1 Wysoki koszt dużych randomizowanych badan klinicznych
2 Brak wyników długoterminowych skutków interwencji medycznej. co rwiązane jest z ograniczonym czasem badania.
3 Konflikt interesó w (finansowanie badan przez firmy farmaceutyczne)
4 Generalizowanie wyników badań klinicznych jedynie do istotnych punktów kortcowych oraz skupianie się na wynikach .pozytywnych'
5 Ograniczenia etyczno w niektórych przypadkach badań randomizowanych
6 Lekarze często nie mają czasu na naukę nowych procedur medycznychczy przeglądanie najnowszej literatury
7 Trudności w zastosowaniu procedury zgodnie z EBM w stosunku do indywidualnego pacjenta (pacjent me toleruje zastosowanego leczenia)
8. Trudności wprowadzenia nowej procedury mcdycznejileku wynikiem wysokich kosztów