Wzory i nazewnictwo zasad purynowych i pirymidynowych oraz nukleozydów i nukleotydów.

• Koenzymy o budowie nukleozydowej (S-adenozylometionina) i nukleotydowej (NAD, NADP, FMN, FAD, CoA, PAPS).

• Cykliczne nukleotydy i ich rola w metabolizmie

• Budowa DNA; struktura podwójnej spirali (fragment wzoru pojedynczej nici, komplementarność zasad, rodzaje wiązań); rola struktury DNA w wiązaniu białek regulatorowych (rowek mniejszy i rowek większy), struktury II-rzędowe (A, B, Z); formy molekularne DNA (kolista, zrelaksowana i superhelikalna); struktury wyższego rzędu (budowa chromatyny, nukleosomy).

• Denaturacja i renaturacja DNA (temperatura topnienia, efekty hiper- i hipochromowy).

• Rodzaje RNA (mRNA, tRNA, rRNA, snRNA). Struktura i funkcje (wzór fragmentu pojedynczej nici RNA).

• Hydroliza kwasów nukleinowych: (a) hydroliza kwaśna DNA i RNA, produkty hydrolizy, (b) hydroliza zasadowa RNA, produkty hydrolizy, (c) hydroliza enzymatyczna kwasów nukleinowych (endo- i egzonukleazy, enzymy restrykcyjne).

Pytania

1.Wzór ogólny puryn i pirumidyn i numeracja poszczególnych atomów.
2. mRNA, tRNA, rRNA, snRNA - opisać krótko.
3. Budowa nukleosomu - opisać krótko.
4. Denaturacja i renaturacja DNA.
5. Co to są enzymy restrykcyjne?

1.Wzoru NAD, NADP, FMN, FAD opisać funkcje
2. Opisać strukturę II rzędową
3. wymienić i scharakteryzować rodzaje RNA
4. Enzymy restrykcyjne
5.wyjaśnić efekt hiperchromowy i hipochromowy
1. Narysować sparowane nukleotydy guaninowy i cytydynowy i ponumerować atomy w pierścieniach
2. Porównać budowę mRNA i DNA
3. Wyjaśnić pojęcia: enzym restrykcyjny, temperatura topnienia, nukleozyd
4. Opisac budowę nukleosomu
5. Narysować dwie zasady pirymidynowe 1. Budowa i funkcja DNA
2. Narysować komplementarnie połączone G i C
3. Budowa i funkcja tRNA
4. Funkcje ATP i UDP w organizmie
5. Wzór fragmentu RNA powstały na podanej matrycy DNA (3 nukleotydy)

1.wzor inozyny i dowolnej rzadkiej pirymidyny.
2. wzor i funkcje s-adenozylometioniny.
3. budowa i funkcje mRNA.
4. budowa nukleosomu.
5. hydroliza kwasna i zasadowa DNA i RNA opisz i porownaj.

enzymy restrykcyjne
2. Rodzaje RNA scharakteryzować (tebelka)
3. 2 rzędowe formy DNA opisać (tabelka)
4. Para nukleozydów w DNA (narysować)
5. wyjaśnić krótko efekt hiper i hipochromowy 1.ADP i dTTP (narysować wzór)
2.opisać nukleosom
3.denaturacja i renaturacja, efekt hiperchromowy 
4. funkcja tRNA i rRNA
5. enzymy restrykcyjne

1. Wzory C i G, narysować wiązania wodorowe między nimi, ponumerować atomy w pierścieniach.
2. mRNA - budowa i funkcje
3. Jak stabilizowane jest dsDNA (dwuniciowe DNA)?
4. Wyjaśnij pojęcia: enzym restrykcyjny, RNA, nukleotyd.
5. Podaj wszystkie znane Ci formy DNA, opisz szczegółowo B DNA, podaj gdzie te wszystkie formy występują w środowisku.

1. Napisz wzór cAMP oraz opisz jej funkcję w metabolizmie człowieka
2. Była podana sekwencja nukleotydów na nici matrycowej DNA trzeba bylo przepisać to na sekwencja kodujaca i na RNA oraz zaznaczyc polarnosc łańcuchów
3. Narysuj schemat i opisz budowę tRNa oraz jego funkcje
4. Co to jest temperatura topnienia i od czego zalezy, efekt hiper- i hipochromowy
5. Opisz zasadę działania i funkcje enzymów restrykcyjnych

Narysować nic, w ktorej znajduja sie 3 nukleoydy ( i tu podane nazwy, tak zebyśmy musieli umieć numeracje - tzn nie podadza wprost adenina tylko 6-amino puryna itd)
2. Narysować CoASH i podać jego funkcje
3. Narysować nukleozyd tyminy i podać jego nazwe zwyczajowa
4. Opisać tRNA
5. Z jakich nici zbudowane jest Dna i dlaczego tak sie nazywaja
6. Jak działąją egzonukleazy
7. od czego zalezy temperatura topnienia DNA

1. Narysuj wzór AMP i dTMP.
2. Narysuj koenzymy: pochodną niacyny i pochodną kwasu pantotenowego.
3. Narysuj fragment DNA (ma być strukturalny cukru i zasady).
4. tRNA: struktura, funkcja, lokalizacja.
5. Hydroliza kwaśna (H2SO4 chyba, podaję, bo po roku krąży wersja z nadchloranem, coby nie pomylić się i czasu, i stężenia np. nie pisać, o co z resztą nie pytają) i zasadowa dla DNA (tak, wiem, DNA nie ulega zasadowej, tylko nie pamiętam jak dokładnie było sformułowane) i RNA: wymienić produkty.

1. Wzory zasad purynowych i pirymidynowych oraz nukleozydów i nukleotydów.

2. Wzory koenzymów o budowie nukleozydowej (S-adenozylometionina) i nukleotydowej (NAD, NADP, FMN, FAD, CoA, PAPS).

3. Budowa DNA, komplementarność zasad.

4. Budowa tRNA i mRNA.

5. Narysować fragment pojedynczej nici DNA.

6. Narysować fragment pojedynczej nici RNA.

7. Reakcje biosyntezy nukleotydów purynowych de novo od rybozo-5-fosforanu do aminoimidazolorybozylo-5-fosforanu oraz od IMP do ATP i GTP (wzory).

8. Reakcje syntezy puryn na drodze reutylizacji (wzory).

9. Reakcje biosyntezy nukleotydów pirymidynowych de novo (wzory).

10. Reakcje syntezy pirymidyn na drodze reutylizacji (wzory).

11. Reakcje katabolizmu puryn (wzory).

12. Reakcja katalizowana przez reduktazę rybonukleotydową (wzory).

13. Reakcje katalizowane przez enzymy, których defekty są przyczyną zespołu Lesch-Nyhana, wrodzonego mieszanego niedoboru odporności (SCID), orotoacydurii typu I i II, dny moczanowej (wzory).

14. Reakcje hamowane przez allopurinol, 5-fluorouracyl (wzory).

15. Reakcja katalizowana przez syntetazę aminoacylo-tRNA (wzory).

16. Schemat procesu replikacji DNA u Procaryota i Eucaryota.

17. Schemat procesu transkrypcji Procaryota i Eucaryota.

18. Schemat procesu translacji Procaryota i Eucaryota.

19. Napisać sekwencję mRNA na podstawie podanego fragmentu DNA i vice versa.

Pytania

1.narysować wzorami nic RNA komplementarną do AGTC
2. wzór tymidyny i NADP
3. schemat translacji był narysowany (opisać miejsca gdzie jest A P E na rybosomie )
4. scemat replikaci i dopisać jakieś enzymy
5. reakcja z tetrahydrofolianem i co ja hamuje

1. wzór aminokwasowy był podany: koniec N - Glu - Val coś tam coś -Met - koniec C
do tego tabelka z kodonami i trzeba było wypełnić:
mRNA : 5' '3
DNA 3' 5'
5' 3'
podpisz nić matrycową i kodującą
2. napisz reakcje (wzorami) w której enzym ma zmniejszoną aktywność w DNie moczanowej.

zadania 3 i 4 śmiech na sali, ale ciekawe jakie są poprawne odpowiedzi
slajd z prezentacji z zajęć "3 - powstawanie mRNA, 4 - replikacja" i do wpisania pojęcia (w sensie były kwadraciki puste i strzałeczki)
3. hn RNA czy coś w tym stylu, ogon poli AAA, czapeczka i splicing/endonukleazy wycinające introny? i podpisać proces: dojrzewanie mRNA
4. ligaza. polimeraza DNA I, prymaza i hmm.. ja napisałam startery a to chyba polimeraza DNA II i podpisac proces: replikacja
5. wzory S adenozynometionina, deoksytymidyna

1.Podana nić mRNA Procaryota i tabelka z kodonami. Na podstawie nici, podać sekwencję aminokwasową białka, które powstanie na niej powstanie, podać miejsce startu translacji, zaznaczyć końce N i C w białku.
2. Równanie reakcji katalizowanej przez syntetazę aminoacylo-tRNA (czy jak to się tam nazywa).
3. Slajd 32 z seminarium 5 bez niektórych podpisów - i trzeba było uzupełnić "..." (Polimeraza RNA), "nić..." (matrycowa), "nić..." (kodująca), "tworzący się..." (RNA) i podać nazwę procesu (transkrypcja)
4. Rysunek tRNA, podpisać co to jest oraz podpisać wszystkie ramiona oprócz dodatkowego, które już było podpisane
5. Napisać równanie reakcji ze szlaku biosyntezy pirymidyn, która jest blokowane przez 5-fluorouracyl (czyli dUMP -> dTMP (katalizowana przez syntazę tymidylanową))