SESJA 2010 - pytania z terminu -1

Transgeneza zwierząt: (egzamin ustny)

1. Co to są zwierzęta gnotobiotyczne?

2. Podaj różnicę miedzy szczepem koizogenicznym i kongenicznym.

3. Mozaika a chimera - różnica

4. Jaki rodzaj embrionu jest 0,5 dnia po zapłodnieniu (u myszy), skąd i jak się go izoluje i do jakiej metody można wykorzystać?

5. Zalety i wady wykorzystywania ES.

6. Co to są fenokopie?

7. Jak zwiększyć wydajność integracji i transkrypcji lentiwektorów?

8. Podaj przykład silnego promotora wykorzystywanego w transgenezie zwierząt.

9. Wspólne problemy wykorzystywania wektorów wirusowych i wektorów plazmidowych do niehomologicznej rekombinacji.

10. Opisz 'gene trap'.

11. Opisz zjawisko interferencji RNA. Mechanizm powstawania miRNA. Wspólne cechy wszystkich typów RNA do interferencji. Z jakimi kompleksami komórkowymi oddziałują? Co się dzieje z iRNA po związaniu do kompleksu? Dlaczego nie dochodzi do translacji (2 mechanizmy działania)?

12. Plusy i minusy nuclear transfer.

Metabolizm żelaza:
EGZAMIN PISEMNY

1. Scharakteryzuj i wymień reaktywne formy tlenu. Podaj mechanizm powstawania poszczególnych ROSów.

2. Narysuj schemat łańcucha oddechowego i zaznacz strzałkami przepływ elektronów.

3. Co to są siderofory i jakie mają zastosowanie w medycynie?

4. Jaka jest funkcja cytochromu P450 w komórce?

5. Narysyj schemat systemu TonB-ExbB-ExbD. Napisz jaka jest jego funkcja i opisz mechanizm działania.

6. Jaka jest rola DMT-1?

7. Funkcja i mechanizm działania czynników transkrypcyjnych Aft1p i Aft2p.

8. Regulacja przez białko Fur.

9. Typy hemochromatozy i poszczególne mechanizmy dysfunkcji.

10. Synteza hemu. Które etapy (jakie reakcje) mają miejsce w mitochondrium, a które w cytozolu?

EGZAMIN USTNY

1. Gdzie pierwotnie powstają same centra żelazo siarkowe ( + nazwa przykładowego białka)? Skąd dostarczana jest siarka, a skąd żelazo i jakie enzymy je dostarczają?

2. Mechanizm metalacji protoporfiryny IX

3. Regulacja za pomocą IRPs.

4. Pobieranie żelaza z pokarmu.

5. Pobieranie żelaza przez komórki krwiotwórcze ze szczególnym uwzględnieniem zmian pH i ich roli.

6. Wymień transportery żelaza do mitochondrium.
   
   Jak będziecie mieć otwarte to piszcie wszystko co wiecie, bo u mnie się czepiał np. na pyt.4 z pisemnego, że nie napisałem gdzie jakie cyt P450 są zlokalizowane (przez co miałem połowę pkt za zadanie).
   Albo na ustnym dopytywał się przy 2. o dokładną lokalizację ferrochelatazy, nie tylko że mitochondrium tylko dokładnie gdzie i czy zakotwiczona w błonie czy nie. Przy 4. stopnie utlenienia żelaza i ich zmiana w trakcie transportu, nazwy enzymów i moje ulubione pytanie: co się dzieje z elektronem zabranym z Fe2+ przez hefajstynę.

Współczesne metody biologii molekularnej:

1. Metoda polegająca na (chamski opis cytometrii przepływowej) to:

1. cytometria przepływowa

2. spektrometria mas

3. NMR

2. Czym zajmuje sie proteomika?

1. wyznaczanie masy i struktury białek

2. badanie ogółu białek w komórce

3. konstrukcja nowych peptydów (analogów, leków)

4. wszystko powyższe

3. Elektroforeza różnicująca 2D-DIGE polega na:

1. wykorzystaniu różnych znaczników fluorescencyjnych

2. zawężeniu pH

3. powtórna elektoforeza wyciętej plamki ale w innych warunkach

4. Do zbadania sekwencji białka za pomocą spektrometru mas wykorzystuje się:

1. trawienie trypsyną

2. MS/MS

3. fragmentację

4. wszystkie powyższe

5. (chamski opis MALDI) to:

1. MALDI

2. pułapka jonowa

3. TOF

6. Jedyna otwarte pytanie:
   Były dwa wykresy ze spektometru: jeden z jednym pikiem, jeden z wieloma (ten przykład z liczeniem masy peptydu) i było trzeba podpisać jaki jonizator był użyty (odpowiedź: odpowiednio MALDI i Elektrosprej)

7. Biokryształy różnią się od zwykłych kryształów:

8. Warunek konieczny do rozpoczęcia krystalografii:

1. uzyskanie roztworu przesyconego

2. wykorzystanie zarodka z podobnego białka + inne absurdalne odp.

9. Najpopularniejszy sposób krystalizacji polegający na powolnym dyfundowaniu rozpuszczalnika to:

1. metoda dializacyjna

2. dyfuzja przez fazę gazową

3. krystalizacja w żelach

10. Do krystalizacji białek błonowych stosuje się:

1. białek błonowych nie krystalizuje się

2. detergentu

3. etanolu

11. Do uzyskania kryształów 2D potrzeba (zaznacz odp fałszywą)

1. duże stężenia białka

12. Glutardehyd to łącznik typu:

1. zero-lenght (bezpośredni)

2. homobifunkcjonalny

3. heterobifunkcjonalny

13. Sieciowanie białek polega na: (nawet debil by zaznaczył dobrą odpowiedź)

14. Obrazek z wykładu "Analiza oddziaływań między białkami" - po elektroforezie 2D jak białe kropki są ustawione po przekątnej, a 2 czarne w jednym pionie i pyt.
    Te białe kropki to:

1. białka, które nie uległy sieciowaniu

15. Spin jądrowy polega na:

1. nieparzystej liczbie protonów i neutronów

2. nieparzystej l. elektronów

3. parzystej

16. Efekt overhausera - przez przestrzeń czy przez wiązania?

17. Był obrazek Fig4.46 z wykładu o NMR i pytanie czy to homojądrowe czy heterojądrowe widmo?

18. Wiązanie przeciwciało-antygen, potem przeciwciało-immunoabsorbent to metoda:

1. immunoprecypitacji

2. far-western

3. spektrometrii mas itp.

19. FACS (sorter fluorescencyjny) polega na

1. wykorzystaniu przeciwciał ze znacznikiem i wykrywania fluorescencji

2. nadawaniu przy okazji ładunku komórkom

3. a i b poprawne

4. a i c niepoprawne

20. Pólprzewodnikowe rozp w wodzie nanokryształy prostych zw nieorg o wł fluoroforów to:

1. kropki kwantowe

21. FRET: Były podane 2 związki A i B oraz ich widma wzbudzenia i emisji.

1. A donor, B akceptor

2. B donor, A akceptor

3. nie dojdzie do transferu energii

4. dojdzie do transferu, ale emisja akceptora bedzie nie do odróżnienia od emisji donora

22. Do czego służą CAMeleons?

23. Clomeleon:

1. że jeden wrażliwy drugi nie na Cl-

Było 36 pytań, ale tylko te pamiętam.

Wirusologia molekularna: (egzamin ustny)

1. Przed chwilą przyszedł do mnie pan z jakiejś firmy i się mnie pyta czy istnieje jakiś jeden test diagnostyczny, który pozwala stwierdzić, czy dana infekcja jest infekcją bakteryjną czy wirusową - tylko ogólnie czy wirus czy bakteria zakaziła pacjenta, nie jaki/jaka. Co by Pan mu odpowiedział?

2. Jakie są cechy wirusów, które odróżniają je od innych organizmów?

3. W jaki sposób można wykrywać konkretne wirusy?

4. Krótka charakterystyka HCV.

5. a) Jest Pan w laboratorium. Przychodzi do pana osoba i prosi, żeby Pan sprawdził czy jest zarażona wirusem HCV. Co Pan by zrobił po kolei?
   b) Jakby się okazało, że tak, to jak Pan by sprawdził, czy ten wirus występuje w dużych ilościach, czy raczej jest niereplikujący się?

6. Proszę wymienić, jakie strategie można przyjąć przy konstrukcji leków przeciwwirusowych? (w jakie elementy cyklu życia wirusa można celować / a w jakie celuje się najczęściej?)

7. Proszę podać parę przykładów leków przeciwwirusowych dostępnych na rynku oraz opisać ich mechanizm działania.

8. 2 strategie leków przeciw HIV.

9. Proszę opisać pokswirusy i podać przykłady chorób wywoływanych przez wirusy z tej rodziny.

10. Do czego może być wykorzystywany wirus vaccinia? (2 zastosowania - jedno już passé i drugie obecnie).

11. No to jak już Pan wspomniał, że jako wektor to:

1. jakiej wielkości inserty można wprowadzić do wektora vaccinia?

2. Dlaczego małe?

3. Jaka jest zasadnicza zaleta wektora opartego o pokswirusy?

4. Jakie są różnice między lentiwektorami a wektorami opartymi o pokswirusy?

5. Do czego może być stosowany wektor oparty o pokswirusy? nadprodukcja białek / uzyskanie stabilnych linii transgenicznych / produkcja białek wysokiej jakości

6. Jaka szczepionka jest produkowana za pomocą wektora vaccinia, obecnie, na dużą skalę?

To by było wszystko, co utkwiło mi w pamięci. Mam nadzieje, że Wam się to przyda.

Mam do Was przy okazji małą prośbę - spiszcie dla mnie pytania z egzaminu z diagnostyki.

Życzę powodzenia w zaliczaniu i do zobaczenia w październiku!!

---