FASTA, czyli „z czym to się je”
Zamieszczony przez: Jarek w: Bioinformatyka
Przykładowy plik FASTA
FASTA, to określenie popularnego tekstowego formatu danych (zwanego również Pearson), w którym składuje się informacje dotyczące sekwencji nukleotydowych lub peptydowych. Pojedyncze nukleotydy lub aminokwasy są reprezentowane przez pojedyncze litery.
Standardowy plik fasta może zawierać od jednej do kilkudziesięciu, albo i więcej sekwencji.
Każda z nich poprzedzona jest wierszem rozpoczynającym się od symbolu ”>”. Znak ten ułatwia automatyczne przetwarzanie danych w formacie fasta. Dalej linia ta zawiera nazwę, numer rekordu z bazy danych, z której została pobrana sekwencja, identyfikator, komentarz itp. Następne wiersze składają się na sekwencję. Każdy z nich nie powinien być dłuższy niż 120 znaków. Zazwyczaj mają one około 80 symboli.
Pliki fasta mogą mieć różne rozszerzenia w zależności od przeznaczenia:
fasta, fa, fsa. - ogólne zastosowanie
fna - sekwencje kwasów nukleotydowych
ffn - genomowe sekwencje kodujące
faa - sekwencje aminokwasów
frn - sekwencje niekodującego RNA
Dane w formacie fasta są często wykorzystywane np. w różnorakich przyrównaniach poszczególnych sekwencji. Do tego celu służą programy typu: CLUSTAL, LOCARNA, R-COFFEE, MARNA, ale to już trochę inna bajka.
Przykładowy plik z przyrównaniem sekwencji
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
Umowa stażowa ż czym się to je
Co to są lipoproteiny i czym się różnią
40. Co to jest kurs walutowy. Czym się różni deprecjacja od dewaluacji waluty, Ekonomia - PYTANIA NA
Co to jest logistyka i czym się zajmuje
Co to jest dziedzicznosc i czym sie zajmuje genetyka, Co to jest dziedziczność i czym się zajmuje ge
Nauka szczescia Czyli jak w kilku krokach osiagnac to o czym sie marzy
CO TO JEST BIOLOGIA I CZYM SIĘ ZAJMUJE
Co to są lipoproteiny i czym się różnią
Czym się różnią czujniki generacyjne od parametrycznych
Komunikowanie sie z goscmi w je Nieznany
Czym się różni uczeń dorosły od ucznia
Czasami nie jest tak łatwo jakby miało się to wydawać
Nauczanie problemowe czym się różni od?dania naukowego
czym się różni kościół katolicki od protestanckiego
więcej podobnych podstron