Wpuklona ściana styka się ze ścianą przeciwną, wyciskając blastocel, w wyniku czego powstaje nowa jama zwana prajelitem - otwierająca się na zewnątrz otworem zwanym pragębą. Zewnętrzną warstwę dwuwarstwowej gastruli (2 listki zarodkowe) tworzy ektoderma, a wewnętrzną endoderma.

U zwierząt dwubocznie symetrycznych podczas gastrulacji tworzy się trzeci listek zarodkowy - mezoderma, wyróżniająca się z endodermy - tworzą się z niej 3 uwypuklenia, stopniowo odcinające się od reszty: ze środkowego rozwija się struna grzbietowa, a z dwóch bocznych powstają woreczki somitalne dające zaczątek mezodermie. Rozrastając się, zajmują coraz większa przestrzeń, a pomiędzy nimi tworzy się wtórna jama ciała (celoma).

Równocześnie z wyodrębnianiem się mezodermy, rozwija się z ektodermy cewka nerwowa. W przypadku jaj polilecytalnych (gady, ptaki) gastrulacja zachodzi poprzez rozwarstwianie komórek na listki zarodkowe, a nie przez wpuklenie.

Ektoderma	Mezoderma	Endoderma
-naskórek i jego wytwory -układ nerwowy -narządy zmysłów -początkowa i końcowa część przewodu pokarmowego	-układ krwionośny -układ wydalniczy -szkielet -układ mięśniowy -skóra właściwa	-środkowa część układu pokarmowego -układ oddechowy -gruczoły trawienne(wątroba, trzustka) -gruczoły dokrewne(przysadka, szyszynka itp.)