Vzájomný vzťah slovenského a českého národa bol v košickom vládnom programe z 5. 4. 1945 upravený tak, že slovensko má byť spravované SNR, ktorá si vytvorí vlastný zbor povereníkov a na tomto území bude mať vďaka nemu rozsiahlu zákonodárnu a výkonnú moc. V čechách však nič podobné vzniknúť nemalo a tak vznikol asymetrický model správy štátu. Už od roku 1945 sa však sľúbené právomoci SNR a zboru povereníkov začali okliešťovať. Začalo sa tak prvou pražskou dohodou z 2. júna 1945. Táto sa vôbec nevenovala presnému vymedzeniu kompetencií SNR a najpodstatnejšie bolo, že zbor povereníkov nemal byť už zodpovedný len SNR, ale ústrednej vláde. V druhej pražskej dohode z 11. apríla 1946 sa oslabili rozhodovacie právomoci SNR pri vymenovaní vysokých štátnych úradníkov, profesorov a sudcov. Osnovy rozhodnutí SNR a zboru povereníkov mali byť prerokované vopred s príslušným ministerstvom v Prahe. Pred voľbami, ktoré sa v novej ČSR odohrali 26. mája 1946 boli v Čechách najsilnejší komunisti a na Slovensku zasa demokrati. Z dôvodu posilnenia pozícií komunistov Husák navrhoval, aby tí členovia bývalej HSĽS ktorí nemajú fašistickú minulosť vytvorili novú kresťansko sociálnu politickú stranu, ktorá by na Slovensku odobrala hlasy komunistom. Demokrati keďže si tohto rizika boli vedomí ponúkli týmto ľuďom lukratívne miesta na svojej kandidátke. Podpísali s nimi 31. marca tzv. aprílovú dohodu, čím sa dohodli, že nová strana nevznikne. Nakoniec voľby v Čechách vyhrali komunisti, ktorí získali 40% hlasov a na Slovensku demokrati, ktorí dostali 61% hlasov.. Tretia pražská dohoda z 27.júna 1946 bola reakciou českých politických strán a KSS na víťazstvo demokratov na Slovensku. KSČ a KSS, ktoré dovtedy obhajovali postavenie slovenských orgánov, teraz chceli využiť príležitosť na pomstu. Podľa tretej pražskej dohody výkon štátnej moci na Slovensku mali robiť priamo ministri ústrednej vlády a povereník im mal byť zodpovedný.
Po voľbách 1946 slovenskí demokrati za víťazstvo draho zaplatili. Predstavitelia KSČ a KSS sa snažili ako už bolo spomínané demokratov skompromitovať. Jednou z možností diskreditácie demokratov bolo odsúdenie a poprava J. Tisza, ktorá sa uskutočnila 18. 4. 1947. K rozkolu v DS a odtrhnutiu ľudáckeho krídla však nedošlo. Štátna bezpečnosť ovládaná komunistami vykonštruovala spojenie medzi emigrantami spojených s fašistickm Slovenskom napr. Ďurčanským a predstaviteľmi DS. Podľa tohto scenára mali predstavitelia DS spolu s nimi opätovne chcieť vytvoriť slovenský štát. Ich plány sa mali uskutočniť po vypuknutí novej svetovej vojny, ktorá mala vzísť zo vzrastu napätia medzi východným a západným blokom, ktoré sa zvykne nazývať studená vojna. V septembri prešla na verejnosť správa, že na Slovensku vypuklo protištátne sprisahanie. Bezpečnosť zatkla asi 700 osôb medzi nimi generálni tajomníci DS Ján Kempný a Miloš Bugár. Podozrivými sa stali aj predseda Letrich a podpredseda vlády za DS Ján Ursíny. Komunisti na základe odhalenia sprisahania žiadali úplný zákaz DS alebo jej radikálnu zmenu politiky. Kríza vo vláde vzniknutej po voľbách 1946 sa naplno začala prejavovať začiatkom februára 1948. Jej dôvod boli kroky ministra vnútra Václava Noseka, ktorý začal do policajného zboru dosadzovať komunistov. Pravicové strany najmä demokrati ale aj lidovci chceli, aby svoje kroky zdôvodnil, lenže Nosek sa prestal zúčastňovať zasadnutí vlády. Tak sa pravicové strany 13. 2. dohodli, že ak nezmení politiku podajú demisiu. V 25 člennej vláde bolo čistých komunistov menej a tak dúfali, že ak podajú demisiu všetci pravičiari musia byť vypísané nové voľby. 20. 2. podalo demisiu 12 ministrov demokratickej, národnosocialistickej a lidovej strany demisiu. Sociálni demokrati demisiu nepodali a keď videli že vláda nepadne a môže byť doplnená začali zrazu tlačiť na predsedu vlády Gotwalda, aby ju prezident neprijal. Ten však po hrozbou, že ZSSR je ochotný pomôcť slovenským komunistom vojensky naliehal na Beneša, aby ju prijal a doplnil vládu. Beneš bol ovplyvnený aj udalosťami v ČSR lebo stúpenci komunistov sa začali ozbrojovať a vytvárať ľudové milície. 25. februára 1948 Beneš demisiu prijal a Gotwald vymenoval nových členov vlády. Komunisti získali vo vláde väčšinu a zavŕšilo sa smerovanie ČSR k totalite. Nový parlament vydal zákony na poštátnenie všetkých podnikov nad 50 zamestnancov a maximálna hranica pozemkového vlastníctva súkromného mala byť 50 ha. 9. 5. 1948 bola prijatá nová ústava a 30. 5. sa uskutočnili ďalšie voľby. Ústava vyhlásila politické víťazstvo robotníckej triedy a ochotu budovať nový režim - ľudový režim, ktorý zabezpečí cestu k socializmu. Hovorila o socialistickom vlastníctve a plánovanom hospodárstve. Beneš ústavu odmietol podpísať a odišiel do ústrania a novým prezidentom sa stal Klement Gotwald, ktorý funkciu zastával v rokoch 1948 - 53. Voľby dopadli oficiálne tak, že na Slovensku kandidátku Národného frontu zostavenú komunistami volilo 85 a v Čechách 87% voličov. Začalo sa s násilnou sovietizáciou, ktorú pomáhali presadzovať sovietski poradcovia tajne pôsobiaci v školstve, ekonomike, bezpečnosti. Komunistické smerovanie krajiny potvrdil aj 9. zjazd KSČ z roku 1949 schválením generálnej línie výstavby socializmu, pod ktorou komunisti chápali radikálnejší postup proti svojim odporcom v atmosfére triedneho boja. V októbri 1948 schválil parlament zákon na ochranu republiky a jej zriadenia, ktorý stanovil prísne tresty za vlastizradu a útek do cudziny, zákon o štátnom súde a prokuratúre, ktorý umožňoval politické procesy s celými skupinami odsúdenými podľa zákona na ochranu republiky a zákon o táboroch nútených prác. Rovnoprávnosť čechov a slovákov upravoval prísny centralistický model politického a hospodárskeho spravovania štátu a v septembri 1948 sa KSS zmenila na územnú organizáciu KSČ, čím stratila samostatnosť rozhodovania. V rámci reformy správy sa na Slovensku v roku 1949 vytvorilo šesť krajov a hlavnými orgánmi správy sa stali krajské národné výbory MNV a krajské výbory KSS. Dôležitú úlohu v spoločnosti zohrala aj tajná polícia zvaná štátna bezpečnosť, ktorá šírila atmosféru strachu v celej spoločnosti. Moc a vplyv štátnej bezpečnosti vyvrcholila v prvej polovici 50 - tych rokov. V roku 1950 bolo vytvorené ministerstvo národnej bezpečnosti, ktoré viedol Ladislav Kopřiva a po ňom Karel Bacílek. O likvidáciu sudcovskej nezávislosti sa postarali ministri spravodlivosti Alexej Čepička a Štefan Rais.Najmä v 50 - tych rokov komunisti demonštrovali svoju moc vykonštruovanými procesmi, pripravovanými podľa sovietskeho vzoru, ktoré mali ukázať ostražitosť režimu a výchovne vplývať na obyvateľstvo. Boli vedené verejne proti jednotlivcom aj celým skupinám, ktoré boli označené za nepriateľské. Tak padli za obeť predstavitelia demokratov Kempný a Bugár. Na Slovensku mali aj to špecifikum, že mali poukázať na nespoľahlivosť a odbojnosť Slovenska v centralistickom štáte. Najväčším verejným politickým procesom na Slovensku bol proces v januári 1951 s biskupmi Jánom Vojtašákom, Michalom Buzalkom a Pavlom Gojdičom. V Čechách aj na Slovensku vznikali nové väznice a pracovné tábory: Ruziň, Vladice, Mírov, na Slovensku Ilava a Leopoldov.V januári 1949 bola v Sofii založená RVHP ktorej zakladajúcimi členmi boli ZSSR, Maďarsko, Bulharsko, ČSR, Poľsko, Rumunsko, neskôr pribudli NDR, Mongolsko, Albánsko a Kuba. ČSR sa malo vrámci nej sústrediť na ťažké zariadenia a na dodávku surovín pre ťažký priemysel. Systém mal v ČSR podporiť centrálne riadenie štátnej ekonomiky, masovú centralizáciu malovýroby, kolektivizáciu poľnohosp. a upevniť závislosť od ZSSR. V rámci akcie P v apríli 1950 bola gréckokatolícka spojená s pravoslávnou a oficiálnym náboženstvom štátu sa stal ateizmus. V roku 1953 po smrti Stalina a Gotwalda sa KSČ ocitla v neistote. V NDR a Poľsku začali nepokoje proti režimu. Zápotocký ako nový prezident sa snažil zvýšiť dôveru obyvateľstva v politiku KSČ Novotný ako predseda KSČ zdôrazňoval naopak jej kontrolnú funkciu. Moskva priznala pravdu Novotnému a Zápotockého obvinila z pestovania kultu osobnosti prezidenta. Naše priateľstvo so ZSSR malo utužiť pristúpenie ČSR k Varšavskej zmluve 14. 5. 1955, ktorej členmi boli ZSSR, Maďarsko, ČSR, NDR, Albánsko, Poľsko, Bulharsko, Rumunsko. Stala sa najúčelnejším nástrojom podriaďujúcim sovietske satelity v čase studenej vojny plnej kontrole Moskvy. Zmluva bola vojenským paktom krajín, s platnosťou na 20 rokov s automatickým predĺžením o 10 rokov pre štáty, ktoré ju rok pred uplynutím lehoty nevypovedali. Vo februári 1956 sa Novotný a Zápotocký zúčastnili 20 zjazdu komunistickej strany ZSSR, kde odznel referát Nikitu S. Chruščova, kritizujúci kult osobnosti Stalina a zločiny, ktoré spáchal. Ten vyvolal v ČSR zníženie vplyvu sovietskych poradcov, a zníženie vplyvu štátnej bezpečnosti. Veľkou nádejou na uvoľnenie režimu bol ústavný zákon, z júla 1956 týkajúci sa slovenských národných orgánov, SNR dostala právo vymenúvať a odvolávať zbor povereníkov, schvaľovať rozpočet Slovenska, ale na Slovensku nedošlo k ďalšej demokratizácii režimu. 11. júla 1960 bola prijatá nová ústava, ktorá konštatovala víťazstvo socializmu, konštatovala dosiahnutie posledného predstupňa komunizmu a slovenský zbor povereníkov bol zrušený.