Działanie pestycydów nie ogranicza się tylko do organizmów szkodliwych, ale niszczą one także wszystkie organizmy (pożyteczne) bytujące na danym obszarze. W niektórych przypadkach może nastąpić przerwanie łańcucha pokarmowego dla wrogów naturalnych szkodnika. W efekcie po zabiegu najpierw następuje silne zniszczenie szkodnika. Gatunki pożyteczne i drapieżne giną z powodu braku pokarmu lub opuszczają pole. W następstwie pole zasiedlane jest przez nowy gatunek szkodnika (bądź przez odporny na pestycyd szczep tego samego gatunku, który przeżył oprysk), który na danym polu przeważnie nie ma wrogów naturalnych i w bardzo szybkim czasie dochodzi do jego gradacji. W wyniku znoszenia pestycydów przez wiatr lub spłukiwania ich przez ulewne deszcze dochodzi do skażenia zbiorników i cieków wodnych. W końcowym efekcie pestycydy trafiają do gleby. Zmiany, jakie zachodzą w glebie są długotrwałe i mało zauważalne. Jednak wiadomo, że pestycydy mogą powodować zmiany w powiązaniach między elementami biotycznymi gleby. Zmiany te mogą wpływać na wysokość i jakość plonu.
Innym ujemnym skutkiem masowego stosowania pestycydów jest uodpornienie się agrofagów na trucizny. Prawdopodobieństwo wytwarzania się odporności jest tym większe, im częściej stosuje się dany preparat oraz im więcej odpornych osobników znajduje się początkowo w populacji. Aby temu przeciwdziałać należy: przemiennie stosować preparaty oparte na różnych substancjach aktywnych, wprowadzać preparaty kombinowane (mieszane) oraz zmniejszać ogólną liczbę zabiegów przez stosowanie pestycydu we właściwym terminie i w odpowiednim stężeniu.
Środki ochrony roślin przechowuje się w oryginalnych opakowaniach oraz grupuje według ich przeznaczenia i toksyczności. Półki powinny być wykonane z nienasiąkliwego materiału, a posadzki z materiałów niepalnych i łatwo zmywalnych.
Należy:
nie przechowywać razem z żywnością, napojami i paszami dla zwierząt;
chronić przed dziećmi;
przechowywać wyłącznie w oryginalnym opakowaniu w temperaturze nie niższej niż 0°C i nie wyższej niż 30°C lub nie niższej niż 5°C i nie wyższej niż 25°C;
przechowywać pojemnik szczelnie zamknięty;
chronić przed wilgocią;
przechowywać w chłodnym, dobrze wentylowanym miejscu lub przechowywać z dala od źródeł ciepła.
Opakowania po środkach bardzo toksycznych i toksycznych dla ludzi, pszczół i organizmów wodnych podlegają tzw. systemowi zbiórki opakowań kaucjonowanych.
Opakowania po środkach o mniejszym stopniu szkodliwości (tzw. szkodliwe i pozostałe) można traktować jako odpady komunalne.
Całkowicie niedozwolone jest palenie opakowań w piecach opałowych lub w ogniskach. Jest to groźne dla zdrowia ludzi i szkodliwe dla środowiska! Nie wolno też wylewać pozostałości substancji z pojemników do kanalizacji, odpływów, zbiorników wodnych lub bezpośrednio do gruntu.