W praktyce w reakcjach transestryfikacji stosuje się czyste oleje roślinne oraz alkohol metylowy lub etylowy. Tak otrzymywane estry metylowe kwasów tłuszczowych oznacza się akronimem
tłuszczowych — Transestryfikacja
najczęściej prowadzona jest przy użyciu alkoholu metylowego z uwagi na jego niski koszt Ponieważ alkohol etylowy może byt pozyskiwany ze źródeł odnawialnych, FAEE są bardziej „ekologiczne’*, ale droższe niż FAMĘ.