08.05.2008

Baran Dominika IIHD L1

ZINTEGROWANY SYSTEM WYSZUKIWANIA SEKWENCJI

1. Prezentacja sekwencji:

Sequence:

Annotation table:

Sequence info:

History:

As text:

LOCUS P68053 146 aa linear MAM 02-MAY-2006

DEFINITION Hemoglobin beta subunit (Hemoglobin beta chain) (Beta-globin).

ACCESSION P68053

VERSION P68053 GI:62901534

DBSOURCE swissprot: locus HBB_MARFO, accession P68053;

class: standard.

extra accessions:P10886,created: Oct 25, 2004.

sequence updated: Oct 25, 2004.

annotation updated: May 2, 2006.

xrefs: HBBDBM

xrefs (non-sequence databases): HSSP:P02056, SMR:P68053,

InterPro:IPR002337, InterPro:IPR000971, InterPro:IPR009050,

InterPro:IPR012292, Pfam:PF00042, PRINTS:PR00814, PROSITE:PS01033

KEYWORDS Direct protein sequencing; Heme; Iron; Metal-binding; Oxygen

transport; Transport.

SOURCE Martes foina (beach marten)

ORGANISM Martes foina

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;

Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia;

Mustelidae; Mustelinae; Martes.

REFERENCE 1 (residues 1 to 146)

AUTHORS Rucknagel,K.P., Wiesner,H. and Braunitzer,G.

TITLE Carnivora: the primary structure of the beach marten (Martes foina,

Mustelidae) hemoglobin

JOURNAL Biol. Chem. Hoppe-Seyler 371 (6), 503-509 (1990)

PUBMED 2390216

REMARK PROTEIN SEQUENCE.

COMMENT On or before Apr 26, 2005 this sequence version replaced gi:122674,

gi:70377.

[FUNCTION] Involved in oxygen transport from the lung to the

various peripheral tissues.

[SUBUNIT] Heterotetramer of two alpha chains and two beta chains.

[TISSUE SPECIFICITY] Red blood cells.

[SIMILARITY] Belongs to the globin family.

FEATURES Location/Qualifiers

source 1..146

/organism="Martes foina"

/db_xref="taxon:9659"

Region 1..146

/gene="HBB"

/region_name="Mature chain"

/experiment="experimental evidence, no additional details

recorded"

/note="Hemoglobin beta subunit. /FTId=PRO_0000053009."

gene 1..146

/gene="HBB"

Protein 1..146

/gene="HBB"

/product="Hemoglobin beta subunit"

Region 4..141

/gene="HBB"

/region_name="Globins are heme proteins, which bind and

transport oxygen"

/note="globin"

/db_xref="CDD:29979"

Site 63

/gene="HBB"

/site_type="metal-binding"

/experiment="experimental evidence, no additional details

recorded"

/note="Iron (heme distal ligand)."

Site 92

/gene="HBB"

/site_type="metal-binding"

/experiment="experimental evidence, no additional details

recorded"

/note="Iron (heme proximal ligand)."

ORIGIN

1 VHLTGEEKAA VTALWGKVNV DEVGGEALGR LLVVYPWTQR FFDSFGDLSS PDAVMGNPKV

61 KAHGKKVLNS FSEGLKNLDN LKGTFAKLSE LHCDKLHVDP ENFKLLGNVL VCVLAHHFGK

121 EFTPQVQAAY QKVVAGVANA LAHKYH

//

Fit Width:

selection:

istnieje możliwośc wycięcia fragmentu sekwencji

Zoom out:

(w efekcie końcowym daje to samo co opcja Fit Width)

Wykres kołowy

Wkorzystując opcję View Split Vertically lub Horizontally można pokazac jednocześnie więcej niz jedna sekwencję na ekranie:

2 Dopasowanie sekwencji bialkowych

alignment w lewym Toolbox a następnie Create Alignment:

2 nie udało nam się wykonać poleceni. W tym czasie baza GenBank była nie dostępna.

5 Dopasowanie sekwencji DNA dla protein:

6 Budowa i optymalizacja drzew filogenowych:

Utworzono drzewo wybierając algorytm najbliższego sąsiedztwa(neighbor joining):

i UPGMA:

Layout:Topology, Node symbol:Box, Text size:Medium, Branches: Length:

7 Znajdywanie miejsc restrykcji sekwencji DNA:

zaznaczone miejsca restrykcji dla jednego z nulkeotydów:

8. transkrypcja sekwencji DNA na czasteczke RNA

Transkrypcja RNA na DNA

CLC Sequence Viewer posiada szeroką gamę sekwencji DNA, oraz rozbudowaną analizę genów. Posiada wiele użytecznych funkcji: katalogowanie informacji biologicznych ,wyszukiwanie domen, przewidywanie właściwości związków Dzięki temu programowi, można w łatwy sposób porównywać sekwencje DNA, przewidywać właściwości fizyko-chemiczne struktur drugo i trzeciorzędowych białek, analizować drogi metaboliczne.

Na zajęciach poznaliśmy sposoby prezentacji sekwencji, budowe drzew filogenowych. Nauczyliśmy się dopoasowywac sekwencje białkowe, znajdowac i rozpoznawac miejsca restrykcji DNA a także zamieniac sekwencje DNA na cząsteczkę RNA i odwrotnie.

Mysle ze CLC Sequence Viewer jest ciekawym programem, posiada wiele urzytecznych funkcji z pewnoscią bardzo ulatwia pracę biologom, biotechnologom i innym osobom ktore pracuja w pokrewnych dziedzinach

---