Odpowiedzi na pytania z diagnostyki.

70.Technika cytogenetyczna służąca do wykrywania w materiale genetycznym określonej sekwencji DNA za pomocą jednej sondy znakowanej fluorescencyjnie to:

-technika elektroforetyczna

71.Technika Ag I:

-

72. Polipolidia: komórki  organizmy są te, które zawierają więcej niż dwa sparowane (homologiczne ) zestawychromosomów .Większość eukariotycznegatunki sądiploidalne , co oznacza, że mają dwa zestawy chromosomów-jeden zestaw odziedziczonych każdego rodzica.Jednakże poliploidia występuje w niektórych organizmów i jest szczególnie powszechne w roślinach. Ponadto poliploidia występuje również w niektórych tkankach zwierząt, które w innym przypadku są diploidalne, takich jak ludzki mięśni tkanek

73.Polispernia: zjawisko wnikania do komórki jajowej więcej niż jednego plemnika

74. Ile wynosi stosunek długości ramion (SDR) dla chromosomów meta centrycznych?

-1/1

75. Która informacja dotyczy DNA mikrosatelitarnego

76. Sekwencje mikrosatelitarne DNA to, proste tandemowe powtórzenia składające się z dwu- trzy- lub cztero- nukleotydowych sekwencji, zwanych motywami najczęściej są to jednak dwunukleotydowe motywy powtórzeń, często motyw taki może być regularnie przerywany inną sekwencją. Jako odcinki nie kodujące ulokowane są zazwyczaj w intronach jednak czasami znajdujemy je również, w eksonach w postaci mniejszej liczby powtórzeń.

77. Sekwencje mikrosatelitarne są równomiernie rozsianymi elementami w genomie. Podział ;

• MS- mikrosatelity

• SSR- krótkie sekwencje powtórzeniowe

• STR- krótkie powtórzenia tandemowe- donosi się głównie do powtórzeń 3, 4 tandemowych.

78. Cechy charakterystyczne tandemowych sekwencji mikrosatelitarnych-

• duża częstotliwość występowania w genomie

• wysoki polimorfizm (każde locus zmienia wiele alleli od 2-16)

• łatwa i szybka identyfikacja przy użyciu reakcji PCR

• wysoka częstość mutacji w regionach DNA mikrosatelitarnego

• kodominacyjny typ dziedziczenia

• wysoka powtarzalność

• wysoka wiarygodność

79. Sekwencje mikrosatelitarne DNA mogą składać się z

• jednego motywu (GT)_n równa się doskonałe powtórzenia

• motywu przerywanego inną sekwencją (GT)_mCA(GT)_n równa się niedoskonale powtórzenie

• motywu złożonego (GT)_mGAT(AG)_n równa się sekwencje mieszane.

80.’’Cykl życiowy’’ sekwencji mikrosatelitarnych – pojawiają się powiększając swoją długość, a następnie zanikają .

81. Znaczenie i funkcje sekwencji mikrosatelitarnych-

• organizacja chromatyny- organizacja chromosomów, struktura DNA, struktura telomerów

• regulacja procesów metabolicznych DNA- replikacja DNA, rekombinacja, cykl komórkowy

• regulacje genów- transkrypcja wiązanie białek, translacja

82. Mechanizm powstawania sekwencji mikrosatelitarnych- polimorfizm mikrosatelitarny;

• błędy polimerazy podczas replikacji DNA

• poślizg polimerazy

• w trakcie replikacji jest uważny za źródło sekwencji mikrosatelitarnych

83. Do analiza loci mikrosatelitarnych – wykorzystujemy

• Polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych DNA (Restriction Fragment Length Polymorphisms - RFLP),

• Minisatelitarny polimorfizm DNA w postaci zmiennej liczby tandemowych powtórzeń (Variable Number of Tandem Repeats - VNTR),

• Mikrosatelitarny polimorfizm DNA w postaci krótkich tandemowych powtórzeń (Short Tandem Repeats - STR),

• Polimorfizm losowo amplifikowanych fragmentów DNA (Random Amplifield Polymorphic DNA - RAPD).

84. Analiza sekwencji mikrosatelitarnych z wykorzystaniem techniki PCR-multipleks:

• jednoczesna amplifikacja kilku loci MS

• wysoka czułość reakcji ilości DNA mniejszej niż 1 mg

• wykorzystanie różnych barwników fluorescencyjnych

• dla loci o podobnych długościach alleli

• aby uniknąć nakładania się alleli o równiej długości zwiększa się długość

sekwencji flankującej powtórzenie

85. Utrata heterozygotyczności dotyczy raka i niektórych gruczolaków. W nowotworach często dochodzi do zaniku heterozygotyczności alleli (LOH) i wykrycie tego stanu jest możliwe dzięki analizie mikrosatelitów.

87. Zjawisko antycypacji- tendencja do dalszego wydłużania się obszaru podlegającego ekspansji w kolejnych cyklach replikacji, przez co choroba z pokolenia na pokolenie ujawnia się wcześniej, a jej przebieg jest coraz cięższy

86. Mutacje dynamiczne jest to zwielokrotnienie charakterystycznego krótkiego motywu sekwencji ms. w obrębie określonego genu.

88. Choroby spowodowane ekspansją powtórzeń trinukleotydowych są to choroby neurodegeneracyjne i neuromięśniowe opisywane pod wspólną nazwą chorób spowodowanych ekspansją powtórzeń trinukleotydowych w skrócie TRED_S W 8 z 16 opisanych dotąd chorób spowodowanych mutacjami dynamicznymi przyczyną choroby jest ekspansja kodonu CAG, kodującego aminokwas glutaminę (Q), w w sekwencji kodującej genu. Na poziomie białka powstaje trakt poliglutaminowy którzy zaburza jego prawidłową funkcję. Tego typu mutacje określa się również jako mutacje kodonowe, a choroby nią spowodowane jako choroby poliQ.

Większość chorób wywołanych przez mutacje dynamiczne dziedziczona jest w sposób dominujący (wyjątek – ataksja Friedreicha i choroba Kennedy’ego – dziedziczone autosomalnie recesywnie)

89. Premutacja pojawia się z chwilą kiedy zakres motywu jest większy od prawidłowego ale nie wywołuje objawów klinicznych i jest wysoce niestabilny. Prawidłowy zakres powtórzeń C₄GC₄GCG w genie CSTB wynosi 2-3, premutacja 12-17 a zakres chorobotwórczy obejmuje 30-80 powtórzeń.

91. Cel sekwencjonowania:

- dostarcza wielu cennych informacji o strukturze i funkcji genów,

- znajomość pełnej sekwencji DNA badanych organizmów umożliwia zrozumienie molekularnych mechanizmów ich funkcjonowania i ewolucji

- umożliwia szukanie mutacji

92. Do metod sekwencjonowania należą:

- Sekwencjonowanie metodą chemicznej degradacji DNA

- Sekwencjonowanie DNA metodą terminacji łańcucha

- Sekwencjonowanie cykliczne

- Sekwencjonowanie automatyczne oparte o znakowanie fluorescencyjne

- Pirosekwencjonowanie

- Sekwencjonowanie oparte o hybrydyzację

93. Metoda chemicznego sekwencjonowania:

składają się 3 podstawowe etapy: chemiczna modyfikacja zasady azotowej, usunięcie zmodyfikowanej zasady oraz przecięcie nici DNA w miejscu AP

94. Metoda Sangera (enzymatyczna)- Metoda ta polega na kopiowaniu badanej cząsteczki DNA.

Przebieg reakcji można podzielić na pięć etapów:

1. Preparatywny PCR – otrzymanie homogennego DNA

2. Denaturacja – otrzymanie jednoniciowej matrycy

3. Synteza nowych nici z użyciem dNTP i ddNTP oraz primera

4. Elektroforeza na żelu poliakrylamidowym ze stałym stężeniem środka denaturującego

5. Analiza prążków.A warunkach in vitro, katalizowanym przez enzym polimerazę DNA.

95.Rola diddeoksynukleotydow polega na -Synteza zostaje zahamowana losowo - powstaje mieszanina fragmentów o różnej długości.

96. Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

W metodzie wykorzystuje się pirofosforan (PPi) uwalniany podczas syntezy DNA.W wyniku reakcji enzymatycznych dochodzi do emisji światła, jego intensywność zależy od ilości uwolnionego pirofosforanu czyli od liczby wbudowanych nukleotydów.Najczęściej metodę stosuje się do genotypowania poznanych wcześniej polimorfizmów.

97. Komórki totipotencjalne- komórki mające zdolność do regeneracji, a w określonych warunkach różniące się w inne populacje komórek.

98. Komórki pluripotencjalne- komórki macierzyste, mogące różnicować się do jednego typu komórek ( i inne typy komórek macierzystych).

99. Źródłem pozyskiwania komórek mogą być pozyskiwane- z mobilizowanej krwi obwodowej i krwi pępowinowej.

100. Klonowanie terapeutyczne:

W przypadku klonowania terapeutycznego blastocysta nie jest przenoszona do macicy. Zamiast tego zarodkowe komórki macierzyste są izolowane od sklonowanej blastocysty. Te komórki macierzyste są genetycznie dopasowane do organizmu dawcy, dając nadzieje na zbadanie choroby genetycznej.