Synteza i splicing RNA
Synteza RNA  transkrypcja  to proces przepisywania informacji genetycznej zapisanej w sekwencji
nukleotydów wchodzących w skład DNA, na sekwencję nukleotydów budujących cząsteczkę RNA.
Katalizuje go polimeraza RNA. PodstawowÄ… reakcjÄ… jest utworzenie wiÄ…zania fosfodiestrowgo.
Hydroksyl 3 ostatniego nukleotydu nowego Å‚aocucha RNA przeprowadza atak nukleofilowy na grupÄ™
fosforanową alfa zbliżającego się rNTP, uwalniając pirofosforan.
DNA Ä…ðRNA
TRANSKRYPCJA PROKARIOTYCZNA
POLIMERAZA RNA:
- holoenzym,
- podjednostka sigma odszukuje miejsca promotorowe, pomaga zainicjowad syntezÄ™ RNA, a
następnie oddysocjowuje od enzymu gdy RNA osiągnie długośd 9-10nt; jest odpowiedzialna za
specyficzne wiÄ…zanie siÄ™ polimerazy RNA z promotorem
- w rdzeniu enzymu znajduje siÄ™ centrum katalityczne, zawierajÄ…ce 2 jony metalu (1 zwiÄ…zany a drugi
pojawia siÄ™ razem z NTP i opuszcza z PPi)
- ma aktywnośd nukleazową, zatrzymuje się i poprawia wprowadzone błędy, błąd pojawia się średnio
1 na 104-105 nt
Funkcje polimerazy RNA:
1.Poszukuje promotorów
2.Rozplata krótki odcinek dsDNA  MATRYCJ
JEST JEDNONICIOWY DNA
3.Wybiera odpowiedni rNTP i katalizuje utworzenie wiÄ…zania fosfodiestrowego  ENZYM NIE
ODA

CZA SI
OD DNA
4. Rozpoznaje sygnały germinacji transkrypcji
5.Oddziałuje z czynnikami transkrypcyjnymi
Czynniki transkrypcyjne  białka odrębne w stosunku do DNA, mogą aktywowad bądz
wpływad
negatywnie na syntezę RNA. Ważniejszą rolę odgrywają u eukariontów.
Promotor  sekwencja dna wskazujÄ…ca polimerazie gdzie zaczÄ…d transkrypcjÄ™.
Footprinting  metoda charakteryzowania promotorów, a także innych miejsc w DNA, do których
wiążą się białka.
- znakowanie kooca DNA 32-P, do jednej próby dodana polimeraza RNA chroniąca cząsteczki z
promotorem, trawienie DNazą, elektroforeza (rozdział pod względem długości)
Promotory prokariotyczne:
- sekwencje -10 i -35, złożone z 6 par zasad każda, *numeracja dotyczy nici kodującej DNA o takiej
samej sekwencji jak transkrypt RNA, nid matrycowa DNA jest komplementarna do nich]
- są to najsilniejsze promotory, słabe mają modyfikacje sekwencji
- optymalna odległośd dzieląca te promotory to 17nt
- siła promotora wpływa bezpośrednio na poziom transkrypcji danego genu
Elementy promotorowe  dodatkowo oprócz promotora, 40-60nt upstream, stwarzają dodatkowe
miejsca wiÄ…zania polimerazy
E.coli ma kilka czynników sigma, odpowiedzialne za odpowiedz
komórki na różne czynniki, np.: sigma
70  rozpoznaje sekwencje zgodne -10,-35; sigma 32  rozpoznaje promotory szoku cieplnego. SIGMA
ODGRYWA WAŻN
ROL
W WYBORZE GENÓW TRANSKRYBOWANYCH PRZEZ POLIMERAZ
RNA.
Synteza RNA:
- nie wymaga startera, wydÅ‚użanie w kierunku 5 Ä…ð3
- charakterystyczny koniec 5 : pppG lub pppA
INICJACJA:
- polimeraza łączy się z dsDNA i przesuwa po nim, dopóki nie trafi na promotor
Rozplatanie dsDNA:
- zasadniczy punkt transkrypcji
- dokonuje tego polimeraza DNA
- nid DNA selekcjonuje odpowiednie nukleotydy, tworzÄ…d pary W-C
- rozplatanie fragmentów długości 17 par zasad (1,6 skrętu helisy B-DNA)
- ujemne skręcenie kolistego DNA wspomaga transkrypcję, bo ułatwia rozplatanie, jednak niektóre
promotory są stymulowane przez ujemne superskręty (np. genu topoizomerazy II)
- ochrona przed zbyt mocnym zwinięciem  kontrola zwrotna -> spada tempo transkrypcji danego
genu wraz ze wzrostem skrętów
ELONGACJA:
- poczÄ…tek po uformowaniu pierwszego wiÄ…zania fosfodiestrowego
- bÄ…bel transkrypcyjny  rejon zawierajÄ…cy polimerazÄ™ RNA, DNA (rozplecione 17 par zasad) i nowy
RNA
- hybrydowa helisa DNA-RNA ma długośd 8 pz
- szybkośd 50nt/s
TERMINACJA:
- również dokładnie kontrolowana
- ustaje formowanie nowych wiÄ…zao, oddysocjowuje RNA (najpierw od matrycy, potem od enzymu),
stopiony DNA siÄ™ zaplata a polimeraza uwalnia matrycÄ™
- koniec transkrypcji wyznacza palindromowy rejon bogaty w pary G-C, za którym występuje
fragment bogaty w A-T Ä…ð przez to powstaje struktura spinki RNA; za niÄ… pojawia siÄ™ sekwencja
czterech lub więcej reszt U, na nich bądz
za nimi, kooczy siÄ™ transkrypt RNA
- polimeraza  przystaje , sekwencja za spinkÄ… jest bardzo niestabilna bo zawiera pary rU-dA
(najsłabsze)
TERMINACJA, GDY NIE MA SPINKI  pomoc białka Rho
- białko rho  heksametryczna budowa, podobna do syntazy ATP
- hydrolizuje ATP w obecności ssRNA
-białko Rho  goni polimerazę RNA, ciągnąc nowopowstające RNA, RNA o długości 72 nt, znajduje się
w środku heksameru
- jego działanie zależy od sekwencji bogatych w C i ubogich w G
- jak dogoni polimerazę rozrywa hybrydową helisę DNA-RNA, działając jak helikaza
BIAA
KO nusA u E.coli  umożliwia polimerazie rozpoznanie charakterystycznej klasy miejsc terminacji
 atenuatorów  podlegają regulacji i dostosowują ekspresję genów do zapotrzebowania komórki na
pokarm
W obu przypadkach sygnały terminacji znajdują się na RNA!
INHIBICJA TRANSKRYPCJI  ANTYBIOTYKI
Ryfampicyna  specyficznie hamujÄ™ inicjacjÄ™ transkrypcji, przeszkadza w utworzeniu siÄ™ pierwszych
wiązao fosfodiestrowych. Blokuje kanał w polimerazie RNA, przez który powinien się przesuwad
hybryd RNA-DNA. Nie wstrzymuje elongacji łaocucha, którego synteza już się rozpoczęła. WPA
YWA
TYLKO NA PROKARIOTA, dzięki temu może byd stosowana przeciw gruz
licy
Aktynomycyna D  wiąże się silnie i specyficznie do dsDNA, przez co uniemożliwia wykorzystanie go
jako matrycy o syntezy. Pierścieo fenoksazonowy wślizguje się (interkaluje) pomiędzy sąsednie pary
zasad w DNA. W małych stężeniach nie wpływa na replikację i syntezę białka, dlatego jest stosowana
do transkrypcji u eukariontów i prokariotów. Stosowana w leczeniu niektórych nowotworów, bo ma
zdolnośd blokowania wzrostu szybko dzielących się komórek.
Powstawanie tRNA i rRNA:
- wytwarzane są przez rozcinanie i inne modyfikacje nowo powstałych łaocuchów RNA,
Rozcinanie:
- rybonukleaza P  tworzy wszystkie poprawne kooce 5 tRNA u E.coli; za aktywnośd katalityczną
odpowiedzialna jest czÄ…steczka RNA
- rybonukleaza III  wycina prekursory rRNA: 5S, 16S, 23S; rozcina RNA w dwuniciowych rejonach
spinek
Dodawanie nukleotydów do kooców:
- dodawanie do 3 -kooca sekwencji CCA w tRNA, przez enzym niezależny od matrycy DNA
Modyfikacje zasad i reszt rybozy w rRNA:
- rybotymidylan, pseudourydylan
U bakterii translacja zaczyna siÄ™ zanim zakooczy siÄ™ transkrypcja!
TRANSKRYPCJA EUKARIOTYCZNA:
- w każdym typie komórek inaczej jest regulowana ekspresja genów
Czynniki wpływające na precyzję regulacji ekspresji genów:
1.Otoczka jÄ…drowa  przestrzenne i czasowe rozdzielenie transkrypcji i translacji, transkrypcja
zachodzi w jądrze komórkowym, a translacja w cytoplazmie.
2.Rozbudowane mechanizmy regulacyjne  więcej sekwencji promotorowych niż u eukariota, mogą
leżed w różnych miejscach w stosunku do genu
3.Dojrzewanie RNA  dojrzewanie pierwotnego tran skryptu zanim przekształci się w mRNA.
POLIMERAZY RNA
- 3 rodzaje różniące się specyficznością do matrycy, umiejscowieniem w jądrze i wrażliwością na
inhibitory
- są to duże, złożone enzymy, 8-14 polipeptydów, wykazują homologię względem siebie i bakteryjnej
polimerazy,
- polimeraza II ma unikatową domenę znajdującą się na karboksylowym koocu największej
podjednostki (domena CTD), zawiera wielokrotnie powtórzony motyw YSPTSPS, aktywnośd
polimerazy jest regulowana przez fosforylacjÄ™ reszt Ser i Thr w tym motywie
- alfa amanityna wiąże się z polimerazą II i hamuje elongację transkrypcji
Promotory  składają się z konserwatywnych sekwencji, w zależności od polimerazy różnia się
sekwencją i położeniem
Polimeraza RNA I  DNA kodujący rRNA, wielokrotnie powtórzone, ułożone tandemowo odcinki,
każdy zawiera 3 geny rRNA, promotory leżą na fragmentach oddzielających powtórzenia. Sekwencja
promotora podobna jest do TATA  rybosomowy element inicjatorowy rInr. Element UPE znajduje siÄ™
150-200 nt upstream. Obie sekwencje rozpoznawane są przez białka odpowiedzialne za połączenie
ich z polimerazÄ… I.
Polimeraza RNA II  promotory o zachowawczej sekwencji definiujÄ…cej miejsce startu transkrypcji,
odpowiedzialne za przyłączenie polimerazy; poszczególne promotory różnią się zestawem i
ułożeniem sekwencji. Transkrypcja zależy od sekwencji wzmacniających, które mogą byd położone
bardzo daleko od startu transkrypcji (1 kz)
Promotory PII:
- kaseta TATA położona między -30 a -100  najważniejszy promotor . Mutacja nawet pojedynczej
zasady znacząco wpływa na osłabienie promotora (istotna sekwencja a nie tylko duża ilośd A-T).
- element inicjatorowy Inr  wyznacza miejsce startu transkrypcji, występuje razem z kasetą TATA,
pomiędzy -3 a +5. Wzmacnia on aktywnośd transkrypcyjną promotora.
- DPE element rdzenia promotora położony poniżej (downstream)  często spotykany w promotorach
z Inr, ale bez kasety TATA, pomiędzy +28 a +32
- Dodatkowe elementy regulatorowe znajdują się pomiędzy -40 i -150, działają nawet jak znajdują się
na nici matrycowej, a nie kodującej; nie są rozpoznawane bezpośrednio przez polimerazę, tylko przez
dodatkowe białka (czynniki transkrypcyjne)
·ð Kaseta CAAT
·ð Kaseta GC  z reguÅ‚y w genach kostytutywnych
Polimeraza III  promotory leżą w obrębie sekwencji kodującej, czyli poniżej miejsca początku
transkrypcji, sÄ… to promotory wewnÄ…trzgenowe.
Typy p.wewnÄ…trzgenowych:
- typ I  bloki A i C, charakterystyczny dla 5S rRNA
- typ II  bloki A i B, w tRNA
CZYNNIKI TRANSKRYPCYJNE:
- TFII  nakierowujÄ… polimerazÄ™ II do miejsca startu transkrypcji, wiÄ…zanie TFIID do TATA rozpoczyna
inicjacjÄ™ transkrypcji
- TBP (jest częścią TFIID)  białko rozpoznające TATA, wiąże się z nim 105 razy silniej niż z do innych
sekwencji DNA, stała dysocjacji kompleksu TATA-TBP = 1nM, przypomina siodło, po związaniu
wywołuje w DNA duże zmiany konformacyjne (dsDNA jest częściowo rozplatana, poszerza się mały
rowek, dzięki czemu TBP ma precyzyjniejszy kontakt, dominują oddziaływania hydrofobowe). DNA
zostaje zgięte, dzięki elastyczności par A-T, po bokach sekwencji TATA DNA pozostaje w konformacji
B. Asymetrycznośd kompleksu TATA-TBP jest bardzo istotna w precyzyjnym określeniu miejsca startu
transkrypcji i wpływa na to, żeby synteza RNA przebiegała w jednym kierunku.
TBP-TATA jest podstawą kompleksu inicjującego transkrypcję. Do wypukłego siodła TBC przyłącza się
reszta czynników transkrypcyjnych w kolejności:
1.TFIIA
2.TFIIB
3.TFIIF  helikaza zależna od ATP, która rozpoczyna rozplatanie DNA
4. Polimeraza II RNA
5. TFIIE
To wszystko tworzy podstawowy kompleks transkrypcyjny.
Domena CTD polimerazy w tym momencie jest nieufosforylowana.
Fosforylacja CTD sygnalizuje przejście do inicjacji elongacji. Fosforylacja stabilizuje proces wydłużania
transkryptu i przyciąga enzymy związane z dojrzewaniem RNA (dzięki temu dojrzewanie zachodzi już
podczas elongacji).
Większośd czynników transkrypcyjnych jest uwalniana zanim polimeraza opuści rejon promotorowy.
Podstawowy kompleks transkrypcyjny inicjuje transkrypcję z małą wydajnością, potrzebne są
dodatkowe czynniki transkrypcyjne, żeby osiągnąd dużą wydajnośd i selektywną aktywację pewnych
genów.
Dodatkowe czynniki:
- HTSF  czynnik szoku cieplnego, 15 pz przed TATA, różni się od prokariotycznego, ponieważ łączy się
bezpośrednio z elementami odpowiedzi w docelowym miejscu promotora szoku cieplnego.
Sekwencje wzmacniające (enchancers)  nie mają aktywności promotorowych, potrafią stymulowad
transkrypcję w miejscach oddalonych od promotorów o tysiące par zasad. To czy są przed, za czy w
środku genu, na którego ekspresję wpływają, nie ma wpływu na ich działanie. Poszczególne
sekwencje wzmacniające działają jedynie w określonych typach komórek (sekwencja wzmacniająca
immunoglobulin działa w limfocytach)
DOJRZEWANIE TRANSKRYPTÓW
POLIMERAZA I:
Pojedynczy prekursor (u ssaków 45S) Ä…ð 3 rRNA: 18S (maÅ‚a podjednostka 40S); 28S i 5,8S (duża 60S)
- niektóre nukleotydy pre-rRNA ulegają modyfikacjom (zarówno rybozy jak i zasady) przez cząstki
rybonukleoproteinowe (snoRNA)
- procesom  kompleks pre-rRNA i białek rybosomowych
- rozcięcie rRNA uwalnia dojrzałe rRNA połączone z odpowiednimi białkami  tworzą się podjednostki
rybosomowe
- dojrzewanie zachodzi w jÄ…derku
POLIMERAZA III
- tRNA najintensywniej dojrzewają w porównaniu do innych produktów PIII
- sekwencja liderowa z kooca 5 jest odcinana przez RNazÄ™ P
- odcięcie fragmentu kooca 3 i dodanie CCA
- modyfikacja zasad i ryboz
- niektóre pre-tRNA mają introny, które są wycinane a potem tRNA jest łączone przez ligazę
POLIMERAZA II
- transkrypcja zaczyna siÄ™ zwykle od A lub G,
- koniec 5  powstaje kap - z 5 trifosforanu hydrolizowana jest reszta fosforanowa, pozostały
difosforan atakuje atom alfa GTP i tworzy się specyficzne wiązanie 5 ,5 -trifosforanowe, następnie
azotN-7 G jest etylowany (kap 0). Następne rybozy też mogą ulec metylacji  kap 1, kap 2
- kapy stabilizują cząsteczek, chroniąc koniec 5 przed działaniem nukleaz i fosfataz, stymulują
translacjÄ™ mRNA
- koniec 3  dodanie ogona poli(A)  rozcinanie pre-mRNA przez nukleazÄ™ kompleksu rozpoznajÄ…cego
sekwencję AAUAAA (nie zawsze, sekwencja ta może by d częścią sygnału rozcięcia tran skryptu),
następnie polimeraza poli(A) dodaje ok. 250 reszt A do kooca 3 (ATP jest donorem)
- za nukleotydem poprzedzającym poliA mogą byd setki nukleotydów
- poli(A)  zwiększa stabilnośd mRNA i wydajnośd jego translacji
- 3 -deoksyadenozyna (kordycepina) blokuje dodanie Poli(A), mRNA bez polia nie ulega wydajnej
translacji po przeniesieniu do cytoplazmy
- długośd życia mRNA zależy od szybkości degradacji poliA
REDAGOWANIE RNA
- potranskrypcyjne zmiany sekwencji zasad w RNA
- np. apoB-100 (wątroba) i apoB-48 (jelito), określona cytydyna w mRNA ulega deaminacji, następuje
zamiana kodonu z CAA (Gln) na UAA (stop).
- np. modyfikacja kanałów specyficznych dla kationów, zamiana CAG (Glu) na CGG (Arg), przez co jony
Ca2+ nie sÄ… przepuszczane
- u świdrowców wystepuje guide RNA, który rozpoznaje sekwencje które mają byd zmodyfikowane
SPLICING
- splicing  wycięcie intronów i połączenie egzonów w funkcjonalny mRNA
- Splajsosom(60S)  kompleks białek , RNA i snRNP katalizujący splicing.
- snRNA ogrywają znaczącą rolę w odpowiednim ustawieniu miejsc splicingowych, pośrednicza w
katalizie
- splicing musi byd dokładny, ramka odczytu nie może byd przesunięta nawet o 1 nt
- sekwencja intronu zaczyna siÄ™ na GU(sekwencja zgodna 5 to AGGUAAGU), a kooczy na AG
(sekwencja zgodna 3 to odcinek 10 pirymidyn C lub U, dowolna zasada, potem CAG), pomiędzy 20 a
50 nt powyżej miejsca splicingowego 3 znajduje się miejsce rozgałęzienia (u drożdży UACUAAC)
- długośd intronu: 50-10 000nt
Przebieg splicingu:
1.Rozcięcie wiązania fosfodiestrowego między egzonem leżącym powyżej intronu a koocem 5
intronu. Między A a 5 fosforanem tworzy się wiązanie 2 ,5 -fosfodiestrowe. Jest to reakcja
transestryfikcji
2.Tworzy się rozgałęzienie i produkt w formie lassa.
3.Koniec 3 OH egzonu 1 atakuje wiązanie pomiędzy intronem a egzonem 2. Egzony zostają połączone
a intron uwolniony w formie lassa. Druga reakcja trans estryfikacji
Ogólnie: splicing to 2 reakcje trans estryfikacji. Pozostaje taka sama ilośd wiązao fosfodiestrowych,
dzięki temu reakcja nie wymaga dostarczenia energii.
snRNA+biaÅ‚ka Ä…ð snRNP (snurps)
Tworzenie spliceosomu:
1.U1 rozpoznaje miejsce splicingowe, Å‚Ä…czy siÄ™ z nim wiÄ…zaniami wodorowymi.
2.U2 łączy się w rejonie miejsca rozgałęzienia  WYMAGA ATP
3.Kompleks U4-U5-U6 Å‚Ä…czy siÄ™ z U1, U2 i mRNA, tworzÄ…c kompletny splajsosom.
Psoralen  wiązek aktywowany przez światło, łączący sąsiednie pirymidyny w rejonach o
sparowanych zasadach
U2 i U6 tworzÄ… centrum katalityczne
U4  inhibitor U6, do momentu prawidłowego zorientowania miejsc splicingowych
U5  utrzymuje egzony blisko siebie
Cząsteczki RNA odgrywają bardzo ważną rolę w prawidłowym zorientowaniu miejsc splicingowych
względem siebie oraz w samej katalizie.
Helikazy wykorzystujące ATP rozplatają przejściowe dupleksy RNA, co umożliwia katalizę, a także
odłączenie się cząstek snRNP od mRNA.
Transkrypcja i dojrzewanie RNA są ze sobą sprzężone!
Zależy to od CTD, koocowej domeny polimerazy II.
W zależności od ufosforylowania seryn sekwencji YSPTSPS, rożne białka mogą zostad przyłączone do
enzymu. Ufosforylowanie kontrolujÄ… kinazy i fosfatazy.
Białka przyciągane do pre-mRNA (zależnie od fosforylacji CTD):
- enzymy syntetyzujące kap, działające tuż po rozpoczęciu transkrypcji
- składniki maszynerii splicingowej, rozpoczynające wycinanie intronu podczas jego syntezy
- endonukleaza rozcinajÄ…ca pre-mRNA w miejscu poliadenylacji
MUTACJE ZABURZAJ
CE SPLICING
- mogÄ… byd mutacje w cis i trans
- np. talasemie (dziedziczna niedokrwistośd), 15% chorób genetycznych
- mutacjÄ™ mogÄ… dotyczyd:
Ä…ðmiejsc splicingowych 3 i 5 , egzonów
Ä…ðczynników splicingowych (np. zwyrodnienie barwnikowe siatkówki)
- mutacje mogą prowadzid do powstania przedwczesnych kodonów stop, maszyneria splicingowa
może nie rozpoznad cząsteczki, mogą się utworzyd nowe miejsca splicingowe
SPLICING ALTERNATYWNY  umożliwia powstanie różnych form białka w zależności od tkanki i etapu
rozwojowego, poprzez włączenie lub ominięcie określonych egzonów w dojrzałym RNA
- o tym, które miejsca splicingowe będą wykorzystane, decydują czynniki splicingowe (trans) i
przyłączają się do odpowiednich sekwencji w pre-mRNA (cis)
- skutecznie zwiększa pojemnośd genomu
- ulega większośd pre-mRNA, dlatego liczba genów jest jest dużo mniejsza niż powstających białek
- np. kalcytonina i peptyd powiÄ…zany z genem kalcytoniny
- u muszki owocowej jest pre-mRNA, którego alternatywny splicing może prowadzid od powstania
38 016 różnych kombinacji egzonów
- choroby wywołane zaburzeniami splicingu alternatywnego: porfidia, nowotwory sutka i jajników,
mukowiscydoza, hemofilia
SPLICING AUTOKATALITYCZNY
- może zachodzid bez udziału białek
- rybozym  cząsteczka RNA mająca właściwości katalityczne
- introny grupy I  samo wycinajÄ…ce siÄ™
- wymaga obecności GMP, GDP, lub GTP  ko faktor, nie z
ródło energii
- zależy od struktury prekursora rRNA
- autokatalityczny intron ma zwartą strukturę, analogiczną do białek katalitycznych (kieszeo do
wiÄ…zania guanozyny)
- dzięki rejonowom sparowanych zasad bogatych w C i U w egzonie i G i A w intronie miejsce
splicingowe 5 jest odpowiedno zorientowane w stosunku do reszt katalitycznych
- autokataliza tworzenia i zrywania wiÄ…zao jest bardzo specyficzna
Przebieg:
1.G wiąże się z RNA i atakuje miejsce splicingowe 5 , tworząc wiązanie z koocem 5 intronu 
TRANSESTRYFIKACJA, tworzy siÄ™ grupa 3 OH na koocu egzonu 1
2.3 OH atakuje miejsce splicingowe 3  TRANSESTRYFIKACJA  połączenie 2 egzonów i uwolnienie
liniowego intronu
Cząsteczki ulegające SA: pre-rRNA w mitochondriach drożdży i innych grzybów; w chloroplastach
jednokomórkowców.
Grupy reakcji autokatalitycznych (charakter jednostki):
- grupa I  uczestniczy kofaktor guanozynowy
- grupa II  jednostkÄ… atakujÄ…cÄ… jest 2 OH specyficznej reszty adenylowej intronu
Podobieostwo SA grup I i II do splicingu przez spliceosom:
- atak na miejsce splicingowe 5 przez OH rybozy a potem na 3 przez nowÄ… grupÄ™ OH egzonu
- reakcje trans estryfikacji, liczba wiÄ…zao fosfodiestrowych nie ulega zmianie
Podobieostwo SA grupy II do splicingu przez spliceosom:
- atak na miejsce splicingowe 5 przez sam intron
- uwalniany intron w postaci lassa
Synteza białka
- synteza zachodzi w kierunku od kooca N do C, przez dodawanie kolejnych aminokwasów do kooca
karboksylowego rosnÄ…cego Å‚aocucha
- aminokwasy są dostarczane w formie aktywowanej  aminoacylo-tRNA (połączenie COOH
aminokwasu z tRNA)
- powstawanie aminoacylo-tRNA katalizuje syntetaza aminoacylo-tRNA, wymagajÄ…ca ATP
- zazwyczaj istnieje tylko 1 enzym i przynajmniej 1 rodzaj tRNA dla każdego aminokwasu
- u E.coli szybkośd translacji wynosi 40 aminokwasów/s
- częstośd błedów ok. 10-4 na wprowadzony aminokwas
TRANSFEROWE RNA
-cząsteczki adaptorowe oddziałujące ze swoistymi kodonami i dostarczające aminokwasy w celu
włączenia ich do łaocucha polipeptydowego
Wspólne cechy wszystkich tRNA:
- koniec 5 jest ufosforylowany
- miejsce przyłączenia aminokwasu  grupa 3 OH adenozyny na koocu 3 tRNA  ramię akceptorowe
- pojedynczy Å‚aocuch zawiera 73-93nt
- zawierajÄ… wiele nietypowych zasad, np. metylowe bÄ…dz
di metylowe pochodne A, U, C lub G
- mniej-więcej połowa nt jest sparowana; 5 rejonów niesparowanych: sekwencja CCA na koocu 3 ,
pętla TYC, ramię dodatkowe, pętla DHU, pętla antykodonowa. Strukturalna różnorodnośd umożliwia
indywidualne rozpoznanie każdej cząsteczki tRNA, z zachowaniem ogólnego podobieostwa
wszystkich tRNA
- antykodon znajduje się w pętli w środku sekwencji cząsteczki
Właściwości struktur przestrzennych:
- kształt litery L
- 2 dwuniciowe odcinki helikalne przypominajÄ…ce A-DNA
- oddziaływania wodorowe niecharakterystyczne dla par W-C
- koniec CCA na jednym z kooców L, może zmieniad konformację
- na drugim koocu pętla anykodonowa, mocno wyeksponowana
Aktywacja aminokwasów:
- katalizowana przez wysoce specyficzne syntetazy aminoacylo-tRNA
1.Tworzenie aminoacyloadenylanu z aminokwasu i ATP
2.Przeniesienie grupy aminoacylowej na czÄ…steczkÄ™ tRNA
Aminokwas + ATP + tRNA Ä…ð aminoacylo-tRNA + AMP + PPi
- reakcja zachodzi, bo jest sprzężona z hydroliza PPi, jest nieodwracalna
Specyficznośd syntetazy treonylo-tRNA:
-zawiera jon cynku, z którym treonina tworzy wiązanie poprzez swoją grupę aminową i hydroksylową,
grupa OH jest dodatkowo rozpoznawana przez Asp, który tworzy z nią wiązanie wodorowe
(walina ma w miejscu tej grupy oh, grupÄ™ ch3)
- aktywnośd korekcyjna działająca w przypadku seryny (ma też grupę OH)