Kndy drzewo filogenetyczne nie jest dobrym modelem przebiegu ewolucji'?
Genealogia osobników w ramach gatunku
Dla gatunków rozmnażających się płciowo materiał genetyczny pochodzi po połowie od każdego z rodziców, a nie od pojedynczego osobnika (.wspólnego przodka*). Dla gatunków bezpłciowych drzewo jest odpowiednie dla analizy genealogii, choć również tu może niekiedy zachodzić wymiana materiału genetycznego (np. koniugacja) i drzewo jest nieodpowiednie.
W wyniku sporadycznych krzyżówek między osobnikami należącymi do ściśle spokrewnionych gatunków może dochodzić do włączenia do ich puli genowej materiału genetycznego obcego gatunku
Szczególnie wśród roślin powstawanie nowych gatunków przez hybrydyzację może być częstą drogą ewolucji — if
Dalekie związki filogenetyczne Istnieje wiele mo2ltwości transferu materiału genety spokrewnionymi lub obcymi gatunkami np między innymi organizmami