram-ujemnych, dwuniciowy RNA wirusów, niemetylowane wyspy CpG w DNA bakterii, wirusów i pierwotniaków, itd. Rozpoznanie takich molekularnych wzorców to sygnał do rozpoczęcia obrony.

Krótka historia odkrycia rodziny receptorów Toll

Przygoda z receptorami Toll rozpoczęła się w latach 80-tych, kiedy odkryto szereg genów i białek biorących udział w kształtowaniu osi grzbietowo-brzusznej embrionu Drosophila melanogaster. Jedno z tych białek, będące receptorem, nazwano Toll [2]. Przez długi czas wydawało się, że pełni ono rolę tylko w procesach rozwojowych. W 1996 roku ukazał się w czasopiśmie "Cell" artykuł stwierdzający znaczącą rolę receptora Toll w odpowiedzi przeciwgrzybiczej dorosłego osobnika [3]. Po tym odkryciu w 1997 roku zidentyfikowano ludzki gen będący homologiem genu kodującego białko Toll muszki owocowej. Ze względu na swoje podobieństwo do Toll, białko to nazwano Toll-like 4 (TLR4) [4,5]. Artykuł ukazał się w "Nature" i był przełomem w badaniach nad tymi receptorami oraz odpornością wrodzoną. Od tego momentu nasza wiedza na temat tych bardzo interesujących białek szybko zaczęła się powiększać.

Przedstawiciele rodziny receptorów Toll

Białka te zostały zgrupowane w jedną rodzinę ze względu na ich molekularną budowę. Należy podkreślić zaskakująco wysoką ewolucyjną konserwatywność tych receptorów. Białka o podobnej strukturze odnaleziono w wielu organizmach, począwszy od prostych do bardzo złożonych. Domeny charakterystyczne dla Toll pojawiają się również w innych rodzinach białek np. receptorów dla Interleukiny-1. Bardzo podobną budowę mają niektóre białka roślin (posiadają domeny LRR i TIR!), na przykład DRgN (ang. disease-resistance gene N) [6]. Ze względu na szerokie występowanie tych samych konserwatywnych fragmentów o istotnych funkcjach stworzono superrodzinę, do której należą również receptory Toll [7]. Wśród bezkręgowców, organizmem o najlepiej poznanej budowie i funkcjach receptorów Toll jest Drosophila melanogaster. W genomie muszki owocowej zidentyfikowano do tej pory 9 genów kodujących białka należące do rodziny Toll (nazwano je numerując kolejno Toll1, Toll2, itd.). Wszystkie te receptory biorą udział w rozwoju embrionalnym muszki, natomiast (oprócz receptora Toll1) nie udało się udowodnić, że pełnią również rolę w obronie organizmu przed patogenami. Białka te występują u wszystkich owadów, które pod tym względem przebadano. Przykładowo, 10 genów odkryto w genomie Anopheles gambiae'Caenorhabditis elegans posiada w swoim genomie tylko jeden gen tol-1 [10], będący homologiem receptora Toll. Białko TOL-1 pojawia się głównie w układzie nerwowym, a C. elegans charakteryzuje się specyficznym zachowaniem. Potrafi unikać bakterii, które są dla niego niebezpieczne np. Serratia marcescens. To pozwala przypuszczać, że być może białko to pełni rolę w kontroli zachowania organizmu w sytuacji zagrożenia. Byłaby to więc obrona przez odpowiednią reakcję całego ciała, a nie, jak to jest u większości organizmów, obrona prowadzona przez wyspecjalizowane komórki już po wtargnięciu obcej substancji do wnętrza ciała [11,12]. Receptory należące do rodziny białek Toll pojawiają się również u kręgowców, ale w obrębie tej grupy nazywane są białkami Toll-podobnymi (ang. Toll-like receptors, TLR). Zidentyfikowano 11 funkcjonalnych genów kodujących receptory Toll-like u myszy i 10 genów u człowieka [13]. Ich nazwy utworzone zostały przez numerację kolejnych receptorów np. TLR1, TLR2 itd. Występowanie ich stwierdzono również u szczura, Xenopus laevis, Danio rerio i innych kręgowców. Przekonanie o znaczącej roli tych receptorów w układzie odpornościowym jest w przypadku kręgowców mocno ugruntowane. Intrygujący jest natomiast brak dowodów na ich udział w rozwoju embrionalnym (tylko u Xenopus laevis stwierdzono udział białka MyD88 związanego z receptorami Toll-like, co nie dowodzi jednak udziału samych receptorów [14]), odwrotnie niż to jest w przypadku Drosophila melanogaster.

Budowa

Rodzina receptorów Toll to transbłonowe białka posiadające dwie charakterystyczne domeny (rys. 1). Zewnątrzkomórkowa domena występującą na N-końcu receptora zawiera powtórzenia bogate w leucynę (ang. leucine-rich repeats, LRR), każde o długości 24 - 29 aminokwasów i zawierające motyw XXLXLXX. Domena ta charakteryzuje się również występowaniem jednego lub kilku regionów bogatych w cysteinę. Wewnętrzkomórkowa domena na C-końcu receptora o długości około 200 aminokwasów, nie posiadająca aktywności enzymatycznej, wykazuje duże podobieństwo do domeny wewnątrzkomórkowej występującej w receptorach dla Interleukiny-1, dlatego nadano jej nazwę Toll/IL-1R (TIR). Domena TIR jest bardzo starą ewolucyjnie domeną odpowiedzialną za interakcję białko - białko (rys. 2,3) [15,16].

Ligandy

Mimo wielu podobieństw, między receptorami Toll bezkręgowców a receptorami Toll-like kręgowców są również różnice, zwłaszcza w wiązanych przez nie rodzajach ligandów. Receptor Toll1 muszki owocowej wiąże białko Spätzle, pocięte wcześniej przez specyficzne proteazy aktywowane kaskadowo przez obce ciała. Receptor ten nie jest więc aktywowany bezpośrednio przez obce cząsteczki, w przeciwieństwie do TLR kręgowców. Receptory Toll-like rozpoznają obecność charakterystycznych wzorców molecularnych patogenów. Na przykład TLR4 wraz z białkiem MD-2 (białko związane z rodziną receptorów Toll ze względu na podobną budowę), związanym z domeną zewnątrzkomórkową receptora, rozpoznaje LPS oraz ewolucyjnie konserwatywne związki pochodzenia endogennego: białka szoku cieplnego (HSP60, HSP70, HSP90 i HSPGp96) oraz fragmenty białek i proteoglikanów substancji międzykomórkowej. TLR5 wiąże białko flagellinę występujące w wiciach bakterii. Z kolei reakcja na dwuniciowy RNA wirusów jest zależna od receptora Toll-like 3, a niemetylowane motywy CpG-DNA wiążą się do TLR9. Nieznane są jeszcze naturalne ligandy dla receptorów TLR7, TLR8 i TLR10. TLR1 i TLR6 tworzą heterodimery z TLR2, w wyniku czego mogą rozpoznawać wiele różnych wzorców molekularnych. Heterodimer utworzony z TLR2 i TLR6 rozpoznaje lipopeptydy mykoplazm (zawierające dwie reszty kwasów tłuszczowych) i składniki ściany komórkowej drożdży (Zymosan). TLR2 wspólnie z TLR1 wiąże lipopeptydy bakteryjne (zawierające trzy reszty kwasów tłuszczowych). Receptor Toll-like 2 jest również niezbędny do rozpoznawania peptydoglikanu bakterii Gram-dodatnich, aczkolwiek nie jest jeszcze znany partner, który mógłby utworzyć z nim heterodimer o takiej specyficzności. Sugeruje się, że może być to receptor Toll-like 10 [20-22]. Rozpoznanie tych wzorców prowadzi do aktywacji receptora i w wyniku tego szeregu białek związanych z nim wewnątrz komórki, co prowadzi do przekazania sygnału do jądra komórkowego i ekspresji wielu różnych genów. Jedna z dróg przekazywania sygnału jest charakterystyczna dla wszystkich receptorów Toll-like i została najwcześniej poznana. Tę drogę nazwano zależną od białka MyD88 i ona będzie omawiana w dalszej części pracy [7,13,15,16]. Należy jednak podkreślić, że oprócz drogi zależnej od MyD88, konkretny receptor może przekazać swój specyficzny sygnał za pomocą odrębnych szlaków.

Mechanizm przekazywania sygnału

Po związaniu liganda do receptora Toll-like następuje kaskadowa aktywacja wielu białek, głównie kinaz serynowo-treoninowych. Dzieje się to za pośrednictwem białka adaptorowego MyD88 (ang. myeloid-differentiation marker) [7]. Schemat drogi przekazywania sygnału zależnej od białka MyD88 przedstawia rys. 4. Białko MyD88 jest niezbędne do zaistnienia reakcji zapalnej powstałej w wyniku aktywacji wszystkich receptorów Toll-like. Zbudowane jest ono z domeny TIR znajdującej się na C-końcu i domeny śmierci (ang. death domain, DD) występującej na końcu N. Wzajemne interakcje domen TIR receptora Toll-like i białka MyD88 oraz domen śmierci MyD88 i kinazy IRAK4 (ang. IL-1RI-associated protein kinases) indukują autofosforylację tego enzymu. IRAK4 jest przedstawicielką rodziny kinaz serynowo-treoninowych, do której należą cztery białka. IRAK4 po aktywacji fosforyluje przy okazji swoją kuzynkę - kinazę IRAK1. Równocześnie z aktywacją kinaz IRAK następuje rekrutacja do receptorowego kompleksu białka TRAF6, należącego do rodziny czynników związanych z receptorami dla czynnika nekrozy nowotworów (ang. tumor necrosis factor receptor-associated factor). Ufosforylowana kinaza IRAK1 wraz ze związanym z nią TRAF6 oddziela się od receptora, a następnie wiąże z kompleksem składającym się z kinazy TAK1 (ang. TGF-ß-activated kinase) oraz dwóch białek TAB1 i TAB2 (ang. TAK1-binding proteins). Nieaktywny kompleks pozostaje związany z błoną komórkową. Po przyłączeniu się białek IRAK1 i TRAF6 do kompleksu następuje jego uwolnienie z błony (oprócz IRAK1, która ulega degradacji). W cytoplazmie do kompleksu przyłączają się dwie ligazy Ubc13 i Uev1A katalizujące poliubikwitynację lizyny 63. Przyłączenie ubikwityn do TRAF6 aktywuje kinazę TAK1, która fosforyluje i aktywuje kompleks trzech podjednostek IKKs (ang. IkappaB kinases): dwóch podjednostek katalitycznych IKKalfa, IKKbeta i jednej podjednostki regulacyjnej NEMO/IKKgamma, oraz kinazę MKK6. Kompleks IKK fosforyluje białko rodziny inhibitorów NFkappaB - IkappaB, co powoduje jego rozpad i uwolnienie czynnika transkrypcyjnego NFkappaB, który teraz bez przeszkód może przedostać się do jądra [15,16,23]. Dodatkowo, kinaza MKK6 aktywuje kinazy JNK i p38, wszystkie należące do rodziny MAP kinaz (ang. mitogen activated protein), włączających następnie czynnik transkrypcyjny AP-1 [23]. Czynnik transkrypcyjny NFkappaB reguluje ekspresję wielu genów, m.in. aktywuje syntezę cytokin prozapalnych takich jak Interleukina 1, 6, 12, TNFalfa oraz chemokin (IL-8, RANTES i IP-10). Wzmaga także produkcję białek kompleksu zgodności tkankowej MHC oraz cząsteczek kostymulujących, takich jak CD40, CD80 i CD86. Poza tym reguluje ekspresję cykliny D1 i czynników antyapoptotycznych, co np. pozwala limfocytom rozpocząć proliferację i produkcję przeciwciał po stymulacji dodatkowymi czynnikami [21,23,24]. Transdukcja sygnału od receptora do jądra u muszki owocowej przebiega bardzo podobnie. Na każdym etapie tego procesu, białka występujące u ssaków posiadają swoje odpowiedniki u muszki owocowej, np. ssacze białko adaptorowe MyD88 ma swój homolog nazwany dMyD88. Podobnie, homologiem rodziny kinaz IRAK jest kinaza Pelle. Nawet czynnik transkrypcyjny DIF i jego inhibitor Cactus są homologami odpowiednio czynnika NFkappaB i IkappaB [8,9,11]. Sugeruje to, że szlak przekazywania sygnału przez receptory Toll został przetarty w dalekiej przeszłości i musi być niezwykle istotny, skoro ewolucja nie zmieniła go znacząco przez miliony lat.

Rodzina receptorów Toll to grupa białek pochodzących od wielu często odległych filogenetycznie gatunków, charakteryzująca się bardzo podobnym schematem budowy samych receptorów, jak i podobnym szlakiem przekazywania sygnału do wnętrza komórki. Wskazuje to na dużą konserwatywność ewolucyjną tych białek oraz na ich bardzo ważną funkcję w organizmie. Zarówno u muszki owocowej, jak i u człowieka są one elementem układu odpornościowego. Są niezbędne do zainicjowania odpowiedzi obronnej organizmu. Regulują pierwsze etapy tego procesu i decydują o wyborze drogi na jaką powinien wstąpić organizm w dalszych etapach obrony. Są również ważne podczas pierwszych etapów rozwoju, kontrolując tworzenie podstawowego planu budowy ciała. Pomimo ogromnego postępu, jaki dokonał się w ostatnich latach w badaniach receptorów Toll i Toll-like, wiele pytań pozostaje nadal bez odpowiedzi.

Białka ostrej fazy w reakcjach układu immunologicznego i diagnostyce chorób.

Pojęcie ostrej fazy wprowadzili w 1914 r. Abernethy i Avery. Opisali właściwości osocza gorączkującego chorego, które zawierało białka ostrej fazy.

Białka ostrej fazy to heterogenna grupa białek osocz, o niewielkich masach cząsteczkowych, których poziom zmienia się w przebiegu stanów zapalnych . Pełnią ważną role w odporności wrodzonej przeciwko mikroorganizmom ( szczególnie bakteriom i pierwotniakom ). Ograniczają uszkodzenia tkanek powodowane przez infekcje, urazy, nowotwory oraz inne choroby jak np. reumatoidalne zapalenie stawów. Cząsteczki uczestniczą także w samej naprawie tych tkanek. Poza tym ich poziom wzrasta także w przypadku procesów martwiczych takich jak oparzenia, czy zawał mięśnia sercowego.

Białka ostrej fazy to liczna grupa, w której znajdują się cząsteczki o różnorodnym działaniu.