Napięcie przyspieszające określa wielkość energii przenoszonej przez pierwotna wiązkę elektronów. Wpływa ona na wielkość i kształt objętości oddziałującej z wiązką w różny sposób. Elektrony o wyższej energii mogą penetrować głębsze warstwy próbki. One mogą wyzwalać sygnały o wyższej energii, które mogą uciekać z głębszych wnętrz próbki. Energia pierwotnych elektronów jest także czynnikiem, określającym prawdopodobieństwo, który z poszczególnych typów oddziaływania się pojawi. Wyższa energia powoduje ograniczenia rozdzielczości poprzez zwiększenie objętości oddziałującej. Wyższe napięcie przyspieszające może z drugiej strony polepszyć rozdzielczość poprzez ograniczenie abberaeji soczewek w kolumnie, wpływając na zmniejszenie końcowej planiki wiązki. Który wpływ będzie dominował zależy od próbki, warunków wprowadzonych przez operatora i typu sygnału.