Cięcie RNA uwalnia rRNA i tRNA z cząsteczek prekursorowych. Bakterie syntetyzują 3 różne rodzaje rRNA, zwane 5 S rRNA, 16 S rRNA i 23 S rRNA. Trzy geny tych rF^NA są połączone w jednostkę transkrypcyjną, a więc pre-r-RNA zawiera kopie wszystkich trzech rRNA. Aby uwolnić dojrzałe rRNA, prekursorowa cząsteczka RNA musi zostać zatem pocięta. Reakcję cięcia przeprowadzają rybonukleazy III, P i F w miejscach wyznaczonych przez regiony dwuniciowe, tworzące się poprzez łączenie komplementarnych zasad z rożnych części pre-r-RNA. Końce powstałe po cięciu są następnie przycinane poprzez aktywności egzonukleolityczne rybonukleaz M16, M23 i M5, co daje dojrzałe rRNA.
sekwencja 16 S rRNA sekwencja 23 S rRNA sekwencja 5 S rRNA
16 S rRNA
23 S rRNA
5 S rRNA
Dojrzewanie tRNA:
30