Lista 4
Strategie
katalityczne
Strategie katalityczne:
Kataliza kowalencyjna [chymaza]
Kataliza z udziałem jonów metali
[anhydraza węglanowa]
Indukowane przybliżenie [kinaza
NMP]
Jedną z największych i najbardziej
rozpowszechnionych klas enzymów są
proteazy:
Proteazy serynowe
Proteazy cysteinowe
Proteazy aspartylowe
Metaloproteazy
Proteazy hydrolizują wiązanie
peptydowe
a także pokrewne wiązanie estrowe
Selektywne, nieodwracalne inhibitory proteaz
serynowych- pochodne estrów difenylowych kwasów 1-
AAF
H
N
R
P
O
O
O
Ph
Ph
OH- Ser- E
peptyd
H
N
P
R
O
O
O
O
Ph
Ph
Ser - E
peptyd
H
N
P
O
O
O
Ser - E
peptyd
H
N
P
R
O
O
O
Ser -E
HN
H
N
dziura oksyanionu
peptyd
R
Ph
37
38
39
40
Kataliza enzymatyczna na
przykładzie proteaz serynowych
Kataliza kowalencyjna :
Kataliza z udziałem jonów
metali:
Anhydraza węglanowa
Anhydraza węglanowa-
mechanizm działania
Histydynowe wahadło
protonowe
His 64 usuwa proton z cząsteczki wody
Bufor usuwa proton z His, regenerując w
ten sposób jej formę pozbawiona protonu
Karboksyptydaza A wymaga jonu cynku do
zaktywowania cząsteczki wody
Enzymy restrykcyjne- rozcina DNA przez
zastąpenie tlenu 3’ przy fosforze cząsteczką wody
aktywowaną magnezem
Indukowane przybliżenie-
kinazy NMP
Kinazy NMP zawierają pętlę P
Enzymy te zależą od jonów
magnezu związanych z
substratem
OH
O
O
HN
N
O
O
NH
O
NH
O
O
H
2
O
N-Suc-Ala-Ala-Pro-Phe-7-amido-4-metylokumaryna
OH
O
O
HN
N
O
O
NH
O
OH
O
O
NH
2
N-Suc-Ala-Ala-Pro-Phe
7-amino-4-metylokumaryna
Lizozym hydrolizuje wiązanie
glikozydowe