genetyka molekularna 14.03
charakterysttka wybranych sekwencji wystepujacych w genomach- cd
budowa
elementy line i sine
line maja elementy gag( geny biakek strukturalnycn kapdysu) oraz gen odwrotnej transkryptazy pol
sine maja gen odwritnej transkryptazy pol
gen pol mize sie rozpzrzestrzeniac po genomie
element alu: zalicza sue do sine, zbudowana z dwoch fragmentow o duzym oidobnienstwie ok 85%, rozdzielone sa sekwencja o dkugosci ok 30 pz, na koncu 3' sekwencja poliA
pseudogen: kopia genu, powstala w wyniku duplikacji, ktora podlegla inaktywacji w wyniku mutacji
retropseudogen: nuefunkcjonakny gen, ktory powstal jakio produkt ubiczny ekspresj genu (mRNA>cDNA> wlaczenie do genomu)
relikty genowe: skrocone geny lub ich fragmenty, ktire powstaky w wyniku mutacji funkcjonalnych genow
genomy bigate sa w sekwencje powtarzalne: rozproszone oraz powtarzajace sie tandemowo(jedna za druga)
sekwencje powtarzajace sie tandemowo: mikrosatelity(STR)- dlugosc motywu oowtarzalnego zazwyczaj do 6 pz, dlugosc fragmentu z oowtorzenuami tandemowymi do 150pz, rownomiernue rozprzestrzenuine w genomie
sekwencje mikrosatelitarne: wystepuja a wieku miejscach genimu( w tym w intronach i oromotorach)
typy sekwencji: proste( doskonake) (CAA)n, powtorzenua nuedoskonale (CAA)nGTC(CAa)n, oiwtorzenia zlozone( CA)nTT(GCCC)m
telomery: szczegolny typ sekwencji mukrosatelitarnej: zakoczenua chronisimiw zawierajace tandemiwe powtorzenua u ssakow 5'-TTAGGG-3'/3'-AATCCC-5', podczas kolehnych rund replikacyjnych dichidzi do skracania sekwencji telomerowych( niemozliwosci dolaczenua startera fragmentu okazaki do sekwencji ktirszej niz 200 pz, dlugosc telomerow chromosomow czlowieka waha sie iod 3 do 20 pz
skracanue telomerow: za kazdym razem bedzuemy tracili fragmentym gdzue przylacza sie starter RNA tuz przed fragnentem okazaki
telomery moga byc idbydowywane przy pomocy enzymu telomerazy, enzymu rybonukkeinowego: 450 nukl RNA + bialko o funkcji odwrotnej transkryptazy
ekspresja genu telomerazy zachodzi w komirkach embrionalnych, rozrodczych, macierzystych i nowotworowych
sekwencje powtarzajace sie tandemowo: minisatelity(VNTR): dlugosc motywu powtarzaknego zazwyczaj siega kiklku az do 25 pz, dlugosc fragmentu z powtorzeniami tandemiwymi siega 20kpz, zazwyczaj zlokalizowane sa w czesciach dystalnych chrimosomow
minusatelity wykryto po raz pierwszy w genie mioglobiny czlowieka
sekwencje CNV: to bardzo duze piwtorzenia siegajace nawet kilku milionow pz, w tych powtorzenuach miga znajdowac sie geny kidujace bialka
mechanizmy powstania alleli roznucych sue kiczba powtorzen: nueriwnowazne crossing over oraz poslizg oolimerazy DNA podczas replikacji
centromer: zbudowany jest z powtarzalnych sekwencji DNA, w genomue czlowieka w centromerze wystepuje tzw alfasatelitarny DNA( zbudowany z oowtorzen sekwencji o dlugosci 171 pz) od 1500 do 3000 kopii w centromerze, czyli od 250 kpz do 50 mpz, w genomue rzodkiewnka motyw powtarzaja y sue zbudiwany :-) 180 pz zajmuje obszar id 0,9 do 1,2 cM
kinetochor: struktura zlozona z wieku biakej oolozonych wzdluz sekwencji centromeru
funkcja: miejsce prztrwierdzenia mikrotubul wrzeciona podzialowego
przewezenie wtorne chromosomu, czyli obszar jaderkotworczy NOR: wysrepuja w sekwencjach powtarzalnych, w przewezenuu wtornym wysrepuja kopie sekwencji kodujacej 3 rodzaje rRNA, ssaki: 5,8s, 18s , 28s
obszary jaderkotworcze wystepuja tylko w niektirych chromisomach: u czlowieka5 par, kon 3, swinia 2, kot 1, pies ma 3, w tym na chrimisomie Y
budowa genu- eukariota: wyciszacz, wzmacnuacz, nic kodujaca, promotor, miejsce inicjacji transkrypcji, czesc strukturalna eksony i introny, nic matrycowa, orientacja genu 5'-3'
nie jazdy gen posiada intronypromotor podstawowy: wystepuje w miejscu skladania kompkeksu oreinicjacyjnego transkrypcji, przylaczenie polinerazy RNA do oromotora oodstawowergo uruchamia transkrypcje; polieraza RNA Im polimeraza RNA II ( geny kodujace bialka i snRNA), polimeraza RNA III ( geny kidujace tRNA, 5S rRNA, snRNA, scRNA)
promototy podstawowe dla roznych polimeraz RNA maja rozna organizacje
w sekwencjacg promotorow wystepuja rozne konserwatywne sekwencje, kaseta Tata wystepuje w poblizu miejsca startu transkrypcji, nue wszystkie geny zawieraja kaseete tata, choc jest inz wazna w tych genach w ktirycch wysteouje
sekwencje oromotora podstawiwego wiaza czynniki transkrypcyjne
oromotor podsrawowy zawuera przede wszystkim kasete tata ok 30 nukleotydow przd miejscen transjrypcji, zawiera tez sekwencje inicjatorowa Inr
z promotirem podstawowym wiaza sie podstawiwe czynniki transkrtpcyjne( TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIe itp)
proces wiazania podstawowych czynnikow transkrypcyjnych
nue wszystkie promotory zawieraja kasete tata, wiele genow kidujacyh bualka ooglnebo metabozlimy nie posiada kasety tata, w takich przyoadkach do promotra przyłączaja sie inne bialka no Sp1
elemnty regulatorowe polozone oiwyzej oromotora podstawowego: sekwencje rozpoznawalne pezwz czynniki ranskrypcyjne odpowiedziakne za ekspresje tkankowo soecyfuczna np pit1 soecyficzny dla przysadki mizgowej, rozpoznawana sekwencja 5'-ATATTCAT-3', myodl, specyficzny dla mioblastow
wzmacnuacze i wyciszacze( sekwencje odalone): zazwyczaj sa to krot,ie sekwencje 20-30 pz), wizza czynniki transkrypcyjne(tkankowo soecyficzne), lokalizacja: odleglosc od promotora mize byc znaczna