NA SV40 jest połączony z nukleosomami komórki gospodarza i tworzy minichromosomy wewnątrz wirionu i w jądrze zainfekowanej komórki. Obie nici DNA są używane jako matryce ( sensowne), jednak jest znaczna różnica w czasie ich replikacji. Jedna nić jest replikowana wcześniej w cyklu replikacyjnym wirusa i z mej jest syntetyzowane białko, koniczne do replikacji wirusoweo DNA. Uważa się ,że wczesny mRNA( 19S) wirusa transkrybowany jest z wolnego rodzicielskieo DNA. co oznacza że integracja wirusoweo DNA z DNA gospodarza nie jest konieczna dla ekspresji wczesnego trenu wirusowego. Integracja następuje w czasie pojawienia się w jądrze antygenu-T głównego produktu ekspresji wczesnego genu. Równocześnie następuje stymulacja produkcji komórkowego RN A i rozpoczyna się replikacja komorkowego DNA i wirusowego DNA zintegrowanego.