Katarzyna Załęska

Jakub Sobieraj

Patryk Konarski

Ćwiczenie nr 8

Analiza sekwencji genomowej

Cel ćwiczenia:
Celem ćwiczenia było przeanalizowanie sekwencji faga vB_SspM1_wt.

Ćwiczenia:

1. Zainstalować potrzebne oprogramowanie.

   
   Pobrano i zainstalowano programy: Prodigal, RBSfinder, UGENE (zainstalowany wcześniej na komputerze).

2. Zalogować się na konto mgoleb na serwerze bentos.iopan.gda.pl i z katalogu

ćwiczenia bioinformatyka sciagnać plik vB_SspM1_wt.fasta.

Zalogowano się na zdalny komputer bentos.iopan.gda.pl, na kotno mgoleb przy użyciu hasła alamakota, a następnie pobrano określony plik.

2. Przeanalizować sekwencje faga vB_SspM1.

   
   Przeanalizowano sekwencje faga vB_SspM1 przy użyciu programu UGENE. Dzięki funkcji tworzenia wykresów otrzymaliśmy następujące wykresy:
   
   

   
   

4. Na podstawie funkcji potencjalnych homologów sprawdzić jaka funkcje

przypuszczalnie pełnia ORFy zidentyfikowane w sekwencji (po trzy przykłady,

zespół 1 1,2,3, zespół 2 4,5,6 itd.)

Po wpisaniu w terminalu odpowiedniej komendy, program utworzył pliki w formacie GenBank (.sco) i plik w formacie fasta z sekwencjami białkowymi (_genes_pep.fasta). Kolejnym krokiem było wyszukanie RBSów. Przy pomocy programu OpenOffice.org Calc otworzyliśmy plik .sco jako .csv, po otwarciu usunęliśmy dwa pierwsze wiersze i zapisaliśmy w tym samym formacie ale z rozdzielaczem pól w postaci tabulatora.
Następnym krokiem było odszukanie promotorów. W tym celu trzy dowolnie wybrane przez nas geny. Niestety w żadnym z nich nie znaleźliśmy promotorów. Następnie uruchomiliśmy program Blast2Go i wczytaliśmy plik fasta z sekwencjami białek. Dalej, po wybraniu opcji Run BLAST step, zmieniliśmy program z blastx na blastp.

5. Przeprowadzić pełną analizę sekwencji białek kodowanych przez analizowane
   ORFy (multiple alignment, drzewa, analiza przy pomocy narzędzi ze strony Expasy).
   Wyniki dla wybranych przez nas ORFów (25, 26, 27):

• ORF 25 - Theoretical pI/Mw: 5.09 / 15919.33

  
  

• ORF 26 -Theoretical pI/Mw: 4.22 / 7764.32
  
  
  

  
  
  
  
  

• ORF 27 - Theoretical pI/Mw: 6.97 / 16204.38

  
  
  

  
  
  
  

  
  
  
  

  
  

6. Wnioski

   Dzięki programom wykorzystanym w tym doświadczeniu możliwe jest zanalizowaniu sekwencji genomowej, a więc: stworzenie wykresów, znalezieniu ORFów i RBSów, sekwencji regulacyjnych.

   
   
   

7. Literatura:

   http://partsregistry.org/Ribosome_Binding_Sites/Design