W przypadku leczenia farmakologicznego możemy porównać ze sobą dwa leki stosowane w tej samej jednostce chorobowej.
Mogą to być leki należące do tej samej klasy lub reprezentujące różne klasy.
Możemy mieć do czynienia z porównaniem monoterapii z leczeniem skojarzonym, sposobów leczenia różnymi formami tego samego leku lub różnymi dawkami tej samej postaci farmaceutycznej leku.
Możemy mieć do czynienia z porównaniem dwóch wzajemnie wykluczających się interwencji lub z przypadkiem, gdy jedna może następować po drugiej lub być przez nią uzupełniana (np. dołączenie drugiego leku, gdy pierwszy działa za słabo).
W praktyce porównywaną alternatywę stanowi najczęściej najpopularniejszy, standardowy (wymieniony w wytycznych) lub najbardziej opłacalny sposób terapii.
Kolejnym etapem jest określenie efektów danej procedury. Wynik zastosowania określonego postępowania może być rozpatrywany w kategoriach zdrowotnych (klinicznych) i ekonomicznych.