Z punktu widzenia budowy chemicznej aminokwasy można podzielić zależnie od ilości grup aminowych i karboksylowych w cząsteczce.
Ten podział rozróżnia aminokwasy:
— monoaminomonokarboksylowe (obojętne)
— monoaminodikarboksylowe (kwaśne),
— diaminomonokarboksylowe (zasadowe)