Na tymże samym soborze efeskim (431) potępieni zostali również syryjscy messalianie, wyznawcy radykalnego mistycyzmu. Uważali siebie za ,,łudzi ducha”, którym niepotrzebne jest pośrednictwo kościelnych środków w osiąganiu zbawienia; wystarczała im asceza i nieustanna modlitwa do osiągnięcia stanu doskonałości. Zapewne był to ruch o charakterze plebejskim. Ich anarchiczny mistycyzm wyrażał protest przeciw istniejącemu porządkowi społecznemu i hierarchicznemu kościołowi. Jeszcze w VI wieku spotyka się messalianów na terenach objętych działaniem kościoła nestoriańskiego.
W kościele zachodnim spory chrystologiczno-trynitarskie nie budziły takich dyskusji i walk jak na wschodzie. Tutaj spory i waśnie dotyczyły częściej spraw dyscypliny kościelnej, zakresu władzy duchowieństwa, pojęcia instytucji Kościoła itd. Jedynie na początku V wieku z polemiką doktrynalną o szerszym oddźwięku wystąpił Pelagiusz, zwalczając poglądy Augustyna o łasce. Poglądy Pelagiusza zostały potępione na synodzie w Kartaginie (418), za heretyckie uznał je także papież Zozimos.
Przykładu sporu z zakresu dyscypliny kościelnej, który zamienił się z czasem w ruch heterodoksyjny, dostarczają gminy chrześcijańskie północnej Afryki w IV wieku. Na początku tego stulecia doszło w Kartaginie do bojkotu wyborów biskupa przez grupę rygorystów. Zarzucali oni elektowi apostazję w czasie niedawnego prześladowania chrześcijan. Opozycjoniści z czasem wyłamali się ze wspólnoty kościelnej i utworzyli własny kościół, zwany od imienia ich przywódcy kościołem donatystów. W ruchu donatystów ujawniły się także tendencje separatystyczne prowincji afrykańskiej oraz niechęć do cesarskiego i papieskiego Rzymu. Dołączyły się nadto radykalne elementy plebejskiego ruchu tzw. ,,circumceIlio-nes”. Tworzyli oni rodzaj armii kościoła donatystów. Edykty cearskie z 412 i 414 roku przeciw donatystom, nakazujące banicję ich biskupów, zajmowanie kościołów donatystów, nakładające kary za trwanie w herezji, przyczyniły się do stopniowego upadku ruchu. Wiadomo jednak, że donatyzm przetrwał w Afryce do początków VII wieku. Być może, że resztki donatystów utrzymały się w Mauretanii do XI wieku.
Kościół zachodni wczesnego średniowiecza (VI-X wiek) nie musiał walczyć z ruchami heretyckimi o szerokim zasięgu. Obejmował on w większości społeczeństwa świeżo schrystianizowane, wśród których zwykle walka z religią panująca i kościołem hierarchicznym przybierała postać nie doktryny heterodoksyjnej, lecz apostazji. Istniejące zaś w czasach karolińskich herezje miały charakter albo uczony, teologiczny, albo wyraźnie polityczny, o małym zakresie oddziaływania społecznego.
W kościele wschodnim tylko dwa ruchy heretyckie zasługują w tym czasie na uwagę: manichejscy paulikianie w Azji Mniejszej z VII wieku, przeniesieni później na Bałkany, i dualistyczna herezja bogomiłów bałkańskich, powstała w X wieku.
606