BIOCHEMIA I egzamin luty `09

1. Standardowa zmiana entalpii swobodnej w warunkach biochemicznych podczas reakcji hydrolizy fruktozo-1-fosforanu (F-1-P) z utworzeniem fruktozy (F) i ortofosforanu (P) wynosi -5.0 kcal/mol. Stężenia początkowe reagentów wynoszą 10^-6, 10^-2 i 10^-1 M odpowiednio dla F-1-P, F oraz P. Temperatura T, w której zachodzi reakcja to 25 °C; R=2.0 cal/mol×K. Proszę wskazać te z poniższych stwierdzeń, które są prawdziwe.
a. W warunkach zdefiniowanych jako początkowe reakcja przebiega w kierunku syntezy F-1-P.
b. W obecności enzymu katalizującego tę reakcję, w warunkach zdefiniowanych jako początkowe reakcja przebiegać będzie w kierunku syntezy F-1-P.
c. W warunkach standardowych spontanicznie zachodzić będzie hydroliza F-1-P.
d. ΔG°' dla tej reakcji wynosi około -0.9 kcal/mol.
e. Żadne ze stwierdzeń nie jest prawdziwe.
f. Stała równowagi wynosi około 1000 lub 4400 w zależności od tego czy obliczymy ją dla warunków początkowych, czy też dla warunków standardowych.

2. Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kanałów i pomp błonowych są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Szybkość transportu jonów przez pompy jest znacznie większa niż transportu tych samych jonów przez kanały błonowe, ponieważ pompy zużywają w tym celu energię, a kanały przeprowadzają transport w sposób bierny.
b. Pompy jonowe zawierają w swojej strukturze fragment transbłonowy.
c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
d. Kanały błonowe bramkowane ligandem umożliwiają transport jonów wbrew gradientowi ich stężeń.
e. Zadaniem fizjologicznym pomp błonowych jest wyrównywanie stężeń określonej substancji na zewnątrz i wewnątrz komórki.
f. W układach biologicznych kanały błonowe występują w postaci otwartej i są zamykane jedynie na krótką chwilę.

3. Stężenie jonów Na+ na zewnątrz i w środku komórki wynosi odpowiednio: 143 i 14,0 mM, a stężenie jonów K+ odpowiednio: 4,0 i 157 mM. Potencjał transbłonowy układu w temperaturze 37°C wynosi - 50 mV. R = 8.31 J•K-1•mol-1, F = 96.5 kJ•V-1•mol-1. Proszę wskazać te z poniższych stwierdzeń, które są prawdziwe.
a. Gdyby potencjał transbłonowy był równy zeru, transport jonów K+ do wnętrza komórki wymagałby mniejszego nakładu energetycznego, niż przy potencjale wynoszącym - 50 mV.
b. Równoczesny transport jonów Na+ na zewnątrz komórki oraz jonów K+ do środka komórki w tych warunkach może przeprowadzać wyłącznie pompa Na+-K+ hydrolizująca ATP.
c. W podanych warunkach zmiana entalpii swobodnej transportu jonu Na+ na zewnątrz komórki wynosi około +10.8 kJ•mol-1, a transportu jonu Na+ do środka komórki około -10.8 kJ•mol-1.
d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
e. Wymieniony w tym zadaniu potencjał transbłonowy mógłby być wytwarzany przez kanał błonowy jonów Na+ oraz niezależny kanał błonowy jonów K+.

4.bylo rozpoznać wzór tryptofanu

5.tabelka z aminokwasami, żeby przyrównać ich symbole jednoliterowe
asparagina N
asparaginian D
glutamina Q
glutaminian E
tryptofan W
treonina T
lizyna K

6. wykres lingwera burka, tylko odwrócony- jednostki M/s na osi y, mikroMol na x (u Lingwerka burka są odwrotności V i stężeń!). Trzeba było baaardzo uważać na tym zadaniu... ja miałam ten schodzący się na przecięciu z osia x i jest to inhibicja niekompetencyjna...
a) ze inhibitor został podany w Ki.
b) stężenie inhibitora równe Km,
c) który wykres pokazuje enzym z inhibitorem (normalnie u lingwera ten z inhibitorem jest wyżej, tu jak dla mnie powinien być niżej)

7. pytanie o kinetykę michaelisa menten
a) inhibitor kompetencyjny- wzór na v max`= cos tam...
b) i inhibitor niekompetencyjny ma wzór na vmax` cos tam
jako ze w kompetencyjnym v max się nie zmienia i reszta odpowiedzi jak dla mnie była do dupy tak w ciula zaznaczyłam to o niekompetencyjnej
Vmax=Vmax/(1+[I]/Ki) tylko nie wiem, do którego inhibitora


8. wykres i pytanko o hemoglobinie, od góry szły- wykres odpowiadający modelowi michaelisowskiemu- 1, potem trzy sigmoidalne, numer 3 to hemoglobina normalna.
a) 1 odpowiada dysocjacji hemoglobiny na podjednostki,
b) 2 to wtedy kiedy pH rośnie,
c) 4 kiedy BPG rośnie

9. jaki będzie stosunek stężeń substratu miedzy tym które da 70% vmax i tym co da 30% vmax
a) 0.0625 albo cos koło tego
b) 1,6
c) 8,1
d) 16 cos
e) i 80 kilka

10. jakie jest pH kiedy chyba kwas asparaginowy co ma pk głównych 2,0 i 9,5 i bocznej 4,0 chyba jeśli grupy karboksylowa i aminowa są całkowicie zjonizowane a stosunek formy zjonizowanej grupy bocznej do niezjonizowanej wynosi... musze się przyznać ze nie pamiętam ale były dla mnie tam dwie odpowiedzi "mozliwe"-
a)4,5
b)3,5
c) 10
d) chyba 1
dalam 4,5 bo 3,5 to o 1,5 punkta pH dla grupy karboksylowej i przestalaby sie po czesci jonowac, zreszta ze wzoru mi wyszlo nawet chyba

11. karbamoliotransferaze asparaginowa
a) ATP jest jej inhibitorem,
b) jej substratami do reakcji jest asparagina i karbamoliofosforan
c) CTP hamuje ja na drodze sprzężenia zwrotnego

12. Szlaki kataboliczne i anaboliczne właściwe danej cząsteczce biologicznej są niemal zawsze odrębne ponieważ: Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. byłoby niezwykle trudno regulować szlak metaboliczny, gdyby pełnił on zarówno funkcję kataboliczną jak i anaboliczną.
b. reakcje w układach biologicznych są z reguły w stanie równowagi termodynamicznej.
c. ΔG°' dla obydwu reakcji byłaby dodatnia.
d. reakcje te nigdy nie przebiegają w komórkach tego samego typu.
e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
f. reakcje katalizowane przez enzymy są nieodwracalne.

13. Odnośnie metabolizmu jeszcze - było pytanie o aktywacje zymogenów trzustkowych
1) Enteropeptydaza aktywuje chymotrypsynogen a ten aktywuje zymogeny trzustkowe (czy jakoś tak)
2) Trypsyna aktywuje zymogeny

14. Połącz dane z lewj kolumny z funckami po prawej stronie (żywcem z listy 10 zad 2)

a)przekaźnik drugiego rzędu

b)fosforylacja białek

c)receptory błonowe

d)wygaszacz sygnału

1)przenosi sygnał z środowiska w poprzek błony w komórce

2)przywraca przekaźniki sygnału do stanu początkowego

3)działa przez kowalencyjną modyfikację

4)uwalnia inf z receptora błonowego

15. Bylo zadanko o triadzie katalitycznej (Asp, His , Ser) - no i trzeba było wskazać jaka role pełnia poszczególne reszty
a)cos o ataku nukleofilowym,
b) o stabilizacji,
c) His jako katalizator kwasowo-zasadowy

16. Pytanie o białko c, pytanie o kinaze białkową A oraz jaki wpływ na to ma CTG, trzeba było znać jeszcze podjednostkowa strukturę tych białek.

17. studentka robiła preparat określ które zdanie nie może wynikać z tekstu, "ważyła" cząsteczkę i raz jej wyszło 60 da, potem po SDS wyszło 30 da- ja zaznaczyłam tak tylko jedna
a) na podstawie danych nie można określić struktury

b) białko jest homodimerem (dwie takie same podjednostki)

18.tabelka k1 k2 k-1 kk km 3 enzymy i podporządkowane wcześniej wymienione im wartości no i pytanie który ma największe powinowactwo, który ma największa zdolność wiązać kompleks enzym substrat. wielkosci Km, kcat, i inne i pyatnia o siłe powinowactwa

19. inhibitor wykres do tego i co o nim powiesz

20. BPG i olimpijczyk w górach.

21. pytanie o to, czy
a) FAD przenosi 2 elektrony i 1 proton
b) NAD+ przenoszą 2 elektrony 2 protony
c) czy to, ze im węgiel jest bardziej zredukowany tym większa energia egzo procesu jego utlenienia,
d) cukry są lepszym materiałem niż tłuszcze, bo są bardziej zredukowane - coś w tym stylu

22.Które z poniższych stwierdzeń dotyczących białek G są prawdziwe? (to też z listy 10 zad 4 wrrrr trzeba było ją chociaż przeglądnąć :/)

a) białka G wiążą hormony

b) białka G są integralnymi białkami błonowymi

c) białka G są heterotrimerami

d) białka G wiążą cyklazę adenylową

e) kiedy białko G w formie GDP wiąże kompleks hormon-receptor, GTP zamienia się z GDP

f) podjednostka alfa w białkach G występuje w formnie GTP-azy

23. Z błonami komórkowymi
a) co o wpływie wbudowania cząsteczek cholesterolu
b) obecność nienasyconych kwasów tłuszczowych obniża(podwyższa?nie pamiętam jak było w zadaniu) tem topnienia
c) wpływ długości łańcucha na tem topnienia

24.Enzymy restrykcyjne
a) tną tylko cząsteczki ze swoistym DNA
b) DNA komórkowe chronione przez metylację

25. Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów proteolitycznych są prawdziwe?

a)w przeciwieństwie do proteaz serynowych i cysteinowych metaloproteazy i proteazy aspartylowe mają w centrum aktywnym cząsteczkę wody pełniącą rolę nukleofila

b)proteazy serynowe ulegają przejściowej modyfikacji kowalencyjnej podczas katalitycznej reakcji

c)dziura oksyanionowa stabilizuje tetraedryczny stan przejściowy powstający w …… chymotrypsynę

d)w metaloproteazach jon cynku stabilizuje ujemnie naładowane reszty boczne aminokwasów ….. proteolizie

e)trypsyna, chymotrypsyna oraz papina należą do grupy proteaz serynowych

f)żadne z powyższych nie jest prawdziwe

26. Połącz dane z lewj kolumny z funckami po prawej stronie (żywcem z listy 10 zad 2)

a)przekaźnik drugiego rzędu

b)fosforylacja białek

c)receptory błonowe

d)wygaszacz sygnału

1)przenosi sygnał z środowiska w poprzek błony w komórce

2)przywraca przekaźniki sygnału do stanu początkowego

3)działa przez kowalencyjną modyfikację

4)uwalnia inf z receptora błonowego

27.Które z poniższych stwierdzeń dotyczących białek G są prawdziwe? (to też z listy 10 zad 4 wrrrr trzeba było ją chociaż przeglądnąć :/)

a) białka G wiążą hormony

b) białka G są integralnymi białkami błonowymi

c) białka G są heterotrimerami

d) białka G wiążą cyklazę adenylową

e) kiedy białko G w formie GDP wiąże kompleks hormon-receptor, GTP zamienia się z GDP

f) podjednostka alfa w białkach G występuje w formnie GTP-azy

28.Nie jestem pewna czy to było czy mi się uroiło, ale: Które stwierdzenia o cAMP są prawdziwe:

a)większość efektów cAMP w kom eukariotycznych jest używanych do aktywacji kinaz białkowych A

b)cAMP wiąże się z katalityczną podjednostką PKA i aktywuje enzym allosteyczny

c)cAMP wiąże się z regulatorową podjednostką PKA i aktywuje enzym przez uwolnienie katalitycznych podjednostek

d)coś, że cAMP jest wiązane do aktywnego hormonu

coś w stylu 8,9 z listy 10, nie chce mi się wszystkiego pisać

29.Które z przekaźnikow II rzędu są produkowane w kaskadzie fosfoinozytolowej (z 4,5-bisfosforanu fosfatydyloinozytolu PIP2)

a)1,4,5-trifosforan inozytolu IP3 (i ten jest rozp, dyfunduje z błony)

b)dicyglicerol DAG (on zostaje w błonie kom)

30.Ktore ze stwierdzeń o 1,4,5-trifosforanie inozytolu są poprawne:

a)może być inaktywowane gwałtownie przez fosfatazy lub kinazy

b)otwiera kanały jonowe dla Ca2+ w błonach retikulum endoplazmatycznego i retikulum sarkoplazmatycznego

te z drugiego koła, ale już mi się myli czy były na egz czy nie

31.Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kaskady krzepnięcia krwi są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Aktywne czynniki kaskady krzepnięcia krwi działają krótko, m.in. dlatego, że mogą być zatrzymywane w wątrobie oraz degradowane proteolitycznie przez serpiny. b. Do syntezy funkcjonalnej protrombiny wymagana jest obecność witaminy K. c. Antytrombina III hamuje trombinę i niektóre z pozostałych czynników kaskady krzepnięcia krwi.
d. Skrzepy fibrynowe są hydrolizowane przez aktywność enzymatyczną TPA.
e. Białko C jest aktywowaną przez trombinę proteazą, która degraduje czynniki krzepliwości Va i VIIIa.
f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
g. Aktywacja protrombiny do trombiny wymaga dekarboksylacji reszt γ-karboksyglutamylowych.

32. Aktywacja zymogenów trzustkowych rozpoczyna się od:
Wybierz jedną odpowiedź a. przekształcenia trypsynogenu w trypsynę przez enteropeptydazę w żołądku.
b. Żadna z odpowiedzi nie jest prawidłowa.
c. przekształcenia prokarboksypeptydazy w karboksypeptydazę przez trypsynę w dwunastnicy.
d. autoproteolizy chymotrypsynogenu do trypsynogenu w dwunastnicy. e. autoproteolizy pepsynogenu do pepsyny w żołądku.
e. przekształcenia chymotrypsynogenu w chymotrypsynę przez trypsynę w dwunastnicy.

33. O wiązaniach

a)Arg może tworzyć mostki solne (oddziaływania elektrostatyczne) zarówno z Glu i jak i Asp
b) gr guanidynowa Asp może być donorem wiązania wodorowego dla Gln Asn Ser Thr Asp Glu i gr karboksylowej łańcucha gównego
c) coś o strukturze 4 rzędowej, że najprostszym przykładem jest cząsteczka z 4 podjednostkami
d) coś o mostkach dwusiarczkowych, że powstają przez utlenienie Met

34. O przeciwciałach
a)przeciwciało rozpoznaje hapten na antygenie
b)o produkcji przeciwciał monoklonalnych- w wyniku fuzji z komórkami szpiczaka
c) coś że immunoglobuliny są kwasami nukleinowymi

ODPOWIEDZI:

1. c
2. b

3.b c ???

masz podany potencjał to dla K bierzesz go z minusem a dla Na z plusem.
dla K: delta G=RTln(0.157^2/0.004^2) + 2*F*-0.05
dla potencjału 0 bez tego ostatniego członu
dla Na: delta G=RTln(0.143^3/0.014^3) + 3*F*0.05
4. moim zdaniem dwa wzory były tam poprawne
5. jak wyżej

6. a

7. a Vmax=Vmax/(1+[I]/Ki)

jako ze w kompetencyjnym v max się nie zmienia i reszta odpowiedzi jak dla mnie była do dupy tak w ciula zaznaczyłam to o niekompetencyjnej
8. a b c

9. f
10. a (4,5)

bo 3,5 to o 1,5 punkta pH dla grupy karboksylowej i przestałaby sie po części jonowac, zresztą ze wzoru mi wyszło nawet chyba
pH=pKa+ log [A-]/[HA]
dochodze do wniosku ze jak cos jest zjonizowane to ma jakis ladunek, czyli jak w zadaniu byl kwas gluaminowy to jest bez to ten stan w ksiazeczkach- tleny dwa zwiazane wiazaniem o charakterze podwojnego z weglem i minusik miedzy nimi
11. b c

ATP jest aktywatorem, nie inhibitorem
12. a c ??? d
W Stryerze na 390 str
Rozdzielenie szlaków konieczne:
- ze względów energetycznych
- ułatwia kontrolę metabolizmu
- w org eukariotycznych przebiegają w różnych miejscach
13. b

Nie pamiętam odpowiedzi, ale chodzi o to, enteropeptydaza (w dwunastnicy) aktywuje trochę trypsynogenu-> w trypsynę i ta aktywuje inne enzymy trzustkowe w tym trypsynę
A no i trypsynogen jest syntetyzowany w trzustce a nie dwunastnicy

14. a4 b3 c1 d2 czyli odp f

15. a b c

o tej tradzie to jest tak:

tlen + Ser- atak na wiązanie peptydowe
His zapewnia odpowiednie ułożenie łańcucha Ser i polaryzuję gr, karboksylową Ser (działa jako katalizator zasadowy)
ASP zapewnia odpowiednią orientację His i poprawia jej działanie jako katalizatora kwas-zasadowego
17. b
20. -maratonczyk nie jedzie nad morze (w poleceniu pisze ze piorytetem dla niego sa inne zawody) bo spadnie mu BPG
- BPG rosnie podczas treningu w gorach co ulatwia oddawanie tlenu --> efekt bohra

21. c

NAD+ 2 elektrony 1 proton
FAD 2 elektrony 2 protony
"Im bardziej zredukowany atom węgla, tym bardziej egoergiczna będzie jego reakcja utleniania"
"Tluszcze są bardziej wydajnym źródłem energii niż niż cukry, ponieważ atomy węgla w tłuszczach są bardziej zredukowane" -Stryer str 381

22. c d e f

białko G oddziałuje z kompleksem hormon-receptor, pozatym w eportalu są odpowiedzi do tej listy i a nie jest zaznaczone

23. - obecność nienasyconych kwasów tłuszczowych i krótkich łańcuchów obniża temperaturę topnienia
- wbudowanie cholesterolu zwiększa sztywność błony
24. a b
25. a b c

papaina- proteza cysternowa

jon Zn (metaoproteazy) i Asp (asparaginowe)- aktywuje cząsteczkę wody

28. a c

Do tego może być jeszcze, że cAMP działa jako allosteryczny modulator do aktywowania specyficznych kinaz białkowych

i kompleks hormon-receptor skutkuje aktywacją cyklazy adenylowej

29. a b

30. a b

32. c? e?

trypsynogen jest aktywowany w dwunastnicy przez enteropeptydaze, a następnie aktywna już trypsyna aktywuje pozostałe zymogeny

33. a b

c źle bo najprostsze to dimer
d źle bo mostki dwusiarczkowe przez utl Cys
34.b

a źle bo, hapteny- małe, obce cząsteczki, też mają epitopy i to te epitopy rozpoznaje przeciwciało
c źle bo immunoglobuliny=przeciwciała- to białka antygeny- to polisacharydy, kw nukleinowe lub białka

zagadnienia:

- elisa

ELISA pośredni, służy do wykrywania przeciwciał
ELISA warstwowy do wykrywania i oznaczania ilościowego antygenów (zależy od intensywności zabarwienia)
- kaskada krzepnięcia,
- błony-asymetryczność, kanały i pompy- małe porównanie,

Jaką częścią zwijaą się do środka
- pytanie o pompy i kanały to co na kole.
- ktore zdanie dotyczące metod oczyszczania białek są prawdziwe (elektroforeza i chromatografia jakaś ) o wirowaniu warstwowym czy rozdzial bialek zalezy od masy, ladunku,
- endoproteazy i pytania jak dzialaja co to jest
- coś o przeciwciłach
- podobieństwo ATP NADH i FADH2 (nie wiem czy to było czy mi się uroiło??)- wspólne pochodzenie, wyewoluowały z dawnych katalizatorów RNA

-horyzontalny tran genow

- zad ze stala michaelisa menten to byla jeszcze taka odp. maja podane dwie wartosci czy da sie oblliczyc liczbe obsadzonych miejsc
masz za to buziaka
od nas

pingwin

---