Podstawy Biotechnologii
Agnieszka Grabowska 15h w Formie wykładu
System zaliczenia przedmiotu - Zaliczenie końcowe na podstawie testu
W połowie semestru zaliczenie połówkowe po Świętach wielkanocych
Biotechnologia - termin wymyślony przez Węgra Karla Ereky w 1919r.
Użycie terminu „biotechnologia”
Lata 20 Niemcy - kierunek prac, których produkty zostały wytworzone z surowca za pomocą żyjących organizmów
1939r. użyto terminu biotechnologia w zestawieni z inżynierią chemiczną i mechaniczną
Lata 40 - termin oznaczający gałąź technologii związany z rozwojem i eksploatacją maszyn
Lata 60 - terminy dotyczące aspektów z wykorzystanie i kontrola układów biologicznych
Przełom lat 70 i 80 - biotechnologią zaczęto wiązać z inżynierią genetyczną
Biotechnologa - jest to integracja nauk przyrodniczych i inżynieryjnych w celu osiągnięcia zastosowań organizmów, komórek lub ich części oraz molekularnych analogów dla pozyskania produktów i usług.
Biotechnologia - jest to interdyscyplinarna dziedzina nauki, obejmująca różne kierunki technicznego wykorzystania materiałów i procesów biologicznych. W szczególności obejmuje ona procesy biosyntezy i biotransformacji przebiegające przy udziale drobnoustrojów, kultur tkankowych (roślin i zwierzęcych) In vitro oraz enzymów a także izolację tak otrzymywanych bioproduktów
Biotechnologia - odnosi się do wszystkich zastosowań, które wykorzystują systemy biologiczne, żywe produkty lub ich pochodne, w celu ich wytwarzania, przetwarzania lub zmiany dla określonych celów. Różnica między biotechnologią tradycyjną a nowoczesną polega na tym, że obecnie naukowcy potrafią pobrać pojedynczy gen z komórki i przenieść je do innych komórek, aby wyposażyć je w określone cechy
Biotechnologia - to nauka zajmująca się otrzymywanie produktów za pomocą czynników biologicznych, tj. mikroorganizmów, wirusów, komórek zwierzęcych i roślinnych oraz substancji pozakomórkowych i składników komórek.
Naukowe podstawy oraz zakres zastosowań biotechnologii
Ekologia
Mikrobiologia
Biologia komórki
Genetyka
Biochemia
Biologia molekularna
Chemia
Inżynieria
Informatyka
Matematyka
Fizyka
Ekonomia
Ochrona Zdrowia
Ochrona Środowiska
Rolnictwa
Przemysł Spożywczy
Surowce
Nośniki energii
Analityka
Przemysł chemiczny
Inne zastosowania
Biotechnologię możną podzielić na trzy obszary
Biała - wykorzystuje systemy biologiczne w produkcji przemysłowej i ochronie środowiska
Czerwona - wykorzystywana w ochronie zdrowia
Zielona - związana z rolnictwem obejmująca stosowanie metod inżynierii genetycznej w celu doskonalenia produkcji roślinnej czy zwierzęcej.
Biotechnologia tradycyjna
przebiega z użyciem naturalnych enzymów lub drobnoustrojów i komórek organizmów wyższych nie zawierających obcego materiału genetycznego
Biotechnologia nowoczesna
Stosowane są procedury przenoszenia lub modyfikacji (w sposób aseksualny) określonych genów między różnymi osobnikami. Wykorzystuje się również szczepy drobnoustrojów lub linie komórkowe, skonstruowane metodami inżynierii genetycznej, względnie enzymy modyfikowane technikami inżynierii białka .
Nowoczesne metody rozwiązywanie biotechnologiczne obejmują między innymi:
Rekombinacją genetyczną In vitro i klonowanie genów
Rekombinacja - proces wymiany materiału genetycznego, w wyniku, którego powstają nowe genotypy. U organizmów rozmnażających się płciowo rekombinacja jest wynikiem przypadkowej, niezależnej segregacji chromosomów(crossing over) oraz wynikiem losowego łączenia się gamet o różnym składzie genetycznym
Rekombinacja uprawniona - między odcinkami DNA o przynajmniej częściowo homologicznych sekwencji nukleotydów
Rekombinacja nieuprawniona - zachodząca, gdy pewne odcinki DNA genoforu np. bakterii fagów plazmidów rekombinują mino braku homologicznych sekwencji nukleotydów DNA
Rekombinacja ma zastosowanie przy
Klonowaniu i ekspresji genów kodujących określone białka.
Optymalizacja poziomu ekspresji genu kodującego białko
Kontrolowanie modyfikacji sekwencji nukleotydów, kodujących dane białko
Tworzenie wyższych transgenicznych (roślin lub zwierząt)
Somatycznej terapii genowej z określeniem sekwencji nukleotydów pojedynczych genów lub pełnych genomów
Metody rekombinacji
In vivo - koniugacja, transdukcja, transformacja, transfekcja.
In vitro
Koniugacja
Polega na bezpośrednim przekazywaniu DNA z jednej komórki do drugiej, kiedy wchodzą one ze sobą w kontakt. Termin ten odnosi się głównie do bakterii. Jest to czasowe połączeni się dwóch komórek np. bakterii w celu wymiany odcinków DNA
Transdukcja
Przenoszenie małych fragmentów DNA z jednej komórki bakteryjnej do drugiej za pomocą bakteriofaga
Transformacja
Wprowadzenie natywnych bądź zrekombinowanych fragmentów DNA do kompetentnych komórek bakterii.
Kompetentne komórki bakterii czyli takie, które samoistnie przyjmują nowe części DNA
Transfekcja
Proces wprowadzenie obcego DNA lub RNA do komórki.
Stabilna - połączona z integracją DNA genomu
Przejściowa - jeśli cząsteczka DNA nie ulegnie integracji, ekspresja wprowadzonego genu zostanie „zgubiona” w miarę podziałów komórkowych.
Tego samego terminu używa się do transformowanych komórek eukariotycznych
Rekombinacja DNA In vitro i klonowanie genów
Wydzielenie odpowiednie Dna, oczyszczanie i klonowanie genów
Wektor -cząsteczka DNA mogąca być nośnikiem interesującego nas kawałka DNA, która posiada zdolność do autonomicznej replikacji w danym typie komórek. W wektorze możemy namnożyć interesujący nas fragment (klonować), jak również możemy przeprowadzić wydajną syntezę kodowanego przez gen białka ( wektory ekspresyjne)
Wektory plazmidowe
Nieduże cząsteczki DNA zawierające ori replikacji, gen markera selekcyjnego (najczęściej oporność na antybiotyki) oraz miejsca do klonowania.
Plazmid musi posiadać miejsce autonomicznej replikacji ori,
Ploilinker
Geny markerowe - oporności na antybiotyki
Pozwala oddzielić zmodyfikowane plazmidy od niezmodyfikowanych.
Kawałek DNA wprowadzonego do plazmidu, w którym znajdują się sekwencje rozpoznawane przez endonukleazy
Pojemność wektorów plazmidowych wynosi do 10 kpz
Transformacja - zjawisko aktywnego pobierania DNA przez organizmy jednokomórkowe. Zdolność do transformacji nazywa się „kompetencją”
Klonowanie w wektorze plazmidowym
Klonowanie Plazmidu
Transformacja E.Coli
Plazmid + Nasze DNA
Plazmid ze wstawką DNA
Wektor z insertem wprowadzamy do komórek bakterii przy wykorzystaniu zjawiska transformacji
Każda komórka kompetentna inkorporuje jeden plazmid
Przeprowadzamy selekcję komórek transformowanych.
Izolujemy DNA plazmidowe
Komórki z zrekombionwanym plazmidem namnażają się na pożywce z dodatkiem antybiotyku
Klonowanie
W potocznym rozumieniu proces tworzenia idealnej kopii z oryginału. W biologii mianem klonu określa się organizmy mające identyczny lub prawie identyczny materiał genetyczny
Termin klonowanie jest używany w kilku znaczeniach.
Klonowanie to proces tworzenia organizmów mających taką samą informację genetyczną jak dawca.
Klonowanie organizmów oznacza procedurę otrzymywania organizmów o takiej samej informacji genetycznej poprzez procedurę transferu jądra z komórki somatycznej do jajowej pozbawionej wcześniej jądra.
Klonowanie genów - w genetyce i biologii molekularnej proces wyosobniania genu. Polega na łączeniu fragmentów materiału genetycznego z wektorem molekularnym i ich namnażaniu w innym organizmie. Otrzymuje się w ten sposób wiele kopi tego samego genu. Termin klonowanie genów odnosi się też do identyfikacji genów poprzez wykorzystanie procedury klonowania genów. Jeśli pojedynczy fragment jest przenoszony z jednego wektora do drugiego, taki proces określa się mianem subklonowania,
Fuzje komórek(protoplastów)
Inżynieria cytogenetyczna - inżynieria genetyczna na poziomie komórki. Praktyczne wykorzystanie to między innymi fuzja protoplastów
Inżynieria białka i inżynieria genetyczna
Inżynieria białka - modyfikacje enzymów w celu zmian ich charakterystyki funkcjonalności
Inżynieria genetyczna - zespół technik badawczych pozwalających na wyizolowanie i charakterystykę określonych genów, umożliwiający na manipulacje genetyczną poza komórką, czyli rekombinowanie DNA In vitro
Techniki hodowli In vitro komórek organizmów wyższych
In vitro - w szkle - to technika pracy z żywymi komórkami, wyizolowanymi z organizmu macierzystego i umieszczonymi w warunkach sztucznych umożliwiających przeżycie
Hodowla tkankowa (komórkowa) - hodowla komórek tkanek i narządów utrzymanych przy życiu lub rosnących In vitro przez okres dłuższy niż 24 godziny. Wyróżnia się trzy główne typy hodowli tkankowych.
Hodowla komórkowa - hodowla pojedynczych komórek In vitro nie wykazujących cech tkanki,
Hodowla tkankowa
Hodowla narządowa - utrzymywanie lub wzrost zawiązków, całych lub części narządów In vitro z zachowaniem ich funkcji i struktury
Technologią enzymów unieruchomionych - obejmują procesy pozwalające na unieruchomienie (immobilizację) enzymów przy pomocy nośników powodujących większą stabilność i możliwość wielokrotnego użycia
Biokataliza - przyśpieszenie lub opóźnienie reakcji chemicznych przebiegające w żywym organizmie wskutek obecności biokatalizatorów
Technologia mikrobiologiczna - obejmuje procesy mikrobiologicznej biosyntezy i biotransformacji, dotyczy głównie bakterii i grzybów
Rys historyczny biotechnologii
Okres I - przedpasteurowski - od zarania ludzkości do połowy XIX w. to okres procesów fermentacyjnych
Okres II przejściowy (druga połowa XIX w. oraz pierwsze czterdziestolecie XX w.) Kwas Cytrynowy, Jabłkowy, mlekowy
Okres III - era nowoczesnej biotechnologii rozpoczęła się od opracowania przemysłowej produkcji penicyliny
Podokres 1 do roku 1970- opracowano nowe technologie biosyntezy antybiotyków
Mutacje - nagła, trwała zmiana dziedzicznej właściwości organizmu, spowodowana zmianą w obrębie genu, w strukturze chromosomu, lub genomu (zespół chromosomów), powstają samorzutnie lub wywołana sztucznie
Mutageny - czynniki mutagenne
Mutageny fizyczne
Promieniowanie jonizujące, promieniowanie rentgenowskie, UV
Mutageny chemiczne
Analogi puryn, pirymidyn, czynniki deaminujące, czynniki alkilujące
Podokres 2 po 1970r. praktyczne wykorzystanie genetyki i biologii molekularnej w biotechnologii. Rozwój rekombinacji DNA In vitro i In vivo; mikrobiologiczna produkcja insuliny, hormonów wzrostu, interferonów, wytwarzanie przeciwciał monokllonalnych
Wybrane zagadnienia z genetyki, biologii molekularnej i inżynierii genetycznej
Budowa i właściwości kwasów nukleinowych. Izolacja DNA z materiału biologicznego. Elektroforeza kwasów nukleinowych.
Budowa DNA
Zasady azotowe
Puryny
Adenina
Guanina
Pirymidynowe
Cytozyna
Uracyl (RNA)
Tymina (DNA)
Komplementarność pary zasad Wiązania wodorowe
Tymina - - Adenina
Cytozyna - - - Guanina
Cukry - 5 węglowe - różnica dotyczy jednej grupy przy węglu C2
Ryboza
Deoksyryboza
Deoksyryboza + Zasada azotowa + reszta fosforowa
Glikozydowi
Estrowe
Wodorowe
Wiązanie fosfofdiestrowe - łączą kolejne nukleotydy
Koniec 5' to tam gdzie jest wolna grupa fosforanowa
Koniec 3' to tam gdzie wolny koniec z grupą hydroksylową
Właściwości chemiczne i fizyczne, kwasów nukleinowych
Hydroliza
Rozpad kwasów nukleinowych na podstawowe składniki: zasadę azotową, cukier, resztą kwasu fosforowego, pod wpływem silnych kwasów (nadchlorowy) i wysokiej temperatury. Jest to proces nieodwracalny
Denaturacja
- zerwanie metodami chemicznymi lub fizycznymi oddziaływań nie kowalencyjnych takich jak wiązanie wodorowe między komplementarnymi parami zasad. Proces odwracalny
Renaturyzacja
Powrót zdenaturowanej cząsteczki do stanu naturalnego
Hybrydyzacja
Połączenie przez tworzenie par dwóch komplementarnych nukleotydów
Ekstrakcja DNA
Homogenizacja tkanki świeżej lub zamrożonej
Oddzielenie tkanki od kw. nukleinowych, białek, polisacharydów itp.,
Usuwanie białek, polisacharydów i In. Poprzez wielokrotne wytrącanie i wirowanie
Rozpuszczanie DNA
Sprawdzanie za pomocą spektrofotometru czystości o stężenia, preparatu DNA sprawdzanie DNA na żelu agarowym
Elektroforeza agarowa DNA
Agaroza
Następuje rozdzielenie
Im więcej agarozy tym mniejsze pory w agarozie
Jeśli chcemy wyizolować DNA stosujemy 1 % stężenie agarozy
Kwasy nukleinowe podróżują od + do -
Enzymy restrykcyjne
Enzymy restrykcyjne są enzymami izolowanymi z bakterii, zdolnymi do rozpoznawania specyficznych sekwencji w DNA i przecinania dwuniciowej cząsteczki DNA. Enzymy restrykcyjne typu II wymagają jako substratu dwuniciowej cząsteczki DNA, zawierającej, co najmniej jedną sekwencję rozpoznawaną przez dany enzym, oraz Jonów magnezu
Większość enzymów restrykcyjnych typu II rozpoznaje palindromowe (posiadające oś symetrii) sekwencje cztero lub sześcionukleotydowe (tzw. enzymy czwórkowe lub szóstkowe) Nacięcia w obu niciach mogą leżeć naprzeciwko siebie wówczas powstają tzw. „tępe końce” np. enzym Healll
5' GGCC 3' 5” GG i CC 3'
3' CCGG 5' 3' CC i GG 5'
Z kolei enzym EcoRI rozpoznaje szęcionukleotydową sekwencję i przecinając obie nici DNA tak że powstają tzw. „lepkie końce” w postaci jednoniciowej czteronukleotydowych końców 5'
5' GAATTC 3' 5' G i AATTC3 '
3' CTTAAG 5' 3' CTTAA i G 5'
Replikacja
Replikacja to synteza nowej kopii genomu, ma miejsce podczas cyklu komórkowego w fazie S.
Przypadkowa replikacja(dyspersyjna) po replikacji każdy heliks zawiera część starego i część nowego łańcucha przypadkowo rozproszonych w cząstce DNA (1954)
Konserwatywna replikacja - każdy z dwóch łańcuchów rodzicielskiego Dna jest podwajany bez rozdzielania łańcucha DNA. Jeden heliks DNA zawiera oba stare łańcuchy a inny heliks zawiera oba nowe łańcuchy.
Semikonserwatywna replikacja - każdy nowo utworzony heliks zawiera jeden stary i jeden nowy łańcuch (Meselson i Stahl, 1958r.)
Widełki replikacyjne - miejsce, w którym zachodzi rozdzielenie nici i synteza nowego DNA
Replikon - każdy odcinek DNA, który replikuje jako pojedyncza jednostka
Miejsce inicjacji replikacji u bakterii(miejsce ori) - ściśle określone miejsce (lub miejsca) na DNA, w którym rozpoczyna się proces replikacji,
Starter (ang. Primer) - krótki fragment RNA.
Nić wiodąca - nić DNA syntetyzowana w sposób ciągły od miejsca inicjacji (5'3')
Nić opóźniona - nić DNA syntetyzowana w kierunku przeciwnym od widełek replikacyjnych ( 5 3) w postaci tzw. fragmentów Okazaki.
Białka wspomagające replikację
Ligaza polinukleotydowe
Katalizują syntezę wiązania fosfolipidowego między sąsiadującymi resztami 3' OH i 5' P nukleotydów połączonych wiązaniami wodorowymi z matrycą DNA. W czasie replikacji łączą fragmenty Okazaki w jedną nić. Ligazy bakteryjne wymagają NAD jako koenzymu i źródła energii. Ligazy eukariontów i bakteriofagów T4 i T7 wykorzystują do tego ATP.
Białka stabilizujące
Jednonicoiwą strukturę DNA - SSB (ang. Single-standard biling proteins) wykazują silne powinowactwo do jednoniciowego DNA.. Wiążą się ze szkieletem fosfocukrowym, pozostawiając wolne zasady na zewnątrz. Białka SSB u bakterii są tetrametrami, a u eukariontów zbudowane są z trzech podjednostek RPA
Helikazy
Białka rozwijające podwójną helisę DNA. Enzymy te wykorzystują energię hydrolizy ATP. Mogą posuwać się wzdłuż dwuniciowego DNA, rozdzielając nici i poszerzając widełki replikacyjne, lub wzdłuż jednonciowej matrycy, umożliwiają polimeryzację DNA.
Topoizomerazy
Relaksują skręcania podwójnego helisu. Mechanizm działania polega na nacinaniu jednej nici podwójnego helisu, rozkręcaniu DNA i ponownemu złączeniu
Prymaza
Enzym katalizujący syntezę krótkiego fragmentu RNA, jest specyficzną polimerazą RNA występującą tylko u bakterii
Polimerazy DNA komórek bakterii i eukariontów
A bakteryjne
Polimeraza DNA I (liczba podjednostek 1)
Replikuje i naprawa DNA
Polimeraza DNA II (1)
Naprawa DNA
Polimeraza DNA III (ok. 10)
Główny enzym replikacyjny
Posiada podjednostki Alfa(α) aktywnośc polimeracyjna
Posiada podjednostki
B Eukariotyczne
Polimeraza α (4)
Synteza starterów
Polimeraza β (1)
Naprawa DNA
Polimeraz γ (2)
Replikację mtDNA(genom mitochądrialny)
Polimeraza δ (2-3)
Główny enzym replikacyjne
Polimeraza ε
Replikacja na odcinku
Replikacja
Inicjacja
Do fragmentu oriC przyłącza się białko DnaA (tu rozpoczyna się replikacja)
Podwója helisa ulega rozdzieleniu (topnieniu), są to rejony bogate w A=T
Przyłączają się kolejne białka inicjacyjne: DnaB i DnaC, które tworzą kompleks preincjacyjny
Białko DnaB jest helikazą - przerywa wiązania wodorowe
Jednolicowe fragmenty DNA jest stabilizowany przez białka SSB
Synteza starterów
Starter do replikacji DNA zbudowane są z RNA
U bakterii są syntetyzowane przez Prymaza, która syntetyzuje ok. 5 nt, a potem syntezę łańcucha przejmuje polimeraza DNA III
U eukariontów są syntetyzowane przez polimerazę DNA α. Powstaje fragment 10nt, a następnie jest wydłużany o kolejne 30nt. Później dołącza się polimeraza DNA δ i rozpoczyna właściwą replikację
Synteza starterów na nici prowadzącej zachodzi tylko jeden raz, na nici opóźnionej jest to proces powtarzalny(kilkaset razy, do każdego kawałka Okazki osobno
Elongacja
Po rozdzielni przez helikazę (DnaB) do pojedynczej nici DNA przyłączają się białka SSB (u eukariontów RPA replication protein A)
Na nici wiodącej zysyntetzyowany fr. 1000-2000nt, a dopiero później następuje synteza na nici opóźnionej
Fragmenty Kozaki (1000-2000 nt) są łączone przez ligazę, wcześniej jednak polimeraza DNA I wycina startery
Fragmenty Okazaki u eukariontów mają ok. 200 nt, co odpowiada jednemu nukleosomowi ( 140-150 pz. + 50-60 pz. DNA łącznikowe).
Terminacji
Potrzebne jest
Starter RNA
Matryca DNA
Polimeraza DNA
Nukleotydy dNTP
Ligaza
Łańcuchowa reakcja polimerazy - PCR
Matryca DNA (lub RNA)
Startery (dwa różne)
Wolne nukleotydy (dNTP)
Olimeraza (najczęściej Taq polimerazy)
Bufor jony Mg 2+ i Mn 2+
Matryca 90C - determinacja
Startery 50C - przyłączanie starterów
Polimeraz Taq - wydłużanie starterów (dodawanie wolnych starterów)
Gen eukariotyczny składa się z następujących elementów
Promotora
Położona na końcu 5' genu sekwencja nukleotydowa, z którą wiąże się polimeraza RNA w czasie inicjacji transkrypcji
Enhancery - to sekwencje wzmacniające aktywność promotorów. Położone mogą być nawet z znacznej odległości od genu i zachowują zdolność regulacyjną także po eksperymentalnej zmianie orientacji o 180 stopni względem genu. Do enhancerów wiążą się czynnik transkrypcyjne określane jako aktywatory
Silancer - hamują transkrypcję genu
Miejsce inicjacji i terminacji transkrypcji (START, STOP)
Właściwej sekwencji kodującej
Ekspresja genu
Seria zdarzeń prowadzących do uwolnienia informacji genetycznej niesionej przez gen uczynienia jej dostępną dla komórki
Replikacja DNA[TranskrypcjamRNATranslacjabiałko] - ekspresja genu[]
Transkrypcja
Jest to enzymatyczna synteza RNA na matrycy DNA. Jest to pierwszy etap procesu ekspresji genów, który ostatecznie prowadzi do syntezy białka kodowanego przez gen.
Transkrypcja katalizowana jest przez polimerazę RNA, wymaga obecności matrycy dsDNA rybonukleotydów (ATP, GTP, CTP, UTP), jonów magnezu lub manganu
Nić kodująca (nić sensowna) - nić DNA która jest transkrybowana.
Nić matrycowa (nić antysensowan) - jest matrycą dla RNA
5'-3' - nić kodująca DNA
3'-5' - nić matrycowa DNA
5'-3' - mRNA T zamienia się na U
Składa się z trzech etapów
Inicjacji
Polimeraza RNA wiąże się z dsDNA w miejscu promotorowym, DNA ulega lokalnemu rozpleceniu i polimeraza RNA rozpoczyna inicjację transkrypcji
Elongacji
Polimeraza RNA przesuwa się wzdłuż DNA i zgodnie z jego sekwencją syntetyzuje łańcuchy RNA
Terminacji
Polimeraz RNA rozpoznaje sekwencję terminacyjną, co powoduje przerwanie wbudowywania rybonukleotydów
Odwrotna transkrypcja
W odwrotnej transkrypcji RNA jest matrycą DNA. Proces ten zachodzi w cyklu rozwojowym niektórych wirusów np. HIV.
Odwrotna transkrypcja PCR (RT-PCR) technika PCR w której materiałem wyjściowym jest RNA. Pierwszym etapem procedury jest przepisanie RNA na cDNA (complementary DNA) przy pomocy enzym odwrotnej transkryptazy. Produktem RT-PCR jest seria dwuniciowych odcinków cDNA - kopii RNA. Technika ta używana jest m.in. do badania transkryptu sklonowanego genu, a także do testowania RNA pochodzące z różnych tkanek na obecność tran skryptów w celu określenia wzoru ekspresji genu
Rodzaje dojrzewania RNA
Dojrzewanie(obróbka) RNA jest to proces, w którym pierwotne cząsteczki RNA ulegają zmianom. Najczęstsze typy zmian obejmują:
Usunięcie nukleotydów przez Endo- i Egzonukleazy;
Dodanie nukleotydów do końca 5' lub 3' pierwotnego tran skryptu lub produktów jego rozcięcia
Modyfikacje pewnych nukleotydów w obrębie zasady azotowej lub części cukrowej
Dojrzewanie mRNA polega na:
Dołączanie 7-metyloguanozyny (czapeczki) do końca 5'. Która tworzy barierę przed działaniem 5' egzonukleazy, przez co stabilizuje transkrypt, czapeczka ułatwia również spilcing, transport cząsteczki z jądra do cytoplazmy oraz translację
Poliadenylacja końca 3', ogon poli(A) pomaga w stabilizacji cząsteczki ponieważ białka wiążące się do niego zabezpieczają koniec 3' przed działaniem 3'-egzonukleazy, może wpływać na inicjację translacji
Składanie tran skryptu - wycinanie intronów (splicing)
Redagowaniu tran skryptu - zmianie właściwości kodującego mRNA
Kod genetyczny
Sposób zapisu budowy łańcucha polipeptydowego (kolejność aminokwasów) w budowie DNA (kolejność nukleotydów)
Pierwszym aminokwasem w powstającym polipeptydzie jest zazwyczaj metionina oznaczona kodonem AUG
Kody terminacyjne to
UAG, UGA, UAA
Cechy kodu
Trójkowy
Bez przecinkowy
Niezachodzący
Praktycznie uniwersalny
Zdeterminowany - czyli jedna trójka oznacza dokładnie jeden aminokwas
Zdegenerowany - czyli kilka trójek może oznaczać ten sam aminokwas
Translacja - biosynteza białka
Translacja - jest to odbywająca się na rybosomach synteza łańcucha polipeptydowego na podstawie informacji zawartej w mRNA przy udziale tRNA oraz odpowiednich enzymów i czynników białkowych.
Budowa rybosomów
Mała podjednostka
Duża podjednostka
Paptydylowe P
Aminoacylowe A
Translacja składa się z trzech etapów
Inicjacji
Elongacji - składa się ona z trzech etapów
Dostarczanie aminoacylo-tRNA
Tworzenie wiązań peptydowych
Translokacja
Miejsce P zajęte jest przez inicjatorowy tRNA - peptydylowe
Miejsce A zajmuje odpowiednie aminoacylo-tRNA - aminoacylowe
Powstawanie wiązania peptydowego
Następuje połączenie dwóch aminokwasów wiązaniem peptydowym. Reakcję katalizuje enzym transferaza peptydylowa, która odłącza aminokwasy od inicatorowego tRNA i przenosi na aminokwas znajdujący się w pozycji A
Następuje translokacja. Rybosom przesuwa się o trzy kolejne nukleotydy, następnie kodon wchodzi w miejsce A.
Dipeptyd odpowiadający dwóm pierwszym kodonom zostaje przesunięty w miejsce P. Wolny tRNA zostaje usunięty rybosomu
Terminacja transkrypcji
Każde białko ma strukturę trójwymiarową
Struktura pierwszorzędowa - kolejnośc aminokwasów, stabilizowana przez wiązania peptydowe
Struktura drugorzędowa - łańcuch polipeptydowe są poskręcane w helisy lub też inne regularne struktury np. harmonijki, które są utrzymywane przez wiązania wodorowe
Struktura trzeciorzędowa - ponowne skręcenie lub pofałdowanie już skręconego białka, jest stabilizowana przez wiązania wodorowe, siły Van der Waalsa, oddziaływania hydrofobowe, mostki dwusiarczkowe
Struktura czwartorzędowa - tę strukturę posiadają niektóre białka zbudowane z kilku łańcuchów polipeptydowych
Potranslacyjna obróbka biała
Polipeptyd uwolniony z rybosomu jest nieaktywne i zanim będzie mógł spełniać swoje funkcje musi zostać poddany „obróbce”.
Są cztery typy mechanizmów obróbki potranslacyjnej:
Proteolityczne rozszczepienie białka - niektóre białka muszą zostać pocięte proteazami, które usuwają fragmenty z jednego lub dwóch końców polipeptydu, w efekcie powstaje skrócone białko, które po sfałdowaniu, staje się aktywnym białkiem, cięte mogą być również poliproteiny na segmenty, które również stają się aktywnymi białkami;
Fałdowanie się białka - polipeptyd musi zostać sfałdowany w prawidłową strukturę trzeciorzędową, białka opiekuńcze pomagają w procesie fałdowania białek
Modyfikacje chemiczne - poszczególne aminokwasy mogą być modyfikowane przez przyłączanie nowych grup chemicznych np. acylowej, metylowej fosforanowej; innymi mechanizmami modyfikującymi są np. glikoliza, acylacja, fosforylacja
Wycinanie intein - inteiny są to sekwencje w białku, które są odpowiednikami intronów w mRNA, inteiny mają długość od 300 do 600 aminokwasów, po wycięciu intein eksteiny muszą być ze sobą połączone
Klonowanie genów - wektory
Klonowanie genów
W genetyce i biologii molekularnej proces wyosobniania genu. Polega na łączeniu fragmentów materiału genetycznego z wektorem molekularnym i ich namnażaniu w innym organizmie. Otrzymuje się w ten sposób wiele kopii tego samego genu.
Wektor
Cząsteczka DNA mogąca być nośnikiem interesującego nas kawałka DNA, która posiada zdolność do autonomicznej replikacji w danym typie komórek.
Wektory plazmidowe
Nieduże koliste cząsteczki DNA zawierające ori replikacji, gen markera selekcyjnego (najczęściej odporność na antybiotyk) oraz miejsce do klonowania
Geny znajdujące się w plazmidach nie są potrzebne do pełnienia funkcji życiowej
Geny te odpowiadają za przystosowania się do danych warunków środowiskowych
Wektory koliste dwuniciowe - stosuje się w klonowaniu genów
W plazmidzie znajduje się
Gen odporności na antybiotyki - gen marker
Sekwencja ori
Polilinker - krótka sekwencja
Enzymy restrykcyjne
Koniec lepki
Koniec tępy
Transformacja E.coli - nie posiadające plazmidów
W wektorze umieszczamy DNA (insert)
Wektor z istniejącym insertem wprowadzamy do komórek bakterii przy wykorzystaniu zjawiska transformacji
Każda komórka kompetentna inkorporuje jeden plazmid
Przeprowadzamy selekcję komórek transformowanych
Izolujemy DNA plazmidowe
Biblioteki (banki) DNA
Biblioteki DNA stanowi zbiór fragmentów DNA danego organizm włączonych do cząsteczek wektorów i wprowadzonych do komórek bakterii przy wykorzystaniu zjawiska transformacji. Wyróżniamy dwa rodzaje bibliotek: genomowe i cDNA
Cel tworzenia
Przechowywanie DNA, aby móc je w przyszłości badać i wykorzystywać do różnych celów; biblioteki umożliwiają dostęp do różnych sekwencji DNA; w jednej probówce zebrany jest cały genom
Biblioteki genomowe
Jest reprezentacją całego DNA organizmu (sekwencje kodujące - geny, sekwencje niekodujące - introny, sekwencje regulatorowe, promotory, enhancery i in.) Fragmentacji podaje się
Genomowe DNA
Trawienie enzymem restrykcyjnym
Miliony fragmentów genomowego DNA
Klonowanie do wektora
Transformacja bakterii
Biblioteki cDNA
Zawierają fragmenty cDNA powstałe na matrycy mRNA w wyniku odwrotnej transkrypcji. Jest to reprezentacja tylko aktywnych genów wystękujących w tkance, z której została wyizolowany mRNA
Brak Jednego WYKŁADU
GMO - Genetycznie Modyfikowane Organizmy
Są to rośliny, zwierzęta i drobnoustroje, których DNA zostało celowo zmienione przez człowieka metodami inżynierii genetycznej. Modyfikacja polega na wszczepieniu do genomu fragmentu DNA z innego organizmu. Przenoszony fragment DNA to tzw. transgen jest na stałe włączany do genomu gospodarza i od tej pory obecny we wszystkich komórkach potomnych
Nowa cecha
Wyciszanie ekspresji danego genu
Zmiana ekspresji genu
Np. poziom ekspresji poszczególnych genów
To organizm inny niż organizm człowieka, w którym materiał genetyczny został zmieniony w sposób nie zachodzących w warunkach naturalnych w szczególności przy zastosowaniu
Technik rekombinacji DNA z użyciem wektorów, w tym tworzenia materiału genetycznego poprzez włączanie do wirusa, plazmida lub każdego innego wektora cząsteczek DNA wytworzonych poza organizmem i włączanie ich do organizmu biorcy, w którym w warunkach naturalnych nie występują, ale w którym są zdolne do ciągłego powielania
Techniki stosujące bezpośrednie włączanie materiału dziedzicznego, przygotowanego poza organizmem, a włączanych na drodze np.: mikroiniekcji, makroinekcji, mikrowstrzeliwanie
Metody nie występujące w przyrodzie dla połączenia materiału genetycznego co najmniej dwóch różnych komórek, gdzie w wyniku zastosowanej procedury powstaje nowa komórka zdolna do przekazywania swego materiału genetycznego odmiennego od materiału wyjściowego komórkom potomnym
Strategia postępowania przy modyfikacji genetycznej rośliny
Występowanie cechy przeznaczonej do modyfikacji
Ustalenie szlaku przemian biochemicznych związanych z daną cechą
Określenie enzymów katalizujących kluczowe ogniwa szlaku metabolicznego
Identyfikacja genów kodujących główne enzymy kontrolujące dany szlak metaboliczny
Przeprowadzenie modyfikacji genetyczne
Blokada syntezy danego enzymu, wzmocnienie syntezy enzymu/ów ograniczających wydajność przemian, wprowadzenie genów w celu utworzenia nowych szlaków
Analiza ekspresji nowej cechy
Potwierdzenie przydatności technologicznej nowego surowca
Badania związane z bioryzkiem i bezpieczeństwem konsumentów
Transformacja komórek roślinnych
Genetyczna transformacja roślin polega na wprowadzaniu do komórek roślinnych egzogennego DNA, a następnie jego integracją z genomami roślinnym.
Komórki przeznaczone do transformacji powinny być
Kompetentne (zdolne do transformacji)
Totipotenten (zdolne do regeneracji całych organizmów)
Charakterystyka wprowadzanych konstrukcji genowych.
Konstrukcja genowa powinna zawierać: (znajduje się w miejscu opin w plazmidzie Ti
Gen (fragment DNA)
Promotor (najczęściej 35S z wirusa mozaiki kalafior (CaMV))
Terminator (najczęściej nos z genu kodującego syntazą nopali nową u Agrobacterium tumefaciens)
Gen selekcyjny (np. oporność na antybiotyki lub herbicydy)
Gen reporterowy (wizualizacja np. gen uidA, GFP, gen lucyferazy)
Do najważniejszych metod transformacji należą:
Transformacja z użyciem Agrobacterium tmefaciens i Agrobqaacterium rhizogenes
Bezpośrednia transformacja protoplastów
Mikrowstrzeliwanie cząsteczkami metali pokrytych DNA
Infekcja Agrobacterium tumefaciens
Zranione komórki wydzielają związki (pochodne fenolu), które stymulują geny Vir w bakteriach
Roślina jest atakowana przez bakterię
Budowa plazmidu Ti
LB - lewa sekwencja graniczna poprawia efektywność transformacji
RB - prawa sekwencja graniczna wymagana do rozpoznania i przeniesienia T-DNA
T-DNA -
Rozwój guza
Synteza Opin - Opiny to pochodne cukrowe, które dla komórki bakteryjnej są źródłem węgla
VIR - Rejon wirulencji - odpowiedzialne za wycinanie fragmentu T-DNA i integrację w genomie rośliny
OCC -Katabolizm opin
Odcinki graniczne - prawy i lewy odpowiadają za wycinanie i integrację odcinka T-DNA
T-DNA - onkogeny, geny odpowiedzialne za syntezę auksyn i cytokinin, geny warunkujące syntezę opin (pochodne cukrowe), aminokwasów
Rejon wirulencji - geny odpowiedzialne za wycinanie T-DNA
Etapy transformacji
Bakterie przyczepiają się do komórek roślinnych - do 200 bakterii może się przyczepić do 1 komórki roślinnej
Przeniesienie DNA do komórki roślinnej - kilka obszarów T-DNA może być przeniesione do 1 komórki roślinnej
Uogólniony model przeniesienia i integracji T-DNA
Nić T jest przenoszona do komórki roślinnej w postaci kompleksu DNA-białk. Transfer wymaga genów Vir zlokalizowanych na plazmidzie Ti i genów chromosomalnych.
Białko, które znajduje się na końcu 5' nici T-DNA wchodzi w interakcję z roślinnym DNA i nacina je
Jedno niciowe T-DNA jest przyłączane do jednej nici roślinnego DNA a napięcia torsyjne z tym związane powodują rozerwanie drugiej nici roślinnego DNA;
Końce nici T są łączone z końcami roślinnego Dna na drodze ligacji, dosytetyzowana zostaje nić komplementarna do nici T;
Transformacja za pośrednictwem Agrobacterium
Plazmid Ti zmodyfikowany przez nas
Wprowadzamy do części roślin
Inokulacja
Odpłukanie bakterii
Umieszczanie ekspantatów na pożywce stymulującej regenerację
Selekcja (szalki z antybiotykami)
Regeneracja roślin
Metody wektorowe
Zalety
Ochrona wprowadzanego trans genu
Duża wydajność
Wysoka częstość integracji fragmentu T-DNA
Wady
Mało skuteczna dla roślin jednoliściennych (brak syntezy induktorów przez zranione części eksplantatów)
Metody bezwektorowe
Bezpośrednia transformacja protoplastów
Elektroporacja
Wysokie napięcie (2-10kV -5-200 mikro s) i małe stężenie soli;
Małe napięcie i duże stężenie soli
Zastosowanie PEG-u (6000kD)
Bezpośrednia transformacja protoplastów
Zalety
Możliwość uzyskania dużej liczby protoplastów;
Otrzymuje się klony
Mniejsza chimeralność w regenerowanych roślinach
Wady
Złożone procedury i problemy z regeneracją rośliny
Mikrowstrzeliwanie
Schemat aparatu do transformacji metodą mikrowstrzeliwania
Przewód doprowadzajmy i przyśpieszający (obojętny dla preparatu)
Pociski- drobinki złota, wolframu (trzeba je opłaszczyć DNA które chcemy wprowadzić do naszego modyfikowanego obiektu)
Następnie pociski umieszczamy je na makron ośniku
Pod aparatem umieszczamy eksplantat
Odpowiednie ciśnienie i podmuch gazu uderza w makron ośnik i odrywa cząsteczki złota które uderzają w eksplantaty (około 50cm2)
Efektywność mikrowstrzliwywania zależy od:
Rodzaju aparatu
Ciśnienie gazu napędzającego mikron ośniki
Wielkość i rodzaj mikron ośników
Dystans jaki muszą pokonać
Podciśnienia w komorze podczas strzału
Formy plazmidu
Rodzaj transformowanej takanki
Rozpoznanie identyfikacja roślin transgenicznych
W genom rośliny zostaje wbudowana cześć konstrukcji genomowej zawarta wewnątrz krótkich fragmentów T-DNA, składa się ona z:
Promotora
Sekwencji kodującej
Terminatora
Markera selekcyjnego, reporterowego
Kontrolę jakościową i ilościową
PCR - analiza kwasów nukleinowych
Immunodetekcja - analiza produktów białkowych
Opracowano metody dla:
Pomidor - z obniżonym poziomem poligalakturonazy
Ziemniaka - z drożdżową inwertazą;
Soi, kukurydzy, tytoniu, bawełny - z odpornością na choroby wirusowe
Rośliny modyfikowane genetycznie - cele modyfikacji
Zmodyfikowane zostało większość roślin mających znaczenie dla człowieka Cele modyfikacji to:
Odporność na herbicydy - chemiczne środki ochrony roślin (np. soja, rzepak)
Odporność na szkodniki - modyfikacja BT (np. kukurydza, bawełna)
Odkryta w 1911r. patogen moli mącznych w prowincji Thuringa w Niemczech
Bacillus Thuringensis występują naturalnie w glebie, wodzie i powietrzu (jeden z najbezpieczniejszych znanych insektycydów
Delta-endtyoksyna(białko Cry) jest najcześciej stosowaną toksyną z bakterii
1938r.
Działanie Bt!!
Delta-toksyna jest produkowana w postaci prototoskyny, do aktywacji wymaga wysokiego pH - 9,5
U larw stawonogów z rodziny Lepidoptera w środkowym odcinku jelita pierwotnego wystęuje pH 9,5, odpowiednie proteazy rozcinające białko i specyficzne receptory dla białka Cry w przewodzie pokarmowym
Po rozpuszczeniu w wysokim pH, prototoskyna ulega rozcięciu w specyficznym miejscu, powstaje toksyna m o masie 60kDa - aktywna delta - toksyna
Forma ta wiąże się do receptorów na komórkach jelita tworząc pory na błonie komórek jelita i powodując wypływ jonów - destabilizacja
Jelito ulega zniszczeniu poprzez lizę komórek jelita, zahamowanie odżywiania
Sposoby pobierania toksyny przez organizmy
Bezpośrednie zjadanie części roślin
Zjadanie owadów, które wcześniej spożyły roślinę GMO
Stosowanie
Delta-toksyny w formie Bt-spray
W USA stosowany od ponad 30lat
Bardzo małe ilości - 5 litrów na hektar
Odporność na choroby wirusowe, grzybowe, bakteryjne (chitynaza, glukanaza, osmotyna, białka płaszcza wirusa, replikazy, protezay)
Odporność na niekorzystne warunki środowiskowe (zasolenie gleby, mróz, susza, metale ciężkie)
Poprawa lub nadanie nowych cech jakościowych (pomidor Flavr Savr, Golden Rice, szczepionki w warzywach)
Pomidor Falvr Sacr - pierwsze GMO wprowadzone do obrotu;
Wprowadzono odwrócony(w orientacji antysensownej) gen poligalaktunarazy (PG
RNA powstałe po transkrypcji odwróconego genu łączyło się z komplementarnie z m RNA prawidłowego genu PG
Rybosom nie mógł się przyłączyć - brak syntezy białka
Złoty ryż
20 razy więcej Betakarotenu
Wprowadzono dwa geny: syntezę fitoenu(psy) i desaturazę karotenu (crtl);
Zwiększona zawartość żelaza - wprowadzono geny ferrytyny (przyswajanie żelaza)
Większość białek rekombinowanych
Komórki zwierzęce
Zalety
Prawidłowa obróbka potranslacyjna
Wady
Niska wydajność
Wysoki koszt utrzymania bioreaktorów
Wrażliwość kultury
Komórki mikroorganizmów
Zalety
Większa wydajność
Wady
Wymaga obróbki białek
Wysoki koszt oczyszczania utrzymania bioreaktorów
Wrażliwość kultury
Rośliny
Zalety
Prawidłowa obróbka potranslacyjna
Niski koszt wytwarzania
Eliminacja porażenia patogenami pochodzenia zwierzęcego
Molecular farming
Produkcja białek przez rośliny, które mają właściwości farmakologiczne, mogą być wykorzystywane w przemyśle, rolnictwie, weterynaryjnej
Farmaceutyki uzyskane w komórkach roślinnych
Przykład
Ludzka albumina osocza (HSA) - nieglikozylowane białko, zapotrzebowanie 550 ton rocznie
Materiał szczepionkowy stanowią
Interaktywowane (zabite) mikroorganizmy
Osłabione (atentowane)
Szczepionki rekombinowane
Materiałem szczepionkowym są pojedyncze antygeny (antygen - każda substancja która wzbudza przeciwko sobie odpowiedź odporności swoistej) w przypadku wirusów jest to najczęściej białko otoczki. Szczepionki rekombinowane uzyskuje się w wyniku ekspresji genu kodującego właściwe białko antygenowe w sposób, który pozwala zachować jego immunogenność
Wytwarzanie szczepionek w roślinach transgenicznych
Zalety i wady roślinnych biofarmacetyków
Zalety
Posiadają one eukariotyczne szlaki syntezy białek
Nie ma możliwości zanieczyszczenia ludzkimi czy zwierzęcymi patogenami
Systemy roślinne są bardziej ekonomiczne niż technologie biorekacyjne
Duża skala
Zdolność kompletnej immunizacji ogólnoustrojowej szczepionek doustnych
Etap oczyszczania pominiętych, je
Globalny areał upraw transgenicznych
1995r - początek
2006r - 102 mln GMO
Główne 4 gatunki hodowane
Soja
Kukurydz
Bawełna
Rzepak
Według modyfikacji
Tolerancja na herbicydy 69,9 mln
Odporność na szkodniki
Tolerancja na herbicydy i odporność na szkodniki
Zwierzęta modyfikowane genetycznie
Terminem zwierzę transgeniczne określa się takie zwierzęta, które w swoim genomie posiada egzogenny DNA w postaci
Losowo zintegrowanego fragmentu DNA
Zmodyfikowanego własnego genu w wyniku wprowadzenia egzogennego DNA (technologia Knock-out)
Wprowadzonej całej sztucznej jednostki genetycznej np. sztucznego chromosomu bakteryjnego BAC lub sztucznego chromosomu drożdżowego YAC
Metody otrzymywania zwierząt genetycznie modyfikowanych
Mikroiniekcja DNA do zygoty
Modyfikacja pierwotnych komórek zarodkowych (ES)
Transplantacja jąder komórkowych
Transfer DNA przy pomocy wirusów
Mikroiniekcja
Przeżywa 50% zarodków
Rodzi się około 30% przetransferowanych zarodków, z czego 15% posiada zintegrowany transgen
Możemy wprowadzić, jaki tylko chcemy DNA do przed jądrza
Modyfikacja pierwotnych komórek zarodkowych
Komórki uzyskane z węzła zarodkowego blastocysty. Można je hodować in vitro przez dłuższy czas i ponownie wprowadzać do blastocysty po uprzednim wprowadzeniu transgenu
D komórek ES wprowadzane jest DNA na drodze
Elektroporacji
Lipofekcji
Metody chemiczne (chlorek wapnia)
Selekcja komórek transformowanych
Transfer namnożonych komórek do blastocysty.
Powstaje chimera (część komórek ma zmieniony genotyp)
Otrzymywanie homozygot pod względem wprowadzonego / wyłączonego genu
Konck-out genu
Celem jest usunięcie określonego genu pozostawiając pozostałe geny nienaruszone, aby móc określić konsekwencje dla organizmu pozbawionego tylko jednego badanego genu
Transplantacja jąder komórkowych
Polega na usunięciu jądra komórkowego z niezapłodnionego oocytu (komórki jajowej) i wszczepieniu jądra z innej komórki - pochodzącej z organizmu jaki chcemy klonować, Jądro można pobierać z komórek zarodka, z komórek hodowanych in vitro, a także z dorosłych osobników
Transfer DNA przy pomocy wirusów
Po wprowadzeniu obcego genu do genomu retrowirusa lub lentiwirusa infekuje się nim komórki embrionalne we wczesnym etapie rozwoju.
Uzyskane embriony z transgenem wprowadza się do matki zastępczej i otrzymujemy najczęściej potomstwo m mozaikowe. Tą metodą można wprowadzać niewielkie fragmenty DNA.
Zaleta - duża wydajność
Infekcje jednokomórkowych zarodków
Infekcje pierwotnych komórek zarodkowych ES
Celowość modyfikacji zwierząt
Wykorzystanie zwierząt jako bioreaktorów
Modyfikowane przede wszystkim krowy, owce, kozy - wytwarzane białka wydzielane z mlekiem np. produkcja antytrombiny, antytrypsyny, erytropoetyny,
Szybszy wzrost zwierząt
Wprowadzanie genów kodujących hormon wzrostu
Większa wydajność mleczna
Dodatkowe kopie genów kodujących beta- i kappa-kazeinę;
Odporność na chroby
Np. u bydła zapalenie wymion
Modyfikowane świnie jako dawcy narządów.
TG 1154 ma wbudowany gen, który może znieść immunologiczną międzygatunkową pomiędzy świnią i człowiekiem
Do celów naukowych
Badania funkcji genów, terapia genowa
Żywność modyfikowana genetycznie
Transgeniczne rośliny są źródłem żywność, która jest określana terminem „nowa żywność”. Pojęcie to obejmuje następujące typy żywności GM:
Żywność będąca GMO (np. pomidory, ziemniaki)
Żywność zawierająca przetworzone GMO
Żywność produkowana z zastosowaniem GMO
Produkty żywnościowe pochodne GMO
Cele modyfikacji genetycznej surowców dla przemysłu spożywczego
Wzbogacenia żywności w składniki podnoszące ich wartość żywieniową
Usuwanie substancji szkodliwych i niepożądanych, eliminacja białek alergennych
Ułatwienia procesów przetwórczych i kształtowanie właściwości sensorycznych
Kształtowanie cech funkcjonalnych żywności pod kontem korzystnego wpływu na zdrowie człowiek
7