Szkoła Główna
Została założona z inicjatywy dyrektora Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, Aleksandra Wielopolskiego, na mocy ukazu cesarza Aleksandra II pośrednio jako zapełnienie pustki, powstałej po Królewskim Uniwersytecie Warszawskim (później: Uniwersytecie Królewsko-Aleksandrowskim), zamkniętym w 1831 w wyniku represji po powstaniu listopadowym. Mieściła się także w jego budynkach. Bezpośrednio jednak została powołana na bazie rozwiązanej w 1862 Akademii Medyko-Chirurgicznej.
Kursy przygotowawcze dla kandydatów na studia rozpoczęto już w 1861. W listopadzie następnego roku nastąpiła inauguracja Szkoły Głównej. Jej rektorem został profesor fizjologii na uniwersytetach w Wilnie i Petersburgu oraz lekarz dworu cesarskiego, Józef Mianowski. Poza Wydziałem Lekarskim, w który przekształcona została Akademia Medyko-Chirurgiczna, otwarto wydziały: Filologiczno-Historyczny, Matematyczno-Fizyczny i Prawniczy.
W Szkole Głównej studiowało pokolenie wybitnych pozytywistów: Prus, Sienkiewicz, Świętochowski. Podtrzymywali oni etos patriotycznej, lecz ściśle legalnej pracy organicznej. W pierwszych tygodniach pracy uczelni wykładów nieoficjalnie wysłuchiwały także kobiety.
Mimo że słuchacze Szkoły Głównej uchylili się od otwartego poparcia powstania styczniowego, znaczna ich część wzięła udział w ruchu narodowym. Konsekwencją tego było przekształcenie w 1869 Szkoły Głównej w Cesarski Uniwersytet Warszawski, uczelnię z językiem rosyjskim jako wykładowym oraz personelem wykładającym niemal wyłącznie pochodzenia rosyjskiego.
Cesarski Uniwersytet Warszawski
Mogłoby się zdawać, że przywrócenie warszawskiej uczelni prestiżowego miana uniwersytetu świadczy o podniesieniu jej jakości. Jest to jednak przeczucie błędne. Nowo utworzony Uniwersytet był narzędziem rusyfikacji i walki z pozytywistycznymi ideałami.
Czesne na Uniwersytecie wynosiło 100rb. rocznie, a zwolnienie z opłaty przysługiwało tylko nielicznym studentom. Dlatego dostęp do uczelni był praktycznie zamknięty dla uboższych studentów. W 1880 roku, kiedy liczba studentów nie przekraczała 1000, tylko 10 z nich miało pochodzenie chłopskie.
Rosyjscy studenci, stanowiący ok. ¼ wszystkich słuchaczy, byli na uprzywilejowanej pozycji nie tylko ze względu na doskonałą znajomość języka wykładowego. Mieli lepsze warunki uzyskania dyplomu, dlatego chętnie ściągali do Warszawy.