Z punktu widzenia występowania w białkach aminokwasy dzieli się na białkowe i niebiałkowe.
Lista aminokwasów występujących w przyrodzie jest duża. Z tej dużej liczby (ok. 250 związków) tylko część stanowią aminokwasy białkowe, powszechnie występujące w białkach różnego pochodzenia. Do powszechnie lub najczęściej występujących w białkach aminokwasów można zaliczyć 20.