Ze względu na bardzo małe rozmiary komórek i słabe
zróżnicowanie morfologiczne, trudności w usystematyzowaniu bakterii są bardzo znaczne.
Systematyka bakterii
(wg Szweykowski A. J., 2005)
Królestwo: Procayrota — bezjądrowe Podkrólestwo: Eubacteria - eubakterie Gromada: Prochlorophyta - prochlorofity Gromada: Cyanobacteria — sinice Gromada: Bacteria - bakterie Podkrólestwo: Archebacteria - archebakterie