09

Tabela 10.7. Skład najczęściej stosowanych buforów do elektroforezy

Bufor	Roztwór roboczy	Roztwór stężony (na litr)
Tris-boran	0,5 x: 0,045 M Tris-boran	5 x:Tris	54 g
(TBE)	0,001 M FDTA	kwas borowy	27.5 g
		0,5 M EDTA (pH 8,0)	20 ml
Tris-octan	1 x : 0,04 M Tris-octan	50 x: Tris	242 g
fTAE)	0,001 M EDTA	kwas octowy lodowaty	57,1 ml
		0,5 M EDTA (pH 8.0)	100 ml
Tris-fosforan	1 x: 0,09 M Tris-fosforan	10 x: Tris	108 g
(TPE)	0.002 M EDTA	85% kwas fosforowy (1,679 g/ml) 15,5 ml
		0,5 M EDTA (pH 8,0)	40 ml
Zasadowy	1 x: 50 mM NaOH	1 x: 10 M NaOH	5 ml
	1 mM EDTA	0.5 M EDTA (pH 8,0)	2 ml

jednak zwrócić uwagę, że ruchliwość elektroforetyczna barwnika buforu obciążającego jest na ogół różna od ruchliwości elektroforetycznej DNA. Przykłady najczęściej stosowanych elektroforetycznych buforów obciążających podano są w tab. 10.8.

Do uwidocznienia DNA po lub w trakcie elektroforezy stosuje się standardowo bromek etydyny, który interkalujc pomiędzy sąsiednie pary zasad dwuniciowego DNAUbecnośclnterkalatora zmniejsza ruchliwość elektroforetyczną DNA o ok. 15%. Powinowactwo bromku etydyny do jednoniciowych kwasów nukleinowych jest znacznie mniejsze.

Standardową elektroforezę w żelu agarozowym można przeprowadzać w warunkach denaturujących, aby uzyskać bądź utrzymać jednoniciową konformację kwasu nukleinowego (Sambrook i wsp. 1989).

Tabela 10.8. Skład najczęściej stosowanych tzw. buforów obciążających

Bufor	Skład (bufor 6 x stężony)		Temperatura przechowywania
1	błękit bromofcnolowy cyjanian ksylenu sacharoza	0,25% 0,025% 40%	4*C
1!	błękit bromofcnolowy cyjanian ksylenu Ficoll. typ 400	0,25% 0,025% 15%	pokojowa
II!	błękit bromofenolQ\vy cyjanian ksylenu glicerol	0,25% 0,025% 30%	4°C
IV	błękit bromofcnolowy sacharoza	0,25% 40%	4°C
Zasadowy	NaOH EDTA Ficoll, typ 400 zieleń bromokrczolowa cyjanian ksylenu	300 mM 6 mM 18% 0,15% 0,25%	4°C

439