zbiera się wyciekający płyn (można go również pobierać za pomocą strzykawki z igłą).
Zakażanie do woreczka żółtkowego. Tą drogą wprowadza się wirus we wczesnym okresie inkubowania jaj (do 10. dnia), kiedy woreczek żółtkowy jest dość duży. Stosowane są dwie metody zakażania, jedna przez otwór nad komorą powietrzną (ryc. 9e) i druga, przy której wirus wprowadza się przez otwór wykonany w połowie długości jaja po stronie żółtka (przeciwnej niż zarodek). Drogą dożółtkową można wprowadzić nawet 1 ml materiału.
Pobieranie żółtka wykonuje się za pomocą strzykawki z igłą przez otwory używane do zakażania.
Domózgowe zakażanie zarodków. Stosuje się je u wirusów namnażających się w tkance nerwowej (wirusy neurotropowe). Skorupkę nad komorą powietrzną odpiłowuje się wiertłem elektrycznym. Następnie nanosi się na błonę podskorupkową 1 kroplę jałowej oliwy i przez delikatne przechylenie uzyskuje się prześwietlenie błony i uwidocznienie zarodka. Materiał wprowadza się domózgowo za pomocą cienkiej igły odpowiedniej długości.
Następnie równomiernym łagodnym ruchem obraca się jajo otworem w dół oraz kładzie na krążku półsztywnego papieru (znajdującym się w płytce Petriego) i pipetą nanosi roztopioną parafinę dookoła w miejscu zetknięcia się jaja i papieru.
Po chwili, gdy parafina skrzepnie, obraca się jajo krążkiem do góry, papier obcina się nożyczkami, zostawiając jedynie wąski rąbek (około 0,5 cm). Następnie za pomocą pędzla nanosi się roztopioną parafinę na papier i rozciera w celu uszczelnienia go. Jaja inkubuje się w pozycji pionowej. Jajo po zakażeniu można też zamknąć kapturkiem (jak przy jajach odzarodkowanych).
Mózg pobiera się łyżeczką chirurgiczną lub aspirując go do strzykawki.
Inne metody zakażenia zarodków znajdują zastosowanie w badaniach rozpoznawczych tylko wyjątkowo.
Obserwacja inokulowanych zarodków. Trwa ona rozmaicie, długo w zależności od rodzaju wirusa oraz od jego dawki. Zarodki należy prześwietlać co najmniej dwa razy dziennie — na początku i przy końcu pracy. Obumarłe wyjmuje się i bada. Wyniki obserwacji notuje się w odpowiednich protokołach badań.
Ujemny wynik zakażenia zarodków nie wyklucza obecności wirusa