[e-mail]

tytuł: Biot_lab5_grL1_Baran_Dominika

08.05.2008

Baran Dominika IIHD L1

ZINTEGROWANY SYSTEM WYSZUKIWANIA SEKWENCJI

Zmiana sposobu prezentacji sekwencji

Podstawowa sekwencja:

opcja Sequence:

opcja Annotation table:

opcja Sequence info:

opcja History:

opcja As text:

LOCUS P68053 146 aa linear MAM 02-MAY-2006

DEFINITION Hemoglobin beta subunit (Hemoglobin beta chain) (Beta-globin).

ACCESSION P68053

VERSION P68053 GI:62901534

DBSOURCE swissprot: locus HBB_MARFO, accession P68053;

class: standard.

extra accessions:P10886,created: Oct 25, 2004.

sequence updated: Oct 25, 2004.

annotation updated: May 2, 2006.

xrefs: HBBDBM

xrefs (non-sequence databases): HSSP:P02056, SMR:P68053,

InterPro:IPR002337, InterPro:IPR000971, InterPro:IPR009050,

InterPro:IPR012292, Pfam:PF00042, PRINTS:PR00814, PROSITE:PS01033

KEYWORDS Direct protein sequencing; Heme; Iron; Metal-binding; Oxygen

transport; Transport.

SOURCE Martes foina (beach marten)

ORGANISM Martes foina

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;

Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia;

Mustelidae; Mustelinae; Martes.

REFERENCE 1 (residues 1 to 146)

AUTHORS Rucknagel,K.P., Wiesner,H. and Braunitzer,G.

TITLE Carnivora: the primary structure of the beach marten (Martes foina,

Mustelidae) hemoglobin

JOURNAL Biol. Chem. Hoppe-Seyler 371 (6), 503-509 (1990)

PUBMED 2390216

REMARK PROTEIN SEQUENCE.

COMMENT On or before Apr 26, 2005 this sequence version replaced gi:122674,

gi:70377.

[FUNCTION] Involved in oxygen transport from the lung to the

various peripheral tissues.

[SUBUNIT] Heterotetramer of two alpha chains and two beta chains.

[TISSUE SPECIFICITY] Red blood cells.

[SIMILARITY] Belongs to the globin family.

FEATURES Location/Qualifiers

source 1..146

/organism="Martes foina"

/db_xref="taxon:9659"

Region 1..146

/gene="HBB"

/region_name="Mature chain"

/experiment="experimental evidence, no additional details

recorded"

/note="Hemoglobin beta subunit. /FTId=PRO_0000053009."

gene 1..146

/gene="HBB"

Protein 1..146

/gene="HBB"

/product="Hemoglobin beta subunit"

Region 4..141

/gene="HBB"

/region_name="Globins are heme proteins, which bind and

transport oxygen"

/note="globin"

/db_xref="CDD:29979"

Site 63

/gene="HBB"

/site_type="metal-binding"

/experiment="experimental evidence, no additional details

recorded"

/note="Iron (heme distal ligand)."

Site 92

/gene="HBB"

/site_type="metal-binding"

/experiment="experimental evidence, no additional details

recorded"

/note="Iron (heme proximal ligand)."

ORIGIN

1 VHLTGEEKAA VTALWGKVNV DEVGGEALGR LLVVYPWTQR FFDSFGDLSS PDAVMGNPKV

61 KAHGKKVLNS FSEGLKNLDN LKGTFAKLSE LHCDKLHVDP ENFKLLGNVL VCVLAHHFGK

121 EFTPQVQAAY QKVVAGVANA LAHKYH

//

opcja Fit Width:

opcja selection: istnieje możliwośc wycięcia fragmentu sekwencji

opcja Zoom out: (w efekcie końcowym daje to samo co opcja Fit Width)

Wykres kołowy dla nukleotydu: PrimerFwd(19,37):

Wkorzystując opcję View Split Vertically lub Horizontally można pokazac jednocześnie więcej niz jedna sekwencję na ekranie:

dopasowanie: opcja alignment w lewym Toolbox a następnie Create Alignment:

przeszukanie bazy GenBank:

przykład z opcją Fit Width:

Dopasowanie sekwencji DNA dla protein:

Budowa i optymalizacja drzew filogenetycznych:

Utworzono drzewo wybierając algorytm najbliższego sąsiedztwa(neighbor joining):

i UPGMA:

opcja:Layout:Topology, Node symbol:Box, Text size:Medium, Branches: Length:

Znajdywanie miejsc restrykcji sekwencji DNA:

zaznaczone miejsca restrykcji dla jednego z nulkeotydów:

Transkrypcja sekwencji DNA na czasteczke RNA

Transkrypcja RNA na DNA

CLC Sequence Viewer jest to ciekawy program mający szeroką gamę sekwencji DNA, oraz rozbudowaną analizę genów. Posiada wiele użytecznych funkcji miedzy innymi katalogowanie informacji biologicznych ,wyszukiwanie domen i motywów , przewidywanie właściwości związków (fizykochemicznych , analitycznych jak również biologicznych struktur 2 i 3 rzędowych białek ). Dzięki niemu możemy porównywać struktury DNA oraz wiele innych właściwości związków. Sądzę że w przyszłości wielu z pośród moich kolegów z biotechnologii jak również być może i ja będziemy korzystać z zasobów tego programu ze względu na jego użyteczność oraz prosty program obsługi (oczywiście na dzień dzisiejszy jest to dla nas trudny program natomiast w przyszłości na pewno będziemy znacznie lepiej się nim posługiwać i posłuży nam jako dobre źródło informacji)

Program CLC Sequence Viewer ma wiele ciekawych zastosowań.. Posiada bardzo rozległą analizę sekwencji DNA, genomów. Posiada funkcję katalogowania informacji biologicznych.

Dzięki temu programowi, można w łatwy sposób porównywać sekwencje DNA, wyszukiwać domeny i motywy, przewidywać właściwości fizyko-chemiczne struktur drugo i trzeciorzędowych białek, analizować drogi metaboliczne.

Na zajęciach mieliśmy przyjemność poznać następujące funkcje tego programu:

- wyś

---