1. Oddzielenie i oczyszczenie komórek od podłoża (np.
w irowanie, płukanie oddzielonej biomasy)
2. Dalsze czynności zależne od przeznaczenia biomasy:
- drożdże piekarskie - prasowanie, suszenie
- pasze - uzdatnianie w celu zwiększenia wartości
odżywczej i poprawy cech sensorycznych
- gdy surowiec do otrzymywania witamin itp. — dezintegracja (rozdrabnianie), oddzielenie składników i oczyszczenie