Kompendium – ćwiczenia
BIOCHEMIA – PYTANIA Z ĆWICZEŃ
dr Puchalska:
1. Czym się rożni polimorfizm od mutacji
2. Jak sprawdzić czystość preparatu
3. Czemu maxymalnie w reakcjach PCR można wykonać 20-30 cykli
4. Izolacja DNA z krwi obwodowej.
Dr Gawlik :
1. Oznaczanie stężenia i czystości DNA + zakresy
2. Izolowanie DNA z krwi obwodowej
3. Pytanie na myślenie : narysowany DNA podzielony na odcinki i sekwencja którą chcemy powielić w PCR - trzeba było wybrać odcinki które wykorzystamy jako startery
dr Virgina 
1. Co to jest PCR, zastosowanie
2. jak można zbadać czystość i stężenie preparatu?
3. co to jest denaturacja?
4. metody izolacji RNA
RFLP zasada metody i rozszyfrowanie skrótu
1. PCR-RT
2. PCR-SSCP
3. RT PCR
4. Zastosowanie PCR w medycynie
5. Co robimy z produktami PCR
6. Izolowanie DNA z krwi człowieka
Siemian
aniling lcr elongacja
dr Longis:
1. czym się różni temp. topnienia DNA od denaturacji
2. jak nazywa się wykres temperatury topnienia DNA od czegoś tam
3. co tworzy bromek etydyny z DNA? odp. kompleksy
4. czy z surowicy, moczu można wyizolować DNA?
5. jak wykryć stężenie DNA
6. efekt hipochromowy
* aniling to włączanie starterów w reakcji PCR (znalazłam to w wykładach prof. G.)
Aniling to inaczej hybrydyzacja.
aniling i hybrydyzacja są tożsame
Określenia te można stosować zamiennie przy opisywaniu działania sond molekularnych /primerów/starterów
* Inhibitorem, który wpływa na matrycę, łącząc się z nią w pełnym tego słowa znaczeniu jest jedynie arabinozyd cytozyny - łączy się, blokuje i uniemożliwia przeprowadzenie replikacji
* Natomiast streptozotocyna uniemożliwia przeprowadzenie replikacji niszcząc matrycę.
pytania naszego wspaniałego dr G. :
1. narysuj dowolny fragment restrykcyjny i zaznacz miejsce cięcia aby uzyskać lepkie końce
2. metoda Sangera: odczynniki i jaki obraz odczytujemy
3. polimorfizm ID w enzymie konwertującym, jaki uzyskujemy obraz i co możemy z niego wywnioskować
Puchalska:
1. Do sekwencji ACTG (?) dopisać drugą nić, zaznaczyć, jak będzie działał enzym restrykcyjny.
2. Funkcja biologiczna układu dopełniacza.
3. PCR-RFLP opisać na przykładzie wykrywania polimorfizmu genu angiotensyny (czy jakoś tak-chodziło o 2 doświadczenie ze skryptu w każdym razie) + rysunek wyników w elektroforezie.
. dr.Goss
1.pcr-RFLP zasada działania zastosowanie
2.jednostka aktywności enzymu
3.STR-co oznacza skrót, zasada działania zastosowanie
Goss
1. jednostki aktywacji
2. sekwencjonowanie DNA met. enzymatyczna
3. polimorfizm insercyjno-delecyjny, konwertaza (część praktyczna generalnie)
pytania od dr Wójcik:
1. dokładnie znać normy i kiedy się pojawiają we krwi
2. przyporządkować do klas enzymy i podać cyferki tych co są w skrypcie (np. EC 1.11.1.3)
3.IRN
4.osoczowe markery cholestazy
5.makroamylazemia
INR = Internacional Normalizade Ratio
dr S.
wejściówka:
1)AspAT - zakwalifikuj wg. podziału międzynarodowego i R.-Hessa
2)AspAT - koenzym, katalizowana reakcja
3) Zamień 20UI na katale bez postaci wykładniczej (chodzi o przedrostek np. mikro)
face to face:
1. markery cholestazy,
2. którego enzymu badamy aktywność u kobiety w ciąży z podejrzeniem cholestazy,
3. markery chorób mięśni poprzecznie prążkowanych,
4. wzrost AlAT,
5. fizjologiczny wzrost fosfatazy zasadowej,
6. diagnostyczne znaczenie badania aktywności GTTP przy zawale,
dr Virginia :
kartkóweczka:
1) Enzymy wskaźnikowe (definicja, norma, podział),
2) przyporządkuj enzym do podanej choroby:
a) cholestaza
b) rak gruczołu krokowego
c) wirusowe zapalenie wątroby, marskość,
d) urazy mięśni,
e) "ostry brzuch", zaostrzenie przewlekłego zapalenia trzustki,
3) jakie enzymy mogą być badane metodą immunologiczną?
4) markery zawału mięśnia sercowego (początek wzrostu, normalizacja)
5) przyporządkuj podane enzymy do podziału wg. międzynarodowej unii biochemicznej:
a) AP
b) alfa amylaza
c) CK
d) któraś fosfataza ( nie pamiętam dokładnie)
e) AspAT, AlAT
dr Wójcik
1. CK -budowa, izoenzymy, znaczenie diagnostyczne
2.Tabelka z Kokota (profil enzymatyczny zawału serca)
3. Metoda oznaczania fosfatazy kwaśnej
4. Wymienić enzymy których oznaczamy stężenie a nie aktywność
Pytania od Virginii
kartkóweczka:
1. Wymienić enzymy żółci (skrót i pełna nazwa)
2. Kiedy następuje fizjologiczne zwiększenie poziomu fosfatazy zasadowej
3. Reakcja katalizowana przez GOT
pytania od dr Puchalskiej:
kartkóweczka:
1. enzymy żółci
2. wskaźnik de Ritisa opisać, o czym świadczy, jakie normy
3. wzrost amylazy świadczy o jakich chorobach
4. izoenzymy AP + markery nowotworowe, w jakich stanach FIZJOLOGICZNYCH wzrasta
5. HBDH
6. jak się bada rak prostaty, jakie techniki się wykorzystuje
kinetyka u dr. W:
1. krzywa progresji
2. inhibicja mieszana, wykres
3. wykrywanie peroksydazy zasada metody
4. met. Kinetyczne
na czym polega ten wzór korygowania stężenia wapnia przy kwasicy i alkalozie?
7,4 minus pH oznaczone u pacjenta
Pytania od Puchalskiej
1. metody oznaczania fosforu
2. wpływ wit. D na gospodarkę wapniowo-fosforanową
3. przyczyny hipofosfatemii
z enzymów ważnych klinicznie u Puchalskiej:
1. AspAT: zaklasyfikować do obu podziałów, napisać reakcję, jaką przeprowadza, kofaktor reakcji
2. fosfataza kwaśna: izoenzymy i jak się je oznacza, znaczenie diagnostyczne
2. alfa-amylaza: normy, kiedy podwyższone wartości tylko w moczu, tylko w surowicy, w moczu i w surowicy...
u Puchalskiej
1. na wapniu i fosforze była do podania norma wapnia ...
2. Na resorpcje zwrotna wapnia wpływa...
3. dobowe wydzielanie wapnia w moczu...
4. Czynniki powodujące hiperfosfatemie/ hipokalcemie
itd. itp.
pytania od Virdżinii 
1. metody oznaczania fosforu (opisać dokładnie)
2. zmiany pH krwi, wpływ na stężenie Ca
3. przyczyny hiperfosfatemii
4. pierwotne zaburzenia gospodarki wapniowej dotyczą... i powodują...
Pytania od Virgo
1. Metoda Kramera i Tisdalla.
2. Wzór na obliczanie ilości wapnia u osób z zaburzeniami pH.
3. Nadmiar wit D - spowoduje hiperfosfatemię czy hipofosfatemię?
4. Co wpływa na kalcemię?
przeliczenie stężenia Ca = 3,5 mmol/l na mg/dl
P = 1,5 mmol/l na mg/dl
2. Kalcytonina ...... wchłanianie Ca poprzez .....
3. wydalanie Ca z moczem - ile - w jednostkach SI
4. wydalanie fosforu - ile - w jednostkach SI
5. Hiperkalcemia - pod wpływem czego / kiedy się obserwuje / leki
6. Kiedy nadmierna mobilizacja wapnia z kości
7. Jaka elektroda najczęściej stosowana przy pomiarach Ca
8. Pod wpływem......../o-hydrohinonu/ oznaczamy fosfor - redukcja - cos w tym stylu
9. Co wzmaga proces wydalania Fosforu* ogólnie - wydalanie - wchłanianie - resorbowanie Ca i P - dużo było tego
...... /86%/ fosforu ogolnoustrojowego w przestrzeniach pozakomórkowych ....../14%/ w płynie środkomórkowym, rola fosforu ..........
* Pamiętacie też o odpowiedniej kolejności czynników wpływających na hiperkalcemię, hipofosfatemię itp wg skryptu oczywiście
1. Rola 1-hydroksylazy
2.Przeliczanie stężenia wapnia z mmol/l na mg/dl
3. Co hamuje resorpcje zwrotna wapnia
4.Co robi kalcytonina w przewodzie pokarmowym i przez jaki mechanizm działa
5.Co wpływa na wzrost resorpcji zwrotnej fosforanów
6. Przyczyny osteolizy
7. Co powoduje hiperkalcemie - kolejność!
W sytuacji hipokalcemii najłatwiej jest uzyskać wapń z kości trochę trudniej z przewodu pokarmowego. najpóźniej następuję wzrost resorpcji zwrotnej w kanalikach nerkowych.
* Jaka elektroda najczęściej stosowana przy pomiarach Ca
JONOSELEKTYWNA z warstwą błony absorbującej odpowiednie kationy czy cos takiego
Czynnik Tkankowy występowanie, właściwości fizjologicznie, mechanizm
2. Definicje Katal, aktywność właściwa, aktywność molekularna.
3. Inhibitory kompetycyjne, równanie podwójnej odwrotności, inhibitory enzymów jako leki
4. Allosteria
5. Acetylocholinesteraza, inhibitory, reaktywatory
6. PSA, budowa, występowanie, funkcja diagnostyczna
Ad.1.Mechanizm aktywacji, znaczenie fizjologiczne i patologiczne
Ad.4.Modele przekształceń allosterycznych - dokładny opis
Ad.5 Katalizowana reakcja
o PSA na wykładzie było, że....jest glikoproteiną i jest monomerem
pytania od dr Wójcik:
1. dokładnie znać normy i kiedy się pojawiają we krwi
2. przyporządkować do klas enzymy i podać cyferki tych co sa w skrypcie (np. EC 1.11.1.3)
3.IRN
4.osoczowe markery cholestazy
5.makroamylazemia
dr S.
wejściówka:
1)AspAT- zakwalifikuj wg. podziału międzynarodowego i R.-Hessa
2)AspAT- koenzym, katalizowana reakcja
3) Zamień 20UI na katale bez postaci wykładniczej (chodzi o przedrostek np.mikro)
face to face:
markery cholestazy,
którego enzymu badamy aktywność u kobiety w ciąży z podejrzeniem cholestazy,
markery chorób mięśni poprzecznie prążkowanych,
wzrost AlAT,
fizjologiczny wzrost fosfatazy zasadowej,
diagnostyczne znaczenie badania aktywności GTTP przy zawale,
kartkóweczka:
1)enzymy wskaźnikowe (definicja, norma, podział),
2)przyporządkuj enzym do podanej choroby:
a)cholestaza
b)rak gruczołu krokowego
c)wirusowe zapalenie wątroby, marskość,
d)urazy mięśni,
e)"ostry brzuch", zaostrzenie przewlekłego zapalenia trzustki,
3)jakie enzymy mogą być badane metodą immunologiczną?
4)markery zawału mięśnia sercowego (początek wzrostu, normalizacja)
5)przyporządkuj podane enzymy do podziału wg. międzynarodowej unii biochemicznej:
a)AP
b)alfa amylaza
c)CK
d)któraś fosfataza ( nie pamiętam dokładnie)
e)AspAT, AlAT
dr Wójcik
1. CK -budowa, izoenzymy, znaczenie diagnostyczne
2.Tabelka z Kokota (profil enzymatyczny zawału serca)
3. Metoda oznaczania fosfatazy kwaśnej
4. Wymienić enzymy których oznaczamy stężenie a nie aktywność
Pytania od Virginii
kartkóweczka:
1. Wymienić enzymy żółci (skrót i pełna nazwa)
2. Kiedy następuje fizjologiczne zwiększenie poziomu fosfatazy zasadowej
3. Reakcja katalizowana przez GOT
pytania od dr Puchalskiej: (właściwie to uzupełnianka bo jej dzisiaj nie było):
1. enzymy żółci
2. wskaźnik de Ritisa opisać, o czym świadczy, jakie normy
3. wzrost amylazy świadczy o jakich chorobach
4. izoenzymy AP + markery nowotworowe, w jakich stanach FIZJOLOGICZNYCH wzrasta
5. HBDH
6. jak się bada rak prostaty, jakie techniki się wykorzystuje
kinetyka u dr. W:
1. krzywa progresji
2. inhibicja mieszana, wykres
3. wykrywanie peroksydazy zasada metody
4. metody . kinetyczne
Pytania od dr Gawlika :
1. Frakcje wapnia we krwi i ich udział procentowy
2. Normy fosforu w surowicy i metody jego oznaczania
3. Normy wapnia w surowicy i schorzenia w których występuje hiperkalcemia
4. Patogeneza krzywicy
Pytania od Posieleżnej z witamin
1.Skutki niedoboru kwasy foliowego + test FIGLU-zasada, metody, norma itd.
2.Antyoksydacyjne właściwości wit. E
3.Metoda sprawdzenia wchłaniania wit. B12-zasada,opisac,norma itd.
4. przyczyny niedoboru B12.
Posielężna pytała dokładnie o te wszystkie testy, na czym dokładnie polega antyoksydacyjne działanie wit. E i wyjaśnić co to pułapka kwasu foliowego.
Pytania od dr Virgini:
1. Test Figlu - reakcja, zastosowanie, interpretacja wyniku
2. Pułapka kwasu foliowego - reakcje, enzym w tym uczestniczący
3. Kobalamina-aktywne koenzymy, przyczyny niedoboru
Pytania od dr S
Wejściówka:
1. Źródła B12 w diecie przeciętnego Polaka ( nie pisać wątróbka 
)
2. Po co stosujemy Test Shillinga
3. Przyczyny niedoboru wit.K
Part 2:
1. różnica między anemią a skazą krwotoczną
2. szkorbut a niedobór wit. C
3. wit.C - wchłanianie pierwiastków (jakie)
4. funkcje wit.B6
5. w jakiej reakcji uczestniczą porfiryny
6. kwas foliowy a kobiety w ciąży (głównie chodziło o niedobór)
pytania z WITAMIN dr W !
uzupełnianka
1. Test Schilinga wykonujemy do .... (wykrywania nieprawidłowości absorpcji wit B12)
2. Test Schilinga wykonujemy w ... (DZM) i norma wynosi >16%
3. Niedokrwistość występuje w przypadku niedoboru witamin ... B2 B6 B12 kwas foliowy A E
4. Do czego metabolizowana jest wit C ... (kwas szczawiowy)
5. Funkcje witaminy C ... występowanie
6. Co to jest FIGLU ... (kwas formiminoglutaminowy) w co się zmienia ... (glutaminian) i przy niedoborze jakiej witaminy ta przemiana nie zachodzi ... (kwas foliowy, FH4)
7. Funkcje witaminy B12 ... (homocysteina -> metionina i meylomalnylo-CoA -> bursztnylol-CoA)
8. Podawanie kwasu foliowego w czasie ciąży w ilości ... (0,4 mg/24h) zapobiega ... (wady cewy nerwowej u potomstwa)
9. Gdzie witamina B12 jest magazynowana ... (wątroba) i na jak długo wystarcza jej zapas ... (2-5 lat - tak było w wykładzie ale ona mówiła 2-3 lata)
Virdżinia
ustnie
1. budowa wit B12, jej funkcje, jak jest transportowana (dokładnie), gdzie występuje i nie wolno powiedzieć, że wątróbka bo wątróbki to nie jemy sobie codziennie - trzeba powiedzieć pokarmy pochodzenia zwierzęcego 
2. funkcje wit C
3. formy wit A
4. do czego i jak robimy test ksanturenowy, MMA, co to za objaw jak w moczu występuje MMA (acyduria metylomalonowa)
Pytania od Virgo:
1. Witamina P - budowa i funkcje.
2. Kwas retinowy - funkcje.
3. Kwas ksanturenowy - szlak metaboliczny i opis testu ksanturenowego.
4. Witamina B12 - budowa, koenzymy, choroby występujące przy niedoborze. Czy B12 można podawać ludziom z wyleczoną chorobą nowotworową? Uzasadnij. - nie można podawać wit. B12, ponieważ jest stymulatorem podziałów komórkowych, ingeruje w metabolizm kwasów nukleinowych.
dr Puchalska
Dlaczego witamina B12 jest krwiotwórcza
2. Test obciążający na wit. B6 (razem z tym całym szlakiem syntez)
3. Przyczyny niedoboru K
4. Skutki niedoboru E
Dlaczego jednostek Bodańskiego nie przelicza się na jednostki międzynarodowe ... 
pytania u dr Virginii:
Witaminy:
1. Reakcja w której bierze udział deoksyadenozylokobalamina. W jakim szlaku występuje
2. Izoniazydy hamują jakie witaminy
3. test FIGLU- schemat szlaku, wykonanie, interpretacja wyniku,
Poprawa Ca i P
1. Hiperkalcemia- definicja i w jakich chorobach występuje
2. metoda urbacha-raabego
3. Hipofosfatemia- definicja, przyczyny
4. Kalcemia- co na nią wpływa i jakie procesy.
pytania na poprawie Ca&P u dr Posielężnej:
1. co to jest hipokalcemia i jak organizm na nią reaguje - jak jej przeciwdziała
2. fosfor - normy, funkcje w organizmie, metody oznaczania
Ca&P :
1. wszystkie cyferki, normy itp
- w surowicy : jony Ca - 50%, Ca- albuminy- 40%, Ca- fosforany, cytryniany, siarczany - 10%
2. przyczyny hiperkalcemi - mają być w takiej kolejności jak w skrypcie, nie pomylić!!
3. uzupełniające metody diagnostyczne: rozmaz krwi obwodowej i biopsja
4. hipokalcemia: tężyczka, napady drgawkowe -> mylone z padaczką
5. do transportu aktywnego wymagane są jony Na
6. uwzględnić witaminę D, i hormony PTH i CPK
7. błąd przedlaboratoryjny: przygotowanie pacjenta do badania, złe pobranie, brak odwirowania, błędy dzielimy na systematyczne i przypadkowe
8. błąd interpretacji
9. dokładnie metody
WITAMINY:
1. wit. PP - 3D - pelagra
2. wit. A :
RAR - dla ATRA, 9cisRA i 13cisRA (te dwie mogą się przekształcać w pierwszą, natomiast w niektórych może przechodzić 9cisRA w ATRA)
RXR - dla 11cisretinal
prowitaminy - karotenoidy i luteina
ARBP - białko drobnocząsteczkowe, mogłoby być wydalane przez nerki ale łączy się z transtyretyną
formy izomeryczne wit. A: 11-cis-retinal, ATRA, 9-cis retinal, 13-cis retinal
3. po wstrzyknięciu czegoś z wit. B12 dochodzi do odnowy megaloblastycznej
4. nadmiar cysteiny - choroby serca niedokrwienne
5. niedokrwistość: brak triady (B6, B12 i foliowy)
7. odnowa megaloblastyczna krwi , pułapka kwasu foliowego
8. niedobór witaminy B12 - testy potwierdzające braki
Endoenzymy
- są to enzymy wewnątrzkomórkowe, spełniające swoją funkcję w komórce, w której powstały
- do grupy tej należy większość enzymów ustroju
- zaliczamy do nich enzymy biorące udział w przemianach anabolicznych (np. syntaza kwasów tłuszczowych, enzymy biorące udział w biosyntezie aminokwasów endogennych), jak też i enzymy przemian katabolicznych (np. enzymy glikolizy)
- przemiany katalizowane przez endoenzymy często układają się w długie szlaki metaboliczne i cykle (np. glikoliza, cykl pentozofosforanowy, cykl mocznikowy); przemiany te są ze sobą sprzężone i powiązane w ramach metabolizmu wewnątrzkomórkowego
- aktywność endoenzymów podlega złożonej regulacji głównie poprzez związane ze zjawiskiem allosterii mechanizmy sprzężenia zwrotnego, inhibicję niekompetycyjną itd.
- bardzo istotna dla regulacji aktywności endoenzymów jest kompartmentalizacja - umiejscowienie określonych enzymów np. w lizosomach, cysternach ER itd.
- można je podzielić na endoenzymy cytozolowe (np. enzymy glikolizy, cyklu pentozofosforanowego, syntaza kwasów tłuszczowych) i mitochondrialne (enzymy cyklu Krebsa, beta-oksydacji)
- do endoenzymów zaliczamy enzymy indykatorowe
- wśród endoenzymów odnajdujemy kompleksy wieloenzymatyczne: dehydrogenaza pirogronianowa (mitochondrium), syntaza kwasów tłuszczowych (cytozol)
Ektoenzymy - kojarzy mi się tylko lipaza lipoproteinowa, HTGL i konwertaza ACE
ektoenzymy to są lipazy lipoproteinowe - na kurzej stopce przyczepione do śródbłonka
co do metali ciężkich wpływających na enzymy, to ja bym dodał że mają wysokie powinowactwo do siarki w resztach cysteiny, przez co zmieniają trwale konformację przestrzenną enzymów..
Fosfataza Alkaliczna jest enzymem najtańszym w oznaczeniu ( koszt ok 5 zł ) i nie wykonuje się jej jako markera schorzenia w wieku dziecięcym gdyż jest fizjologicznie zwiększona ( konkretnie izoenzym kostny) i nic nie wnosi odnośnie cholestazy ( izoenzym wątrobowy). - pytanie u Profesora. Tyle
Nie oznacza się go także u kobiet w ciąży, ze względu na izoenzym łożyskowy!
pytania od dr Posielężnej
kartkówka:
1. krzywa żelazowa
2. wymienić przynajmniej 5 enzymów miedziozależnych
3. organifikacja jodu
przy dopytaniu:
1. selen, jego funkcje biologiczne, dzienna dopuszczalna dawka, schorzenia wywołane nadmiarem, metody wykrywania.
pytania od Virdżinii :
1. zapotrzebowanie na selen w mg
2. kwas pikolinowy- rola w organizmie,
3. wpływ fluoru na kości
4. rola glutationu w metabolizmie miedzi
Pytania od dr Wójcik:
1. mangan-zapotrzebowanie, występowanie, funkcja
2. białka i enzymy selenozależne- występowanie i ewentualnie jak ktoś wie, to jaka funkcja
3. przyczyny hipomagnezemii
4. krzywa żelazowa -zasada metody i interpretacja
Żelazo i pierwiastki
1. Mangan - zapotrzebowanie, niedobór itp
2. TIBC - TABELKA zmiany Fe i TIBC w różnych zaburzeniach, itp
3. Choroba Wilsona
TABELKA z zapotrzebowaniem, stężeniem i zawartością w ustroju ( cynk, kobalt, selen, miedz i inne )
u dr Posielężnej:
1. pojęcia: homogenizacja, sonifikacja
2. metoda Lowry'ego - zasada, czułość
3. prawidłowy proteinogram, jakie białka należą do frakcji beta-globulin
od drW:
1. haptoglobina
2. metoda refraktometryczha
3. frakcja beta-globulin, nieprawidłowości
4. diagnostyka gammapatii monoklinalnej
pytania od dr W:
1. Fibrynogen - stężenie, kiedy się podwyższa stężenie
2. CRP
3. Szpiczak mnogi - step by step diagnostyka
4. stężenie białka:
a) w surowicy
b) w płynie mózgowo rdzeniowym
c) w moczu
d) w płynach
Pani dr Puchalska - Białka
1. Hipergammaglobulinemia monoklonalna
2. CRP
3. Oznaczanie fibrynogenu oraz jego stężenie w osoczu
Obliczenia
Termin I
24mikrolitr => mm3; 1mikrolitr = 10^-6 litra; 1 litr = 1000cm3 = 10^6mm3 24mikrolitr=24mm3
12ml>mm3 12ml = 12cm3 = 12000mm3
0,045ml>mm3 45mm3
0,047g>mg 47g
25dl>mm3
Proste zad na Cp,
Zadania na krotność rozcieńczenie
cm3 na mikrolitry = 1cm3 = 1ml =10^-3l = 10^3l
ml na mm3 a te z kolei na mikro l => 1cm3 = 10^3mm3 => 1mm3 =1mikrolitr
1. Do szklanki syropu malinowego dodano 3 szklanki wody. Ile razy rozcieńczyl się syrop? 4 razy
2. Ile NaCl znajduje się w 250ml butelce soli fizjologicznej (0,9%)? 2,75
termin II:
10 mikro g>mg
Lekarz zalecił pacjentowi branie 0,5g leku dziennie, dostępne są tylko tabletki po 500mg.Ile tabletek dziennie musi brać pacjent.
mikro l>mm3
Glukoza w krpolówce jest ...% ...podobne do tabletek
Ile należy użyć 30% HCl aby zobojętnić ...mol KOH
2.PCR, izolowanie DNA
Ćwiczenie I
1. Wybrane właściwości:
- odczyn kwaśny
-rozpuszczalne w śr. Zasadowym
-tworzą koloidy
-w śr. Kwaśnym wiążą zasadowe barwniki
-tworzą nukleoproteiny
-do oddzielenia białka- NaCl lub wytrząsanie z chloroformem i oktanolem
-efekt hiperchromowy
-stabilność:
-siła jonowa
-pH
-skład zasad
-podlega denaturacji
-podlega renaturacji
-podlega hybrydyzacji
Hybrydyzacja- do próbki denaturowanego DNA lub RNA dodajemy inny preparat jednoniciowego DNA lub RNA i przeprowadzamy renaturację.
2. Pobieranie materiału biol.
-do izolowania materiału nadają się wszystkie komórki zawierające jądro
3. Ilość materiału:
-1 ml krwi obwodowej (na EDTA-Na2)- wersenian disodowy, sól sodowa kwasu etylenodiaminotetraoctowego
-25-30 mg tkanki
-10 ml płynu owodniowego
Do PCR minimalna ilość materiału.
4. Przechowywanie- zamrożony, materiał suchy w temp. Pokojowej
5. Izolowanie DNA z materiału biologicznego
Cel- uzyskanie wysokocząsteczkowego DNA, oczyszczonego z białek i inhibitorów enzymów
Etapy:
-liza komórek
-denaturacja białka
-usunięcie białek i innych zanieczyszczeń
-zagęszczenie kwasu nukleinowego
Metody:
-ekstrakcja DNA fenolem i chloroformem
-odsalanie białek
-zastosowanie mocznika
-zast. Izotiocyjanianu guanidyny
-zast. Proteinazy K
-rozbicie błon komórkowych i jądrowych detergentem -> trawienie proteinazą K (aktywna w 1% np. SDS- siarczan dodecylu sodu)-> denaturacja i ekstrakcja DNA fenolem -> strącenie DNA alkoholem
Wada- duża ilość materiału wyjściowego
-izolowanie DNA z plemników, plam nasienia, wymazów z dróg płciowych- metoda preferencyjnej lizy
(oporność chromatyny plemników na lizę SDS i proteinazą K, łatwo chromatyna somatyczna)
BO- zamiast histonów- cysteinowe protaminy ( wiązania dwusiarczkowe- co zapewnia oporność),
Izolacja za pomocą ditiotreitolu- redukuje wiązania dwusiarczkowe
- do badań populacyjnych- detergenty SDS, Triton X-100- do rozbicia błon kom. I inaktywacji nukleaz
I sole chaotropowe- chlorowodorek, izotiocyjanian guanidyny (DNA ulega absorpcji na cząstkach szkła lub krzemionki)
6. Izolowanie DNA z krwi- w podr.
7. Izolowanie RNA z materiału biol.
-RNA mniej stabilny termodynamicznie bo posiada gr. Hydroksylową w pozycji 2’ rybozy, czyli bardziej wrażliwy na temperaturę
-należy zahamować aktywność rybonukleaz (stabilne i aktywne enzymy, we wszystkich komórkach, degradują RNA)
-wszystkie odczynniki powinny zawierać DEPC (dietlopirowęglan)- hamuje aktywność rybonukleaz, silny mutagen (praca w rękawiczkach)
-metody:
-frakcjonowanie całkowitego RNA
-z komórek, które w zwiększonej ilości syntetyzują określony typ RNA
- Poli(A) RNA
-z rybosomów
- całkowitego, a następnie określonego RNA przy pomocy odwrotnej transkryptazy jako cDNA
Metodą PCR
-najnowsze techniki- wiązanie RNA do żelu krzemionkowego w śr. Wysokojonowego buforu (zapewnia selektywność wiązania RNA
-próbki biol. Są lizowane i homogenizowane w buforze denaturującym zawierającym GITC (izotiocyjanian guanidyny)-inaktywuje rybonukleazy
-wyizolowany i całkowity RNA można przechowywać w temp. -20 lub -70 przez 1 rok
8. Analiza chemiczna preparatów DNA i RNA
-analiza na zawartość fosforu,azotu,RNA,DNA i białka (czyste preparaty- stosunek azotu do fosforu- 1,6-1,7)
-spektrofotometria
Kwasy nukleinowe pochłaniają światło nadfioletowe (250-280nm)- właściwość tą posiadają związki zawierające układ purynowy i pirymidynowy)
Max. Pochłaniania- 260nm
Min.-230 i 290nm
9. Określenie czystości i stężenia kwasów nukleinowych w preparatach
1)pomiar absorpcji światła UV
2)elektroforeza w żelu agarozowym i porównanie z preparatem o znanym stężeniu po wybarwieniu
Bromkiem etydyny
1)preparaty powinny być rozcieńczone wodą destylowaną lub buforem TE
Po kalibracji wartość odczytuje się przy 260,280 i 320 nm
2)rzadziej stosowana, ale można ocenić jakość preparatu
Jest to porównanie podczas elektroforezy w żelu agarozowym preparatu badanego z preparatem o znanym stężeniu
10. Metody elektroforetyczne i sposoby barwienia DNA
Technika stosowana do rozdziału, analizy i oczyszczenia kwasów nukleinowych
-DNA i RNA mają ujemny ładunek (reszty fosforanowe), wędrują do anody (+), szybkość w polu El. Zależy od wielkości i kształtu
-20ng- min ilość DNA- widoczne prążki po wybarwieniu bromkiem etydyny
-w żelu agarozowym ruchliwość elektroforetyczna DNA jest odwrotnie proporcjonalna do logarytmu masy masy cz. (Da lub kb)
Metody barwienia:
-roztworem bromku etydyny (max fluorescencja przy dł. Fali 302 lub 312nm)
Bromek dodaje się bezpośrednio do żelu lub wybarwia się żel barwnikiem po elektroforezie
Bromek wykrywa kilka nanogramów DNA (wydajniej przy dwuniciowym DNA)
-srebrem(w postaci azotanu srebra)
Czulsze i wykrywa 1-10 dg DNA na 1mm2
Odpłukanie niezwiązanego srebra -> redukcja srebra formaldehydem i węglanem sodowym, lub tiosiarczanem sodu (kolor brązowy ma zredukowane srebro) -> ekstrakcja DNA
Gł. Dla żelu poliakrylamidowego
11. Najczulsze met. Detekcji kw. Nukleinowych- radioizotopy lub znaczniki fluorescencyjne
Żel agarozowy- rozdział DNA do 200 pz
Żel poliakrylamidowy- krótsze fragmenty
Szybkość migracji na żelach zależy od:
-masy cz. DNA (ruchliwość El. Jest odwr.prop. do log dz. Liczby pz)
-struktury DNA (forma liniowa wędruje najwolniej, kolista najszybciej)
-stężenia żelu ( im większe tym wolniej)
-natężenia pola El (5V/cm)
-temp (pokojowa)
-składu i siły jonowej buforu
Elektroforeza na żelu agarozowym
-zdolność rozdzielcza zależy od ilości porów
-najczęściej w 0,8% żelu
-do rozdziału mniejszych cząstek (0,2-2kb)- 1,4-2%
-do rozdziału większych cząstek (10-20kb)-0,5-0,7%
-żel pozwala na rozdział cząsteczek kwasów nukl. Tej samej wielkości, ale różniących się kształtem
Elektroforeza na żelach poliakrylamidowych
-otrzymuje się go przez polimeryzację akryl amidu w długie łańcuchy z wytworzeniem wiązań
Poprzecznych przez dodanie bis-akrylamidu (zmieniając między nimi stężenie można regulować sieciowanie)
-do polimeryzacji potrzebne są:
-katalizator (nadsiarczan amonowy lub potasowy)
-zw. Inicjujący reakcję (TEMED- N,N,N’,N’-tetrametyloetylenodiamina)
-do rozdziału 200pz – 20% poliakrylamid
-1000pz- 3%
-używany też do rozdziału jednoniciowego DNA np. sekwencjonowanie
Żele denaturujące
-Ruchliwość El zależy oprócz wielkości i ładunku od str.przestrzennej
-aby okr.ich wielkość należy wyeliminować różnice w migracji wywołane ich różną strukturą
-czynniki denaturujące kw.nukl.w żelach są:
- Mocznik(2-40%)
-formaldechyd(2-7M)
-chlorowodorek guanidyny
-gradient temp.
Żele tego typu stosowane w technice: PCR-DGGE, PCR-TGGE
12. PCR-amplifikacja DNA techniką reakcji łańcuchowej polimerazy
-do powielania materiału gen.o wielkości do 2kb, met.enz.z ilości pikogr
-umożliwia amplifikację in vitro wybranych odcinków DNA i RNA uprzednio przepisanego na cDNA
-alternatywna do klonowania
-zaleta- można wykorzystać zdegradowany DNA ( jeśli nie dotyczy amplifikowanego fragmentu)
-naśladuje replikację
-polega na enz.amplifikacji wybranych fragmentów za pomocą termo stabilnej polimerazy
-enzymy, które in vivo przygotowują matrycę do replikacji, zastąpione termiczną denaturacją DNA
-primosom i synteza starterów zastąpione syntetycznym oligonukleotydem komplementarnym do 3’-końca wybranego regionu matrycy
13. Przebieg PCR
-cykliczne powtarzanie denaturacji cząsteczki DNA, przyłączaniu starterów i synteza nowej nici
-denaturacja termiczna- 92-94 stopnie C
-mieszanina to:
-matryca DNA lub RNA
-dNTP (substraty dla polimerazy i dostarczają energię)
-termostabilna polimeraza,
-bufor
-startery-primery
-obniżenie temp.do 40-60 stopni C- łączenie się primerów (hybrydyzacja) z komplementarnymi odcinkami DNA
-synteza nowej nici (elongacja)- temp. 72stopni C -> podgrzanie-> dwuniciowe fragmenty dysocjują-> oziębienie-> cykl się powtarza
-reakcja przeprowadzana jest w termocyklerach(termoblokach)
-po powieleniu DNA może być poddany elektroforezie, analizie restrykcyjnej, hybrydyzacji lub sekwencjonowaniu
- nie można wykrywać mutacji punktowych- do tego służy
LCR – ligazowa reakcja łańcuchowa
-reakcja cykliczna, ale nie ma etapu wydłużania starterów przy pomocy polimerazy DNA, lecz łączenie ich termo stabilną ligazą
14. Wykrywanie znanych mutacji
-enzymy restrykcyjne- PCR-RFLP
-RFLP-wykorzystuje transfer Southerna i hybrydyzację sondami molekularnymi po pocięciu DNA enzymami restr.
-RG-PCR i ACRS-PCR- wprowadzenie do powielanego materiału takiej zmiany nukleotydów, aby łącznie ze zmianą powstałą w wyniku mutacji, utworzyło się się miejsce char.dla danego enzymu restr.
-ARMS-PCR i ASA-PCR- pozwalają rozróżnić allele badanego fragmentu
Porównuje się wyniki z 2 niezależnych reakcji PCR, które mają 1 wspólny starter, a 2 jest
Komplementarny do sekwencji prawidłowej lub zmutowanego
-PCR-ASO
Amplifikuje się wszystkie allele, a rozróżnianie odbywa się przez hybrydyzację z 2 różnymi sondami molekularnymi specyficznymi dla sekwencji prawidłowej lub zmutowanej
-odwrócony PCR- amplifikacja fragmentów o nieznanej sekwencji
-wewnętrzny PCR
-RT-PCR
Tech.połączona z odwrotną transkrypcją
Analiza ekspresji i wykrywanie patogenów, których materiałem gen.jest RNA
-PCR-multipleks- amplifikacja kilku regionow 1 lub kilku genów
15. Przesiewowe techniki identyfikacji zmian sekwencji nukleotydów- wykorzystują produkty reakcji PCR i pozwalają na wykrycie mutacji
-PCR-HD
Analiza hetero dupleksów polega na wychwyceniu braku parowania pomiędzy pojedynczymi nukleotydami w komplementarnych fragmentach kwasów nukleinowych
-PCR-SSCP
Analiza polimorfizmu jednoniciowych fragmentów DNA
Umożliwia wykrycie nieznanych mutacji
-PCR-DGGE
Analiza elektroforetyczna w gradiencie czynnika denaturującego (mocznik,formamid-DGGE,
Temperatura-TGGE
Wejsciówka:
1.Pełna nazwa DNA? Kwas deoksyrybonukleinowy
2.Przebieg PCR:
Niezbędne komponenty reakcji PCR:
Para oligonukletydowych starterów [primerów] – o długości 18-30 nukleotydów, średnio 20, dodawane w nadmiarze, by zapewnić wysoką wydajność przeprowadzanej reakcji. Muszą być tak zaprojektowane, by:
każdy był komplementarny do sekwencji oskrzydlających (leżących bezpośrednio przed fragmentem docelowym), na każdej z nici DNA od końca 3’,
mogły się wydłużać w dwóch przeciwnych kierunkach,
Wykazywały podobną zawartość G+C.
Matryca DNA lub RNA – to pojedyncza nić DNA lub RNA,
Substraty – Trójfosforany deoksynukleotydów [dNTP],
Termostabilna Polimeraza DNA
Bufor, odpowiednie stężenie pozwala optymalizować reakcję PCR,
Jony Mg2+, odpowiednie stężenie pozwala optymalizować reakcję PCR.
Wyizolowanie DNA.
Denaturacja DNA powstaje matryca DNA:
w wysokiej temp. 95oC przez 60sekund,
czynnik stabilizujący: jony sodu
czynnik destabilizujący: mocznik
Aniling [Renaturacja] [Hybrydyzacja sondą molekularną]Przyłączenie starterów – musimy znać sekwencję flankującą.
40-60oC, temperatura jest dobierana na zasadzie topnienia, zależy od długości i sekwencji startera1,
Elongacja [Polimeryzacja] Synteza nowej nici DNA między starterami:
72oC, przez 60-90sekund,
Termolabilna polimeraza syntetyzuje nową nić i wykorzystuje dNTP jako substraty. Każda nić docelowego DNA jest kopiowana od miejsca przyłączenia startera, od końca 3’.
Amplifikacja – powtórzenie cyklu, w praktyce stosuje się 20-40 cykli, ponieważ przy większej ilości zwiększa się prawdopodobieństwo wystąpienia błędu podczas amplifikacji .
Ustnie:
Pytania od dr. Po poniedzialek 11;30
1. izolowanie dna z pełnej krwi obwodowej ( punkty, ale z opisem jak w praktycznej czesci np. supernatant usuwamy, zostawiamy )
2. jakie żele w elektroforezie używamy + kiedy jaki ( bez opisywania żeli)
3. skład mieszaniny reakcji PCR - pamietać o mg2+ !
4. Badanie stężenia i czystości próbki DNA.
5. LCR - tylko pełną nazwę podać i do czego uzywamy ( mutacje punktowe)
Pytania od dr W (poniedziałek 11.30)
1. TEMED - co to jest i wykorzystanie w biologii molekularnej.
2. Ruchliwość elektroforetyczna kwasów nukleinowych.
3. SSCP-PCR - nazwa i opis.
4. Bromek etydyny.
pytania od dr Wójcik: 1. metody izolowania DNA i RNA 2. opisać RT-PCR 3. Żele denaturujące - charakterystyka 4. określanie czystości kwasów nukleinowych.
ad.2 to wydaje mi się że tak, gdyż w skrzepie są też leukocyty które posiadają DNA.
ad.3 byłbym jednak przychylny do odpowiedzi że tylko z cebulką się do tego nadaje. (z tego co pamiętam, mogę się mylić, ale reszta włosa jest zbudowana ze zrogowaciałego nabłonka)
dopytka : nukleozyd a nukleotyd; estry nukleozydów i kwasu ortofosforowego(V) (5'-fosforany nukleozydów), podstawowe składniki strukturalne kwasów nukleinowych (DNA i RNA).
efekt hiperchromowy; rodzaje PCRów - podawała konkretne (nazwa + opis).
dr Garczorz, również poniedziałek 11:30:
1. Wymienić metody przesiewowe badania ludzkiego genomu i rozwinąć skróty.
2. LCR - opisz.
3. Jakiej metody użyjesz do wykrycia wirusa HBV? (zwykłe pcr a nie żadne RT, to DNA-wirus wbrew temu co mówią co niektórzy asystenci, dr Garczorz ma rację ;) )
Na powierzchni osłonki znajduje się HBsAg (antygen powierzchniowy wirusa HBV; hepatitis B surface antigen), odpowiedzialny za silną immunogenność wirusa. Wewnętrzny rdzeń wirusa zbudowany jest z antygenu HBc (HBcAg; antygen rdzeniowy wirusa HBV; hepatitis B core antigen).
Ważnym elementem modyfikującym odpowiedź immunologiczną gospodarza jest HBeAg, nie będący częścią składową wirusa. Powstaje on podczas translacji RNA kodującego regiony HBcAg. Zostaje następnie skrócony na karboksylowym końcu łańcucha i uwolniony z komórki.
Wrażliwy na środki fizykochemiczne, zachowuje właściwości zakaźne w surowicy w temp. 30°C przez 6 miesięcy, a w temp -20°C przez 15 lat.
Test HBV DNA jest badaniem molekularnym, za pomocą którego w istocie wykrywa się samego wirusa we krwi (żylnej), a więc obecność sekwencji kwasu dyzoksyrybonukleinowego (DNA) wirusa HBV. Badanie to najczęściej wykonuje się w postaci ilościowej, stwierdzającej zarazem poza samą obecnościa (+) miano wirusa, czyli jego średnią ilość w 1 ml krwi. Koszt badania to od 160 do 400 zł w zależności od laboratorium, w którym badanie się wykonuje. Badanie to wykonywane jest w ramach odpowiednich (refundowanych - darmowych) procedur ośrodki refernecyjne zajmujące się leczeniem przewlekłych zapaleń wątroby typu B i C. Zasadnością wykonania tego testu jest potwierdzone badaniami serologicznymi podejrzenie przewlekłego zapalenia wątroby typu B (hepatitis B).
Obecnie najbardziej popularną metodą odszukiwania DNA wirusa HBV w surowicy (a także w biopunktacie wątroby, leukocytach) jest metoda PCR (polymerase chain reaction - polimerazowa reakcja łańcuchowa), która polega na ujawnieniu sekwencji DNA przez ich powielanie przy użyciu termostabilnej polimerazy DNA (TaqDNA) bakterii Thermus acquticus (bytujących w gorących źródłach). Przy zastosowaniu badania HBV DNA PCR można wykryć od 10 do 100 genomów HBV w 1 ml surowicy. W krwi osoby zakażonej wykrywa się od 0,1 do nawet 1000 pg/ml HBV-DNA.
4. Etapy izolacji DNA (tak napisać jak w skrypcie, bez mikrolitrów i nazw odczynników)
lcr,
pcr-sscp,
zel denaturujacy: mocznik, formaldehyd, chlorowodorek guanidyny, gradient temperatury => PCR DGGE, TGGE
jaka metoda wykryjemy wirusa zapalenia wątroby typu b: PCR hybrydyzacja?
jakimi metodami mozna zidentyfikowac mutacje? Najpierw pcr screening, potem sekwencjonowanie.
Różnice miedzy DNA i RNA: deoksyryboza/ryboza, tymina/uracyl, konformacja helisy/rzadka
2.Budowa chemiczna i funkcje DNA i RNA
3.Zastosowanie diagnostyczne PCR:
Amplifikacja in vitro wybranych fragmentów DNA, RNA, cDNA2,
Amplifikacja DNA w znacznym stopniu zdegenerowanego, jeśli uszkodzenie nie dotyczy powielanej sekwencji,
Alternatywa dla klonowania, może być użyta do powielania rzadkich sekwencji w mieszaninie, trzeba znać jednak sekwencję otaczającą (oskrzydlającą) powielany fragment – by stworzyć odpowiednie startery,
Po reakcji PCR zwielokrotniony materiał można poddać:
Elektroforezie w celu ustalenia masy, ilości par zasad danego fragmentu,
Działaniu enzymów restrykcyjnych PCR RFLP.
Wykrywanie mutacji,
Wykrywanie zmian w genomowym DNA w chorobach genetycznych, predyspozycjach do chorób nowotworowych, wykrywaniu nowotworów,
Wykrywanie patogenów infekcyjnych (pasożytów, bakterii, wirusów)
Ustalanie zgodności tkankowej,
Wykrywanie polimorficznych sekwencji DNA na potrzeby identyfikacji indywidualnej – ustalanie pokrewieństwa,
Badanie pochodzenia śladów biologicznych – kryminalistyka,
Diagnostyka molekularna.
4.Czy z surowicy można pobrać materał na badanie polimorfizmu/PCR? Tylko jeśli szukamy wirusa HBV/ ew. sa tam sladowe ilości leukocytów
Surowica, serum, osocze krwi pozbawione białka fibrynogenu (włóknika) oraz innych składników biorących udział w krzepnięciu krwi (układ krzepnięcia).
Osocze krwi, część płynna krwi stanowiąca 4,5% ciężaru ciała, lub 3-3,5 l, ok. 55% jej objętości, w której zawieszone są elementy morfotyczne, czyli krwinki.
5.Czy można pobrać krew na heparynę do badania PCR? Nie, heparyna zaburza działanie niektórych enzymów restrykcyjnych
6.Czy można z erytrocytów izolować DNA? Nie, nie maja jąder komórkowych
7.Co to jest starter, z czego jest zbudowany? RNA starterowy (primer, starter) − oligonukleotydowy fragment RNA powstający z udziałem enzymu o nazwie prymaza. Muszą być tak zaprojektowane, by:
i. każdy był komplementarny do sekwencji oskrzydlających (leżących bezpośrednio przed fragmentem docelowym), na każdej z nici DNA od końca 3’,
ii. mogły się wydłużać w dwóch przeciwnych kierunkach,
iii. Wykazywały podobną zawartość G+C.
8.Rozwinąć skrót dNTP: deoksyrybonukluotydy
9.Co to jest ekspresja genu? proces, w którym informacja genetyczna zawarta w genie zostaje odczytana i przepisana na jego produkty, które są białkami lub różnymi formami RNA. I etap obejmuje proces transkrypcji i wytwarzania zakodowanego przez gen mRNA, w II etapie zachodzi translacja mRNA i synteza polipeptydu; informacja o budowie białka jest zawarta w kodonach.
10.Jak zbadać ekspresje genu? Northern blotting! Mikromacierz, RT-PCR Reverse transcription PCR, real-time PCR, , po przepisaniu mRNA na cDNA za pomocą enzymu odwrotnej transkryptazy i jego późniejszej amplifikacji za pomocą real-time PCR możliwa jest analiza ekspresji genów. Technika ta pozwala m.in określić jak zmienia się synteza białek po potraktowaniu określonym czynnikiem np. lekiem,
11.Dlaczego starter jest zbudowany z ok.20 nukleotydów, a nie np.z 5?
12.Ostatnie nagroda Nobla z chemii za co została przyznana? 2011 – Dan Shechtman – za odkrycie kwazikryształów
13.Czy w badaniu polimorfizmu można wykorzystać krew pobrana na skrzep(czy można wysłać do lab.skrzep)? Nie!
14.Podział wirusów, Które można oznaczyć w PCR(?) retrowirusy, o cyklu lizogenicznym
16.Czy można badać DNA z włosa? Tylko z cebulki
17.Skład mieszaniny do PCR: polimeraza, startery, dNTP, bufor, Mg2+,
18.W której metodzie PCR wykorzystuje sie RNA? RT PCR,
19.Po co są startery? Polimeraza musi mieć wolny koniec OH aby zacząć replikację
20.Opisać polimerazy PCR, skąd pobieramy
i. TAQ – najczęściej używana, thermus aquaticus
ii. VENT i TRU – mają aktywność 3’-5’nukleazy,
iii. BSD – syntezowanie bardzo długich łańcuchów do 7.000pz
polimeraza Pfu z archeowców Pyrococcus furiosis. Polimeraza Pfu charakteryzuje się większą progresywnością niż Taq, jednakże działa wolniej.
Przepisane z naszego rocznikowego forum. Niestety od dr Wójcik zbyt duzo pytań tam nie ma.
u dr Po
1. etapy izolowania genomowego DNA z krwi
2. okreslenie czystosci i stezenia kwasow nukleinowych w preparatach
3. przebieg reakcji PCR i opisac 4 warianty PCR
1. Wszystko na temat LCR
2. Wszystko na temat HD-PCR , nersted-PCR, RFLP-PCR.
3. Izolowanie z krwi, przechowywnie matreriałów biologicznych , jakie sie zbiera i ile.
Dr Francuz:
1. RT-PCR - krótki opis, jaki enzym tam działa
2. Etapy izolowania DNA z krwi obwodowej
3. PCR-SSCP - do czego się wykorzystuje i na czym polega
4. Żele natywne i denaturujące - krótki opis
Virgi: (od grupy 5)
1. PCR - pełna nazwa + skład mieszaniny
2. Czym się różni polimorfizm od mutacji.
3. Skład żelu poliakrylamidowego.
4. Dzięki czemu kwasy nukleinowe absorbują światło? Na jakich długościach?
1.Jakiego PCR użyjesz do analizy ekspresji genów.
2. PCR-ARMS-etapy, do czego służy
3. Izolowanie DNA genomowego-etapy
4.wszystkie składniki zelu poliakrylamidowego i do czego służą
Preferencyjna liza
Nukleozyd a nukleotyd
Określenie czystości kwasów nukleinowych (tabelka z absorbcją innych cząsteczek)
GITC
Efekt polichromowy
Dlaczego stosujemy ok 30 reakcji przy PCR a nie więcej
Polimerazy(pytania z seminarium)
dr W:
1. co to nukleozyd
2. metody okreslania czytości próbki
3.właściowści fizykochemiczne kw nukl
4.nie pamiętam
pytania u dr Goss:
1. etapy izolowania DNA z krwi
2. skład mieszaniny reakcyjnej w PCR
3. PCR a LCR - podobieństwa i różnice
4. RT-PCV
5. metody pomiaru czystości DNA/RNA
Ćwiczenie I
- jakiej metody PCR użyjesz aby wykryć wirusa HIV
- Southern blooting i northern blooting
- co to jest aniling
PCR SSCP-nazwa i zasada
określanie czystości DNA
co to jest hybrydyzacja
co to jest i do czego służy TEMED
inhibitory replikacji (chyba replikacji)
Rozwijanie skrótów po angielsku jest ważne.. i jeszcze mieliśmy dziwne pytania, na które nie do końca znaliśmy odp i nam pani dr podyktowała potem coś takiego:
dna dzielimy na:
zamplifikowane - pcr, klonowanie
niezamplifikowane - wzmocnienie sygnalu przy uzyciu sond molekularnych, hybrydyzacje w roztworze,hybryzydacje immobilizowanego dna(bloting), hybryzyzacja in situ, fish
polimerazy pcr: fragment klenowa, taq, stopella, vent, tfu, bst ( tutaj tak dyktowala ze ciezko bylo dokladnie uslyszec, wiec moga byc literowki)
wykrywanie mutacji- metody przesiewowe: pcr hd, sscp, dgge, ccm(trawienie chemiczne miejsca zmutowanego), ptt(protein truncation test), sekwencjonowanie
inedtyfikacja mutacjii:
rflp, aso, arms, ola
ograniczenia pcr:
koniecznosc znajomosci sekwencjii- zaprojektowanie primerow,
ograniczenie wielkosci amplifikowanego fragmentu
II termin:
1.Metody wykrywania mutacji punktowych SNP: (rodzaje PCR): PCR HD, SSCP, LCR, ASA, ASO, ArmS, pcr rflp i mikromacierze.
2.Opisać metodę SSCP
3.Ekspresja genu-jaką metodą ją wykrywamy
4.PCR w diagnostyce
5.Jakie mutacje można wykryć PCR RFLP?
Wykrywanie znanych mutacji punktowych [SNP].
Pozwala na wykazanie powiązań rodzinnych poprzez porównywanie charakterystycznych wzorów polimorficznych, które są otrzymywane, gdy określone regiony łańcucha DNA są powielane (szczególnie przy użyciu techniki PCR) i pocięte przez określone enzymy restrykcyjne.
W rozpoznawaniu DNA, określaniu obecności różnych alleli u osobników.
6.Różnica pomiędzy mutacją a polimorfizmem
Polimorfizm – występowanie różnic w populacji
Polimorfizm można podzielić na:
- SNP (ang. Single Nucleotide Polymorphism) - polimorfizm pojedynczego nukleotydu;
- polimorfizm sekwencji mini - i mikrosatelitarnych.
Polimorfizm może odnosić się do sekwencji kodujących lub niekodujących. Polimorfizm genowy oznacza występowanie różnorodnych odmian danego genu, co w konsekwencji może prowadzić do różnic w budowie i działaniu białka kodowanego przez ten gen. Przykładem jest podatność na działanie alkoholu etylowego wśród rasy azjatyckiej, związana z różnicą w budowie enzymu dehydrogenazy alkoholowej. Natomiast zmiany w sekwencjach niekodujących mogą prowadzić do zmiany ekspresji białek.
Zjawisko polimorfizmu pojedynczych nukleotydów wykorzystuje się w technice RFLP (ang. Restriction Fragments Lenght Polymorphism). p.nie objawia się fenotypowo, wystepuje częściej
7.Pobieranie krwi na badanie polimorfizmu
8.RFLP-wyjaśnij skrót
9.Co to są metody przesiewowe
10.Jak to się dzieje, że mamy mutację, a białko jest prawidłowe?
11.Zastosownie klasycznego PCR w diagnostyce
12.Do czego służy starter
13.Do czego służą w diagnostyce produkty PCR
14.Czy z obciętych włosów mozna izolowac DNA? Nie
15.Co to jest DNA
16.Czym sie rózni adenina od adenozyny: 6-aminopuryna / nukleozyd zbudowany z adeniny
17.rozwiń skrót dNTP
18.przebieg PCR; włosy wyrwane z widocznymi cebulkami ( ok. 5 sztuk włosów z cebulkami od każdej z badanych osób). Cebulki są wymogiem koniecznym, ponieważ wokół nich zgromadzone są fragmenty naskórka, z którego izolowane jest DNA. Włosy obcięte lub znalezione np. na szczotce nie spełniają wymagań!
19. Z czego izolujemy materiał do badań
20.Czy mozna zbadac enzym konwertujacy w osoczu (nie)
21.Skład PCR
22.Co to jest SSCP
3.Endonukleazy restrykcyjne
Wejściówka:
Jak zbadać polimorfizm insercyjno-delecyjny?
Izolowanie DNA
PCR
elektroforeza
Mamy pobrać krew do badania polimorfizmu T174M, jak mamy pobrać materiał, czego nam nie wolno?
Najlepsza jest pełna krew obwodowa
Nie pobierać surowicy
Jakiej mutacji nie można wykryć RFLP?
Głuchota wrodzona, mukowiscydoza, bo mutacja nie zmienia miejsc restrykcyjnych
Pcr ASO wykrywa mutacje punktowe, które nie zmieniają miejsc restrykcyjnych
Restryktaza tnie sekwencję zmutowaną. Narysować obraz elektroforezy dla homozygoty dzikiej i heterozygoty.
Mieszanina reakcyjna PCR-RFLP
Skład mieszaniny do PCR: polimeraza, startery, dNTP, bufor, Mg2+, matryca, woda, Restryktazy.
Jakie warunki muszą być spełnione, aby móc zastosować RFLP?
Mutacja musi zmienić miejsce restrykcyjne, stworzyć nowe (jedno lub więcej) lub usunąć miejsce restrykcyjne.
Restryktazy tną sekwencje na prawidłowym czy zmutowanym genie(dosłownie w ten sposób było pytanie). To zależy od zachowania zmutowanej sekwencji względem prawidłowej. Zachowanie jest różne dla różnych mutacji. W jednym przypadku restryktaza tnie sekwencje prawidłową, w innym zmutowaną.
Czy wszystkie mutacje można wykryć metoda RFLP? Nie
Różnice miedzy polimorfizmem a mutacja?
Polimorfizm – w genetyce oznacza występowanie różnic w DNA populacji. . Polimorfizm genowy oznacza występowanie różnorodnych odmian danego genu, co w konsekwencji może prowadzić do różnic w budowie i działaniu białka kodowanego przez ten gen. Przykładem jest podatność na działanie alkoholu etylowego wśród rasy azjatyckiej, związana z różnicą w budowie enzymu dehydrogenazy alkoholowej. Natomiast zmiany w sekwencjach niekodujących mogą prowadzić do zmiany ekspresji białek.
Polimorfizmem nie określa się jednak zmian rzadkich. Kryterium zaliczenia do tej kategorii jest, aby dana zmiana była częstsza niż 1% (innymi słowy zbyt częsta, by można było mówić o mutacji). Częstość polimorfizmu > 1%
Polimorfizm można podzielić na:
- SNP (ang. Single Nucleotide Polymorphism) - polimorfizm pojedynczego nukleotydu;
- polimorfizm sekwencji mini - i mikrosatelitarnych.
Polimorfizm może odnosić się do sekwencji kodujących lub niekodujących
Zjawisko polimorfizmu pojedynczych nukleotydów wykorzystuje się w technice RFLP (ang. Restriction Fragments Lenght Polymorphism).
Mutacja (łac. mutatio – zmiana) – nagłe, skokowe zmiany materiału genetycznego, możliwe jest jego dziedziczenie.
Jaka metodą prócz RFLP można wykryć mutacje punktowa?
PCR ASO, PCR ASA, LCR, PCR HD, PCR SSCP, mikromacierze
Ustnie:
Dr Puchalska:
-zasada PCR RFLP w badaniu polimorfizmu genu angiotensynogenu
-northern blooting
-czym się różni wektor od sondy molekularnej?
wektory genetyczne, genet. nośniki materiału genetycznego - zwykle kolisty DNA plazmidów lub wirusów używany do wprowadzania obcych genów do komórek eukariotycznych lub bakterii w celu klonowania DNA lub produkcji polipeptydów kodowanych przez wprowadzone geny.
sonda molekularna, wyznakowany fragment DNA lub RNA, wykorzystywany do lokalizowania komplementarnych sekwencji DNA lub RNA oraz do oceny poziomu ekspresji RNA za pomocą hybrydyzacji kwasów nukleinowych.
-do sekwencji chyba AGGCCT dopisać komplementarną i ciąć enzymem, aby powstały lepkie
A…GGCCT
TCCGG…A
southern blot i o mutacje w genie konwertujacym angiotensyne zeby narysowac prazki po elektroforezie
Podkreślam blotting- przyłożenie błony nitrocelulozowej,
immobilizacja-związanie próbki z podłożem (o to dopytywała ustnie).
przy southern blot uzyla slowa "zastosowanie", niektorych to zmylilo i napisali tylko o tym, do czego sie uzywa tej metody a chodzilo tez o przebieg, wiec pamietajcie o tym ;P
Informizacja
Na wykładach gmińskiego jest napisane: "Hybrydyzacja informizowanego DNA (technika zwana blottingiem)". Nie będzie więc to przypadkiem po prostu "znakowanie", w tym wypadku DNA będącego sondą molekularną?
" Kolejny etap to immobilizacja, czyli unieruchomienie, co jest niezbędne podczas hybrydyzacji. Chcąc po procesie elektroforezy przeprowadzić hybrydyzację musimy DNA lub RNA przenieść z żelu na membranę nylonową lub filtry nitrocelulozowe. Hybrydyzacja przeprowadzona w żelu nie dają zadawalających wyników ze względu na obecność utrudnień w mobilności kwasów nukleinowych w porach żelowych. Zjawisko to będące podstawą procesu elektroforezy nie pozwala na prawidłową hybrydyzacja. To właśnie ten proces przenoszenia i unieruchamiania kwasów nukleinowych nazywa się blotowaniem. Stąd tez nazwy Northern blot lub Southern blot. DNA i RNA przenosi się na membranę najczęściej poprzez transfer kapilarny, polega to na przemieszczaniu się wraz z strumieniem buforu przepływającego przez żel. "
Southern Blotting
Metoda przenoszenia DNA z żelu agarozowego na folię nitrocelulozową, na której DNA może być wykryty przy użyciu odpowiedniej sondy.
Wykorzystuje enzymy restrykcyjne, ale nie przeprowadzamy wcześniej powielenia krótkiego fragmentu. Wykonujemy replikację CAŁEGO GENOMU.
Wykonuje się elektroforezę (najczęściej pionową),a następnie przenosi się DNA na błonę nitrocelulozową. Kolejny etap to immobilizacja, czyli unieruchomienie, co jest niezbędne podczas hybrydyzacji. Chcąc po procesie elektroforezy przeprowadzić hybrydyzację musimy DNA lub RNA przenieść z żelu na membranę nylonową lub filtry nitrocelulozowe. Hybrydyzacja przeprowadzona w żelu nie dają zadawalających wyników ze względu na obecność utrudnień w mobilności kwasów nukleinowych w porach żelowych. Zjawisko to będące podstawą procesu elektroforezy nie pozwala na prawidłową hybrydyzację. To właśnie ten proces przenoszenia i unieruchamiania kwasów nukleinowych nazywa się blotowaniem. Stąd też nazwy Northern blot lub Southern blot. DNA i RNA przenosi się na membranę najczęściej poprzez transfer kapilarny, polega to na przemieszczaniu się wraz z strumieniem buforu przepływającego przez żel.
Hybrydyzacja informizowanego DNA (technika zwana blottingiem czyli "znakowanie", w tym wypadku DNA będącego sondą molekularną. Sprawdzenie czy mamy hybrydę odbywa się metodą autoradiografii.
Replikacja całego genomu.
Rozdział w elektroforezie.
Denaturacja nici.
Przeniesienie na błonę nitrocelulozową.
Inkubacja błony z radioaktywną sondą [komplementarny fragment DNA].
Hybrydyzacja.
Błona fotograficzna => wzór prążków.
PCR RFLP
Restriction Fragments Length Polymorphism – polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych
Enzymy restrykcyjne [restryktazy] z grupy endonukleaz przecinają nić DNA w miejscu wyznaczanym przez specyficzną sekwencję DNA. Rozpoznawana sekwencja z rguły ma charakter symetryczny o długości 4-8 pz. Wybierając dany enzym restrykcyjny musimy znać jego zachowanie w stosunku do sekwencji dzikiej = prawidłowej i takiej, która zawiera mutację. Zachowanie oznacza sposób cięcia danego fragmentu.
PCR
Cięcie przez enzymy restrykcyjne.
Elektroforeza.
Tą techniką wykrywa się różnice pomiędzy rozmiarami fragmentów DNA pociętych restryktazami. Różnice długości fragmentów DNA powstają w wyniku mutacji, które tworzą lub eliminują miejsca rozpoznawane przez te enzymy.
sekwencja prawidłowa – cięcie DNA w jednym miejscu
Fragment A Fragment B
sekwencja zmutowana – cięcie DNA w dwóch miejscach
Fr. C Fr. D Fr. E
Musimy teraz zanalizować POLIMORFIZM DŁUGOŚCI FRAGMENTÓW RESTRYKCYJNYCH (RFLP). Musimy w jakiś sposób rozdzielić powstałe fragmenty.
Wykorzystujemy do tego ELEKTROFOREZĘ.
Wynik dla sekwencji prawidłowej (dzikiej) będzie taki:
Oznacza to, że nasz fragment DNA został pocięty przez dany enzym restrykcyjny na dwie części (jedno miejsce cięcia). Reakcja PCR była potrzebna po to, by widoczne były prążki. Gdybyśmy pominęli etap PCR, materiału byłoby tak mało, że po elektroforezie nic byśmy nie zobaczyli.
Prążek leżący bliżej miejsca nałożenia próbki (1) odpowiada fragmentowi B – w naszym przykładzie ma on większą masę niż fragment A dlatego porusza się wolniej, stawia większy opór w czasie wędrówki w żelu.
Prążek leżący dalej od miejsca nałożenia próbki (2) odpowiada fragmentowi A – mniejsza masa, szybciej wędruje.
Wynik dla sekwencji zmutowanej będzie taki:
Taki rozkład oznacza, że enzym restrykcyjny przeciął nasz fragment na 3 części (dwa miejsca cięcia).
Prążek 1 odpowiada fragmentowi C.
Prążek 2 odpowiada fragmentowi D.
Prążek 3 odpowiada fragmentowi E.
Rozłożenie prążków w elektroforezie na tej samej zasadzie jak w przykładzie dla sekwencji prawidłowej.
Zastosowanie RFLP
Wykrywanie znanych mutacji punktowych [SNP].
Sekwencje polimorficzne RFLP, które wykrywa się tą metodą, są używane jako znaczniki zarówno w mapach fizycznych jak i genetycznych.
Pozwala na wykazanie powiązań rodzinnych poprzez porównywanie charakterystycznych wzorów polimorficznych, które są otrzymywane, gdy określone regiony łańcucha DNA są powielane (szczególnie przy użyciu techniki PCR) i pocięte przez określone enzymy restrykcyjne.
W rozpoznawaniu DNA, określaniu obecności różnych alleli u osobników.
W hodowli roślin po to, by wykazać czy cecha taka jak np. odporność na choroby, została odziedziczona.
Jeżeli polimorfizm zostaje wykryty w pobliżu miejsca gdzie występuje defekt genetyczny, RFLP jest wartościowym znacznikiem pokazującym drogę dziedziczenia tego defektu.
Dana osoba może być zidentyfikowana dzięki tej metodzie przy badaniu pozostałości krwi, włosów i nasienia i w związku z tym RFLP jest szeroko używana w kryminalistyce.
Wejściówka z poniedziałku mgr Likus
Pcr - rflp dokładnie wyjaśnić skrót i jakie są ograniczenia
Jak po kolei ACE
I narysuj dokładnie z opisem T174M
Zeszły:
Dr Po:
1. Podaj przykłady enzymów restrykcyjnych, które dają:
A) tępe końce
B) lepkie końce
2. Southern blot, nothern blot, western blot
3.Etapy metody dideoksy
4.Polimorfizm genu enzymu konwertującego etapy badania i rysunek obrazu elektroforetycznego
dr Posielężna:
1. polimorfizm T174M
2. Southern bloot i wszystko na ten temat, co to jest informizacja i jak to wykorzystano w southernie.
3. Lepkie konce (enzym + ciecie)
4. Jak sie otrzymuje sondy i enzymy restrykcyjne.
-przykład enzymu restrykcyjnego, który tworzy lepkie końce (napisac sekwencje+gdzie tnie)
-przykład enzymu restrykcyjnego, który tworzy tępe końce (napisac sekwencje+gdzie tnie)
-sekwencjonowanie metodą Sangera (etapy/zastosowanie)
-analiza polimorfizmu genu enzymu konwertującego (etapy + rysunek tego jak wygląda wynik elektroforezy)
-southern/northern/western blotting - na czym polegają
dr W:
1.pcr ccm
2. metoda Sangera w etapach tylko albo ładny rysunek
3.własciwości restryktaz i przykłady
4. metody badania niezamplifikowanego dna
dr Francuz
1.restryktazy + zastosowanie
2.izoschizomery
3.STR skrot metoda zastosowanie
4.plazmid
5.sonda molekularna
goss:
1. izoschizomery
2. RFLP
3. różnica między mutacją a polimorfizmem
4. skład mieszaniny w metodzie sangera
5. STR
6. definicja podjednostki enzymu restrykcyjnego
II termin:
1.Co musi być spełnione (jakie warunki) żeby wykryć mutację punktową metodą RFLP
2. Jakimi innymi metodami wykrywamy mutacje punktowe
3.Opisać PCR-SSCP
4.Southern Blotting
ź5.Gdzie żyją bakterie thermus aquaticus>gorące źródła islandia
dr Po:
1. Podaj przykłady enzymów restrykcyjnych które dają:
a) tępe końce
b) lepkie końce
2.Southern blot, nothern blot, western blot
3.Etapy metody dideoksy
4.Polimorfizm genu enzymu konwertującego etapy badania i rysunek obrazu elektroforetycznego
dr Posielężna:
-przykład enzymu restrykcyjnego, który tworzy lepkie końce (napisac sekwencje+gdzie tnie)
-przykład enzymu restrykcyjnego, który tworzy tępe końce (napisac sekwencje+gdzie tnie)
-sekwencjonowanie metodą Sangera (etapy/zastosowanie)
-analiza polimorfizmu genu enzymu konwertującego (etapy + rysunek tego jak wygląda wynik elektroforezy)
-southern/northern/western blotting - na czym polegają
polimorfizm T174M
Southern bloot i wszystko na ten temat, co to jest informizacja i jak to wykorzystano w southernie.
Lepkie konce (enzym + ciecie)
Jak sie otrzymuje sondy i enzymy restrykcyjne.
dr W:
1.pcr ccm
2. metoda Sangera w etapach tylko albo ładny rysunek
3.własciwości restryktaz i przykłady
4. metody badania niezamplifikowanego dna
dr Francuz
1.restryktazy + zastosowanie
2.izoschizomery
3.STR skrot metoda zastosowanie
4.plazmid
5.sonda molekularna
Wirginia:
1. PCR - RFLP - pełna nazwa po polsku + zasada działania
2. Wyjaśnij pojęcia: palindrom+ przykład, izoschizomery
3. Southern blotting - co wykrywa
4. Narysować ten obraz elektroforetyczny dotyczący genu angiotensynogenu (nie pamiętam jak ona to polecenie podyktowała). W każdym razie kazała zaznaczyć miejsce nałożenia próbki, anodę, katodę, heterozygoty i homozygoty.
goss:
1. izoschizomery
2. RFLP
3. różnica między mutacją a polimorfizmem
4. skład mieszaniny w metodzie sangera
5. STR
6. definicja podjednostki enzymu restrykcyjnego
restryktazy:
Goss:
wejściówka: STR - (rozszyfruj skrót [po polsku], zasada i do czego wykorzystywane), jednostka aktywności enzymu restrykcyjnego, izoschizomery
rozmowa: RFLP (rozszyfruj skrót, zasada wykonania, zastosowanie), jakie są metody sekwencjonowania i omówić Sangera, pytania sytuacyjne - a jakie są zasady azotowe (purynowe i pirymidynowe), a czym się różni klonowanie od amplifikacji
membrane attack complex
mgr W., wejściówka:
- skład mieszaniny reakcyjnej w met. Sangera
- MAC - skład, funkcje
- obraz elektroforetyczny polimorfizmu ACE + opis
Ustnie bez niespodzianek: skrypt + sekwencjonowanie met. chemiczna i enzymatyczna + układ dopełniacza (konwertazy, drogi aktywacji, choroby powiązane...); trochę pytań na myślenie (i zrozumienie...) w kontekście elektroforezy w związku z RFLP i różnymi długościami fragmentów DNA
dr W maxam gilbert, sanger, dopełniacz, sekwencja palindromowa,
no i oczywiście praktyczna cz: polimorfizm insercyjno delecyjny
-uklad dopelniacza ktoras z drog...
-definicja lepkie, tepe konce
-badanie poliformizmu insercyjno-delecyjnego genu enzymu korwentujacego
czy PCR'em wykryjemy enterotoksyny? Na mailu biochemicznym ktoś napisał, że nie, a w skrypcie jest napisane że można. Czy można uzasadnić jakoś te odpowiedzi? z góry dziękuję ! :)
Enterotoksyny nie zawierają materiału genetycznego, więc nie mogą być wykryte PCRem. PCRem możemy zbadać materiał genetyczny bakterii (powinniśmy je znaleźć w próbce kału) i określić dzięki temu typ bakterii. Mając typ możemy sprawdzić jakie enterotoksyny dane bakterie wydzielają.
Typ bakterii określamy powielając PCR a potem analizując Geny kodujace enterotoksyny specyficzne dla danego rodzaju bakterii.
11:30, dr Garczorz (poniedziałek)
1. Co to są neoschizomery?
2. Lepkie i tępe końce - opisz o co chodzi, narysuj (byle jaką sekwencję)
3. Metoda Southerna - opisz.
4. Etapy badania ACE (enzym konwertujący) + schemat elektroforezy.
dr Wójcik: zalety i wady układu dopełniacza, izoschizomery, Metoda Maxama-Gilberta, droga alternatywna,polimofrizm delecyjno-insercyjny, konce tepe; potem była dopytka dla co
niektórych.
dr Garczorz - 14.30
1. Co to są lepkie i tępe końce - wyjaśnić, narysować schemat.
2. Etapy badania ACE + schemat elektroforezy.
3. STR - omówić tą technikę, podać zastosowanie
4. Izoschizomery - czym są?
11.30 dr W:
1. Endonukleazy restrykcyjne - budowa i zastosowanie.
2. Metoda Sangera - etapy (ale skład reakcji również).
3. Układ dopełniacza - definicja, funkcje.
4. Metody badania niezamplifikowanego DNA
-Southern blotting
-hybrydyzacja in situ
-FISH , GISH
5. Wyjaśnić jednym zdaniem co to PCR-CCM.
Ewentualnie na wyższą ocenę pytała o:
-opis drogi klasycznej układu dopełniacza
-opis drogi alternatywnej
-metoda Maxama-Gilberta (trzeba znać związki chemiczne, które dodaje sie do probówek - pioerydyna, hydrazyna, itp.)
-własciwości endonukleaz potwierdzone doładnymi przykładami
Pn, 11.30, dr Po
1. Opisać drogę klasyczną i alternatywną aktywacji dopełniacza
2. Definicja jednostki aktywności endonukleazy
3. Przykłady endonuklaz dających lepkie i tępe końce (nazwa, sekwencja, miejsce cięcia)
4. Southern blot-metoda i zastosowanie.
ENZYMY KINETYKA
Wejściówka:
Przeliczyć IU na jednostki SI, katale: 1iu to 16,67 *10^-9
wykrywanie katalazy we krwi:
w erytrocytach (nie ma jej w osoczu!)
dodać 3% h2o2
Ustnie:
1.Narysować wykres zależnoości szybkości reakci od stężenia enzymu
2.Wykres zależności szybkości od stężenia substratu, i dlaczego nie dochodzi do Vmax
3.Wykres zalezności szybkości reakcji od temperatury,
4.Wykres dla działania polimerazy w zależności od tmperatury
5.co jest większe katal czy IU
6.Ile razy katal jest większy od IU(bez wartości wykładniczej)
7.Czym się różni reakcja pseudoperoksydazowa od reakcji peroksydazy
8.Co wpływa na obniżenie szybkości reakcji
9.Nastąpił błąd przy obliczaniu aktywności/stężeia/...? enzymu w surowicy.Czy i jaki wpływ bedzie to miało na wyniki w moczu, co się zmieni.(idzie wymyślić)
10.podział enzymów wg unii biochemicznej
11.Dlaczego w reakci musi być pełne wysycenie enzymu substratem
12.Co to jest międzynarodowa jednostka standardowa enzymu/IU
dr Pu
def. międzynarodowej jednostki – katal
definicja miedzynarod jedn enzymu,
wykres inhibicji kompetycyjnej + opisać
oksydaza
katalizuje przenoszenie wodoru na tlen, powstaje woda lub nadtlenek wodoru.
oksydaza ksantynowa
jaka reakcje katalizuje, katalizuje utlenianie aldehydów alifatycznych i aromatycznych, zasad purynowych (łącznie z hipoksantyną i ksantyną).
Hipoksantyna => ksantyna => kwas moczowy
kofatory i aktywatory: molibden, wit. B2 (flawoproteina), żelazo
inhibitor: allopurynol
przy tej oksydazie trzeba bylo rozrysowac schemat jak zachodzi reakcja i jesli dobrze zrozumialam ze trzeba tam bylo pod strzalka napisac ze jest FAD (czego nie ma w skrypcie)
co wplywa na stala Michaelisa i w jakich jedn sie ja podaje
stęż. S w którym v reakcji jest równa połowie v max! Określa powinowactwo enzymu do substratu. Jednostka mol/litr
Zależy od pH, siły jonowej, temp. Substratu, rodzaju substratu
Inhibicja komp wzrost Km
Inhibicja niekomp Km stała
Aktywność właściwa - definicja,jednostki
Inhibicja kompetycyjna - zaznacz na wykresie podwojnych odwrotnosci+opisz wplyw na Km.
Pytania z dzisiaj od dr W:
1. Opisać kompleks dehydrogenazy pirogronianowej
2. Wykresy dla reakcji dwusubstratowych
3. Wpływ trucizn na aktywność enzymów
4. Kooperacja
5. Aktywność molarna a molekularna.
ENZYMY 1
U dr Puchalskiej:
1. Stała Michaelisa-Menten, o czym informuje, od czego zależy, jakie wartości przyjmuje itd.
2. Oksydaza ksantynowa, w ogóle nauczcie się dobrze tych wszystkich enzymów jakie są wymienione w tym rozdziale pierwszym z enzymów [katalaza, peroksydaza, o co chodzi z reakcją pseudoperoksydazową -> wykrywanie krwi w kale, i takie tam różne cuda] - od czego zależy ich aktywność [koenzymy dla nich i reszta pospołu, jakieś metale jak są potrzebne itd.], jakie reakcje przeprowadzają i tak dalej, bo o to pani dr pytała na dopytce i dla mnie się to źle skończyło Wink
3. Bodajże aktywność właściwa enzymu.
1. definicja katala
2. wykres dla inhibicji kompetycyjnej i opisać proces
3. peroksydaza glutationowa - właściwości
p.Virginia: 1.opisać wykres podwójnej odwrotności 2.wpływ stężenia enzymów 3.przechowywanie surowicy w 4C 4.metoda dwupunktowa
1) inhibicja kompetencyjna + wykres podwojnych odwrotnosci
2) Aktywnosc wlasciwa, molarna, katal
3) Peroksydazy
4) Metoda dwupunktowa
Dr Po:
1. Metoda kinetyczna a dwupunktowa - wady i zalety.
2. Przeliczyć 30IU na jednostki układu SI
3. Reakcja pseudoperoksydazowa, wykonanie i zastosowanie w diagnostyce
1. Jak na v działa t, inhibitory, aktywatory, stężenie produktu i jeszcze coś, czego nie pamiętam,
2. Km, definicja, oznaczanie,
3.U, Katal, aktywność właściwa definicje,
4. Różnica między reakcją peroksydazową i pseudoperoksydazową, gł. chodziło jej o to, żeby napisać dwa równania (takie jak jest w skrypcie przy peroksydazach), przy czym nad pierwszym napisać nad strzałką H2O2, peroksydazy, a nad drugim (o obróbce termicznej) przekreślić peroksydazy i napisać porfiryny;p ciekawostka-reakcja 2 służy do wykrywania krwi utajonej w kale (układ porfirynowy pochodzi wszakże od hemoglobiny).
1. wykres L-B dla inhibitora kompetycyjnego.
2. definicja jednoski U i kat.
3. wykrywanie peroksydazy.
4. wpływ temp na szybkość reakcji + wykres.
dr Goss:
1. przydziel do klasy enzymów podane (5 enzymów, dokładnie nie pamiętam, ale było dehydrogenaza, syntaza, syntetaza, i jakieś dwa jeszcze)
2. definicja jednostki aktywności enzymatycznej w układzie SI
3. Km=1*10^-1, a inna Km=1*10^-10, co to oznacza?
4. reakcja pesudoperoksydazowa
5. metody katalityczne
dr Wójcik, wejściówka z poniedziałku:
1. krzywa progresji
2. inhibicja niekompetycyjna - wykres
3. inhibicja mieszana - wykres
4. dlaczego jednostek Bodanskyego nie przeliczamy na międzynarodowe
1.inhibicja mieszana - def.,wykres
2.Rzędowość reakcji - I,II i 0 - def.,wykresy
3.Jednostka Caraway'a
4.Jakich warunków nie spełnia jednostka Caraway'a.
1. Wykres Hilla
2. Inhibicja kompetencyjna, niekompetencyjna i mieszana- napisać tylko co rośnie, co maleje, co pozostaje bez zmian (Vmax i Km)
5. Co to jest katal
Dopytywanie:
1. wymienić jednostki aktywności enzymatycznej i omówić krótko każdą
2. Co to jest miejsce aktywne, z czego się składa, co się znajduje w centrum katalitycznym
3. Inhibicja niekompetencyjna, do opisu
4. Na czym polega reakcja wykrywania peroksydazy
Pytania dr Po
1. Jak zmienia się szybkość reakcji w zależności od temperatury, stężenia substratu, czasu trwania reakcji, obecności aktywatorów i inhibitorów
2. Co to jest stała Michaelisa-Menten i jak się ją wyznacza
3. Podać definicję jednostki enzymatycznej, katala i aktywności właściwej
4. Różnica między reakcją peroksydazową a pseudoperoksydazową
+ wykres inhibicji kompetycyjnej
Pytania dr Garczorz, poniedziałek 11:30:
1. Definicja jednostki Caraway'a.
2. Co składa się na czynnik atakujący błonę (chodzi o te czynniki z dopełniacza, C5a C6 C7 C8 C9)
3. Wykres inhibicji kompetycyjnej.
4. Wzór na szybkość wg Michaelisa-Menten
Dopytka:
1. Opisać inhibicję z wykresu, który się rysowało
2. Ogólnie przechowywanie ze skryptu, jak enzymy z krwi zbadać (że surowica lepsza itp.)
3. Metoda kinetyczna, dlaczego lepsza od dwupunktowej
Zeszłoroczne pytania z kinetyki enzymów:
Dr Po:
1. Metoda kinetyczna a dwupunktowa - wady i zalety.
2. Przeliczyć 30IU na jednostki układu SI
3. Reakcja pseudoperoksydazowa, wykonanie i zastosowanie w diagnostyce
1. wykres L-B dla inhibitora kompetycyjnego.
2. definicja jednoski U i kat.
3. wykrywanie peroksydazy.
4. wpływ temp na szybkość reakcji + wykres.
dr Goss:
1. przydziel do klasy enzymów podane (5 enzymów, dokładnie nie pamiętam, ale było dehydrogenaza, syntaza, syntetaza, i jakieś dwa jeszcze)
2. definicja jednostki aktywności enzymatycznej w układzie SI
3. Km=1*10^-1, a inna Km=1*10^-10, co to oznacza?
4. reakcja pesudoperoksydazowa
5. metody katalityczne
1. Definicja- IU, jednostka Bodansky'ego, aktywność molekularna, stężenie aktywności enzymatycznej w roztworze
2. Przeliczyć 4IU na nkat.
3. Metoda oznaczania stężenia katalazy w surowicy (Odp.: Katalaza w surowicy nie występuje)
4. Wykres podwójnych odwrotności dla inhibicji kompetycyjnej (z seminarium)
5. Specyficzność substratowa enzymu.
6. Sposób przechowywania surowicy do oznaczania aktywności fosfatazy kwaśnej.
7. Opisać metodę dwupunktową oznaczania aktywności enzymu.
8. Wskaż prawdziwe zdanie na temat peroksydazy glutationowej wodoronadtlenków lipidów (jest monomerem, zawiera 1 selenocysteinę, jest wykrywana w reakcji z benzydyną).
- definicja IU, aktywność molekularna, aktywność właściwa
- metody oznaczania aktywności (opisać)
- wpływ pH, temperatury na aktywność enzymu
- zasada reakcji pseudoperoksydazowej + równanie reakcji, zastosowanie
Ćwiczenia 5 - enzymy ważne klinicznie
ENZYMY 1
*WÓJCIK:
1. dokładnie znać normy i kiedy sie pojawiaja we krwi
2. przyporzadkowac do klas enzymy i podac cyferki tych co sa w skrypcie (np. EC 1.11.1.3)
3. IRN
4.osoczowe markery cholestazy
5.makroamylazemia
6. CK -budowa, izoenzymy, znaczenie diagnostyczne
7.Tabelka z Kokota (profil enzymatyczny zawału serca)
8. Metoda oznaczania fosfatazy kwasnej
9. Wymienic enzymy ktorych oznaczamy stezenie a nie aktywnosc
*SIEMIAN
wejściówka:
1)AspAT-zakwalifikuj wg. podziału międzynarodowego i R.-Hessa
2)AspAT-koenzym, katalizowana reakcja
3) Zamień 20UI na katale bez postaci wykładniczej (chodzi o przedrostek np.mikro)
face to face:
markery cholestazy,
którego enzymu badamy aktywność u kobiety w ciąży z podejrzeniem cholestazy,
markery chorób mięśni poprzecznie prązkowanych,
wzrost AlAT,
fizjologiczny wzrost fosfatazy zasadowej,
diagnostyczne znaczenie badania aktywności GTTP przy zawale,
*VIRGINIA
kartkóweczka:
1. Wymienić enzymy żółci (skrót i pełna nazwa)
2. Kiedy następuje fizjologiczne zwiększenie poziomu fosfatazy zasadowej
3. Reakcja katalizowana przez GOT
4. enzymy wskaźnikowe (definicja,norma,podział),
5. przyporządkuj enzym do podanej choroby:
a)cholestaza
b)rak gruczołu krokowego
c)wirusowe zapalenie wątroby,marskość,
d)urazy mięśni,
e)"ostry brzuch",zaostrzenie przewlekłego zapalenia trzustki,
6. jakie enzymy mogą być badane metodą immunologiczną?
7. markery zawału mięśnia sercowego (początek wzrostu, normalizacja)
8. przyporządkuj podane enzymy do podziału wg. międzynarodowej unii biochemicznej:
a)AP
b)alfa amylaza
c)CK
d)któraś fosfataza ( nie pamiętam dokładnie)
e)AspAT,AlAT
* PUCHALSKA
1. LDH - do jakiej klasy nalezy i jaki to enzym wg podzialu klinicznego, jaka reakcje katalizuje (schemat reakcji!),
2. jak sie wykrywa izoenzym kostny fosfatazy zasadowej i normy fosfatazy,
3. GGTP - czy mozna oznaczac ten enzym przy zawale serca i dlaczego
( i tu chodzilo o to ze spadek stezenia oznacza powracanie do zdrowia po zawale),
4. czy niedobor witamin wplywa na aktywnosc AspAT i AlAT?
-enzymy zolci
-wskaznik de Ritisa opisac, o czym swiadczy, jakie normy
-wsrost amylazy swiadczy o jakich chorobach
-izoenzymy AP + markery nowotworowe, w jakich stanach FIZJOLOGICZNYCH wzrasta
-HBDH
-jak sie bada rak prostaty, jakie techniki sie wykorzystuje
Dr Francuz:
1. Enzymy sekrecyjne- wymienić, jakie schorzenia oznaczamy
2. Fosfataza kwaśna- wymienić? izoenzymy, kiedy wzrasta aktywność (również fizjologicznie!)
3. Charakterystyczne zmiany stężenia CPK, podaj jednostki chorobowe.
Dr Posielezna:
-badanie aktywności fosfatazy kwaśnej typu sterczowego, normy
-czy w badaniu CK-MB badane jest stężenie czy aktywność? normy
I jeszcze pytania do poprzednich ćwiczeń (u napisali to wszyscy)
-metody oznaczania aktywności amylazy (sacharogeniczna (?) i jakąś druga, chodzi tu chyba o ESP i metoda Caraway'a; normy
-aktywność właściwa
1. makroamylazemia
2. markery cholestazy
3. klasyfikacja enzymów wg EC: alfa-amylaza/AlAT lub AspAT (GGTP i co? jeszcze )
4. stężenie prawidłowe, czas zwiększenia, normalizacji i czego? jeszcze dla mioglobiny, troponiny T i CK-MB
1. Opisać? enzymy wchodzące w skład konstelacji cholestazy.
2. Izoenzymy i izoformy kinazy kreatynowej - krótka charakterystyka
3. Normy aktywności dehydrogenazy mleczanowej.
4. Opisać? metodę oznaczania GGTP w surowicy.
1. markery AMI
2. czy obturacja przewodu pęcherzykowego wywołuje zwiększenie enzymów cholestazy we krwi
3. gdzie jest większe stężenie fosfatazy zasadowej - w surowicy czy w osoczu i dlaczego tak
3. co to jest PSA i czy jest on enzymem (haczyk )
4. izoformy CKMB i CKMM co jak po co i co nam to daje przy zawale, po co dzis mierzyli?my absorbancje
pytania od dr Wójcik:
1. dokładnie znać normy i kiedy się pojawiają we krwi
2. przyporządkować do klas enzymy i podać cyferki tych co sa w skrypcie (np. EC 1.11.1.3)
3.IRN
4.osoczowe markery cholestazy
5.makroamylazemia
dr S.
wejściówka:
1)AspAT- zakwalifikuj wg. podziału międzynarodowego i R.-Hessa
2)AspAT- koenzym, katalizowana reakcja
3) Zamień 20UI na katale bez postaci wykładniczej (chodzi o przedrostek np.mikro)
face to face:
markery cholestazy,
którego enzymu badamy aktywność u kobiety w ciąży z podejrzeniem cholestazy,
markery chorób mięśni poprzecznie prążkowanych,
wzrost AlAT,
fizjologiczny wzrost fosfatazy zasadowej,
diagnostyczne znaczenie badania aktywności GTTP przy zawale,
kartkóweczka:
1)enzymy wskaźnikowe (definicja, norma, podział),
2)przyporządkuj enzym do podanej choroby:
a)cholestaza
b)rak gruczołu krokowego
c)wirusowe zapalenie wątroby, marskość,
d)urazy mięśni,
e)"ostry brzuch", zaostrzenie przewlekłego zapalenia trzustki,
3)jakie enzymy mogą być badane metodą immunologiczną?
4)markery zawału mięśnia sercowego (początek wzrostu, normalizacja)
5)przyporządkuj podane enzymy do podziału wg. międzynarodowej unii biochemicznej:
a)AP
b)alfa amylaza
c)CK
d)któraś fosfataza ( nie pamiętam dokładnie)
e)AspAT, AlAT
dr Wójcik
1. CK -budowa, izoenzymy, znaczenie diagnostyczne
2.Tabelka z Kokota (profil enzymatyczny zawału serca)
3. Metoda oznaczania fosfatazy kwaśnej
4. Wymienić enzymy których oznaczamy stężenie a nie aktywność
Pytania od Virginii
kartkóweczka:
1. Wymienić enzymy żółci (skrót i pełna nazwa)
2. Kiedy następuje fizjologiczne zwiększenie poziomu fosfatazy zasadowej
3. Reakcja katalizowana przez GOT
pytania od dr Puchalskiej: (uzupełnianka,bo jej nie było)
1. enzymy żółci
2. wskaźnik de Ritisa opisać, o czym świadczy, jakie normy
3. wzrost amylazy świadczy o jakich chorobach
4. izoenzymy AP + markery nowotworowe, w jakich stanach FIZJOLOGICZNYCH wzrasta
5. HBDH
6. jak się bada rak prostaty, jakie techniki się wykorzystuje
dr Posielężna:
1. cholestaza - jakie enzymy s markermi ( przynależnośc do EC i jako enzym kilniczny, stezenie, skrót).
2.markery nieenzymatyczne zawału
3. wrażliwosć fosfatazy zasadowej na różne czynniki (tabelka).
4. AspAt i AlAT izoenzymy % gdzie ile i charaktwrystyka.
dr Po w poniedziałek:
1. PSA - skrót, co to jest,przydatność diagnostyczna, po co sie oznacza.
2. Fosfataza alkaliczna - normy, kiedy się fizjologicznie podnosi i dlaczego, izoenzymy
3. CPK - katalizowana reakcja, izoenzym MB dlaczego badamy masowo, jak to badamy (w sensie jaką metodą) i norma
Norma tego CK-MB to miała być w tym sensie że powyżej 6 i jeśli wzrasta ponad 1,6 w 2 godziny to jest zawał. Ja miałam że norma jest <4-5 i się spotkałam z.. niezrozumieniem pani dr.
Dr Goss:
1 Enzymy żółci, rozwinąć skróty, która klasa wg MUB
2 Metoda oznaczania aktywności izoenzymu sterczowego fosfatazy kwaśnej i jej ograniczenia
3 LDH - rozwinąć skrót, jaką reakcję katalizuje i normy
4 Fosfataza kwaśna - normy
5 Dynamika zmian CK MB podczas ostrego zawału mięśnia sercowego, normy
mgr W:
1. GGTP - metody wykrywania, wartości referencyjne w jednostce SI
2. Aktywność alfa-amylazy w surowicy 1,3 nkat/l , w moczu 20 j.C - zinterpretować wynik
3. Metody rozdzielania izoenzymów LDH
mgr W:
1. wymienić enzymy, których określamy stężenie a nie aktywność ( izoenzym CK-MB, izoenzym kostny AP, izoenzym sterczowy AcP) i jakimi metodami się to wykonuje (immunologiczne)
2. GTP- reakcja katalizowana przez ten enzym i jaki kofaktor dla tego enzymu.
3. jak wykryć fosfatazę sterczową krok po kroku (ćw. nr 2. ze skryptu)
Dzisiejsza poprawa z enzymów klinicznych u Wirginii:
1. GGTP katalizowana reakcja, normy, do jakich celów diagnostycznych.
2. Inhibitory wskaźnikowe, opisać, definicja normy.
3. Makroamylazemia.
4. Podać i opisać najbardziej czułe i swoiste markery oznaczane w zawala mięsnia sercowego + czas z tabelki(Jeden chłopak zaczął zrysować całą tabelkę, zwróciła mu uwagę, ze prosiła tylko o te najbardziej czułe - mioglobina, CK, troponiny)
5. zadanie z amylazą, analogiczne do tego, które mieliśmy ostatnio.
Amylaza w surowicy wynosi 1,5 nkat/l w moczu podała w j. C->
Nie pamiętam dokładnie ile wynosiło, ale było poniżej normy.
Zinterpretować wynik.
Dr. Wójcik dziś:
1.PSA - rozwinięcie skrótu, normy, charakterystyczna, znaczenie diagnostyczne.
2.Kinaza kreatynowa - charakterystyka, normy, wartość diagnostyczna.
3.Markery ostrego zapalenia mięśnia sercowego - wymienić, podzielić, scharakteryzować.
4.Metoda badania aktywności GGTP - katalizowana reakcja itd.
1.markery cholestazy
2.Markery uszkodzenia mięsni poprzecznie prązkowanych(trzy)
3.Kiedy fizjologiczne zwiększenie aktywności fosfatazy zasadowej
4.Kiedy oprócz raka gruczołu krokowego/kiedy u kobiet wzrasta poziom fosfatazy kwaśnej
5.Kidy wzrasta GGTP
6.Kiedy wzrasta CK
7.Przyczyny wzrostu AspAT, AlAT
8.Wskaźnik de Ritisa
9.metody EPS
10.rozróżnianie izoenzymów fosfatazy zasadowej
Enzymy-kinetyka, reakcje jakościowe
1. Ogólne właściwości enzymów:
-katalizatory
-zwiększają szybkość przemian substratów w produkt, a budowa się nie zmienia
-obniżają energię aktywacji Ga
(tj. najmniejszą ilość energii, którą należy dostarczyć dla 1 mola substratu aby każda z cząsteczek stała się reaktywna)
-przyspieszają (10000000-1000000000 razy) reakcje tylko termodynamicznie możliwe
-białka czasami wymagające do reakcji koenzymu
-część białkowa- apoenzym- wpływ na specyficzność substratową i kierunek reakcji
-koenzym- określa rodzaj katalizowanej reakcji
- może brać udział w różnych reakcjach chemicznych w zależności od białka z którym jest
Związany
-duża specyficzność wobec substratu
2) Specyficzność enzymu
-zależy od różnic w budowie centrum aktywnego i zdolności konformacyjnego przystosowania się do substratu
-jest bardzo znaczna lub absolutna
-enzymy mogą katalizować różne typy wiązań chemicznych
3)Miejsce aktwne- miejsce gdzie dochodzi do połączenia enzymu z substratem w kompleks ES
-a jego obszarze- miejsce katalityczne- miejsce wiązania substratu (określa swoistość), zachodzi tam reakcja, (w przypadku enzymów allosterycznych-miejsce wiążące efektor-centrum allosteryczne)
-gr.funkcyjne aminokwasów sąsiadują ze sobą w przestrzeni, ale zazwyczaj są oddalone w łańcuchu polipeptydowym
-aminokwasy bezpośr.biorące udział w reakcji są w odl. 0,2 nm od substratu (Cys,Ser,Liz,His,kwas glutaminowy,kwas asparaginowy)
-ważne też aminokwasy pomocnicze i stabilizujące str.przestrzenną
4)Pobieranie i przechowywanie materiału do oznaczania aktywności enzymów
*surowica:
-niewłaściwe postępowanie prowadzi do spadku aktywności (np.fosfataza kwaśna po 5 godz.w temp.pokojowej traci 50% aktywności wyjściowej)
-spadek aktywności można zahamować dodając 20% kw.octowego lub cytrynowego w ilości 0,01 ml na 1ml surowicy)
-w lodówce temp.4 stopnie:
-1-kikla dni- dehydrogenaza mleczanowa, fosfataza zasadowa, aminotransferaza aspariginianowa
-do 1 tyg.- aminotransferaza alaninowa, gammaglutaminotranspeptydaza GGTP
*osocze
-rzadziej oznacza się aktywność enzymów w osoczu
-by go otrzymać do krwi dodaje się antykoagulant (hamuje krzepnięcie), (werseniany i heparyna hamują aktywności niektórych enzymów)
-czasami wymagana jest odp.procedura
*mocz
-zbierany bez śr. Konserwujących
-należy go oziębić lub zamrozić
5) Czynniki wpływające na szybkość reakcji enzymatycznych
*kinetyka- określa szybkość i przebieg reakcji, zachowuje homeostazę przez dostosowanie v reakcji enzymatycznych w organizmie do aktualnych warunków śr lub bodźców hormonalnych
- ilość enzymów w ukł.oznaczona jest przez pomiar szybkości ( zmiana ilości przez czas). Wpływa na nią:
-stężenie substratu, enzymu
- temperatura
-pH
-obecność aktywatorów i inhibitorów
6) Czas
-zależność można przedstawić na krzywej
-stałe stężenie enzymu i wybrane pocz.substru- 0 rząd reakcji – szybkość początkowa
(v nie zależy od stężenia substratu)
Stała szybkość
-szybkość reakcji stała gdy odp.krótki czas, wraz z jego wzrostem v maleje
7) Stężenie
S+E -> ES -> E+P
ES <- E+P r.odwracalne
-wzrost stężenia substratu powoduje wzrost szybkości reakcji aż do osiągnięcia całkowitego wysycenia enzymu substratem
-szybkość max- wszystkie cząsteczki enzymu muszą być połączone z substratem
- równanie Michaelisa-Menten – zależność v od stężenia
Wykresem jest hiperbola
Jeżeli stała Michaelisa jest równa stężeniu substratu:
- w badaniach pomiary v pocz.-w takim czasie, w którym nie zmienia się szybkość- reakcja rzędu 0
-musi być dostatecznie duże stężenie substratu by nastąpiło całk.wysycenie enzymem
-stała Michaelisa- stężenie substratu, w którym szybkość reakcji jest równa połowie szybkości max
-określa powinowactwo enzymu do substratu (im większa tym mniejsze
Powinowactwo
-zależy od rodz.substratu i niektórych warunków zew.:pH, siła jonowa,temp,
-nie zależy od stężenia enzymu czyli v max.
-najczęściej w przedziale 10 * -1 – 10*-7
Równanie Lineweavera-Burka
-odwrotność stałej Michaelisa
-wykres i równanie
-stała Michaelisa pomocna przy opr.metod oznaczania enzymów
8) Wpływ stężenia enzymu
-v zależy od niego gdy stężenie substratu jest w nadmiarze (aktywność jest proporcjonalna)
-jest to podstawa do oznaczania ilości enzymów w płynach ustrojowych i tkankach
9) pH
-wpływa na stan jonizacji aminokwasów w cząsteczce enzymu i stan dysocjacji substratu
-większość enzymów działa najlepiej w pH 6-8
-by enzym miał pełną aktywność musi byś odp.ilość dodatnich i ujemnych ładunków w jego cząsteczce
-zmiana pH może wpływać na aktywność przez zmianę ładunku w cząsteczce lub zmianę struktury
-przy tworzeniu kompleksu E-S duże znaczenie może mieć ładunek substratu i enzymu
-optymalne pH dla danego enzymu można uzyskać stosując odp.bufory (znaczenie przy oznaczaniu enzymów działających w bardzo wąskim pH gdzie każda jego zmiana może poważnie zmienić szybkość reakcji)
10) Temperatura
-podwyższenie powoduje wzrost v co jest związane ze zwiększeniem en.kinetycznej reagujących cząsteczek
-przy wzroście o 10 stopni v wielu procesów biol. Podwaja się
-gdy jest zbyt duża może dojść do rozerwania wiązań utrzymujących str. III i II rz.co obniża aktywność
-zmiana o 1 stopień może zmienić v o ok.5-10%
11)Wpływ aktywatorów i inhibitorów
-należy uwzględnić małocząsteczkowe związki
-jeżeli zmieniają one powinowactwo E do S to zmienia się stała Michaelisa,a v max.bez zmian
-gdy nie wpływa on na powinowactwo E do S to zmienia się v max., a stała Michaelisa pozostaje bez zmian
-związki hamujące reakcję należy wyeliminować ze śr. Inkubacyjnego np.jony metali ciężkich lub detergenty
12) Metody dwupunktowe i kinetyczne
-metoda dwupunktowa (punktu końcowego)
-Czas zero-zmieszanie enzymu z substratem (próba kontrolna)
-Po określonym czasie przerywa się reakcję i oznacza stężenie substratu lub produktu
-Warunki tak ustalone by zapewnić stałą szybkość reakcji podczas trwania inkubacji
-metoda kinetyczna
-Stały pomiar (co 15,30 lub 60s) ubytku substratu lub przyrostu produktu
-wykorzystywane właściwości optyczne NAD i NADP lub oznaczanie GGTP
13) Jednostki aktywności enzymatycznej
-miarą aktywności jest szybkość reakcji enz wyrażona jako ubytek substratu lub przyrost produktu w jednostce czasu
-międzynarodowa jednostka standardowa enzymu (U lub IU) taka ilość która katalizuje przemianę 1 mikromola substratu w ciągu 1 min w temp. 30 stopni przy stężeniu substratu gwarantującym pełne wysycenie enzymu
-aktywność właściwa- określa stopień czystości preparatów enzymatycznych; jest to liczba jednostek standardowych przypadająca na 1 miligram białka IU/mg
-aktywność molekularna- określa reaktywność enzymu-liczba cząsteczek substratu przekształconych w produkty w czasie 1 min przez 1 cząsteczkę enzymu w optymalnych warunkach
-jednostką aktywności enzymatycznej jest katal- aktywność, która przekształca 1 mol substratów w czasie 1 sekundy w optymalnych warunkach reakcji przy stężeniu substratu gwarantującym pełne wysycenie enzymu (mol/s)
Środa - wejściówka od mgr L. - których enzymów stężenie oznacza się w surowicy (3), reakcja katalizowana przez GOT, pacjent 5,9 nkat/l amylazy w surowicy i 40 j.C w moczu - dokonać analizy i postawic diagnozę wraz z opisem (chodzi o makroamylazenie - opisa na czym polega) + niewydolność nerek.
Pytał dr. S - trzeba dokładnie znać normy (wystarczy w jednych jednostkach i mozna przeliczać na drugie). Pytania raczej kliniczne:
- kobieta ok. 30 lat; nieciężarna; fosfataza zasadowa na poziomie 2300 nkat/l - analiza
- kiedy nie wolno oznaczać fozfatazy zasadowej w stanie fizjologii
- pacjent 65 lat; ból kręgosłupa, obie fosfatazy znacznie podniesione - podejrzenie
- jakie 3 enzymy oznaczyłbym w rutynowym badaniu wątroby (AspAT, AlAT, LDH) - najtańsze
- enzymy indykatorowe opisać dokładnie, dlaczego ich stezenie wzrasta w surowicy - konkretnie chodzi o rozpad błony i wydostnie się ich poza cytoplazmę
- nie pamiętam czy to moje pytanie cyz kogoś innego: dlaczego u pacjenta po świezym zawale w podejrzeniu cholsteazy nie oznacza się GGTP (pytanie było sformułowane co oznacza się u pacjenta z podejrzeniem cholestazy po zdiagnozowanym zawale)
- też nie pamietam czy ot moje - kiedy wskaxnik de Ritisa ma praktyczne znaczenie diagnostyczne
- o co można podejrzewać pacjenta bez oznak zawalu ze znacznym wzrostem aktywności GGTP (wątroba-rak, albo alkoholizm)
jeszcze na ocene bdb było dlaczego w awitaminozie B6 wzrasta aktywność aminotranferaz
Inne pytania:
- nieenzymatyczne markery zawału mięśnia sercowego (troponiny i mioglobina nie są enzymami!!!)
enzymatyczne markery odpowiednio zawału mięśnia sercowego, uszkodzenia mięśni i wątroby
Ogólnie znajomość norm to dla dr. podstawa! Bo 1 pytanie właśnie dotyczy interpretacji wyniku. Jak to się umiało to już tylko wystarczyło pokombinować na zasadzie - objaw->choroba-> enzym i dawał 4.0 z góry za normę i 3 pytania kliniczne. Ogólnie nie taki wilk straszny...
Jeszcze pytanie od dr. G takie pozaskryptowe - co to jest TRAP i PAP, izoenzym kwaśnej markerem kościotworzenia
6.Witaminy
1.Po co dajemy wit B12 doustnie i domięśniowo w teście Schillinga
2.Funkcje wit B6
3.Inna nazwa wit.B3, w jaki sposób działa z NAD
4.NAD/NADH NADP/NADPH czym się to różni
5.NAD-pełna nazwa
6.Wykrywanie braku B6 B12 test schillinga
7.Kiedy nie podaje się wit B12
8.Źródła wit K
9.Aktywna forma wit B6 dla jakiego enzymu klinicznego<AspAT>
10.Niedobór jakich wit prowadzi do niedokrwistości, podac rodzaj niedokrwistości
11.Wynik testu Schillinga=8%;20%-czy jest prawidłowy
12.wit F, witK, kwas foliowy
13.Przyczyny niedoboru wit.D
14.Ca? mechanizm wit.D
15.Nadmiar witD
16.Przyczyny niedoboru witK
17.Antywitaminy B6
18.Izoniazyd jakiej wit poza B6 jest antywitaminą
19.Antywitamny wit.K
20.PIVKA
21.Co sie dzieje z czynnikami krzepnięcia po zastosowaniu antywitaminy witK
22.B2
23.Przyczyny niedoboru B12
24.Gdzie i jak długo magazynowana wit B12
25.Funkcje witK
26.Dokładnie jak wykonuje się test Schillinga
27.Jakie białka są gamma-karboksylowane
28.Niedobór wit B12
29.Po co B6 w syntezie DNA
30.Dlaczego B6 wywołuje niedokrwistość
31.Co to znaczy obniżenie wrażliwości na czynnik wewnętrzny
32.Co się oznacza w teście schillinga
33.Funkcje wit K
34.Źródła wit K, gdzie jest jej najwięcej<najwięcej aronia.w pomidorach też jest:D>
35.Kidy zbiera się mocz Schillinga
36.Po co B12 jest znakowana izotopem
37.Co w naszym org produkue witaminę K
38.Funkcja B6
39.Niedobór wit B6
40.Wit.E, funkcje i co to jest
41.Skutki niedoboru kw.foliowego
42.Przyczyny jałowości przewodu pokarmowego
43.Wit F
44. dlaczego wit B6 ma funkcje krwiotwórczą?
Antywitaminy kwasu foliowego
Enzymy dla których kofaktorem jest wit. C, z Harpera :
-beta-hydroksylaza dopaminowa
-hydroksylaza lizylowa
-hydroksylaza prolilowa
-hydroksylaza peptydyloglicynowa
-hydroksylaza asparaginianowa
-hydroksylaza trimetylolizylowa
hydroksylaza gamma-butyrobetainowa
B1 funkcje
45.witC,B12,PP
46.Niedobór K,przyczyny, obawy
47.Przyczyny których niedobór powoduje niedokrwistość w kolejności od najpoważniejszych
48.Co to jest test FIGLU
49.Przyczyny niedoboru B12
50.Czy wytwarzamy w organizmie witB12
51.Znaczenie podawania kwasu foliowego w czasie ciąży<jak były problemy z pierwszą ciążą to WCN, jak normalna ciąza, to czy się podaje>
52.Co to jest hipersydermia
53.Skutki niedoboru wit K, dla jakie drogi krzepnięcia
52.Jeżeli karboksylowane są zarówno czynniki krzepnięcia jak i inhibitory krzepnięcia<chodzi o wit K>, to dlaczego krew nie krzepnie
Dr Puchalska
1. test Schillinga 2. budowa i funkcje wit. B2 3. dlaczego wit B6 ma funkcje krwiotworcza? 4. antywitaminy kw. foliowego;
1.Po co dajemy wit B12 doustnie i domięśniowo w teście Schillinga
2.Funkcje wit B6
3.Inna nazwa wit.B3, w jaki sposób działa z NAD
4.NAD/NADH NADP/NADPH czym się to różni, NAD-pełna nazwa
6.Wykrywanie braku B6 B12 test schillinga
7.Kiedy nie podaje się wit B12
8.Źródła wit K
9.Aktywna forma wit B6 dla jakiego enzymu klinicznego<AspAT>
10.Niedobór jakich wit prowadzi do niedokrwistości, podac rodzaj niedokrwistości
11.Wynik testu Schillinga=8%;20%-czy jest prawidłowy
12.wit F, witK, kwas foliowy
13.Przyczyny niedoboru wit.D
14.Ca? mechanizm wit.D
15.Nadmiar witD
16.Przyczyny niedoboru witK
17.Antywitaminy B6
18.Izoniazyd jakiej wit poza B6 jest antywitaminą
19.Antywitamny wit.K
20.PIVKA
21.Co sie dzieje z czynnikami krzepnięcia po zastosowaniu antywitaminy witK
22.B2
23.Przyczyny niedoboru B12
24.Gdzie i jak długo magazynowana wit B12
25.Funkcje witK
26.Dokładnie jak wykonuje się test Schillinga
27.Jakie białka są gamma-karboksylowane
28.Niedobór wit B12
29.Po co B6 w syntezie DNA
30.Dlaczego B6 wywołuje niedokrwistość
31.Co to znaczy obniżenie wrażliwości na czynnik wewnętrzny
32.Co się oznacza w teście schillinga
33.Funkcje wit K
34.Źródła wit K, gdzie jest jej najwięcej<najwięcej aronia.w pomidorach też jest:D>
35.Kidy zbiera się mocz Schillinga
36.Po co B12 jest znakowana izotopem
37.Co w naszym org produkue witaminę K
38.Funkcja B6
39.Niedobór wit B6
40.Wit.E, funkcje i co to jest
41.Skutki niedoboru kw.foliowego
42.Przyczyny jałowości przewodu pokarmowego
43.Wit F
44. B1 funkcje
45.witC,B12,PP
46.Niedobór K,przyczyny, obawy
47.Przyczyny których niedobór powoduje niedokrwistość w kolejności od najpoważniejszych
48.Co to jest test FIGLU
49.Przyczyny niedoboru B12
50.Czy wytwarzamy w organizmie witB12
51.Znaczenie podawania kwasu foliowego w czasie ciąży<jak były problemy z pierwszą ciążą to WCN, jak normalna ciąza, to czy się podaje>
52.Co to jest hipersydermia
53.Skutki niedoboru wit K, dla jakie drogi krzepnięcia
52.Jeżeli karboksylowane są zarówno czynniki krzepnięcia jak i inhibitory krzepnięcia<chodzi o wit K>, to dlaczego krew nie krzepnie
przyczyny niedoboru wit K + formy w jakich występuje
funkcje kw foliowego
przebieg testu ksanturenowego + po co
inhibitory witamin
7.Wapń i fosfor
1. 12mg%Ca-za dużo, za mało czy norma, jaki to stan, przyczyny
2.frakcje fosforu w osoczu
3.bufor fosforanowy, działanie
4.Rola fosforu w surowicy
5.Hipokalcemia pryczyny
6.Rola ca we krwi
7.W jaki sposób fosforany wpływają na krzepniecie
8.W jaki sposób wapń wpływa na krzepniecie
9.W jakich produktach wystepuje wapń
10.Co robi bufor
12.Funkcje wapnia
13.Przełom hiperkalcemiczny-przy jakim stęzeniu i ojawy
14.Wapń dializowany, kompleksowy(nie łączy się z siarczanem!-w skrypcie błąd)
15.Hiperkalcemia-przyczyny i związki
16.Związek pomiędzy wapniem i witaminą K
17.Rola fosforu nieorganicznego w organizmie(fosforylacja(związki wyskoenergrt,przekaźnictwo sygnału,interkonwersja enzymu, fosfolipidy,bufor)
18.Związek niewydolnosci nerek z gospodarką wapniową
7.Wapń i fosfor
1. 12mg%Ca-za dużo, za mało czy norma, jaki to stan, przyczyny
2.frakcje fosforu w osoczu
3.bufor fosforanowy, działanie
4.Rola fosforu w surowicy
5.Hipokalcemia pryczyny
6.Rola ca we krwi
7.W jaki sposób fosforany wpływają na krzepniecie
8.W jaki sposób wapń wpływa na krzepniecie
9.W jakich produktach wystepuje wapń
10.Co robi bufor
12.Funkcje wapnia
13.Przełom hiperkalcemiczny-przy jakim stęzeniu i ojawy
14.Wapń dializowany, kompleksowy(nie łączy się z siarczanem!-w skrypcie błąd)
15.Hiperkalcemia-przyczyny i związki
16.Związek pomiędzy wapniem i witaminą K
17.Rola fosforu nieorganicznego w organizmie(fosforylacja(związki wyskoenergrt,przekaźnictwo sygnału,interkonwersja enzymu, fosfolipidy,bufor)
18.Związek niewydolnosci nerek z gospodarką wapniową
Wesołe pytania:
1. Niedokrwistość aplastyczna
2. Wpływ syfu żmij wprowadzanego do łydki Kowalskiego, nieopodal autostrady A3
3. Niedokrwistość syderoachrestyczna
4. Wpływ leków na hemolizę...
Pierwiastki
TIBC-do czego służy(czy brakuje Fe w org czy w osoczu)
czy wydalamy Fe w moczu
kto jest najbardziej narażony na niedobór żelaza
zołądek-na jakie pierwiastki wpływa(wchłaniane)
hyposyderoza
przyczyny hiperchromatozy
jak się nazywa zwiekczenie stężenia żelaza
główna przyczyna hemosyderozy>transfuzja krwi
w jakich niedokrwistościach wzrasta poziom FE
U kobiety stężenie Fe 52mmol/l, dobre czy źle
Hemochromatoza pierwotna, inaczej cukrzyca brunatna lub brązowa, czyli przeciążenie żelazem, jest dziedziczną chorobą metaboliczną, w której dochodzi do nadmiernego wchłaniania żelaza z pożywienia. U zdrowego człowieka żelazo podlega procesowi recyrkulacji – uwolnione z rozpadających się krwinek czerwonych jest wbudowywane do nowo powstających erytrocytów. Gdy poziom żelaza we krwi jest obniżony, organizm wchłania je z pożywienia, kiedy jednak jego zapasy w różnych tkankach i narządach są duże, ujawnia się cukrzyca i może dojść do uszkodzenia serca, wątroby, trzustki, jąder i stawów. W narządach tworzą się złogi hemosyderyny. Przyczyną uszkodzeń w chorobie jest nadmierne utlenianie lipidów z powodu obecności większej ilości wolnych rodników, stymulację produkcji kolagenu, a także bezpośrednie działanie na DNA.
1. dlaczego przy niedoborze miedzi jest zaburzone oddychanie komórkowe
2. objawy kliniczne i laboratoryjne choroby Wilsona
3. sposoby magazynowania miedzi w komórce
1. TIBC: zasada, wahania, co wplywa
2. Selen (skrypt)
3. Jod (jak sie wchłania, wydala, dobowe wydalanie, inhibitory aktywatory NIT itp)
Oksydaza cytochromu c przenosi elektrony z substratów utlenionych w ostatnim etapie łańcucha oddechowego na tlen. Przy braku miedzi nie będzie tej oksydazy.
Objawy laboratoryjne to IMO przede wszystkim podwyższony poziom Cu w moczu
Objawy kliniczne - pierścień Kaysera-Fletchera w rogówce, marskość wątroby, uszkodzenie OUN (jądro soczewkowate)
Z histydyną, metalotineinami i przede wszystkim glutationem
stężenie żelaza w surowicy u kobiet i mężczyzn w mikrogramach na dl;
transferyna jako biało osocza co robi, że przyłącz 2 jony żelaza na III stopniu utlenienia;
jaka to pula całkowita a jaka zapasowa żelaza;
o niedoborze żelaza i nadmiarze jakie są przyczyny; te wszystkie wzrosty i spadki TIBC oraz Fe;
coś o żółtaczce hemolitycznej, związane z nadmiarem żelaza;
krzywa żelazowa-kiedy płaska, kiedy gwałtownie rośnie itp.
transferyna to transport ferrytyna to zapas,
TIBC i krzywa wchłaniania żelaza z Biochemii klinicznej Sznajda
1. dlaczego dziewczynki w okresie dojrzewania powinny jeśc więcej mięsa niż chłopcy.(w mięsie Fe hemowe, menstruacja)
2. dlaczego TIBC i stężenie żelaza oznaczamy razem? (żeby zróżnicowac przyczynę np. niedoboru żelaza)
3. dlaczego w ciąży jest zmniejszone stężenie Fe, a wzrost TIBC(estrogeny pobudzają sytezę białek-> wzrasta ilośc transferyny, która chce się połączyc z tym żelazem, które nam chłonie płód)
4. enzymy zależne od żelaza.
1.żelazo zapasowe jest to:
a.wchodzace w skład hemoglobiny, mioglobiny,enzymow hemowych i niehemowych
b.wchodzace w sklad ferrytyny i hemosyderyny
c.uwalniane w czasie hemolizy erytrocytow
d.w postaci jonowej
2.prawdziwe sa zdania
zelazo polaczone z ferrytya stanowi latwo wymienialna, labilna pule zelaza
b.w hemosyderynie Fe w postaci tlenku zelaza w postaci koloidalnej
c.transferyna jest jednym z najlepszych wskaznikow d oceny zasobow zelaza w magazynach ustrojowych
3.Nieprawdzwe jest
a.transferyna moze przylaczac tez jony Cu, Zn, Mn, Al
b.transferyna jets białkiem magaznujacym Fe
c.transferyna jest negatywnym białkiem ostrej fazy
d.steż transferyny w osoczu jest odwrotnie skorelowane ze stez Fe z wyjatkiem ostrej fazy oraz w warnkach podawania lekow antykoncepcyjnych
4.prawdziwe sa;
a.utajona zdolnosc wiazania Fe mozna oznaczyc przez w sposob: po nasyceniu transferyny Fe3+, absorbuje sie jego nadmiar i oznacza stez
b.wybitny wzrost TIBC charakteryzuje jawne stany niedoboru Fe
c.oznaczanie TIBC pomozne w odroznianiu stanów utajonego niedoboru Fe od jawnych niedokrwistosci objwowych
5.Nieprawdziwe jest:
a.transferyna jets negatywnym białkiem fazy ostrej
b. w pierwotnym niedoborze Fe TIBC jets obnizone
c.stęzenie transferyny wzrasta po podaniu estrogenow i w ciazy
d.utajona zdolnosc wiazania Fe mozn obliczyc znajac calkowita zdolnosc wiazania Fe i stez Fe w surowicy
6.Wchłanianie Fe
a.jest calkowite i zalezy od ilosc Fe w pokarmach
b.głownie w zoładku
c.w dwunastniy i pocz. odc jelita cienkiego w postaci Fe2+
d.ułatwiane przez zwiazki chitynowe, fosforany, szczawiany
7.Obrót metaboliczny Fe nie zalezy od
a.zwiekszonego zapotrzebowania w okresie wzrostu, okresu, ciazy, laktaacji
b.wchłaniania z przewodu pokarmowego
c.wymiany miedzy osoczem a szpikowa, czerwonokrwinkowa i zapasowa pula
d.ilosci kreatyniny w moczu
8.przeyczyna niedoboru Fe nei jest:
a.nadmierne wchłanianie Fe zprzewodu pokarmowego
b.utrata krwi ostra i przewlekła
c.niewłasiwe odzywianie
d.wzmozone zapotrzebowanie
9.nadmierne odkładanie sie Fe w kom, nie wywołujace charakterystycznych zmian strukturze i funkcji narzadow okreslane sa jako:
a.hemosyderoza
10.stez Fe w surowicy krwi w zołtaczkach jest
a.zawsze obnizone jako wynik uposledzonego wchlaniania w przewodzie pokarmowym
b.zawsze podwyzszone jako wynik uwalniania Fe z ulegajacych rozpadowi erytrocytow
c.zalezy od rodzaju zoltaczki i jest podwyzszone w zoltaczce miazszowej i hemolitycznej
d.nie ulega zmianie
11.ocene gospodarki Fe w org ułatwiaja badania:
a.hematokryt, stez Hb wskazniki czerwonokrwinkowe, TIBC
b.stez Hb hematokryt,krzywa zelazowa,stez kreatyniny w osoczu
c.stez mocznika w surowicy i moczu, stez Hb, wskazniki czerwonokrwinkowe, TIBC
d.stez transferyny, aktywnosc LDL w erytrocytach, stez Hb we krwi, wskazniki czerwonokrwinkowe, TIBC
12.Błędne jest
a.ocene wchlaniania Fe z przewodu pokarmowego przeprowadza sie po doustnym obciazeniu Fe
.w stanie niedoboru Fe spowodowanego jego zlym wchlanianiem krzywa zelazowa jest prawidlowa
c.w stanie niedoboru Fe kiedy wchlanianie jest uposledzone, po doustnym podaniu Fe stwierdza sie po 3 h bardzo wysobie stes Fe w surowicy
d.w celu okreslenia utraty zelaza przez przewod pokarmowy przeprowadza sie bdanie kału na krew utajona
13.prwadziwe sa:
a.HCl jetsniezbedny do wchlanainia Fe
b.Fe w potaci zredukowanej jest lepiej przyswajalne
c.cz.transferyny zawiera 2 cz Fe3+
14,prawdziwe sa:
a.zelazo wchlaniane w dwunastnicy i jelicie cienkim w postaci Fe2+
b.transferyna jest głownym bialkiem magazynujacym
c.wit.C jako czynnik redukujacy przyspiesza wchlanianie
15.prawdziwe sa:
a.najczestsza przyczyna anemii jest niedobor Fe
b.60-70%zasobow Fe jest zwiazane z Hb
c.fe osocz zwiazane zferrytyna
16.prawdziwe są:
a.zelazo osocza zwiazane z ferrytyna, bialkiem nalezcym do beta1globulin
b.rola transferyny polefa na przenosszeniu Fe do tkanek, przede wszytkism do szpiku
c.Fe zwiazane z transferryna stanowi 60-70% calkowitych zasobow
17.prawdziwe sa:
a.transferyna w warunkach prawidlowych wysycona Fe w 30%
b.dojrzale erytrocyty syntetyzuja Hb
c.60-70% calkowitej ilosc Fe jest w Hb
18.transferyna jest
a.glglobulina beta transportujaca zelazo
19.prawidlowe sa:
a.ferrytyna i hemosyderyna nie sa bialkami magazynujacymi
b.zawarte w pokarmie zwiazki z grupami SH redukuja Fe3+ do Fe2+
c.ferrytyna i hemosyderyna wiaza jony Fe3+
20. stez, Fe w surowicy krwi wynosi
a.u obiet 60-120 mikrog/dl
b.u mezczyzn 200-600 mikrog/dl
c.u kobiet 60-120 g/dl
d. u mezczyzn 200-600 mg/dl
antyoksydacyjna funkcję ceruloplazminy
sposoby magazynowania Cu w komórce
zależność między niedoborem Cu a dysfunkcją tkanki łącznej i utleniania komórkowego
które białka poza ceruloplazminą wędrują w paśmie alfa-1 i -2 globulin...
sposoby magazynowania Cu w komórce i zależność między niedoborem Cu a dysfunkcją tkanki łącznej i utleniania komórkowego
podane byly wartosci stezenia fe i tibc i trzeba bylo zanalizowac wyniki (fe bylo chyba 30 mikrogr a tibc 120), 3. wymienic co najmniej 3 enzymy cynkozalezne
pytanie "na piatke": dlaczego fluor pelni role bakteriobojcza w pastach do zebow?
1.wchłanianie żelaza etapy
2.kobieta 20 lat, kobieta 60 lat poziom Fe 10mmol/lprzypuszczalne przyczyny
3.role Zn Cu
4.gustyna
5.enzymy cynkozalezne
6.mangan jakie enz aktywuje
7.wchłanianie organifikacja jodu
8.Normy T3,T4:D:D:D
9.choroba wilsona menkesa
10.selen
9.Białka
1. Białka ostrej fazy
2. Przykłady stanów/chorób kiedy występują białka ostrej fazy
3. Co to jest paraproteinemia
4. Funkcje haptoglobiny
5. Gdzie jest utylizowana hemoglobina (makrofagi siatecz-śródbł. wątroby)
6. Co to jest hipoproteinemia?
7. Metody oznaczania białka całkowitego
8. Które z nich sa najczęściej wykonywane?
9. Normoproteinemia
10. przyczyny hipoproteinemii
11. Główne białko osocza i białko krwi
12. Normy hemoglobiny
13. Funkcje białek osocza
14. Której funkcji nie maja białka osocza
15. Norma białek w osoczu
10.Elisa
1.jak oznaczyć stężenie a2 globulin
2.hiperproteinemia-co to jest definicja przyczyny
3.jakie są stany ostrej fazy
4.najważniejsza martwica kliniczna
5.czy może być hipergammaglobulinemia bez wzrostu immunglobulin
6.co jest we frakcji gamma-globulin
7.immunoglobuliny w jakich frakcjach wędruja
8.jaką najprostszą metdą oznaczyć dysproteinemie<ob>
9.jaki mui byc prąd do elektroforezy, dlaczego nie może być transformator podłączony do gniazdka
10.elektroforeza płynu muzgowo rdzeniowego
11.lipidogram
12.rakietkowa-co oznaczamy jak obliczamy steżenie, czy jak powstanie kompleks immunologiczny czy wedruje<nie>
13.ogniskowanie izoelektryczne
14.barwnik-czerń amidowa co robi<wiąże białko>
15.w przeziębieniach która frakcja białek wzrasta
16.CRP
17.Normoproteinemia
18.jak stwierdzić że ktoś ma nadmiar gammaglobulin
19.co to jest hsCRP
20.kiedy nie może być CRP markerem ryzyka wieńcowego
21.jakie jest napiecie w elektroforezie
II termin:
1.elektroforeza-opisac proces, nie zapomnieć o byforze i prądzie stałym
2.dysproteinemia-definicja przykłady
3.hipergammaglobulinemia
4.ostra faza-przykład dysproteinemii
11. Hormony
1.hCG-nazwa przydatność diagnostyczna
2.17-ks- co to, co wchodzi w skład, kiedy wzrasta, kiedy maleje
3.steżenie fT4 w normie, a TT4 i TT3niskie-czy moze tak byc, kiedy tak sie dzieje?
4.TT3 i TT4 w normie, a objawy niedoboru
5.TT3 TT4 podwyzszone, brak objawów nadczynnosci
6.w jakiej postaci działają hormony
7.17-ks-diagnostyka rozwin skrót
8.co pobudza prolaktyne
9.podejrzenie wzrostu GH-co robimy?
10.subkliniczna niedoczynność tarczycy
11.przyczyny zmniejszenia stezenia Na w osoczu
12.białka transportujace
13.jakie parametry<!> biochemiczne oznaczamy w zespole cushinga
14.czym sie różni hydrokortyzol od korttyzolu
15.w jakich zaburzeniach edokrynologicznych wystepuje hi[erglikemia<cushinga,cukrzyca,akromegalia,gigantyzm>
16.zaburzenia w badaniach laboratoryjnych u osoby z nadczynnością kory nadnerczy
17.kiedy pobieramy krew do badania kortyzolu
18.pozapołożnicze zastosowanie diagnostyczne hCG i co to jest
19.PSA rzy jakim nowotworze
20.VMA - co to jest, czego to metabolit, przydatność diagnostyczna
21.co najlepiej oznaczać przy niedoczynności tarczycy fT3,FT4, czy T3 T3
22.subkliniczna i jawna niedoczynność tarczycy, co badamy
23.testy hamowania, stymulacji
24.MAO COMT-rozwinąć skrót
25.pheochromocytoma
26.kw. wanilinomidałowy-w czym oznaczamy, przydatność diagnostyczna
27.hormony hiperglikemizujące
28.hormon atydiuretyczny-co powoduje jego nadmiar we krwi
29.MHM,
30.guz chromochłonny-jego najwazniejszy objaw
31.co jest u pacjeta u którego stwierdzono nadmierne wydzielanie horonu wzrostu
31.17-OH-CS - diagostyka
32.kiedy oznaczamy hCG, co wykrywa
33.co oznaczyć u pacjęta z pheochromocytoma
immunoelektroforeza(czy tam elktroimmunoforeza-zawsze mi sie myli;p) zastosowanie i zasada metody.
immunodyfuzja radialna.
Elisa kompetycyjna
Surowica: pobranie krwi, umieszczenie w cieplarce do wykrzepnięcia, można delikatnie odwirować i odciągnąć surowicę.
Osocze: pob. krwi na antykoagulant, wymieszać i odwirować i odciągnąć bądź delikatnie zlać
osocze zawiera fibrynogen i inne czynniki krzepnięcia.
surowica zawiera więcej FDP ( nie wiem czy dobrze usłyszałam - podobno produkt degradacji fibrynogenu) elektrolity, potas i enzymy np. fosfataza kwasna
dr Pu
met Zimmermanna
wymienić metody radiometryczne nieimmunologiczne (2)
kiedy wzrasta a kiedy maleje TBG
oznaczenie metabolitow serotoniny 5 HIO
pheochromotycoma znaczenie diagnostyczne
niedobór kortyzolu to jak rozrozniamy czy to przysadka podwzgorze czy nadnercza nawala?
testy wychwytu h. tarczycy
diagnostyka rakowiaka
hCG - przez co jest produkowana, co robi, itp.
kwas 5-hydroksyindolooctowy-charakterystyka itd.
test wychwytu hormonów tarczycy
gonadotropina kosmówkowa-charakterystyka itd.
pełna nazwa i znaczenie diagnostyczne 17-KS
pełna nazwa i znacznie diagnostyczne HCG
rakowiak- pochodzenie i diagnostyka choroby
Jakie hormony wykryjesz metodami chemicznymi i opisać wykrywanie hydroksy-kortykosterydów
Wychwyt hormonów tarczycy opisać i zastosowanie
zasada metody luminescencyjnej
ĆWICZENIA - WEJŚCÓWKI
1. PCR-HD - skąd nazwa, metoda działania.
2. Czystość DNA
3. Przebieg PCR
1. Co potrzebne do metody Sangera.
2. Kaskada przemian w drodze alternatywnej układu dopełniacza.
3. Czynniki stabilizujące układ dopełniacza.
1. Charakterystyka enzymów restrykcyjnych
2. Korzystne i niekorzystne działanie układu dopełniacza.
1) aktywność enzymatyczna restryktaz,
2) SNP
1.budowa i właściwości endonukleaz restrykcyjnych
2. aktywność restryktaz
3. opisz polimorfizm insercyjno-delecyjny genu enzymu konwertującego
4. opisz układ dopełniacza
1. Narysować? na kartce palindrom
2. Ile starterów potrzebujemy do STR?
3. Co to są enzymy restrykcyjne?
4. Na czym polega polimorfizm insercyjno-delecyjny w genie kodującym angiotensynogen?
5. Co to są dideoksynukleotydy i czym się różnią w budowie chemicznej od zwykłych dNTP? Dlaczego reakcja "staje" gdy poli-DNA trafi na takowego?
6. Co wchodzi w skład mieszaniny reakcyjnej do PCR-u?
7. Właściwości kwasów nukleinowych.
8. Etapy PCR.
9. Na czym polega metoda Sangera i co jest potrzebne do jej przeprowadzenia.
1. Co to jest Km, w jakich jednostkach podajemy, od czego zależy i jakie zastosowanie praktyczne ma jego znajomość
2. Inhibicja niekompetecyjna - def. + wykres podwójnych odwrotności
3. Reakcja pseydopreoksydazowa hemoglobiny - wykonanie, zastosowanie.
1. Enzymy ekskrecyjne - wymień, jakie schorzenia nimi oznaczamy
2. Fosfataza kwaśna- wymień izoenzymy, kiedy wzrasta aktywność (również fizjologicznie!)
3. Charakterystyczne zmiany stężenia CPK, podaj jednostki chorobowe.
1. badanie aktywności fosfatazy kwaśnej typu sterczowego, normy
-czy w badaniu CK-MB badane jest stężenie czy aktywność? Normy
2. metody oznaczania aktywności amylazy (sacharogeniczna (?) i jakaś druga, chodzi tu chyba o ESP i metoda Caraway'a; normy
3. aktywność właściwa
1. makroamylazemia
2. markery cholestazy
3. klasyfikacja enzymów wg EC: alfa-amylaza/AlAT lub AspAT (GGTP i co? jeszcze )
4. stężenie prawidłowe, czas zwiększenia, normalizacji i czego? jeszcze dla mioglobiny, troponiny T i CK-MB
1. Opisać? enzymy wchodzące w skład konstelacji cholestazy.
2. Izoenzymy i izoformy kinazy kreatynowej - krótka charakterystyka
3. Normy aktywności dehydrogenazy mleczanowej.
4. Opisać? metodę oznaczania GGTP w surowicy.
1. markery AMI
2. czy obturacja przewodu pęcherzykowego wywołuje zwiększenie enzymów cholestazy we krwi
3. gdzie jest większe stężenie fosfatazy zasadowej - w surowicy czy w osoczu i dlaczego tak
3. co to jest PSA i czy jest on enzymem (haczyk )
4. izoformy CKMB i CKMM co jak po co i co nam to daje przy zawale, po co dzis mierzyli?my absorbancje
1. Frakcje wapnia w krwi.
2. Przyczyny hiperkalcemii
3. Normy wapnia i fosforu nieorganicznego we krwi.
1. Rola wit. D w gospodarce wapniowej
2. Próba Fiske-Subbarowa
3. Fizjologiczne stężenia wapnia i fosforu
4.Co wpływa na kalcemię
1. Normy.
2. Co wpływa na zwiększenie wchłaniania wapnia w jelicie.
3. Wymienić metody wykrywania wapnia.
Fr:
1. Metoda schillinga - opis, interpretacja, normy
2. Metoda Klirensu kwasu foliowego - opis, interpretacja, normy
3. Metoda obciążająca -opis, interpretacja, normy
"Wapń i fosfor" u dr Fr:
1) choroby, w których przebiegu występuje hiperkalcemia
2) czynniki wpływające na hamowanie resorpcji w nerce
3) normy fosforu i hipofosfatemia
4) wpływ pH na wapń + wzór
doctor W:
1. przyczyny niedoboru i działanie wit E
2. metoda Schillinga
3. skład ( nazwa ) kwasu foliowego
4. mechanizm powstawania kwasy metylomalonylowego MMA
"Ca i P" u dr, W:
1. wchłanianie i wydalanie Ca
2. metoda ASA
3. przyczyny hipokalcemii
4. przyczyny hiperfosfatemii
1. LDH , po jakim czasie max (tabelka kokota)
2. które enzymy badamy u alkoholików, tzn które mogą mieć zmienione wartości
3. choroby kości - które enzymy i co powodują
-(znaczniki osteogenezy czy jakoś tak)
4. fosfataza kwaśna - podąć choroby nie związane z izoenzymem sterczowym
-normy
5. wskaźnik de Ritisa
dr Francuz :
Koenzymy :
1. Rozróżnić gr. prostetyczna/koenzym
2. Test optyczny wskaźnikowy
3. Wymienić enzymy wszystkie jakie tworzą grupy prostetyczne
Witaminy :
1. Test na niedobór wit. B12
2.Co powoduje niedokrwistość, jakie witaminy, wymienić.
3. Klirens kwasu foliowego
Enzymy ważne klinicznie (ustnie razem z pomocą Pana Profesora)
1. Alat, Aspat
2. Co to jest GPT
3. Narysować reakcje z GPT
4. Jakie choroby - gdy wzrost Alat/Aspat
5. Koenzym aminotransferaz
6. Izoenzymy aminotansferaz
dr Posieleżna
Koenzymy:
1. NADH - absorbancja, wykres
2. test optyczny z reakcją wskaźnikową
Witaminy:
1. pułapka kwasu foliowego
2. wykrywanie niedoboru witaminy B6
3. witamina C - formy, rola, metody oznaczania
dr Wójcik
koenzymy:
1. co to jest glutation
2. oznaczanie CK
3. redukcja FAD
4. funkcje ATP
5. PAPS, CTP, generalnie dużo o glutatione
GPT(glutamic pyruvic transaminase) to jest inaczej AlAT
GOT(glutamic oxoloacetic transaminase) to inaczej AspAT.
dr Francuz :
Fe i J , mikroelementy
1. Funkcje cynku
2. Normy TIBC/Fe/ferrytyna/transferyna
3. Co hamuje a co pobudza wchłanianie Fe
4. Ceruloplazmina, co to jest, funkcje, normy
dr Wójcik
1. Selen:
a) zapotrzebowanie
b) skutki niedoboru
c) enzymy Se-zależne w wątrobie
2. Mangan:
a) zapotrzebowanie
b) skutki niedoboru
c) toksyczność
3. Magnez:
a) przyczyny hipomagnezomii
b) choroby ( skutki ) hipomagnezomii
4. Krzywa żelazowa
Dr Frankreich:
1. Normy żelaza, ferrytyny, transferyny, TIBC
2. Co sprzyja/przeszkadza wchłanianiu żelaza
3. Chrom- główne funkcje, norma
4. Ceruloplazmina - funkcje, miejsce, norma
Dr Francuz
Białka :
Wejściówka:
1)CRP opisać
2)Haptoglobina
3) Elektroforeza białek z poszczególnymi frakcjami
ustnie :
1. metody wszystkie, Lowry, Kjeldahl itd.
2. paraproteinemia, - aspekty kliniczne paraproteinemii
Dr Posielezna:
1. ultrawirowanie różnicowe
2. różnica miedzy osmolizą i tym drugim co dźwięków się używa ;P – sono….
3. CRP - ogólnie wszystko co się wie
4. po kolei metoda oznaczania fibrynogenu
dr Gawlik :
1. charakterystyka i budowa IgM
2. jak otrzymuje się surowicę antyglobulinową
3. jak otrzymać przeciwciała monoklonalne
4. immunodyfuzja radialna - jak się to robi, co można tym badać itp.
mamy AspAT np. 50 U/l i przeliczcie to na aktywność właściwą (U/mg). Jak to zrobić ? aktywność właściwa (IU/mg) - liczba jednostek aktywności enzymu przypadająca na 1 mg białka
dr Francuz
1. Elisa
2. Porównanie metod pośrednich/bezpośrednich
3. FIA
4. Epitop/Paratop
ustnie
hapten, FRET
Hormony
1. Wykrywanie B hCG -diagnozowanie czego, jak i dlaczego?
2. Testy stymulacji -wyjaśnij na przykładzie
3. Kwas 5 HIO- diagnostyka i znaczenie patologiczne )
Dr. Sciema
wejściówka:
1) 5-HIO, diagnostyka
2) 17-OH-CS, co to jest, metoda oznaczania
Dr. Posięleżna
1. Test ciążowy
2. 5 - HIO
3. LIA
4. DELPHIA
5. Metoda kompetencyjna ELISA
6. Immunoelektroforeza radialna
dr Goss:
1)hCG budowa, diagnostyka
2)rodzaje testów dynamicznych
3)5-HIO, nazwa, co to jest, znaczenie diagnostyczne
od dr Puchalskiej:
1. Czym się rożni polimorfizm od mutacji
2. Jak sprawdzić czystość preparatu
3. Czemu maksymalnie w reakcjach PCR można wykonać 20-30 cykli
4. Izolacja DNA z krwi obwodowej.
Dr Gawlik :
1. Oznaczanie stężenia i czystości DNA + zakresy
2. Izolowanie DNA z krwi obwodowej
3. Pytanie na myślenie : narysowany DNA podzielony na odcinki i sekwencja którą chcemy powielić w PCR - trzeba było wybrać odcinki które wykorzystamy jako startery
dr Virgina
1. Co to jest PCR, zastosowanie
2. jak można zbadać czystość i stężenie preparatu?
3. co to jest deneturacja?
4. metody izolacji RNA
RFLP zasada metody i rozszyfrowanie skrótu
1. PCR-RT
2. PCR-SSCP
3. Northern blotting
4. RT PCR
5. Zastosowanie PCR w medycynie
6. Co robimy z produktami PCR
7. Izolowanie DNA z krwi człowieka
dr Longis: (takie bardziej wyszukane:))
1. czym się różni temperatura topnienia DNA od denaturacji
2. jak nazywa się wykres temperatury topnienia DNA od czegoś tam
3. co tworzy bromek etydyny z DNA? odp. kompleksy:)
-czy z surowicy, moczu można wyizolować DNA?
-jak wykryć stężenie DNA
-efekt hipochromowy
temperatura topnienia DNA to taka temperatura w której denaturuje 50% cząsteczek DNA
dr G. :
1. narysuj dowolny fragment restrykcyjny i zaznacz miejsce cięcia aby uzyskać lepkie końce
2. metoda Sangera: odczynniki i jaki obraz odczytujemy
3. polimorfizm ID w enzymie konwertującym, jaki uzyskujemy obraz i co możemy z niego wywnioskować
dr Puchalska:
1. Do sekwencji ACTG (?) dopisać drugą nić, zaznaczyć, jak będzie działał enzym restrykcyjny.
2. Funkcja biologiczna układu dopełniacza.
3. PCR-RFLP opisać na przykładzie wykrywania polimorfizmu genu angiotensyny (czy jakoś tak - chodziło o 2 doświadczenie ze skryptu w każdym razie) + rysunek wyników w elektroforezie..
dr.Goss
1.pcr-RFLP zasada działania zastosowanie
2.jednostka aktywności enzymu
3.STR-co oznacza skrót, zasada działania zastosowanie
dr Goss :
1.jednostki. aktywacji
2.sekwencjonowanie DNA met. enzymatyczna
3. polimorfizm insercyjno-delecyjny, konwertaza (część praktyczna generalnie
Virginia
1. Czy można w jakiś sposób wykorzystywać tępe końce
2. Wektory w klonowaniu
3. Ogólnie enzymy restrykcyjne i jak je wykryto
4. Jak można inaktywować enzymy restrykcyjne
Wejściówka:
1. jednostka aktywności enzymu restrykcyjnego
2. homozygota i heterozgota
3. choroby związane z układem dopełniacza
4. STR
- co to jest jednostka aktywności
- opisać STR
- co to jest homo i heterozygota
- choroby układu dopełniacza
u Puchalskiej:
1. STR- zasada metody i wyjaśnić co to jest
2. badanie polimorfizmu genu enzymu konwertującego przy zastosowaniu RFLP
3. układ dopełniacza klasyczny
1. STR
2. Izoschizomery, Neoschizomery
3. wykres elektroforetyczny enzymu konwergujacego (ID)
4. metoda Sangera
ENZYMY
U dr Puchalskiej:
1. Stała Michaelisa - Menten, o czym informuje, od czego zależy, jakie wartości przyjmuje itd.
2. Oksydaza ksantynowa, w ogóle nauczcie się dobrze tych wszystkich enzymów jakie są wymienione w tym rozdziale pierwszym z enzymów [katalaza, peroksydaza, o co chodzi z reakcją pseudoperoksydazową wykrywanie krwi w kale, i takie tam różne cuda] - od czego zależy ich aktywność [koenzymy dla nich i reszta pospołu, jakieś metale jak są potrzebne itd.], jakie reakcje przeprowadzają i tak dalej, bo o to pani dr pytała na dopytce
3. aktywność właściwa enzymu.
p.Virginia:
1.opisać wykres podwójnej odwrotności
2.wpływ stężenia enzymów
3.przechowywanie surowicy w 4C
4.metoda dwupunktowa
p.Virginia:
1.opisać wykres podwójnej odwrotności
2.wpływ stężenia enzymów
3.przechowywanie surowicy w 4C
4.metoda dwupunktowa
pytania od Siemiana
na wejściówce
1. wpływ temp na reakcje enzymatyczną
2. przeliczyć 80 IU na jednostki SI
3. wykrywanie katalazy
dr Gawlik :
1. wpływ temperatury na szybkość reakcji
2. jednostki znane i obecnie używane - definicja i przeliczanie ze starych na nowe
3. wykres L-B (wszystko co na nim jest) oraz narysować taki wykres dla tego samego enzymu z inhibitorem kompetencyjnym
dr Puchalska
1. definicja katala
2. wykres dla inhibicji kompetencyjnej i opisać proces
3. peroksydaza glutationowa – właściwości
dr Puchalska i dr Siemianowicz:
1. Metoda Wolffa-zastosowanie, zasada dzialania
2. Anemie hemolityczne - definicja, przyczyny
3. Prawidlowe st. Hb we krwi
pytania dr Posielężnej i Proboszcza razem wziętych:
1. Wymienić typy hemoglobin (Posia)
2. methemoglobina - co to jest, norma (Posia)
3. Różnica między karbaminohemoglobiną a karboksyhemoglobiną, a może to są synonimy?? (ks. Prob.)
4. Jak pan rozumie pojęcie karbaminohemoglobina (jak się tam ten CO2 z nią wiąże (ks. prob.)
4a. Jak jest zbudowana hemoglobina?? (ks. prob.)
5. Jak węglowodany poszły?? (ks. prob.)
6. a jak lipidy?? (ks. prob.)
7. A jak się panu pytania podobały?? Łatwe, nie?? (ks. prob.)
na wejściówce było:
1. Niedokrwistość syderoachrestyczna
2. Niedokrwistości polekowe.
3. Niedokrwisość po ukąszeniu żmiji - Coś tam że fosfolipazę A2 i że błony krwinek rozkłada czy cuś... Nie wiem, mnie o to nie pytał, więc nie wiem. Ale może ktoś z mojej sekcji się jeszcze tu ukrywa i napisze
Aha - no chodzi ogólnie o to że jest to niedokrwistość hemolityczna, żeby nie było wątpliwości
Istotnymi jednak składnikami j.w. są: neurotoksyna paraliżująca system nerwowy, hemolizyna rozpuszczająca czerwone ciałka krwi, leukolizyna rozpuszczająca białe ciałka krwi, cytotoksyna niszcząca pozostałe tkanki ciała, hemorragina uszkadzająca ściany naczyń krwionośnych i błony śluzowe oraz koagulina powodująca krzepnięcie krwi. Szczególnie groźne dla organizmu ukąszonej ofiary jest działanie hemolizyny, która w zetknięciu z lecytynowymi otoczkami czerwonych ciałek krwi wytwarza nową, silnie działającą truciznę, toksolecytynę. Ta z kolei powoduje szybkie rozpuszczanie lecytynowych osłonek erytrocytów, ich rozpad, czyli hemolizę. W ten sposób następuje nieodwracalne i gwałtowne zahamowanie głównej funkcji krwi jako przenośnika tlenu, co w krótkim czasie sprowadza śmierć ofiary przez uduszenie.
pyt. od dr Puchalskiej:
1) Metody ilościowe i jakościowe oznaczanie karboksyhemoglobiny we krwi.
2) Niedokrwistość megaloblastyczna - przyczyny, objawy.
3) Mioglobina - budowa i funkcje.
Pani dr dała nam również kartki ze starego wydania skryptu, które nie zostały jakimś dziwnym cudem załączone w nowym wydaniu tegoż skryptu. Dotyczą one m.in. algorytmu przy rozpoznawaniu hiperbilirubinemii, wskaźników enzymów przy wszystkich rodzajach żółtaczek i inne rzeczy potrzebne na następne ćwiczenia.
przy metodzie Drabkina jak ma być oznaczenie Hb z krwi pełnej NAJPIERW HEMOLIZA!!!!
Ćwiczenia wejściówki
1. PCR-HD - sk?d nazwa, metoda działania.
2. Czystość DNA
3. Przebieg PCR
1. Co potrzebne do metody Sangera.
2. Kaskada przemian w drodze alternatywnej układu dopełniacza.
3. Czynniki stabilizujące układ dopełniacza.
2. 1. Charakterystyka enzymów restrykcyjnych
2. Korzystne i niekorzystne działanie układu dopełniacza
SNP (single nucleotide polimorphism czy jako? tak) - mutacja punktowa krótko mówiąc. Napomknięto o tym przy opisie PCR-RFLP
1. budowa i właściwości endonukleaz restrykcyjnych
2. aktywność restryktaz
3. opisz polimorfizm insercyjno-delecyjny genu enzymu konwertującego
4. opisz układ dopełniacza
2. 1. Narysować na kartce palindrom (jakie? pierwsze 10 osób właśnie tu kończyło rozmowę z doktorem )
2. Ile starterów potrzebujemy do STR?
3. Co to s? enzymy restrykcyjne?
4. Na czym polega polimorfizm insercyjno-delecyjny w genie kodującym angiotensynogen?
5. Co to s? dideoksynukleotydy i czym się różnią w budowie chemicznej od zwykłych dNTP? Dlaczego reakcja "staje" gdy poli-DNA trafi na takowego?
6. Co wchodzi w skład mieszaniny reakcyjnej do PCR-u?
7. Właściwości kwasów nukleinowych.
8. Etapy PCR.
9. Na czym polega metoda Sangera i co jest potrzebne do jej przeprowadzenia.
1. Co to jest Km, w jakich jednostkach podajemy, od czego zależy i jakie zastosowanie praktyczne ma jego znajomość
2. Inhibicja niekompetecyjna - def. + wykres podwójnych odwrotności
3. Reakcja pseydopreoksydazowa hemoglobiny - wykonanie, zastosowanie
Dr. Francooz:
1. Enzymy ekskrecyjne- wymienić, jakie schorzenia oznaczamy
2. Fosfataza kwaśna- wymienić? izoenzymy, kiedy wzrasta aktywność (również fizjologicznie!)
3. Charakterystyczne zmiany stężenia CPK, podaj jednostki chorobowe.
Dr Posielezna:
-badanie aktywności fosfatazy kwaśnej typu sterczowego, normy
-czy w badaniu CK-MB badane jest stężenie czy aktywność? normy
I jeszcze pytania do poprzednich ćwiczeń (u napisali to wszyscy)
-metody oznaczania aktywności amylazy (sacharogeniczna (?) i jakąś druga, chodzi tu chyba o ESP i metoda Caraway'a; normy
-aktywność właściwa
1. makroamylazemia
2. markery cholestazy
3. klasyfikacja enzymów wg EC: alfa-amylaza/AlAT lub AspAT (nie pamiętam),GGTP i co? jeszcze
4. stężenie prawidłowe, czas zwiększenia, normalizacji i czego? jeszcze dla mioglobiny, troponiny T i CK-MB
( ale coś mi się zdaje, że było 5 pytań
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
11 CWICZENIE 1 SEMESTR LETNIid 12747 ppt
4 konta ksiegowe cwiczenia, Semestr V, Finanse i Rachunkowosc, Wyklady i materialy do seminarium
PATOMORFOLOGIA I KOLO, IV rok Lekarski CM UMK, Patomorfologia, patomorfologia, ćwiczenia, semestr
Ćwiczenia semestr VI, Lekarski GUMed, III rok, INTERNA, PLAN WYKŁADÓW I ĆWICZEŃ 2011
Podział mieszanin chemicznych, Science ^^, Farmacja, 1 rok, Chemia, ćwiczenia, Semestr II
NOWOTWORY CZ. III, IV rok Lekarski CM UMK, Patomorfologia, patomorfologia, ćwiczenia, semestr zimowy
FARMAKOLOGIA – ĆWICZENIA (semestr I)
Ćwiczenie semestr letni 2013 - 2014 2, OŚ, sem II 2 SOWiG, Systemy Finansowania Ochrony Środowiska w
NOWOTWORY CZ. I, IV rok Lekarski CM UMK, Patomorfologia, patomorfologia, ćwiczenia, semestr zimowy,
Prawo cywilne Ćwiczenia, Semestr 2 mgr
patomorfa, IV rok Lekarski CM UMK, Patomorfologia, patomorfologia, ćwiczenia, semestr zimowy, 3 rok,
cwiczene 5, II rok, II rok CM UMK, Giełdy, od Joe, histologia i embriologia, HISTOLOGIA, Materiały n
ćwiczenia, Zagadnienia z wykładów do kolokwium nr 1, Chemia ćwiczenia, semestr letni 2009/2010
ĆW 7, Niezbędnik leśnika, WYDZIAŁ LEŚNY, Ekonomika, ćwiczenia, Semestr 7
więcej podobnych podstron